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细菌作为古环境代理：洞穴更新世profile
摘要。洞穴是众所周知的档案，可保留有关过去的有价值信息，与重建过去的气候和环境有关。我们从480厘米深的研究中采样了沉积物，并取消了16S核糖体核糖酸（RRNA）基因基因的元法编码分析，以补充岩性伐木，SECIMEN-TOLOGY，SEDIMEN-TOLOGY和OPTIMALIGHATION刺激性刺激的发光（OSL）数据。这些分析揭示了与各种水输入沿沿本的沉积条件。沉积物的OSL年龄放置在74.7±12.3至56±8 ka（基部至顶部）之间。然而，在洞穴的上部和下层中可能发生了最近的最后一次冰川最大（LGM）古流量。细菌的位置都随深度变化。考虑到嗜热细菌，我们只能从热硫弹簧，旧热弹簧或Sapropel沉积物的表面上假设它们的起源。
生物电化学反应器中对比浅海热液环境中电营养微生物的富集
结果：在碱性样品中，在 Prony 热液条件下（pH 10，30–75 °C）运行 6 天的 15 个反应器中均未观察到电流增加。相比之下，在 Panarea 热液条件下（pH 4.5–7，75 °C）运行的反应器中平均观察到 6 倍的增加。多因素分析显示，这些反应器的整体生物电化学性能使它们有别于所有其他 Panarea 和 Prony 条件，这不仅是因为它们具有更高的电流产量，还因为它们具有古细菌丰度（通过 qPCR 测量）。大多数反应器产生有机酸（6 天内高达 2.9 mM）。尽管如此，库仑效率表明这可能是由于培养基中微量酵母提取物的（电）发酵而不是 CO 2 固定。最后，通过 16S 宏条形码和排序方法描述了微生物群落，并确定了潜在的电营养类群。在帕纳雷亚反应堆中，较高的生长与一些细菌属有关，主要是芽孢杆菌和假交替单胞菌，其中前者在较高温度下（55°C 和 75°C）生长。在重现普罗尼湾热液条件的反应堆中，已知的兼性甲基营养菌，如鞘氨醇单胞菌和甲基杆菌占主导地位，似乎消耗甲酸盐（作为碳源），但不消耗来自阴极的电子。
ⅲ– 4 ．环境 dna：水产业の観点から...
1）Taberlet P，Coissac E，Hajibabaei M，Rieseberg LH。环境DNA。环境。DNA 2012; 21：1789 - 1793。2）Yamamoto S，Masuda R，Sato Y，Sado T，Araki H，Kondoh M，Minamoto T，Miya M.环境DNA Metabarcoding揭示了富裕的沿海海中的当地鱼类社区。SCI。 REP。 2017; 7：40368。 3 ） Minegishi Y, Wong MKS, Nakao M, Nishibe Y, Tachibana A, Kim YJ, Hyodo S. Species-specific pat- terns in spatio-temporal dynamics of juvenile chum salmon and their zooplankton prey in Otsuchi Bay, Ja- pan, revealed by simultaneous eDNA quantification of diverse taxa from the same water samples. 鱼。 Oceanogr。 2023; 32：311 - 326。 4）Yamanaka H，MinamotoT。鱼类环境DNA作为确定栖息地连通性的有效方法。 ecol。 指示。 2016; 62：147 - 153。 5） 3月 ecol。 prog。 ser。 2019; 609：187 - 196。SCI。REP。 2017; 7：40368。 3 ） Minegishi Y, Wong MKS, Nakao M, Nishibe Y, Tachibana A, Kim YJ, Hyodo S. Species-specific pat- terns in spatio-temporal dynamics of juvenile chum salmon and their zooplankton prey in Otsuchi Bay, Ja- pan, revealed by simultaneous eDNA quantification of diverse taxa from the same water samples. 鱼。 Oceanogr。 2023; 32：311 - 326。 4）Yamanaka H，MinamotoT。鱼类环境DNA作为确定栖息地连通性的有效方法。 ecol。 指示。 2016; 62：147 - 153。 5） 3月 ecol。 prog。 ser。 2019; 609：187 - 196。REP。2017; 7：40368。3 ） Minegishi Y, Wong MKS, Nakao M, Nishibe Y, Tachibana A, Kim YJ, Hyodo S. Species-specific pat- terns in spatio-temporal dynamics of juvenile chum salmon and their zooplankton prey in Otsuchi Bay, Ja- pan, revealed by simultaneous eDNA quantification of diverse taxa from the same water samples.鱼。Oceanogr。 2023; 32：311 - 326。 4）Yamanaka H，MinamotoT。鱼类环境DNA作为确定栖息地连通性的有效方法。 ecol。 指示。 2016; 62：147 - 153。 5） 3月 ecol。 prog。 ser。 2019; 609：187 - 196。Oceanogr。2023; 32：311 - 326。4）Yamanaka H，MinamotoT。鱼类环境DNA作为确定栖息地连通性的有效方法。ecol。指示。2016; 62：147 - 153。5）3月ecol。prog。ser。2019; 609：187 - 196。
鸟类肺Mycobiome：肺摄入群落的系统发育和生态驱动因素及其潜在病原体
脊椎动物肺部包含多种微生物群落，但鲜为人知的是社区组成或其对健康的后果的原因。肺微生物组组装，例如分散，协同进化和宿主开关。然而，肺微生物组的比较调查很少，特别是对于真菌成分，是mycobiome。区分真菌分类群是通才或专业共生体，潜在的病原体或偶然吸入的孢子，这是迫切的，因为有很高的新兴疾病潜力。在这里，我们提供了禽肺菌落体的第一个特征，并测试了环境，系统发育和功能性状的相对影响。我们使用了195个肺样本中的元法编码和培养，代表20个家庭中的32种鸟类。我们确定了532个真菌分类群（Zotus），其中包括许多机会病原体。这些主要由门comycota（79％）组成，其次是basidiomycota（16％）和粘膜瘤（5％）。酵母和类似酵母菌的类群（Malassezia，Filobasidium，saccharomyces，Meyerozyma和Aureobasidium）和丝状真菌（cladosporium，cladosporium，externaria，neurospora，fusarium和spergillus）很丰富。肺Mycobiomes受环境暴露的强烈影响，并通过宿主身份，性状和系统发育亲和力进一步调节。我们的结果暗示了迁移性鸟类作为机会性致病真菌的长距离传播的潜在向量。
流浪鲸的示例
水的环境DNA（EDNA）抽样是对水生动物物种进行综合和无创监测的强大方法。但是，很少有关于其应用于鲸类物种的报道。2021年6月29日，一条鲸鱼（绰号为小）出现在中国广东省的Dapeng Bay。我们使用EDNA技术来获取与该鲸鱼有关的信息（例如，物种识别和食物来源），并追踪其可能的起源。四个鲸鱼线粒体序列（12S rDNA，16S rDNA，细胞色素C氧化酶亚基1和对照区）的片段是从Dapeng Bay收集的Edna的扩增子获得的；序列条形码表明这是伊甸园的鲸鱼（Balaenoptera Edeni Edeni Anderson 1879）。Analysis of potential prey species (PPS) suggested that this whale might enter Dapeng Bay while tracking prey, mainly sardines ( Sardinella lemuru , Sardinella gibbosa and Sardinella jussieui ) and anchovies ( Thryssa dussumieri , Thryssa vitrirostris and Thryssa kammalensis ).从与Dapeng Bay相邻的水域中收集的样品中检索Edna Metabarcoding数据（即Lingding Bay和Daya Bay）透露，伊甸园的鲸鱼出现在Dapeng Bay（2021年4月上旬）出现前2个月前出现在Lingding Bay外面。总体而言，这项研究表明，EDNA是一种非常有效的非侵入性调查方法，用于准确鉴定目标鲸类和猎物成分。它可用于监视受严格法律保护的Megafauna，或者用于监视未知条件的Megafauna。
使用环境DNA可以更好地告知围绕近海石油和天然气基础设施退役替代方案的决策
人造礁被全球用于帮助自然资源管理，保护，恢复或创造独特的海洋栖息地。讨论了人造礁的最佳建筑材料和设计，对生物社区的影响以及由此产生的生态和社会益处的讨论。本讨论还包括重新利用的海洋基础设施的生态价值，例如退役的石油和天然气平台。平台通常具有数十年的运营寿命，在这时他们可以开发广泛而独特的社区组合。通过重新利用石油和天然气平台来创建人造礁石可以具有生态，经济和社会学优点。但是，由于需要在全球范围内退役的12,000个平台，因此需要对与这些平台相关的生物社区进行整体评估，以告知不同退役方案的潜在结果。我们在泰国湾（GOT）的八个平台和附近的五个软泥沙栖息地位置，使用水，生物量和沉积物样品的环境DNA元法统计（EDNA）来普查。我们在平台上（浅，中，深，深，深，深，深，深）采样了三个目标深度，并在平台上检测到430个分类单元，与中（30 m收集深度； 261个分类群）和
平原和格雷维的斑马的胃肠道线虫
均衡性被长期感染了寄生虫线虫。有关于马势力的丰富文献，但是它们很难在形态学上识别出关于感染其他等均等物种的强叶的遗传研究很少，这阻碍了对宿主特异性的研究。，我们对肯尼亚中部两个同胞斑马种的蠕虫进行了排序，以扩大强烈的系统发育，并使用对粪便样品上的DNA metabarcodode进行了遗传表征斑马nemabiomes的遗传表征。我们生成了新的与公共遗传参考数据库的几种物种的序列，所有这些物种都是野生斑马中的典型强人（即，三种cylopharynx和Cyathostomum montgomeryi），并确定了其最亲密的亲戚。我们还发现了一种明显的真菌感染了四分之一的被驱逐的crossocepephalus viviparus蠕虫，这是Atractidae家族中的过度生物线虫物种，暗示了Zebra宿主 - 寄生虫动力学可能涉及Zebra-parasite动力学的可能性。这两个斑马物种具有类似的五个斑马生物。我们在它们所携带的线虫物种列表中发现了一个完全重叠的重叠，并且针对不同线虫物种非常相似的患病率（即受感染的宿主的比例）。我们的研究表明，斑马强的宿主特异性有限，并且在平原斑马和濒危的格雷维（Grevy）的斑马之间进行跨跨任务的高潜力。
探索对比鲜明的热带森林，树组织和发育阶段
真菌内生菌在热带森林动力学中起着关键作用，通过生长刺激，疾病抑制，胁迫耐受性和营养动员而影响植物的影响。这项研究研究了热带植物中内生菌社区的区域，叶片发育阶段和组织类型的影响。年轻和成熟的叶子是从47种荒谬的物种中收集的，来自23种的sapwood，哥斯达黎加的高果实和瓜纳卡斯特的旧生长森林。真菌多样性和组成是通过对ITS2 nrDNA区域的质量编码进行评估的。最识别的ASV距离门comycota。diver命令是botryosphaeriales和glomerellales sig-nifimpy促进了内生构造的贡献，而无需检测到宿主特异性群落。我们观察到了各个地区的物种丰富度的显着差异，并通过β多样性确定了明显的组成。在成熟的叶组织和幼体叶组织之间没有发现统计学上的显着变化。相比之下，叶子比Sapwood表现出更丰富，更多样化的组合。随着植物在时间和空间中经历了不同的环境，我们的结果可能会因通过个体发育而改变结构和化学性质的影响。鉴于这些真菌对农业和森林生态系统的潜在影响，持续的研究对于辨别宿主，内生物和其他生态机制在明显的定殖模式中的作用至关重要。
组合组学揭示了杜罗葡萄酒产区真菌和细菌的微生物生态位与葡萄酒挥发性特征之间的关联
葡萄酒微生物群落建立了复杂的生态系统，调节香气化合物的形成，但只有少数研究寻求特定微生物与葡萄酒挥发性物质之间的相关性。本研究结合了代谢条形码和代谢组学，以识别与杜罗河标志性地区 3 个著名品种的葡萄酒挥发性特征相关的真菌和细菌微生物生态位。在整个自然发酵过程中，鉴定了三个主要的微生物生态位，并且 Hanseniaspora - Saccharomyces 的演替时间取决于品种。最大的生态位包括 Hansenias pora、Aureobasidium、Alternaria、Rhodotorula、Sporobolomyces、Massilia、Bacillus、Staphylococcus 和 Cutibacterium，它们与 7 种代谢物呈正相关，即乙偶姻、乙酸异戊酯、丙酸乙酯、c-3-己烯醇、苯乙醚和 4-乙基苯酚。发酵酵母S. cerevisiae、Torulaspora delbrueckii和Meyerozyma caribbica与γ-丁内酯、t-威士忌内酯、异戊醇、癸酸乙酯、异丁酸乙酯、琥珀酸二乙酯、异戊酸、4-乙基愈创木酚和4-丙基愈创木酚呈强相关性。 Lachancea quebecensis 与几种致病真菌（青霉菌、白粉病菌、核盘菌、曲霉菌、Mycosphaerella tassiana）和细菌（假单胞菌属、酸拟杆菌、泛菌、Steno trophomonas 和 Enhydrobacter）聚类，与各种单萜醇和降异戊二烯类化合物（包括芳樟醇和 β-紫罗兰酮）呈正相关，此外还与苯甲醇、二乙酰、乙酸异丁酯、乙基香草酸酯和甲基香草酸酯呈正相关。代谢物-微生物群相关性表明品种特异性可能是区域芳香特征的基础。
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作为新热带淡水的面部令人震惊的生物多样性丧失，迫切需要更有效，准确的生物监测工具，而这些工具比传统方法需要更少的分类专业知识。虽然对水或沉积物环境DNA（EDNA）的分析已迅速越来越受欢迎，但越来越多的研究正在研究“天然采样器” - 通过其喂养行为汇总Edna的生物 - 作为生物监测的工具。在这里，我们研究了大型新热带河流中丰富且分布广泛的淡水虾是否可以提供可靠的局部鱼类组合的快照。对虾饮食DNA的多标记元法码分析显示，研究区域的10天库存含量如此之多，而物种是监视计划中常用的基于Gillnet的方法的近三倍。这些有害生物的通才和机会喂养行为允许以大小的大小来检测广泛的物种，包括被传统的基于吉尼特的调查所忽略的小型。此外，由于近乎详尽的条形码参考数据库的可用性，大多数鱼类群都在物种水平上识别出来。随着分子分析的成本和速度继续降低，采样和加工的相对易于性使得该方法特别适合进行快速的生物多样性评估，并检测人类植物干扰的局部生态系统影响，互补观察方法，互补可提供对丰度，生物群，生物群和条件的数据。