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反选择标记 PIGA 在工程设计缺失细胞系中的应用以及 CRISPR 缺失效率的表征
CRISPR / Cas9 系统是一种基因组工程技术，已应用于基因的插入/缺失突变以及靶基因的缺失和替换。在这里，我们描述了人类 X 染色体上 PIGA 基因座上的成对 gRNA 缺失，范围从 17 kb 到 2 Mb。我们发现缺失大小和缺失效率之间没有明显的线性相关性，拓扑关联域对缺失频率没有实质性影响。利用这种精确的缺失技术，我们设计了一系列设计缺失细胞系，包括一种缺失两个 X 染色体反选择（负选择）标记 PIGA 和 HPRT1 的细胞系，以及带有每个单独缺失的其他细胞系。PIGA 编码糖基磷脂酰肌醇 (GPI) 锚生物合成装置的组成部分。 PIGA 基因反选择标记具有独特的特点，包括现有的单细胞水平 PIGA 功能和功能丧失检测，以及存在一种有效的反选择剂 proaerolysin，我们经常用它来筛选表达 PIGA 的细胞。这些设计细胞系可以作为具有多种选择标记的通用平台，可能特别适用于大规模基因组工程项目，例如 Genome Project-Write (GP-write)。
基于经济评估的电池储能系统的激励政策考虑灵活性和可靠性效果使用基于自噬基因标记的综合模型的肝细胞癌患者的总生存率预测
自噬细胞可以抑制早期肿瘤的形成，并可以在晚期促进肿瘤的发展，在肿瘤的发展中起着重要作用。因此，探索自噬相关基因（AAGS）对肝细胞癌（HCC）预后的影响具有潜在的重要性。从TCGA数据库下载的HCC基因表达数据和临床数据中选择了差异表达的AAG，以及人类自噬数据库（HADB）。通过GO功能注释和KEGG途径富集分析来阐明AAG在HCC中的作用。与临床数据结合在一起，我们选择了年龄，性别，等级，阶段，T状态，M状态和N个状态作为COX模型索引，以构建Kaplan Meier（KM）的多元COX模型和生存曲线，以估算患者在高风险组之间的存活率。通过单变量和多元COX回归分析绘制的ROC曲线，我们发现七个具有高表达水平的基因，包括HSP90AB1，SQSTM1，RHEB，HDAC1，HDAC1，ATIC，ATIC，HSPB8和BIRC5与HCC患者预后不良有关。然后，ICGC数据库用于验证模型的可靠性和鲁棒性。因此，由自噬基因构建的HCC的预后模型可能有效地预测了总体生存率，并有助于发现HCC患者的最佳个性化靶向疗法，这可以为患者提供更好的预后。
TIM3/VISTA 检查点和 CD68 巨噬细胞相关标记物的表达与抗 PD1/PDL1 耐药性相关：免疫图谱异质性的影响
摘要 尽管免疫疗法在晚期癌症亚群中取得了显著的有益效果，但大多数患者并没有反应。我们全面评估了与泛癌症环境中的“癌症免疫循环”相关的生物标志物，以了解转移性恶性肿瘤的免疫状况以及抗 PD-1/PD-L1 抑制剂耐药机制。使用临床级 RNA 测序检测对 101 名患有不同恶性肿瘤的患者进行了 51 个癌症免疫循环标志物的检测。总体而言，免疫表型显示多个检查点的过度表达，包括 VISTA（101 名患者中的 15.8%）、PD-L2（10.9%）、TIM3（9.9%）、LAG3（8.9%）、PD-L1（6.9%）和 CTLA4（3.0%）。此外，还观察到巨噬细胞相关标志物（例如CD68 和 CSF1R；11-23%）、代谢免疫逃逸标志物（例如ADORA2A 和 IDO1；9-16%）和 T 细胞启动标志物（例如CD40、GITR、ICOS 和 OX40；4-31%）的异常表达。大多数肿瘤（87.1%，88/101）表达了不同的免疫组合，理论上可操作的生物标志物中位数为 6 种（可通过美国食品和药物管理局批准的药物 [标签内或标签外] 或临床开发中的药物进行药理学处理）。TIM-3、VISTA 和 CD68 的过度表达与抗 PD-1/PD-L1 疗法后无进展生存期 (PFS) 缩短显著相关（在 39 名接受治疗的患者中）（所有 P < .01）。总之，癌症免疫周期生物标志物评估在各种实体肿瘤中都是可行的。替代检查点 TIM-3 和 VISTA 以及巨噬细胞相关标志物 CD68 的高表达与抗 PD-1/PD-L1 疗法后 PFS 明显较差相关。大多数患者具有独特而复杂的免疫表达谱，表明需要定制免疫疗法组合。
FMRI 血流动力学反应功能 (HRF) 作为脑功能的新标记：用于理解强迫症病理和治疗反应的应用
血流动力学反应函数 (HRF) 表示将神经活动与功能性磁共振成像 (fMRI) 信号联系起来的传递函数，用于对神经血管耦合进行建模。由于 HRF 受非神经因素的影响，迄今为止，它在很大程度上被视为混杂因素，或在许多分析中被忽略。然而，潜在的生物物理学表明 HRF 可能包含有意义的神经活动关联，而这些关联可能无法通过传统的 fMRI 指标获得。在这里，我们通过对 25 名健康对照者（扫描两次）和 44 名强迫症 (OCD) 成人（接受 4 周强化认知行为疗法 (CBT) 之前和之后）的纵向样本的静息态 fMRI 数据进行反卷积来估计 HRF。在包括尾状核在内的区域中，OCD 的 HRF 反应高度、达峰时间和半峰全宽 (FWHM) 在治疗前异常，治疗后恢复正常。使用机器学习，治疗前 HRF 预测治疗结果（OCD 症状减轻）的准确率为 86.4%。治疗前尾状核头部的 HRF 反应高度和尾状核尾部的峰值时间是治疗反应的主要预测因素。尾状核尾部的峰值时间可能具有新的重要性，而尾状核尾部是使用传统 fMRI 激活或连接测量方法在强迫症研究中通常不会识别的区域。此外，尾状核头部的反应高度可预测治疗后的强迫症严重程度（R=-0.48，P=0.001），并与治疗相关的强迫症严重程度变化相关（R=-0.44，P=0.0028），强调了其相关性。由于 HRF 是一种对大脑功能、强迫症病理和干预相关变化敏感的可靠标记，这些结果可以指导未来的研究，找到通过传统 fMRI 方法（如标准 BOLD 激活或连接）无法实现的新发现。
脑脊液和等离子体中的磷酸化神经丝重链作为塞尔维亚儿童发作的SMA个体的努赛素治疗反应标记
结果：1型SMA在治疗开始前显示最高的CSF PNF-H水平。与对照组相比，所有经努西替森治疗的个体（1、2和3型）均显示平均基线CSF PNF-H显着升高，与对照组相比，与对照组相比，与疾病的年龄，第一剂量的年龄，疾病持续时间，疾病持续时间，初始CHOP时的年龄成反比（SMA型1和2）。在22个月的治疗中，CSF PNF-H水平在加载剂量期间下降，从所有个体的初始维持剂量降低的水平稳定。与其他队列相比，1型和2 SMA的基线等离子体PNF-H水平显着增加，在治疗2个月后1型和1型后1型和14个月后的2型下降。相反，以较低基线PNF-H水平为特征的SMA 3型，在治疗14个月后，血浆PNF-H水平没有显着波动。
微生物基因组 DNA
电泳：1％琼脂糖凝胶，1×TAE缓冲液 上样DNA量：uL/泳道大小 marker：Lambda/HindIII(200ng/泳道) marker(Lambda/HindIII,NEB#3012S)(uL)
心血管目录 - 美国 - Cordis
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定量SARS-COV-2亚基因组RNA作为病毒感染性的替代标记：培养分离与直接SGRNA定量之间的比较
1 Department of Oncology and Hemato-oncology, University of Milan, Milan, Italy, 2 Multimodal Research Area, Bambino Gesu` Children Hospital IRCCS, Rome, Italy, 3 Department of Biomedical Sciences, Humanitas University, Pieve Emanuele, Milan, Italy, 4 IRCSS Humanitas Research Hospital, Rozzano, Milan, Italy, 5 Chemical-Clinical and Microbiological Analysis,意大利米兰，助理大都会大都会大都会尼古拉达，6微生物学和病毒学系，Fondazione irccs polciclinico policliclinico san Matteo，意大利帕维亚，7种感染性疾病单位，Azeigna soielda soilio-sanitoria teroritoria nienitoria espritoria（Asst）Inferania nigaranynigalano nigarandano nigarandano， Fondazione Irccs Ca'Granda Ospedale Maggiore Policlinico，米兰大学，意大利米兰大学，意大利米兰大学病理生理学和移植学系9，意大利米兰大学，米兰大学，手术，外科手术，诊断，诊断和儿科科学，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，PAVIA，ITALIA，/DIV>
使用 dpy-10 Co-CRISPR 筛选标记和组装的核糖核蛋白复合物对 C. elegans rbm-3.2 基因进行 CRISPR/Cas9 编辑。
使用 dpy-10 Co-CRISPR 筛选标记和组装的核糖核蛋白复合物对 C. elegans rbm-3.2 基因进行 CRISPR/Cas9 编辑。
通过基因打靶和随后的单链退火介导的标记基因切除，在植物中对 miRNA 靶位进行精确的基因组编辑
基因打靶 (GT) 能够使用供体 DNA 作为模板进行精确的基因组修饰（例如，引入碱基替换）。结合用于选择 GT 细胞的选择标记的干净切除，GT 有望成为一种标准的、普遍适用的碱基编辑系统。之前，我们展示了通过 piggyBac 转座子从水稻中 GT 修饰的位点进行标记切除。然而，piggyBac 介导的标记切除的局限性在于它只能识别 TTAA 序列。最近，我们提出了一种新颖的通用精确基因组编辑系统，该系统由 GT 和随后的单链退火 (SSA) 介导的标记切除组成，原则上不受靶序列的限制。在本研究中，我们将碱基替换引入了 OsCly1 基因的 microRNA miR172 靶位点，OsCly1 基因是参与闭花授粉开花的大麦 Cleistogamy1 基因的直系同源物。为确保有效的 SSA，GT 载体在选择标记的两端都含有 1.2 kb 的重叠序列。使用带有重叠序列的载体进行正负选择介导的 GT 的频率与使用不带重叠序列的 piggyBac 介导的标记切除载体的频率相当，在 T 0 代中，SSA 介导的标记切除频率计算为 ∼ 40%。这个频率被认为足以产生无标记细胞，尽管它低于使用 piggyBac 介导的标记切除的频率（接近 100%）。到目前为止，使用碱基编辑器和基于 CRISPR/Cas9 的 prime 编辑系统在目标基因的不连续多个碱基中引入精确替换已经相当困难。在这里，利用 GT 和我们的 SSA 介导的标记切除系统，我们成功地在 OsCly1 基因的 miR172 靶位点上不仅实现了单个碱基的精确替换，而且还实现了人工不连续的多个碱基的精确替换。