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o r i g i n a l r e s a r c h r c h微生物学的肺炎患者通过合并检测方法识别
目的：呼吸肺炎（AP）在全球范围内挑战公共卫生。这项研究的主要目的是确定通过合并检测方法评估AP患者的微生物学特征特征，包括常规微生物生物学测试（CMT），复杂感染检测（CCID）和元元素下一代测序（MNGS）（MNGS）。患者和方法：从2021年6月到2022年3月，包括3家医院的39例AP或社区获得性肺炎患者，具有吸气危险因素（ASPRF-CAP）。呼吸标本，包括支气管肺泡灌洗液（BALF），痰液和气管抽吸物，以进行微生物检测。结果：AP患者更倾向于年龄较大，从疾病发作到入院的持续时间较短，以较高的疾病患病率，尤其是糖尿病，糖尿病，慢性心脏病和脑血管疾病，并具有更高的curb-65分数（所有p <0.05）（所有p <0.05）。在AP和ASPRF-CAP的患者中，总共检测到总共213株和31个微生物菌株。AP中最常见的病原体是corynebacterium striatum（17/213，7.98％），铜绿假单胞菌（15/213，7.04％），克雷布斯ella肺炎（Klebsiella pneumoniae）（15/213，7.04％）和candida albicans（14/213，6.57％）。此外，ASPRF-CAP中最常见的病原体是白色念珠菌（5/31，16.13％），铜绿假单胞菌（3/31，9.68％）和肺炎Klebsiella pneumoniae（3/31，9.68％）。此外，肺炎（7/67，10.45％）和念珠菌（5/67，7.46％）是9名非影响AP患者中最常见的病原体。结论：在AP病例中检测到的普遍病原体是纹状体，铜绿假单胞菌，克雷伯氏菌肺炎和白色念珠菌。AP患者的早期合并检测方法提高了病原体的阳性检测率，并有可能加快适当的抗生素治疗策略的启动。关键字：抽吸，肺炎，微生物学，宏基因组下一代测序，芯片，合并检测
结核性脑膜炎诊断和治疗
结核性脑膜炎（TBM）是结核分枝杆菌（MTB）引起的一种严重形式的非纯性脑膜炎，是最关键的肺外结核（TB）表现，尽管可用治疗，但死亡率仍为30-40％。缺乏独特的临床症状和有效的诊断工具会使早期发现复杂化。核酸检测，基因组学，代谢组学和蛋白质组学的最新进展导致了新型的诊断方法，从而提高了灵敏度和特异性。本综述着重于基于核酸的方法，包括XPERT Ultra，宏基因组下一代测序（MNGS）和整个脑组织的单细胞测序，以及代谢组和蛋白质组织生物标志物的诊断潜力。通过评估技术特征，诊断准确性和临床适用性，本综述旨在为TBM诊断策略的优化提供信息，并探讨多态技术的整合和临床翻译。
靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识
靶向二代测序在传染病应用与实践专家共识 中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会 通讯作者：王晖，北京大学人民医院检验科，北京 100044，Email：whuibj@163. com；曹斌，中日友好医院呼吸与危重症医学科，北京 100029，Email：caobin_ben@163.com 【摘要】靶向二代测序（tNGS）技术通过设计特异的引物或捕获探针来检测临床样本中的病原微生物及耐药基因，为传染病的诊断、治疗和监测提供依据。但目前tNGS和宏基因组二代测序（mNGS）的临床应用场景尚不明确，不同厂家的tNGS系统质量和结果差异很大。该技术的临床适应症、实验室流程、质量控制、性能验证和报告解释等都亟待制定共识和标准。为规范tNGS在传染病领域的应用与实践，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会的微生物学、传染病、呼吸道疾病、流行病学等领域的专家针对上述问题进行了探讨，撰写了tNGS在传染病领域应用与实践专家共识。
非洲丝状病毒载体的总微生物组，Culex Quinquefasciatus：对人类致病性MI
culex quinquefasciatus蚊子是西尼罗河病毒，登革热病毒和裂谷谷发烧病毒等人畜共患病原体的重要媒介。尽管它们在病原体传播中的作用，但对非洲这些蚊子的全面微生物组研究受到限制，大多数研究都集中在其中肠微生物组上。这项研究通过分析非洲CX的总微生物组来解决这一差距。使用元基因组下一代测序（MNGS）的Quinquefasciatus。该研究产生了71,817和29,908读，读取了CX。Quinquefasciatus和微生物分别识别146个不同的微生物。细菌是最普遍的，所有微生物的占85.6％（125/146），其次是病毒（8.2％，12/146），真菌（4.8％，7/146）和其他真核生物生物（1.4％，2/146）。经常检测到的属包括Rickettsia sp。，Wolbachia sp。，Erwinia sp。，肠球菌Sp。，Pantoea sp。和Providencia sp。Providencia rettgeri，CX的Wolbachia内共生体。Quinque fasciatus和Rickettsia tabaci的内共生体是最丰富的物种之一。值得注意的是，大约7.4％的鉴定微生物是已知的人类病原体。本研究提供了CX的微生物组的概述。quinquefasciatus，突出了共生，共生和致病性微生物，其中一些可能对微生物操纵策略控制蚊子和蚊子 - 传播病原体有用。
下一代测序的应用和未来
摘要：下一代测序（NGS）已改革了传染病管理，包括Covid-19。虽然实时聚合酶链反应（PCR）广泛用于病原体检测，但需要预定义的靶标。ngs提供了一种公正的方法，在没有先验知识的情况下同时检测多个病原体。尽管具有潜力，但NGS在临床环境中的实施仍面临高成本和技术复杂性等挑战。ngs平台，例如Illumina，Ion Torrent和Nanopore提供高通量测序，识别病原体和电阻标记。应用包括整个基因组测序（WGS），元基因组NGS（MNG）和靶向NGS（TNGS）。将NG与常规方法整合在一起可以改善诊断方法，但目前的证据是支持其广泛的临床用途。关键词：下一代测序（NGS），传染病管理，病原体检测，宏基因组测序，整个基因组测序（WGS），实验室诊断，分子诊断技术。版权所有©2024作者：这是根据Creative Commons Attribution 4.0国际许可（CC BY-NC 4.0）分发的开放访问文章，允许在任何非商业用途的媒介中使用，不受限制地使用，分发和再现，以提供原始作者和源头。i ntroduction
尿路感染的晚期分子测试
摘要：在这篇评论文章中，人们强调，采用先进的分子诊断对于现代UTI管理至关重要，与传统方法相比，采用更全面，准确和快速的方法。标准尿培养的局限性包括低灵敏度和无法培养某些微生物的培养，导致未诊断的病例和发病率增加。晚期分子技术，例如多重PCR和合并的抗生素敏感性测试，已显示可大大减少经验治疗和负面结果。和晚期分子方法（如宏基因组学（MNG））提供了全面的病原体检测，而无需先前了解目标生物，从而提高了诊断产量。这些方法还检测到抗生素耐药性基因，有助于精确的治疗策略并改善患者预后。采用先进的分子诊断对现代UTI管理至关重要，与传统方法相比，提供了更全面，准确和快速的方法。这些技术对于改善患者护理和对抗抗生素耐药感染至关重要。关键字：尿路感染（UTI），多数菌感染，抗生素耐药性，尿液微生物组，宏基因组学，精密医学，慢性UTI。版权所有©2024作者：这是根据Creative Commons Attribution 4.0国际许可（CC BY-NC 4.0）分发的开放访问文章，允许在任何非商业用途的媒介中使用，不受限制地使用，分发和再现，以提供原始作者和源头。i ntroduction
对牙科实践的前景，以避免口服Covid-19
Corona病毒疾病2019（Covid-19）或严重的急性呼吸综合征Coron-Avirus 2（SARS-COV-2）是由2019年12月在中国武汉[1，2]开始的新型冠状病毒引起的，并在全世界迅速传播。世界卫生组织（WHO）在2020年3月宣布Covid-19是全球大流行，这导致了持久的封锁，经济危机，并在2022年12月12日之前在全球造成了大约6,656,601人死亡[2-4]。该疾病的常见症状是发烧，头痛，干性咳嗽，喉咙痛和打喷嚏，它们在Covid-19's的孵育周期后出现2-14天（中位数为4天），并且随时间变化了[3]。过去两年的密集研究文献显示了原因，传播路线，病毒变体，细胞病毒相互作用途径及其对人体的影响。由于SARS-COV-2是一种致病性病毒，因此肺是暴露于该病毒的主要器官，如果不紧急治疗，则会受到损害。最近的研究中强调了病毒 - 人类细胞相互作用的几种途径。但是，该病毒如何与肺中存在的微生物相互作用的机制仍在研究中。人类肺部和气道具有多种微生物组成，可以在严重的呼吸道感染（例如COVID-19）中改变。现代宏基因组和下一代测序（MNG）技术有助于识别健康和疾病中的肺微生物组多样性。与肠道微生物组不同，肺微生物组通过两个器官之间的空气和粘液交换的连续运动与口服微生物组的双向连接更加动态和短暂。最近进行了八名COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液（BALF）中存在的细菌类型的