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研究进展方面的昆虫肠道微生物的功能和检测方法
摘要：昆虫肠道是广泛的微生物的家园，这些微生物在营养物质的消化和吸收以及防御致病性微生物的保护中起着至关重要的作用。这些肠道微生物的种类受到年龄，饮食，农药，抗生素，性别和种姓等因素的影响。越来越多的证据表明，肠道菌群中的干扰会导致造成昆虫的健康，并且其多样性对宿主的健康产生了深远的影响。近年来，由于元基因组学和生物信息学技术的发展，使用分子生物学技术对宿主肠道微生物多样性进行快速，定性和定量研究已成为主要重点。本文回顾了昆虫肠道微生物的主要功能，影响因素和检测方法，以便为更好地研究肠道微生物和有害昆虫的管理提供参考和理论基础。
博士J. Rajendran
J. Rajendhran 博士在微生物学、重组 DNA 技术、微生物基因组学、宏基因组学和人类微生物组学领域拥有超过 18 年的研究经验。他获得了马杜赖密苏里大学博士学位，并在美国纽黑文耶鲁大学和美国麦迪逊威斯康星发现研究所接受过博士后培训。他曾对 200 多种具有工业和临床重要性的细菌菌株进行全基因组测序。他从各种微生物和宏基因组来源中鉴定出几种编码酶和抗菌化合物的基因。他在生物科学学院遗传学系的实验室拥有最先进的研究设施，可用于研究上述领域。凭借其实验室的丰富经验和设施，他的研究小组可以提供以下咨询服务。
使用IniLicoseq
动机：元基因组数据集的计算机模拟中的准确性对于基准生物信息学工具以及实验设计至关重要。用户不仅取决于大规模的模拟，不仅是设计实验和新项目，而且还取决于项目中计算需求的准确估计。不幸的是，当前大多数读取模拟器都不适用于过时的宏基因组学，或者记录了相对较差。在本文中，我们描述了Inilicoseq，这是一个软件包，用于模拟宏基因组光明测序数据。Inilicoseq具有简单的命令行接口和广泛的文档。结果：iNilicoseq在Python中实现，能够以具有明智的默认参数的并行方式模拟现实的Illumina（Meta）基因组数据。可用性和实施：源代码和文档可在https://github.com/hadrieng/insilicoseq和https://insilicoseq.readthedocs.io/上获得。联系人：hadrien.gourle@slu.se补充信息：补充数据可从BioInformatics在线获得。
湿地树是在干燥土壤条件下的潜在甲烷下沉
我们的研究重点是使用半刚性的静态室来表征茎Ch 4通量，并通过在两个森林湿地生态系统中富含加油的孵化来评估CH 4氧化和生产活动：在弗洛蒂克·莫尔（英国）的温带湿地（英国）的温带湿地，并在sebangau forest see the sebangau prosection（kalangau sefters）（kalgangau sefters）（kalimimiakia）较低（kalimimia）（kalimimia）（kalimimia）较低（kalimimia）（ 时期。以多个高度间隔测量了靶向的树种，并在Sebangau森林中的Flitwick Moor和Shorea Balangeran和Shorea Balangeran和Shorea Balangeran和Xylopia fusca中进行了Alnus谷胱甘肽和Betula pubescens测量。来自树皮，木材和土壤的DNA分析涉及两个步骤PCR和针对16S rRNA基因的测序，并补充了整个shot弹枪宏基因组学（WGS），以探索微生物组成和CH 4循环微生物。
学术研究助理（M/F/X）-PhD
•关于科学编程的强大知识（C ++ / Python / R，或类似），现代软件工程和有效算法。•可以舒适地使用基于UNIX的操作系统和根据CLI-Tools工作。•关于生物信息学驱动的数据分析原理的强大知识，即以全面的方式处理大型数据集，以便得出可靠有效的结论。•关于分子生物学，人类遗传学，免疫学和神经科学的广泛基本知识。•以前从短读中评估shot弹枪宏基因组学测序的经验（即Illumina）或长阅读平台（即牛津纳米波尔，Pacbio）。•不需要关于如何在实验室操作的知识，尽管对重要的湿lab技术的基本了解肯定是有利的。•独立工作并以结果为导向•与临床医生合作•支持讲座并偶尔在监督下教书•在论文（学士/师父）期间监督学生（学士/师父）
探索肠道微生物群在人类健康中的作用
该研究探讨了人类肠道菌群与健康之间的复杂关系。它分析了肠道菌群在消化，代谢，免疫反应和整体福祉中的作用。审查讨论了肠道微生物群落的组成和多样性，强调了他们与宿主的共生关系。它还研究了肠道营养不良或微生物失衡与炎症性肠病和代谢性疾病等健康状况的关系。评论重点介绍了诸如宏基因组学和代谢组学之类的研究方法，从而加深了我们对肠道菌群功能的理解。它还探讨了构成肠道微生物组的外部因素，例如饮食和抗生素的使用。审查讨论了益生菌和粪便菌群移植等潜在的治疗干预措施，这表明了个性化医学的未来。通过综合现有知识，该评论旨在提高对肠道微生物群在健康中的作用的理解，并提出未来的研究和干预措施。
Illumina DNA准备原油裂解物方案
尽管基于NGS的全基因组测序（WGS）为微生物学实验室提供了速度，准确性和信息深度的显着优势，但DNA提取和库制备步骤仍然是NGS工作流程中的显着瓶颈。NGS文库进行宏基因组研究的准备通常始于耗时和劳动密集型基因组DNA提取步骤。为了应对宏基因组学中的这一挑战，Illumina提供Illumina DNA准备和Illumina粗裂解物方案。此方法直接从原油裂解物中支持快速简便的库准备。直接从粗裂解物中进行测序消除了与DNA提取步骤相关的时间和成本。除了提高速度和效率外，Illumina DNA Prep还为样品输入类型和细胞裂解方法（包括直接细菌菌落，血液和唾液）提供了出色的灵活性。
生物信息学（M/f/d）中的DostDoc
面对气候变化，生物多样性丧失和污染的三重全球危机，关注最小的生物体，即维持生态平衡的作用至关重要，至关重要。微生物组构成了生命的基础系统，并有效地应对这些危机，我们必须深入了解它们的行为和功能。通过结合专家知识和人工智能的力量，我们有可能解开其复杂性并开发有效且可扩展的解决方案。因此，我们正在寻求一个有动力的，创新的和有前瞻性的博士后研究员，以加入我们的动态和跨学科团队，弥合微生物组研究和数据科学世界之间的差距。该职位提供了一个独特的机会，可以为专注于收集，分析和解释大规模基因组和环境数据的尖端研究项目（包括宏基因组学），同时与人工智能和微生物组研究领域的领先专家合作。
博士项目广告
该项目结合了微生物学、生物信息学和兽医学，以应对全球挑战。您将获得噬菌体生物学、细菌学、生物信息学和微生物群研究方面的实践经验，并与最先进的设施和支持团队合作。您的研究成果将为可持续家禽养殖的突破性干预铺平道路。培训机会：学生将参加全面的培训计划，以培养研究项目所必需的技能。这包括在首席导师的指导下，由萨里大学微生物群落研究小组提供的基因组学和宏基因组学课程。在贝尔法斯特女王大学为期 3 个月的实习将提供微生物群落转录组分析方面的专门培训，由联合导师监督。通过噬菌体生物学的重点培训，学生将掌握微生物系统中噬菌体的知识，并可以使用流式细胞术核心设施，提供细胞群分析技术培训，从而进一步提高实践专业知识。此外，监督团队将协助
结构信息的微生物种群遗传学阐明了塑造蛋白质进化的选择性压力
对自然遗传多样性的全面取样具有宏基因组学，可以对生态学与进化之间的相互作用进行高度解决的见解。然而，从人口内基因组变异中解决自适应，中性或净化过程仍然是一个挑战，部分原因是唯一依赖基因序列来解释变体。在这里，我们描述了一种分析预测蛋白质结构背景下遗传变异的方法，并将其应用于SAR11 1A.3.V中的海洋微生物种群，该海洋微生物种群主导了低纬度表面海洋。我们的分析揭示了遗传变异与蛋白质结构之间的紧密关联。在氮代谢中的一个中心基因中，我们观察到来自配体结合位点的非源性变体的发生降低是硝酸盐浓度的函数，揭示了养分可用性所维持的不同进化压力的遗传靶标。我们的工作产生了对进化的管理原则的见解，并可以对微生物种群遗传学进行结构意识研究。