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研究人员发明利用 DNA 测序快速检测代谢物的方法
“我们需要测量代谢物，因为它们对我们的健康起着重要作用，但研究如此广泛的分子非常具有挑战性，”这项研究的第一作者、多伦多大学唐纳利细胞和生物分子研究中心的研究员 June Tan 说道。“到目前为止，质谱法一直是测量代谢物水平的黄金标准，但它不像 DNA 测序方法那样方便或快速。我们希望开发一种使用 DNA 测序检测代谢物的方法，以利用这种令人难以置信的测序能力。”
通过其分泌的代谢物揭示枯草芽孢杆菌DSM 29784家禽益生菌的好处：一种体外方法
摘要益生菌枯草芽孢杆菌29784（BS29784）通过生物活性代谢物低黄嘌呤（HPX），烟酸（NIA）（NIA）和Pantothenate（PTH）来维持鸡的肠道健康，从而增强动物的韧性和性能。在这里，使用肠球菌在体外模型中，我们确定了这些代谢产物与肠道弹性的三个支柱之间的功能联系：免疫反应，肠壁和微生物群。我们在体外评估了BS29784营养细胞，孢子和代谢产物的能力，以调节全球免疫调节剂（使用HT-29-NF-κB和HT-29-AP-1报道细胞），肠道完整性），肠道完整性（HT-29-MUC2报道细胞）（HT-29-MUC2报道细胞和CACO-2细胞）以及CACO细胞（CACO-2），以及CACO-2-2。最后，我们使用鸡肉肠含量作为接种，模拟了肠发酵，以确定BS29784代谢产物对微生物群及其发酵型的影响。BS29784营养细胞比孢子更有效地降低了炎症反应，这表明它们的益处与代谢活性有关。为了评估这一假设，我们分别研究了BS29784代谢产物。结果表明，每个代谢产物都有不同的有益作用。pth和niA降低了促炎性途径AP-1和NF-κB的激活。HPX通过增强MUC2表达上调粘蛋白的产生。HPX，NIA和PTH增加了细胞增殖。PTH和HPX通过限制渗透性的增加来提高上皮弹性对炎症挑战。在盲肠发酵中，nia增加了乙酸乙酸盐，HPX增加了丁酸酯，而PTH则增加了乙酸乙酸酯，丁酸酯和丙酸酯。在回肠发酵中，PTH增加了丁酸酯。 所有分子调节菌群，解释了不同的发酵模式。 总的来说，我们证明了BS29784通过其分泌的代谢物在弹性的三条线上作用，从而影响了肠道健康。在回肠发酵中，PTH增加了丁酸酯。所有分子调节菌群，解释了不同的发酵模式。总的来说，我们证明了BS29784通过其分泌的代谢物在弹性的三条线上作用，从而影响了肠道健康。
shot弹枪宏基因组学和全身性靶向代谢组学突出显示吲哚-3-丙酸作为保护性肠道微生物代谢物，抗流感感染
摘要肠道轴在呼吸道感染期间至关重要，包括流感病毒（IAV）感染。在本研究中，我们使用了高分辨率的shot弹枪元基因组学和靶向代谢组学分析来表征小鼠肠道肠道微生物群的组成和元倾斜度中与流感相关的变化。我们观察到7天（d）7天的分类级变化，包括明显减少乳酸杆菌科和双歧杆菌科的成员，以及akkermansia muciniphila的丰度增加。在D14上，某些物种持续存在扰动。宏基因组数据的功能尺度分析揭示了几种代谢途径的短暂变化，尤其是导致短链脂肪酸（SCFA），多胺和色氨酸代谢物的瞬时变化。对血清的定量靶向代谢组学分析揭示了特定类别的肠道微生物群代谢产物的变化，包括SCFAS，三甲胺，多胺和含吲哚的色氨酸代谢物。在D7上观察到吲哚-3-丙酸（IPA）血液水平的明显降低。微生物群相关的代谢产物的变化与分类单元丰度和疾病标志物水平的变化相关。特别是，IPA与一些乳酸杆菌科和双歧杆菌科（limosilactobacillus reuteri，Animalis limosilactobacillus）正相关，并与细菌M7，病毒载量和炎症标志物呈负相关。在患病动物中补充IPA可减少病毒载量，并降低局部（肺）和全身炎症。用靶向IPA产生细菌的抗生素治疗感染前的抗生素，从而增强了病毒载量和肺部炎症，这是补充IPA抑制的作用。这种综合的宏基因组 - 代谢组分分析的结果强调了IPA是导致流感结果的重要因素和潜在的疾病严重性生物标志物。
Synteruptor：非经典专用代谢物基因簇的采矿基因组岛
*应向谁解决。电话：+33 1 69 82 62 48;电子邮件：sylvie.lautru@i2bc.paris-saclay.fr也可以发送给Olivier Lespinet。电话：+33 1 69 82 62 21;电子邮件：olivier.lespinet@i2bc.paris-saclay.fr†前两位作者应被视为联合第一作者。当前的地址：Drago Haas，Biose Industrie，Aurillac 15000，法国。Matthieu Barba，欧洲生物信息学研究所，欣克斯顿CB10 1SD，英国。CláudiaM。Vicente，Genphyse，Toulouse Univer，Inrae，Envt，Castanet-Tolosan，法国。 AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。 Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。 Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。CláudiaM。Vicente，Genphyse，Toulouse Univer，Inrae，Envt，Castanet-Tolosan，法国。AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。 Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。 Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。
https://doi.org/10.1038/s42003-025-07641-8通过饮用水中的微塑料激活肠道代谢物ACSL4/LPCAT3 3
环境污染物[A] pyrene（BAP）通常在环境中发现，微型塑料（MPS）充当BAP的主要载体中生物有机体的主要载体，从而增加了其体内的可用性。然而，尚未完全了解携带污染物的MP携带污染物的特定途径和机制。这项研究旨在研究小鼠肾损伤的途径和机制，以使MPS和BAP均为低浓度。聚苯乙烯（PS）和BAP肾脏中断脂质代谢的结合，导致一种称为铁毒性的细胞死亡形式。但是，在体外HK-2细胞中未观察到这种作用，表明细胞特异性反应。有趣的是，在HIEC-6细胞中，PS和BAP都直接诱导了铁凋亡。这些发现证实了暴露于PS和BAP的情况会破坏肾脏中的代谢稳态，从而导致肾脏功能障碍和细胞死亡。
在蚊子（艾德斯埃及）发育期间细菌代谢产物的营养性特异性导致成人性比率扭曲
蚊子依靠其微生物群进行B维生素合成。我们以前发现，埃及埃及第三类幼虫清除了其微生物群的发育受损，尤其是由于缺乏叶酸（维生素B9）。在这项研究中，我们发现饮食中的饮食补充饮食的补充含有七种B族维生素并不能改善蚊子的发育成功，而是对由此产生的成年人的性别比例产生了显着影响，并富集了雌性蚊子在Bivimin and bivimin治疗的幼虫中出现的雌性蚊子。对男性和雌性幼虫的转录组分析在维生素治疗后鉴定出某些性别调节的基因。在用单个B族维生素治疗无菌幼虫时，我们检测到与生物素（维生素B7）暴露有关的特定毒性作用。然后，我们提供了无菌幼虫的生物素剂量，并表明雄性对生物素毒性的浓度比女性敏感。gnotobiotic幼虫暴露于受控的低细菌数量或以较慢的生长为特征的细菌显示出雄性富含雄性的成年人口，这表明雄性比女性所需的细菌衍生的养分少于雌性。这些发现表明，在幼虫发育过程中，蚊子具有性别特异性营养要求和毒性阈值，这会影响成年人的性别比。
跨黑色素瘤亚型和免疫疗法反应者的血清氧基代谢产物
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年2月6日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.05.636637 doi：Biorxiv Preprint
外源添加剂对荞麦1
摘要：发芽可以改变荞麦的营养成分，从而提高其营养价值和健康益处。这项研究的目的是研究外源添加剂对养分组成的影响，尤其是不同的外源添加剂在荞麦类黄酮的积累中的作用以及其积累的基本机制。在本手稿中，对荞麦发芽后的生理功能进行了评估，添加外源物质以改善芽菜的营养特性以及富集生物活性物质和生物活性功能的影响，重点是探索泡菜类药物累积机制的影响。Based on the aforementioned literature review, it was found that buckwheat seeds or sprouts were treated with various exogenous substances, including salts (e.g., NaCl, NaHCO 3 , CaCl 2 ), phytohormones (e.g., indole-3-acetic acid (IAA), gibberellic acid (GA), abscisic acid (ABA), amino acids ((e.g.l-苯基丙氨酸（L-PHE）），维生素（例如酪醇磷酸盐）和真菌提取物。在发芽的荞麦的养分含量中发现了类黄酮。此外，这种方法为培养高营养的荞麦和优化其利用提供了指导，同时为谷物发芽的进一步研究提供了理论基础。