摘要。DNA测序数据的指数增长需要用于新颖的空间算法以进行压缩和搜索。状态的方法通常使用𝑘-Merization进行数据令牌化,但有效地表示和查询𝑘-MER集仍然是一个重要的生物敏化挑战。我们最近的工作介绍了掩盖超弦的概念,该概念紧凑地表示𝑘 -mer集,而无需依赖常见的结构假设。但是,蒙版SuperSrins在设定操作和会员查询中的适用性仍在打开。在这里,我们开发了𝑓屏蔽的SuperString框架,该框架集成了删除功能𝑓,从而通过串联启用有效的𝑘 -MER设置操作。结合了FM索引的量身定制版本,该框架为𝑘mer集提供了多功能,紧凑的数据结构。我们证明了它在FMSI程序中的有效性,与领先的单个𝑘-Mer-mer-set索引方法(如SSHASH和SBWT)相比,在细菌泛基因组上进行评估时,该程序将空间效率提高1.4至4.5。总的来说,我们的工作突出了𝑓屏蔽的超串将其作为用于𝑘mer集的多功能基本数据类型的潜力。
《月度能源评论》 (MER) 是美国能源信息署 (EIA) 发布的近期和历史美国能源统计数据的主要报告。其中包括能源总产量、消耗量、库存、贸易和能源价格的统计数据;石油、天然气、煤炭、电力、核能和可再生能源概况;二氧化碳排放量;以及数据单位转换。发布 MER 符合公共法 95-91(能源部组织法)赋予 EIA 的职责,该法第 205(a)(2) 条部分规定:“管理者应负责执行一个中央、全面和统一的能源数据和信息计划,该计划将收集、评估、汇总、分析和传播数据和信息……”MER 供国会议员、联邦和州机构、能源分析师和普通公众使用。EIA 欢迎读者就 MER 内容和其他 EIA 出版物提出建议。相关月刊:其他 EIA 月刊包括《石油供应月刊》、《石油营销月刊》、《天然气月刊》和《电力月刊》。如需更多信息,请通过电子邮件 infoctr@eia.gov 联系 EIA 通讯办公室。
动机:最小化概念是序列草图的数据结构。标准规范最小化器通过根据预定义的选择方案同时比较窗口中的前向和反向k -mers从给定的DNA序列中选择K -MER的子集。它通过序列分析(例如读取映射和组装)广泛使用。k -mer密度,k- mer重复性(例如k -mer偏差)和计算效率是最小化选择方案的三个关键测量值。尽管最小化变体之间存在权衡。通用,有效和高效始终是高性能最小化算法的要求。结果:我们提出了一个简单的最小化操作员,作为标准规范最小化器的改进。只需要几个操作即可计算。但是,它可以提高K -Mer重复性,尤其是对于词典秩序。它适用于总订单的其他选择方案(例如随机订单)。它在计算上是有效的,密度接近标准最小化器的密度。精制的最小化器可能会受益于高性能应用程序,例如binning和读取映射。可用性和实施:本工作中基准的源代码可在GitHub存储库中获得https://github.com/xp3i4/mini_benchmark联系人联系:
abtract。Platycladus Orientalis是中国北部和西北部干旱山脉的造林项目中使用的主要物种之一,这意味着该物种具有较高的生态和经济价值。研究其遗传多样性并获得核心种质碱和遗传纤维识别数据对于该物种的筛查,发育和利用至关重要。这可以为生殖资源的保存和评估和采矿提供核心材料,并可以为育种计划提供卓越的基因资源。在这项研究中,使用简单的序列重复(SSR)标记检查了104 P. Orientalis种质资源之间的遗传多样性,并构建了一个含有31个加入的核心种质,代表了Orientailis P.erientalis辅助的遗传多样性。20对底漆中的每一个显示出多态性,并鉴定出117个等位基因。每个基因座的平均等位基因数为6,平均有效等位基因编号为2.607。平均香农的信息指数为0.983,平均多态性信息含量为0.445。因此,在疟原虫种质中存在显着量的遗传变异,产生了丰富的遗传多样性。构建的核种质占原始种质的30%。核心种质和原始种质资源之间的遗传多样性没有显着差异,这表明获得的核心种质资源可以完全代表原始的生殖。结果表明98个具有特定的DNA纤维打印。使用17个具有高多态性的SSR引物,构建了104 P. Orientalis种质资源的DNA纤维。这项研究的结果为Orientalis Pereptalis种质资源的收集,保存和利用提供了宝贵的基础,而本研究中采用的方法对于建造其他多年生木本植物的核心种质具有重要的参考价值。
a。在计划中显示所需的代码和设备维护的间隙。b。找到设备,阀门和其他组件,以便容易访问服务。c。在计划中识别从每个MER到建筑物外部的最大设备或组件的拆卸路径。拆除路径不应需要拆除门,墙壁或其他永久建筑物的建筑。d。提供门或可移动面板,以从MER到建筑物的外部拆除最大的设备或组件。e。必须通过标准的出口楼梯或电梯进入MER和顶层公寓。船上的梯子是不可接受的。f。提供将设备从MER拆除到建筑物等级的规定。如果不可用直接电梯通道,请提供一种使用电梯访问地板的方法,或提供其他从建筑物中拆除的替代方法。对于顶层公寓的屋顶安装设备或设备,必须考虑将设备从屋顶上拾取设备并降低坡度。g。为所有地板安装的机械设备提供混凝土管家垫。
组蛋白去乙酰化酶 (HDAC) 是一类锌 (Zn) 依赖性金属酶,负责表观遗传修饰。HDAC 主要与在 DNA 水平上调节基因表达的组蛋白有关。这种严格的调节由组蛋白和非组蛋白的乙酰化 [通过组蛋白乙酰转移酶 (HAT)] 和去乙酰化 (通过 HDAC) 控制,这些蛋白会改变 DNA 的卷曲状态,从而影响基因表达作为下游效应。在过去的二十年里,HDAC 得到了广泛的研究,并被应用于一系列疾病,其中 HDAC 失调与疾病的出现和进展密切相关 - 最突出的是癌症、神经退行性疾病、艾滋病毒和炎症性疾病。HDAC 作为这些生化途径的调节剂参与其中,使其成为一个有吸引力的治疗靶点。本综述总结了为创造 HDAC 抑制剂 (HDACis),特别是 I 类 HDAC 而做出的药物开发努力,重点关注这些抑制剂的药物化学、结构设计和药理学方面。
DNA测序数据的指数增长需要有效的解决方案,以存储和查询大规模𝑘 -MER集。虽然最近的索引方法使用频谱的弦乐集(SPS),全文索引或哈希,但它们通常会施加结构性约束或需求广泛的参数调整,从而限制了其在不同数据集和数据类型上的可用性。在这里,我们提出了FMSI,这是一种最小的参数,高度空间效率的成员索引和压缩字典,用于任意𝑘 -MER集。fmsi将近似最短的超级弦与蒙面的洞穴 - 轮毂变换(MBWT)结合在一起。与传统方法不同,FMSI在没有预定义的假设上进行操作,而对𝑘 -mer重叠模式则可以利用它们。我们证明,与第二好的竞争对手相比,FMSI比SSHASH,SBWT和CBL等已建立的索引提供了卓越的存储效率,其空间节省最高为2-3倍,具体取决于数据集,𝑘 -MER大小,采样,采样和基因组复杂性,同时支持快速成员和词典成员和义务质量。总体而言,这项工作将基于超弦的索引作为基因组数据的高度通用,灵活且可扩展的方法,并在Pangenomics,宏基因组学和大规模基因组数据库中进行了直接应用。
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2023 年 11 月 15 日 — 陆军已与 CHRA (MER POC) 达成协议,但尚未实施。该计划已在当地设施层面实施,并且……