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phd-course-work-syllabus-2021b.pdf
Cell biology, General Approaches in cell cycle and cell death Molecular biology, genetic engineering techniques Cell culture- Culture and maintenance of cell lines, Primary cell culture Primary Cell culture methods in Cardiovascular research Transgenics and KOs Real Time PCR and droplet digital PCR (Lecture + demo - 2 hrs) Microarray applications (1 hr), Microarray demo-(1hr) Sanger sequencing & genotyping （1小时）下一代测序，各种平台和应用，iLumina，nanopore等分子诊断概论，多样化的诊断平台和应用核能学：宏基因组学的标准步骤，元基因组分析的常规步骤（元素分析）（Metagenomic DNA的隔离，多个元素群体，构图，构成了元素的启用，构成了元素，启用了元素，构成了元素，构成了元素的构造，对元素的产生，对元素的产生，对元素分析，构成了元素，启用了元素，构成了元素的启用，构成了元素的生成，对元素分析的产生，对元素分析的产生，对元素分析的产生，对元基因组学的介绍，对元素分析的产生，对元素分析的生成，构图
工作机会一个由捐助者资助的研究项目...
25-40背景：一个由捐助者资助的研究项目旨在招募一名高技能的生物信息学家来分析测序/元基因组学数据。该人将有助于大规模测序/宏基因组学数据集的分析和解释，以了解微生物群落的多样性，组成和功能。要求：基本资格：1。Ph.D.在生物信息学/计算生物学中2。 在测序数据分析中有经验的经验。 3。 分子生物学，遗传学和微生物学方面的强烈背景。 4。 精通编程语言（例如Python，r）。 5。 具有生物信息学工具和数据库的经验（例如，Blast，GenBank）。 6。 强大的分析和解决问题的技能。 理想的资格：1。 具有高性能计算环境的经验。 2。 熟悉基于云的计算平台（例如AWS，Google Cloud）。 3。 机器学习算法和应用的知识。 4。 具有数据可视化工具的经验（例如R Shiny，Tableau）。 5。 熟悉版本控制系统（例如，git）。 责任：使用各种生物信息学工具和管道（例如Qiime，Mothur，spraphlan）分析元基因组学数据。 2。 识别并量化微生物类群和功能基因。 3。 执行统计分析和数据可视化以识别模式和相关性。 4。 5。 6。 7。Ph.D.在生物信息学/计算生物学中2。在测序数据分析中有经验的经验。3。分子生物学，遗传学和微生物学方面的强烈背景。4。精通编程语言（例如Python，r）。5。具有生物信息学工具和数据库的经验（例如，Blast，GenBank）。6。强大的分析和解决问题的技能。理想的资格：1。具有高性能计算环境的经验。2。熟悉基于云的计算平台（例如AWS，Google Cloud）。3。机器学习算法和应用的知识。4。具有数据可视化工具的经验（例如R Shiny，Tableau）。5。熟悉版本控制系统（例如，git）。责任：使用各种生物信息学工具和管道（例如Qiime，Mothur，spraphlan）分析元基因组学数据。2。识别并量化微生物类群和功能基因。3。执行统计分析和数据可视化以识别模式和相关性。4。5。6。7。将测序/宏基因组学数据与其他OMIC数据集成在一起。在研究问题的背景下解释结果，并将发现与研究团队传达。开发和维护生物信息学工作流和管道的文档。开发一个实时监视仪表板，以进行主动监视和信息共享。8。帮助组织该项目下的车间。
Maria Bousali
从多组学数据集中识别的生物信息学算法鉴定机器学习算法的角度右开发的病毒整合识别，以识别基因组模式和基因组变异标志性质量变化，这是Metagenomics的角度变化的角度流水线型垂直算法的发展，从 phylodynamic and phylogeographic analysis in HBV, SARS-CoV-2 and HIV molecular data NCSR ”Demokritos” 09/2020 – 04/2021 Molecular Biologist in the Research & Development Department (R&D) (Nanoplasmas Spin-off Company) Athens, GR Angle-Right Development of a lab-on-chip molecular diagnostics for SARS-COV-2 for Point-of-Care use Hellenic巴斯德研究所06/2019 - 09/2020研究研究员（生物信息学和应用基因组学单元），雅典，生物信息学算法的Gr角 - 右右开发用于分析可转化元素的分析 - 重点是内源性逆转录病毒（ERVS） - 在人类基因中 -从多组学数据集中识别的生物信息学算法鉴定机器学习算法的角度右开发的病毒整合识别，以识别基因组模式和基因组变异标志性质量变化，这是Metagenomics的角度变化的角度流水线型垂直算法的发展，从 phylodynamic and phylogeographic analysis in HBV, SARS-CoV-2 and HIV molecular data NCSR ”Demokritos” 09/2020 – 04/2021 Molecular Biologist in the Research & Development Department (R&D) (Nanoplasmas Spin-off Company) Athens, GR Angle-Right Development of a lab-on-chip molecular diagnostics for SARS-COV-2 for Point-of-Care use Hellenic巴斯德研究所06/2019 - 09/2020研究研究员（生物信息学和应用基因组学单元），雅典，生物信息学算法的Gr角 - 右右开发用于分析可转化元素的分析 - 重点是内源性逆转录病毒（ERVS） - 在人类基因
资源名称：伊利诺伊大学芝加哥研究信息学核心设施
描述：伊利诺伊州 - 芝加哥大学的研究信息学核心提供生物信息学服务，包括基因组学，转录组学，表观基因组学，宏基因组学，代谢组学和蛋白质组学分析，以及在统计分析，系统生物学和机器学习中的应用。
映射抗生素抗性的农场
总体而言，该项目旨在促进我们对农业土壤中抗生素耐药性基因动态的理解。成功的学生将开发出强大的微生物学和生物信息学技能，并具有宏基因组学方面的最先进技能，以及处理复杂数据集和进行统计数据的高度可传递的计算技能。该项目得到了在进化生物学，微生物生态学，环境微生物学和土壤生物地球化学方面具有专业知识的研究负责人的支持，贝尔法斯特皇后大学，阿伯里斯特韦斯大学和北爱尔兰的农业研究领导者阿夫比（Aberystwyth University）的跨学科团队。培训机会：在整个项目过程中，将提供有关生物信息学，元基因组学，统计学以及了解各种微生物，生态和生物地球化学数据的培训。该项目将主要位于惠特利集团的皇后大学贝尔法斯特大学，但学生将有机会在
可持续农业的微生物组工程
摘要微生物组工程代表了可持续农业的一个有希望的边界，利用植物相关的微生物来增强作物的生长，营养摄取和对环境压力源的韧性。本文探讨了微生物在农业系统中的定义，意义和多样化的应用，并强调了它们在改善土壤健康，促进植物生长以及降低对化学输入的依赖方面的作用。诸如宏基因组学和元文字组学之类的技术被讨论为理解和操纵微生物群落以实现可持续成果的工具。微生物组工程解决全球农业挑战的潜力是巨大的，但是它面临着与微生物社区建立和监管有关的障碍。研究和现场应用中的未来方向将突出显示，以利用微生物组工程的全部农业可持续性潜力。关键字：微生物组工程，可持续农业，植物微生物组，宏基因组学，元文字组学。
在精密医学和机器学习的背景下研究胃肠道微生物组的多摩学方法
人类胃肠道（肠道）微生物组在维持宿主健康中起着至关重要的作用，并且越来越被认为是精确医学的重要因素。高通量测序技术已彻底改变了 - 组数据的生成，促进了人类肠道微生物组的表征，并具有出色的分辨率。通过揭示有关功能基因，微生物组成，聚糖和代谢产物的信息，对各种 - 组数据的分析，包括荟萃分析，元基因组学，糖基因组和代谢组学。这种多词方法不仅为肠道微生物组在各种疾病中的作用提供了见解，而且还促进了微生物生物标志物用于诊断，预后和治疗的鉴定。机器学习算法已成为从复杂数据集中提取有意义的见解的强大工具，并且最近通过有效地识别微生物特征，预测疾病状态并确定潜在的治疗靶标，将其应用于宏基因组学数据。尽管有这些快速的进步，但仍然存在一些挑战，例如关键知识差距，算法选择和生物信息学软件参数化。在这个迷你审查中，我们的主要重点是宏基因组学，同时认识到其他 - 词素可以增强我们对生物功能多样性及其与宿主的相互作用的理解。我们旨在探索当前的多词，精密医学和机器学习的交集，以促进我们对肠道微生物组的理解。一种多学科的方法有望在精确医学时代改善患者的结果，因为我们揭示了微生物组与人类健康之间的复杂相互作用。
CarlosRíosVelázquez，MS，PhD -UPRM
我的本科和研究生培训使我能够与包括真菌，细菌和病毒在内的各种微生物进行研究；结合对其生物学过程的分子和生理理解，以测试其解决问题的潜力。由我于2001年在UPR-Mayagüez建立的微生物生物技术和生物培训（MBB）实验室，寻求使用功能基因组学（质量核学）和组合化学技术的不同环境中微生物的生物医学和生物技术应用的活动。此外，MBB实验室还致力于使用微生物，生化，生理和分子方法分离，并鉴定出可栽培的微生物，例如紫色硫硫的光子细菌，蓝细菌，蓝细菌和生物发光细菌。在我的实验室中开发的宏基因组学专业知识允许从多种环境中开发出诸如水库，河水，洞穴，洞穴，热弹簧，堆肥，蜗牛微生物组和新研究的图书馆。此外，MBB还参与了波多黎各不同教育机构的研究人员，教师和教职员工的几个研讨会的开发。这包括与不同学科的同事的合作。通过MBB，我有机会培训了600多名生物学，微生物学，物理和生物技术学士学位的学生，到目前为止，有22名研究生已经获得了MS。i是Cabo Rojo Salterns的NSF资助的微生物天文台的一部分，并在USDA-CSREES支持的元基因组学方面进行了研究。我一直积极参与MARC/SLOAN学生的研究导师，路易斯·斯托克斯（Louis Stokes）参加少数群体参与（PR-LSAMP导师和科学协调员），生物智能，上升，加速和桥梁计划。一些本科生还能够与我一起参加教师和学生团队（快速：NSF，劳伦斯·伯克利国家实验室的DOE，doe，计算与系统生物学计划）（CSBI：Massachusetts Institute of Massigents of Technage of Massigents of Technicative of Massigents of Technice and Mastering Metagenomics of Wiscersin of Wissonsin of Wisconsinsinsinsion和Yair Yale Madison和Yaile Madsison和Yaile Madsison和Yaile-Yaile Maded和Yaile。此外，我还是几个学生组织的顾问/导师，例如工业生物技术学生组织，生物学BBB荣誉学会，Sacnas-Rum，天文学学，外生物学学生协会和国际基因工程机器（IGEM-RUM）。i是MARC计划的Co-PD，这是UPR-Mayagüez的Rise2best计划的COPI，特别是作为后者负责任的研究组成部分的协调员。我一直在积极参与监督教师，作为准备计划的一部分，通过教学和教学，为学生，老师和教师设计不同级别的教育研究和教学。最后，我是大学社区发展学院的一部分，我一直在使用参与式行动调查将不同的课程与社区服务联系起来。