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云，空气中微生物的绿洲 - 元基因组学/ metatranscriptomics分析云和清晰的大气情况 div
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。
评估shot弹枪igagenomics方法用于检测ESBL和/或碳酸苯甲酸酯酶产生的肠杆菌在培养的阴性患者中从急性白血病中恢复过来
1转化微生物学小组，阿斯图里亚公国卫生研究研究所（ISPA），33011 Oviedo，西班牙2，西班牙2临床微生物学系，阿斯图里亚斯中央医院（HUCA），33011 Oviedo，西班牙Oviedo，西班牙Oviedo，西班牙33011年，西班牙3级奶牛研究所，Spurias of Asturias（ipla），西班牙国家研究所（IPLA），西班牙国家，33333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 33 33 333 33011，ipla）。 Microhealth Group，Asturias公国卫生研究所（ISPA），33011 OVIEDO，西班牙5 5号，阿斯特里亚斯中央大学医院血液学系（HUCA）血液学系（HUCA），Asturias卫生研究所（ISPA）（ISPA）（ISPA）的研究所，Oncología（ISPA），Oncología（IUOPA），SPAIRINALION，33011 OVIIDO，33011 OVIIDO，33011 OVIIDO，oviedo， Oviedo，33006 Oviedo，西班牙7研究与创新，人工智能和统计部，Pragmatech AI解决方案，33001 Oviedo，西班牙8Biomédica在红色呼吸疾病中，Madrid，28029 Madrid，28029，Spain *通信： div>
云，空气中微生物的绿洲 - 元基因组学/ metatranscriptomics分析云和清晰的大气情况 div
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。
植物农业植物系统橡胶树（Hevea brasiliensis）中土壤微生物群落的宏基因组学分析 - 甘尼（Canna sp。）
摘要。橡胶树（Hevea Brasiliensis）是印度尼西亚重要的工业工厂之一。它在印度尼西亚的某些省份被广泛种植，其中一个在西爪哇省，在Subang Regency的PTPN VIII种植园管理下。使用未充分利用的农作物Canna sp。（甘尼）是在橡胶种植园上引入的。这项研究的目的是使用16S rRNA基因的橡皮植物分析在橡皮植物农林系统下分析根际土壤微生物的多样性，丰度和丰富性。这项研究是通过从2种不同土壤条件（Canna（G）的土壤和没有CANCANA（TG）的土壤中收集土壤样品来进行的。2也研究了不同的土壤深度条件（20和40厘米）。结果表明，发现G土壤中的微生物数量比TG土壤中更多的丰度，而基于土壤深度，对土壤微生物的丰度没有显着影响。发现了84个类。在G和TG中大多发现了3个类别，即ktedonobacteria，酸性杆菌和planctromycetia。家庭水平的微生物多样性主要在G和TG中发现，即Koribacteraceae，Gemmataceae，Synobtacteraceae，Hyphomicrobiaceae。
shot弹枪宏基因组学和全身性靶向代谢组学突出显示吲哚-3-丙酸作为保护性肠道微生物代谢物，抗流感感染
摘要肠道轴在呼吸道感染期间至关重要，包括流感病毒（IAV）感染。在本研究中，我们使用了高分辨率的shot弹枪元基因组学和靶向代谢组学分析来表征小鼠肠道肠道微生物群的组成和元倾斜度中与流感相关的变化。我们观察到7天（d）7天的分类级变化，包括明显减少乳酸杆菌科和双歧杆菌科的成员，以及akkermansia muciniphila的丰度增加。在D14上，某些物种持续存在扰动。宏基因组数据的功能尺度分析揭示了几种代谢途径的短暂变化，尤其是导致短链脂肪酸（SCFA），多胺和色氨酸代谢物的瞬时变化。对血清的定量靶向代谢组学分析揭示了特定类别的肠道微生物群代谢产物的变化，包括SCFAS，三甲胺，多胺和含吲哚的色氨酸代谢物。在D7上观察到吲哚-3-丙酸（IPA）血液水平的明显降低。微生物群相关的代谢产物的变化与分类单元丰度和疾病标志物水平的变化相关。特别是，IPA与一些乳酸杆菌科和双歧杆菌科（limosilactobacillus reuteri，Animalis limosilactobacillus）正相关，并与细菌M7，病毒载量和炎症标志物呈负相关。在患病动物中补充IPA可减少病毒载量，并降低局部（肺）和全身炎症。用靶向IPA产生细菌的抗生素治疗感染前的抗生素，从而增强了病毒载量和肺部炎症，这是补充IPA抑制的作用。这种综合的宏基因组 - 代谢组分分析的结果强调了IPA是导致流感结果的重要因素和潜在的疾病严重性生物标志物。
Martin SteineggerMartin Steinegger
09/2018 Max Planck Institute for Marine Microbiology, Germany, Metagenomics data analysis on steroids 07/2018 BiATA 2018, Russia, New algorithms and tools for large-scale sequence analysis of metagenomics data 07/2018 ISMB 2018, USA, MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets 04/2018 European Bioinformatics Institute, England, Fast and sensitive protein sequence search, clustering and assembly tools for the analysis of massive metagenomics datasets 04/2018 NGS 2018, Spain, Fast and sensitive protein sequence search, clustering and assembly tools for the analysis of massive metagenomics datasets 01/2018 Johns Hopkins University, USA, Search, Clustering and巨大范围的组装工具-RIMS数据集01/2018美国罗格斯大学，搜索，聚类和组装工具，用于大型元基因组学数据集05/2017日本东京大学，日本，MMSEQS2/linclust
使用 KMA 分析的散弹枪宏基因组学长读测序数据以检测细菌病原体及其抗生素耐药性基因
1 比利时布鲁塞尔 Sciensano 应用基因组学横向活动，2 英国威布里奇动植物健康局细菌学系，3 德国柏林联邦风险评估研究所生物安全系，4 丹麦哥本哈根 Statens 血清研究所细菌参考中心，5 丹麦技术大学国家食品研究所，孔恩斯灵比，6 意大利罗马高级卫生研究所食品安全、营养和兽医公共卫生系，7 西班牙马德里康普顿斯大学动物健康系，8 荷兰莱利斯塔德瓦赫宁根大学与研究中心瓦赫宁根生物兽医研究分部，9 意大利泰拉莫阿布鲁佐和莫利塞“G. Caporale”动物研究研究所
南亚糖尿病中贫血的患病率 长的非编码RNA在植物免疫中的作用 在神经影像学数据中建立大脑状态 apobecs：我们的善变的朋友？
使用博物馆标本用于微生物进化生态学研究的研究仍然是一个未充分利用的研究维度，具有重要潜力。尽管存在这种潜力，但在方法论和分析中仍然存在广泛采用此类研究的博物馆标本的障碍。在这里，我们假设样本类型（博物馆或新鲜）和测序策略（中等深度shot弹枪元基因组或16S rRNA基因）之间的分类预测和相关多样性将存在显着差异。与博物馆和新鲜样品中的16S rRNA基因测序相比，shot弹枪宏基因组学的预测多样性较高，博物馆标本中这种差异更大。广泛证实了这些假设，新鲜样品中发现的最高多样性是使用REP200参考的shot弹枪测序，其中包括病毒和微核素，然后是WOL参考数据库。在博物馆特殊的情况下，测序策略之间的社区多样性指标也有很大差异，而alpha-doverity Ace差异显着大于对新样本进行的相同比较。beta多样性结果的变化更大，并且依赖于所使用的参考数据库。综上所述，这些发现存在多样性结果的重要差异，并迅速考虑了未来的实验和下游分析，旨在纳入博物馆标本中的微生物组数据集。
关于可持续淡水水产养殖生产中病原体监测宏基因组分析的新观点：系统评价
近年来，淡水和盐水水生食品行业经历了最显着的增长，并越来越被认为是促进繁荣的社会自我绩效和生态上的可持续替代方案。水产养殖生产中的一个主要经济和健康危险因素是健康控制，在热带和发展中国家中可能会发现更严重的影响。虽然宏基因组学对在水产养殖等农业工业领域的应用有很大的希望，但其采用仍然有限。因此，本研究旨在评估开发和应用宏基因组学在识别淡水水产养殖中病原体时的前景。WIPO数据库用于搜索使用宏基因组学开发的专利，以监测淡水水产养殖中的病原体。宏基因组方法已广泛用于不同的领域，例如医学，兽医，生物技术，农业，特别是在重点是不同生态系统中的微生物群落的研究中。在水产养殖中，宏基因组学的利用主要围绕研究抗生素耐药性基因，主要是在盐水农场中。尽管如此，淡水水产养殖，尤其是在鱼类和甲壳类动物中，与可持续发展目标密切相符，尤其是（SDGS）2、3、6和13。国家，例如美利坚合众国，韩国和加拿大，在利用元基因组学对淡水水产养殖的疾病监测的最前沿，其积极的专利发展证明了这一点。与生物信息学工具和数据库相结合的宏基因组分析代表了用于预防目的的环境监测的快速，安全且无创的方法。