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荟萃分析供体衍生的无细胞DNA作为肾脏同种移植抑制的诊断标记：系统评价和荟萃分析
供体衍生的无细胞DNA（DD-CFDNA）已成为检测移植排斥反应的有前途的生物标志物。这项研究旨在评估将其应用于肾脏移植排斥的诊断准确性和临床价值。从PubMed，Embase，Cochrane Library和Web of Science数据库中审查了有关肾脏移植拒绝中DD-CFDNA诊断的相关文献。数据和研究特征由两名研究人员独立提取。分别分析了任何排斥（AR）和抗体介导的排斥反应（ABMR）的诊断精度数据。潜在的异质性。漏斗图用于阐明出版偏见的存在或不存在。九本出版物提供了有关诊断AR患者的DD-CFDNA准确性的数据。具有95％置信区间（CIS）的接收器操作特征（AUROC）曲线下的汇总敏感性，特异性和面积为0.59（95％CI，0.48 - 0.69），0.83（95％CI，0.76 - 0.88）和0.80（95％CI，0.80（95％CI，0.76 - 0.76 - 0.83）。此外，12项研究集中在ABMR的DD-CFDNA的诊断准确性上，显示了95％CI为0.81（95％CI，0.72 - 0.88），0.80（95％CI，0.73 - 0.73 - 0.86）和0.87（95％）和0.87（95％）（95％CI，0.87（95％），95％CI（95％CI，0.72 - 0.88）和0.87（95％CI，0.84％），0.84（95％CI），表明汇总的灵敏度，特异性和AUROC曲线。研究类型，年龄组和样本量导致异质性。总而言之，我们的发现表明，虽然血浆DD-CFDNA诊断AR患者的准确性受到明显的异质性的限制，但它是诊断ABMR的有价值的生物标志物。
生物信息学分析将Dync1i1确定为肝肝细胞癌
肝肝细胞癌（LIHC）是消化道最常见的恶性肿瘤之一。在全球范围内，LIHC的发病率在恶性肿瘤发病率和死亡率中排名第四[1]。lihc严重影响人们的生活和健康。目前，LIHC的总体预后不令人满意。主要原因包括内部疾病，高度恶性肿瘤，复发和转移[2]。因此，鉴定LIHC特异性生物标志物可以帮助预测和监测疾病的进展，更重要的是，通过实施早期干预，可以减少可能发展为侵略性疾病的病例[3]。癌症基因组图集项目（TCGA）由国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）共同推出。TCGA数据库包含33个肿瘤项目的基因组数据，并向所有研究人员提供原始测序数据[4]。TCGA发布了许多LIHC癌患者的mRNA测序数据。本研究旨在通过分析从TCGA数据库下载的高吞吐量mRNA数据来确定LIHC样品和正常相邻样品之间的mRNA表达差异。我们使用蛋白质相互作用[5]和Cyto-Hubba [6]来找到轮毂基因-Dync1i1。此外，我们评估了Dync1i1的前进价值，并分析了Dync1i1的可能生物学功能，这些生物学功能有望为LIHC的基本分子机制提供新的见解。
朱红色基因座的基因组编辑为 Oncopeltus fasciatus 生成了可见的眼睛颜色标记
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.20.521233 doi：bioRxiv preprint
基于CRISPR/CAS9介导的同源指导修复的有效标记基因切除策略
摘要：为了将转化的细胞与非转化细胞分离，抗生素可选标记基因通常用于遗传转化。获得转基因植物后，通常有必要从植物基因组中去除标记基因，以避免调节问题。但是，许多无标记的系统耗时且劳动力密集。同源性修复（HDR）是使用同源臂进行同源重组的过程，以实现DNA双链断裂（DSB）的精确修复。定期间隔间隔的短质体重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白9（CAS9）系统是一种强大的基因组编辑工具，可以有效地引起DSBS。在这里，我们分离了一个在茎，射击尖端和渗透性中高度表达的基因的水稻启动子（P SSI），并通过使用此P SSI驱动CRISPR/CAS9介导的HDR用于MarkerFree（PSSICHMF），从而确立了高耐高率序列 - 切除策略。在我们的研究中，在73.3％的T 0植物和T 1植物的83.2％中检测到PSSICHMF诱导的标记基因缺失。在T 1后代获得了高比例（55.6％）的纯合标记植物。重组GUS报告者ADAD分析及其对重组产物的测序显示由PSSICHMF方法介导的精确缺失和修复。总而言之，我们的CRISPR/CAS9介导的HDR自动拆卸方法提供了一种节省时间和有效的策略，用于从转基因植物中去除标记基因。
评估围手术治疗的胃癌患者的新型免疫培养地标记Cally指数
辅助/围手术期化疗是胃切除术后早期/局部晚期胃癌的标准治疗方法（1-3）。尽管使用辅助/围手术期化学疗法，但复发率很高，并且根据病理肿瘤淋巴结转移（TNM）期（4,5）而有所不同。确定具有高复发率的患者至关重要，因为这可能会影响随访和治疗策略。最近，研究人员探索了生物标志物，以预测几种实体瘤的病理TNM阶段之外的复发率（6-9）。在早期/局部晚期胃癌患者中也评估了几种标记（10-12）。中性粒细胞淋巴细胞比（NLR）和全身免疫炎症指数（SII）是最常研究的生物标志物（13,14）。最近，由于它们在癌症炎症中的作用（15-17），白蛋白和C反应蛋白（CRP）已开始纳入这些指标。使用白蛋白和淋巴细胞计算的预后营养指数（PNI）在胃癌中很重要，因为患者在胃切除术后经历了体重减轻和营养不良（18,19）。CRP白蛋白淋巴细胞（CALLY）指数是最近经过验证的肝细胞癌（HCC）患者的生物标志物（20）。在口腔，食道，非小细胞肺癌和大肠癌中评估了这种治疗方法的预后价值（21-24）。但是，尚未评估Cally指数的早期胃癌。我们的目的是评估早期胃癌患者的Cally指数的预后价值，并将其与常规免疫标记物（例如SII，NLR和PNI）进行比较。
朱红基因座的基因组编辑产生可见的眼睛颜色标记，用于for fasciatus fasciatus
昆虫显示出各种各样的眼睛和身体颜色。编码涉及生物合成和颜料沉积的基因是理想的遗传标记物，例如促进果蝇遗传学的力量。oncopeltus fasciatus是一个新兴昆虫的新兴模型，昆虫是刺穿的喂食顺序的成员，其中包括害虫和疾病媒介。为了鉴定O. fasciatus的候选可见标记，我们使用了父母和若虫RNAi来识别改变眼睛或身体颜色的基因，而在没有有害的生存力上没有有害的e ects。我们选择了Vermilion进行CRISPR/CAS9基因组编辑，产生了三个独立的功能突变线。这些研究映射到X染色体，将基因的第一个分配给该物种的染色体。纯种合物具有鲜红色，而不是黑色的眼睛，并且完全可行且肥沃。我们使用这些突变体来验证果蝇玫瑰色的直系同源物的作用，在使用RNAi促进红色色素沉着中。而不是野生型红色的身体，而缺乏朱红色和XDH1的虫子具有明亮的黄色身体，这表明豆粒和翼龙有助于O. fasciatus的身体颜色。我们的研究生成了O. fasciatus的第一个基因可见标记，并扩展了该模型系统的遗传工具包。
艾哈努姆：物质文化作为希腊化边境民族文化认同与融合标志的案例研究
有关巴克特里亚（今阿富汗和塔吉克斯坦）希腊化统治地位的研究面临的最复杂问题之一是确定该地区的民族文化身份。 回答这个问题需要确定希腊-巴克特里亚社会经历了希腊化的文化适应过程的程度，即这种身份是否表明希腊文化相对于当地元素的民族文化优越性； 维护本土文化以对抗希腊化； 还是两种文化的综合体 1 。 本辩论中使用的数据主要来自希腊-巴克特里亚遗址阿伊哈努姆出土的考古材料。 因此，这座城市经常被引用作为支持关于希腊-巴克特里亚文化文化适应模式的所有三种解释的例子。除了从一般的建筑角度考察阿伊哈努姆的希腊化影响水平外，本文还试图评估以下假设的可靠性：文化身份仅通过物质文化来表达（这是阿伊哈努姆考古学解释的大多数假设）。
肾脏纤维化的标记与2型糖尿病患者和微量白蛋白尿的患者的炎症和肾功能恶化有关
糖尿病性肾脏疾病（DKD）是糖尿病发病率和死亡率的主要原因。这是西方国家终末期肾脏疾病（ESKD）的主要原因，并导致多达一半的事件病例[1]。但是，大多数人永远不会到达ESKD，因为它们更有可能死于心血管疾病（CVD）。随着肾功能下降，CVD的风险几乎呈指数增长[2-4]。不管病因如何，慢性肾脏疾病（CKD）进展的主要特征是细胞外基质成分的病理沉积，可以触发肾纤维化并导致ESKD [5]。纤维化芯的主要结构成分是胶原蛋白，纤维化肾脏中最突出的胶原蛋白之一是胶原蛋白III。c3m是胶原蛋白III的降解产物，由基质金属蛋白酶（MMP）-9产生。c3m因此反映了间隙基质中III型胶原蛋白的营业额，可以被视为纤维化活性的标记[6]。研究表明，在DKD [7]中，MMP-9的活动增加，血浆中MMP-9的水平增加是2型糖尿病患者（T2D）患者中微量白蛋白尿的危险因素[8]。尿液中尿液中的C3M水平升高与患有1型糖尿病患者的CKD严重程度有关（T1D）[9]，并且与其他CKD队列中疾病的严重程度和进展[6，10]有关。C3M尚未在2型糖尿病和糖尿病肾脏疾病的患者中进行研究。内皮功能障碍和炎症在纤维化的发作和疾病中起重要作用。在这项研究人群中先前报道的数据中，内皮功能障碍和炎症的标志物与CVD和全因凡人造成独立相关[11]。肾脏活检是检测肾纤维化的唯一当前方法。在临床可检测到的肾脏疾病之前可能存在纤维化，因此纤维化生物标志物可能可能被用作一种非侵入性方法，用于较早发现疾病。此外，纤维化生物标记物可用于疾病监测和评估治疗反应。在这项研究中，我们调查了基线时血清和尿液测量的C3M是否与炎症和内皮功能障碍的标记有关，以及在T2D和Microalbuminuria的随访期间，在随访中，这是否是慢性肾脏疾病，CVD事件的发生以及致命性的风险标志。
健康和疾病中新型炎症标志物纤溶酶原激活剂抑制剂-1 的唾液表达：一项介入研究
简介 牙周炎是一种慢性牙周炎症，由致病菌与其他危险因素共同引起。糖尿病与牙周炎呈负相关，是全球重大的健康问题（Preshaw 和 Bissett，2019 年；Kim 和 Amar，2006 年）。牙周病会引发逐渐的、不可逆的炎症反应，从而破坏组织。与牙菌斑生物膜中存在的细菌菌群相反，局部组织和免疫细胞会产生促炎细胞因子，导致牙周组织损伤（Ebersole 等人，2013 年）。代谢紊乱糖尿病 (DM) 的特征是胰岛素分泌不足、胰岛素无效或两者兼而有之引起的高血糖症。牙周组织也是受 DM 影响的众多身体器官之一。这两种情况都会对牙周组织产生负面影响，
通过 CRISPR-Cas9 核糖核蛋白和基于 URA3 的标记回收对炭疽菌进行有效的多基因敲除
图 1. CRISPR-Cas9 RNP 促进 C. higginsianum 中与供体 DNA 的同源重组。（a）CRISPR-Cas9 RNP 介导的 HDR 示意图。首先，将重组 Cas9 蛋白（橙色）和针对目的基因 (GOI) 的合成 gRNA（洋红色）在体外混合以形成 RNP。其次，用 RNP 和供体 DNA 转化 C. higginsianum 原生质体，其中供体 DNA 具有选择标记 NPTII，两侧是两个同源臂。最后，通过结合选择培养基和基于 PCR 的筛选来分离用选择盒替换 GOI 的菌株。（b）URA3 敲除的构建设计。供体 DNA 具有选择标记，即 NPTII 表达盒，两侧是 0.5 kb 的同源臂，以浅灰色框表示。箭头表示扩增 ura3 基因组中特异性存在的“片段 1”和“片段 2”的引物。（c）转化子数量和 URA3 敲除率。左图显示每板转化子数量，右图显示每板 URA3 敲除率（n =5）。“-gRNA”和“+gRNA”分别代表不含和含 gRNA 的结果。星号表示统计差异（p < 0.001，Welch t 检验）。通过 PCR 筛选评估 URA3 的敲除，如 (d) 所示。（d）ura3 突变体的 PCR 筛选。使用 (b) 中所示的引物组，在含有 500 µg/ml G418 的 MA 上使用每个菌落进行 PCR。显示了从 -gRNA 和 +gRNA 转化子中随机选择的七个菌落的结果。 C. higginsianum 肌动蛋白基因 (CH63R_04240) 的 238 bp 片段被指定为肌动蛋白。凝胶左侧的数字表示 DNA 大小标记 (bp) 的位置。