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APC中的免疫景观和TP53与结肠腺癌中相关的肿瘤微环境：生物信息学分析
简介：APC和TP53是结肠腺癌（COAD）中最常规突变的两个基因，尤其是在进行性恶性肿瘤和抗肿瘤免疫反应中。当前的生物信息学分析研究结肠腺癌中的APC和TP53基因表达谱是生存的预后特征，尤其是集中在相关的免疫微环境上。方法：分别从癌症癌和正常组织样品的临床和遗传数据中获得了癌症基因组图集（TCGA）-COAD和基因型 - 组织表达（GTEX）在线数据库。通过单向方差分析测试在两组中分析了遗传差异表达。kaplan - 使用Meier存活曲线来估计总生存率（OS）。p <0.05在统计学上是显着的。通过Spearman的相关分析评估了免疫细胞募集与APC和TP53状态之间的链接数据库的基因表达互动分析数据库。结果：在66.74％和85.71％的454和755.71％的APC和TP53中，分别在结肠和直肠连接原位位点中的454例和7例TCGA-COAD患者，与GTEX组相比，较高的log2转录组每百万读物（318个样本中）和368样品中的318个样本）。生存曲线显示，高APC和TP53轮廓结肠的OS较差。结论：APC和TP53基因突变在结肠癌中占上风，并且与预后不良和最短生存期非常相关。Spearman对免疫细胞的分析表明，APC状态与T细胞CD4Þ，T细胞CD8Þ，NK细胞和巨噬细胞的结构之间存在很强的正相关性，并且状态与T细胞CD4Þ，T细胞CD8的状态与施用之间的正相关。浸润的T细胞CD4Þ，T细胞CD8，NK细胞和巨噬细胞填充结肠微环境，并调节肿瘤进步，免疫逃避和对标准化学疗法的敏感性的机制。需要更全面的研究来证明这些结果并将其变成新的治疗前景。
大量未经选择的转移性结直肠癌的分子特征与
摘要背景：我们已经报道，在基于人群的转移性结直肠癌 (mCRC) 患者队列中，BRAF V600E 突变和微卫星不稳定性高 (MSI-H) 比临床试验或医院患者组报告的更为普遍。目的是探索 mCRC 中的其他突变在这些队列中在错配修复状态和原发肿瘤位置方面的流行率是否不同，以及骨或脑转移的存在是否与任何突变有关。材料和方法：使用来自斯堪的纳维亚半岛三个地区的 798 名 mCRC 患者的人群队列。在定制设计的 Ampliseq 热点面板中研究了 44 种癌症相关基因。使用 Kaplan - Meier 估计量和 Cox 回归分析分析了生存期的差异。结果：在 449/501 名患者中可以确定 40/44 个基因的突变。除了 19% 的肿瘤中出现的 BRAF V600E 外，其他任何突变似乎都没有比试验队列中更普遍的。8% 的肿瘤中出现的 BRAF V600E 和 MSI-H 与不良预后有关，右侧原发肿瘤位置 (39%) 与左侧和直肠相比也与不良预后有关；然而，在多变量回归中，只有 BRAF 突变保留了其统计意义。没有其他突变与不良预后相关。如果在诊断时存在骨转移，则 ERBB2 改变更为常见（17% vs. 4%，p = .011）。未发现与脑转移有关。52% 的患者出现改变，可以通过 FDA 批准的靶向疗法治疗，主要是通过 EGFR 抑制剂治疗 RAS 野生型，以及通过检查点抑制剂治疗 MSI-H 肿瘤。结论：肿瘤位于右侧、存在 BRAF V600E 突变（但没有其他研究突变）和 MSI-H 在未经选择的队列中比临床患者队列中报告的更常见，可能是因为它们表明预后不良。一半患者的肿瘤可使用 FDA 已批准的针对 mCRC 的靶向药物治疗。
急性心力衰竭住院后的一年重新住院和死亡率：竞争风险分析
抽象的目标是确定在现实世界中急性心力衰竭（AHF）出院后独立预测重新住院和死亡的风险的因素，考虑到没有重新住宿的死亡是竞争事件的死亡。方法单中心，回顾性，观察性研究，招募了394名从指数AHF住院的患者。使用Kaplan-Meier和Cox回归模型评估了总体生存。为了重新寄养的风险，考虑了竞争风险的生存分析：重新培育是感兴趣的事件，而没有再生的死亡是竞争事件。在出院后的第一年结果，AHF的131例（33.3％）患者被重新住院，67例（17.0％）死亡而没有被重新入院；其余的196例患者（49.7％）没有进一步住院。1年的总生存估计为0.71（SE = 0.02）。调整性别，年龄和左心室射血分数后，结果表明，痴呆症患者的死亡风险较高，血浆肌酐水平较高（PCR），较低水平的血小板分布宽度（PDW）和红细胞分布宽度（RDW）的Q4。多变量模型表明，心房颤动，更高的PCR或在出院时服用β受体阻滞剂的患者重新住院的风险增加。此外，男性，没有AHF复选的死亡风险更高，年龄≥80岁，入院时Q4时患有痴呆症患者或RDW患者（与Q1相比）。将β受体阻滞剂带出院时，入院时具有较高的PDW，降低了死亡的风险而没有再生。结论在评估重新建立作为研究终点时，在分析中，应视为竞争性事件。这项研究的数据表明，心房颤动，肾功能障碍或β受体阻滞剂的患者更有可能被AHF重新住院，而患有痴呆症或高RDW的老年男性在没有住院的情况下更容易死亡。
免疫检查点抑制剂期间的甲状腺功能障碍症与成人癌症的总体生存率提高有关：1385个电子患者记录的数据挖掘
抽象背景性肌动育症（DT）是免疫检查点抑制剂（ICIS）的常见毒性，先前的工作表明甲状腺功能障碍（DT）可能与ICI功效有关。在这项回顾性研究中，使用了一种新一代数据挖掘解决方案的患者和方法，从而从在法国Marseille Institut Paoli-Comaltes（法国马赛）接受ICI治疗的成人癌症患者的电子记录中提取数据。验证了每个DT，并且仅保留ICI诱导的DT。生存分析是通过Kaplan-Meier方法（日志秩检验）和COX模型进行的。为了说明不朽的时间偏差，进行了有条件的地标分析（2个月零6个月），以及随时间变化的COX模型。结果数据提取确定了1385例在2011年至2021年间接受ICI治疗的患者。dt与提高总生存期（OS）（HR 0.46，（95％CI 0.33至0.65），p <0.001），在非DT组（NDT）中，DT组为15.4个月的中位OS为35.3个月。在NDT组中，使用6个月的地标分析，中位数为36.7个月（95％CI 29.4（95％CI 22.8至27.8），DT的生存影响是一致的。在多元分析中，DT与改进的OS独立相关（HR 0.49，95％CI 0.35至0.69，p = 0.001）。在随时间变化的COX模型进行调整后，该关联保持显着（调整后的HR 0.64，95％CI 0.45至0.90，p = 0.010）。此外，与隔离DT患者相比，DT患者和其他免疫相关的不良事件的中位OS分别为38.8个月和21.4个月，OS增加了OS。结论数据挖掘确定了大量ICI诱导的DT患者，这与OS改善有关，占不朽的时间偏差。
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据报道，在表型表现，疾病轨迹和银屑病关节炎（PSA）的治疗反应中的抽象背景差异已有报道。然而，有针对性疗法的类别是否会差异地影响患有PSA的男性和女性。目的评估性别对PSA中每类靶向疗法的长期持久性的影响。方法这项全国人群研究涉及与医院出院数据库有关的法国健康保险计划的行政医疗保健数据库。我们包括所有具有PSA的成年人，他们是2015 - 2021年期间有针对性疗法的新用户（不是在指数日期之前的一年），并在研究期间研究了所有治疗线。持久性被定义为从治疗开始到中断的时间，并通过Kaplan-Meier方法估算。性别对持久性的比较涉及多变量脆弱模型，这些模型具有常规的合成疾病调节抗疾病药物，而泼尼松作为时间依赖性变量。结果我们包括14名PSA患者，他们是针对性疗法的新用户：8475（57％）女性（平均年龄50±13岁； 15 831条线），6303（43％）（43％）（平均年龄51±13岁； 10 488行）。总体而言，女性的1年持久性为52％，男性为62％，在3年中分别为27％和39％。结论对女性的治疗持续性低于TNFI和IL17i的男性，但对于IL12/23i，IL23i或Jaki而言，治疗持续性不高。调整后，对于肿瘤坏死因子抑制剂（TNFI）（调整后的HR（HR A）1.4，99％CI 1.3至1.5）和白介素17抑制剂（IL17i）（IL17i）（IL17i）（HR A 1.2，99％1.1至1.1至1.3），但NOT IL ILIL ILIL（HR A 1.3），但IL112-9％（HR A 1.3），但IL112-9％（HR A），的持久性低于男性（TNFI）（TNFI）（TNFI）（TNFI）的持久性低。 1.3），IL23i（HR A 1.1，99％CI 0.7至1.5）或Janus激酶抑制剂（JAKI）（HR A 1.2，99％CI 0.9至1.6）。的持久性低于男性（TNFI）（TNFI）（TNFI）（TNFI）的持久性低。 1.3），IL23i（HR A 1.1，99％CI 0.7至1.5）或Janus激酶抑制剂（JAKI）（HR A 1.2，99％CI 0.9至1.6）。
原创研究通过深度学习 AI 对恶性胸膜间皮瘤进行全自动体积测量：验证并与修改后的 RECIST 反应标准进行比较
摘要背景在恶性胸膜间皮瘤 (MPM) 中，复杂的肿瘤形态导致放射学反应评估不一致。有前景的体积方法需要自动化才能实用。为此，我们开发了一个全自动卷积神经网络 (CNN)，进行了盲法验证，并比较了 CNN 和人类对化疗患者的反应分类和生存预测。方法在一项多中心回顾性队列研究中；183 个 CT 数据集被分为训练和内部验证（123 个数据集（80 个完全注释）；108 名患者；1 个中心）和外部验证（60 个数据集（全部完全注释）；30 名患者；3 个中心）。使用详细的手动注释来训练使用二维 U-Net 架构的 CNN。使用相关性、Bland-Altman 和 Dice 一致性来评估 CNN 性能。体积反应/进展定义为≤30%/≥20% 的变化，并通过 Cohen 的 kappa 与修改后的实体肿瘤反应评估标准 (mRECIST) 进行比较。使用 Kaplan-Meier 方法评估生存率。结果人类和人工智能 (AI) 的体积呈高度相关性 (验证集 r=0.851，p<0.0001)。一致性很强 (验证集平均偏差 +31 cm 3 (p=0.182)，95% 限制 345 至 +407 cm 3 )。偶尔出现的 AI 分割错误 (4/60 验证病例) 与裂隙肿瘤、对侧胸膜增厚和邻近肺不张有关。在 20/30 (67%) 验证病例中，人类和 AI 体积反应一致 κ =0.439 (0.178 至 0.700)。 AI 和 mRECIST 在 16/30 (55%) 验证案例中一致 κ =0.284 (0.026 至 0.543)。较高的基线肿瘤体积与较短的生存期相关。结论我们已经开发并验证了第一个用于体积 MPM 分割的全自动 CNN。通过用形态学上具有挑战性的特征丰富未来的训练集，CNN 性能可能会进一步提高。体积反应阈值需要在未来的研究中进一步校准。
使用综合生物信息学分析
摘要引入核糖核苷酸还原酶（RR）亚基基因（RRM1，RRM2和RRM2B）表达的失调与各种人类恶性肿瘤的发生有关。然而，肺腺癌（LUAD）患者RR亚基基因表达的预后值仍然有争议。目的本研究旨在分析LUAD中RR亚基基因的表达谱，预后值和免疫浸润关联，以探索RR亚基基因表达在肺腺癌患者的预后中是否具有价值。方法论，我们使用多个搜索引擎访问多个在线生物信息学数据库，包括oncomine，Timer，Gepia，Kaplan -Meier Plotter，Prognoscan，Human Protein Atlas，MD Anderson Cancer Center，UCSC Xena，UCSC Xena，Cbioftal，Cbioftal，Cbioftal，TCGA，TCGA，GEO，GEO，DAVID和String Databases。结果研究发现，RRM1和RRM2可能是治疗LUAD的有吸引力的靶标，而RRM2B在LUAD中表达下来（P <0.05）。研究还发现，TCGA和GEO数据库中LUAD患者的预后不良，RRM1或RRM2表达较低，表明LUAD患者的预后不良（P <0.05）。此外，我们的结果表明，RR亚基基因表达具有不同的特征，并具有免疫浸润，RRM2B几乎与CD4+ T细胞以外的几乎所有浸润的免疫细胞具有轻微但显着的正相关性（所有P <0.05）。结论研究结果表明，RR亚基基因可能是LUAD患者的预后标志和治疗靶标。关键字：生物信息学分析；生物标志物；核糖核苷酸还原酶亚基基因；肺腺癌此外，通过对RR亚基基因的共表达基因网络分析，我们发现，五个新的中心基因（PLK1，Aurka，CDCA8，TTK和CDC45）与RRM1和RRM2的表达与RRM2B的表达差异较低，与RRM2B的表达相关的差异与RRM2B的表达差异很高，并且与这些五型HA的表达相关，并与RRM2B的表达差异很高，并显着阳性地相关。患者（p <0.05）。
长期培养的口服粘膜上皮移植，用于慢性囊肿疾病中的前虫重建
抽象背景/旨在研究培养的口腔粘膜上皮移植（彗星）的长期结局，以在患有慢性囊肿性疾病的眼睛中进行延伸。方法这项回顾性队列研究涉及16例接受Symblepharon彗星释放和FORNIX重建的患者的眼睛，2002年6月至2008年12月之间。平均术后随访期为102.1±46.0个月（范围：32–183个月）。The treated cicatrising disorders included ocular cicatricial pemphigoid (OCP, five eyes), thermal/chemical injury (three eyes) and other chronic diseases (seven eyes; including recurrent pterygium (two eyes), Stevens-Johnson syndrome (one eye) and graft-versus-host disease (one eye)).在手术前，术后1、4、12和24周评估了眼表面的外观，然后根据先前报道的评分系统每年评估。主要结局指标包括通过Kaplan-Meier生存曲线分析的整体和疾病特异性的FORNIX重建成功概率。SymblePharon/Fornix缩短了术后24周的复发及其与长期手术成功的关系。术后5年的结果，平均值±SD总结恢复成功概率为79.6％±10.7％，热/化学损伤的成功概率分别为100％和53.3％±24.8％（p = 0.53，对数范围测试）。在术后24周（13眼）的无疾病复发组中，3年的成功概率明显高于疾病反应组（三只眼睛）（分别为100％和33.3％和33.3％和33.3％±27.2％）（P = 0.0073，对数范围测试）。结论彗星被发现对于慢性囊化的眼睛中的象征性释放和长期洞缩式重建是安全有效的。尽管5年的成功概率差异取决于潜在疾病，但术后24周的眼表面出现是预测长期结局的一个因素。
心力衰竭患者的体重指数和生存率
摘要 目的 对于心力衰竭 (HF) 患者来说，较高的体重指数 (BMI) 与更好的预后相关（“肥胖悖论”），但在长期随访中，社区人群中的证据有限。我们旨在研究大型初级保健队列中 BMI 与 HF 患者长期生存之间的关联。方法 我们从临床实践研究数据链 (2000-2017) 中纳入了年龄≥45岁的 HF 患者。我们使用 Kaplan-Meier 曲线、Cox 回归和惩罚样条方法来评估基于 WHO 分类的诊断前 BMI 与全因死亡率之间的关联。结果 共有 47 531 名 HF 患者（中位年龄 78.0 岁（IQR 70–84），45.8% 为女性，79.0% 为白种人，中位 BMI 27.1（IQR 23.9–31.0））且有 25 013 名（52.6%）在随访期间死亡。与健康体重相比，超重（HR 0.78，95% CI 0.75 至 0.81，风险差异 (RD) -4.1%）、I 级肥胖（HR 0.76，95% CI 0.73 至 0.80，RD -4.5%）和 II 级肥胖（HR 0.76，95% CI 0.71 至 0.81，RD -4.5%）的人死亡风险降低，而体重过轻的人风险增加（HR 1.59，95% CI 1.45 至 1.75，RD 11.2%）。在体重过轻的人群中，男性的风险高于女性（交互作用 p 值=0.02）。与超重相比，III 级肥胖与全因死亡风险增加相关（HR 1.23，95% CI 1.17 至 1.29）。结论 BMI 与长期全因死亡率之间的 U 型关系表明，初级保健中 HF 患者可能需要采用个性化方法来确定最佳体重。体重过轻的人预后最差，应被视为高风险人群。
单核细胞中Pd-1相似性基因的存在可能...
抽象引入的介绍，通过生物信息信息分析，在1型糖尿病（T1DM）患者中与程序性细胞死亡蛋白-1（PD-1）共享顺序和结构相似性的相应基因。研究设计和方法在人类蛋白序列数据库中筛选所有具有免疫球蛋白V-stet结构域的蛋白质，并在基因序列数据库中获得了相应的基因。GSE154609，其中包含来自T1DM和健康对照患者的外周血CD14+单核细胞样品。差异结果和相似基因相交。基因和基因组途径的基因本体论和京都百科全书的分析用于使用R套件“群集剖面”来预测潜在功能。使用t检验，在癌症基因组胰腺癌数据集和GTEX数据库中分析了相交基因的表达差异。使用Kaplan-erier生存分析分析了胰腺癌患者的整体生存和无疾病进展之间的相关性。结果2068具有免疫球蛋白V-stet结构域的蛋白质类似于PD-1和307相应的基因。1705与健康对照组相比，T1DM患者上调差异表达的基因（DEG）和1335个下调的DEG。总共21个基因与307 Pd-1相似性基因重叠，其中7个上调和14个下调。，胰腺癌患者的13个基因的mRNA水平显着增加。肌瘤3和HHLA2的高表达与胰腺癌患者的总体存活率较短显着相关，而FGFRL1，CD274和SPEG的高表达与胰腺癌患者的无病无病生存率显着相关。 结论的结论基因编码与PD-1相似的免疫球蛋白V-stet结构域可能有助于T1DM的发生。 这些基因，Myom3和SPEG的可能是胰腺癌预后的潜在生物标志物。肌瘤3和HHLA2的高表达与胰腺癌患者的总体存活率较短显着相关，而FGFRL1，CD274和SPEG的高表达与胰腺癌患者的无病无病生存率显着相关。结论的结论基因编码与PD-1相似的免疫球蛋白V-stet结构域可能有助于T1DM的发生。可能是胰腺癌预后的潜在生物标志物。