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使用微生物组RNA-seq数据
该项目旨在了解使用微生物组RNA测序（RNA-SEQ）的元素有水解分析并探索元转录组学分析。此外，该项目强调了训练数据在元转录组学分析中的重要性，从而促进了对微生物群落和基因表达模式的全面研究。总体而言，该项目扩展了我们对coprothobobacter proteyticus，Meta转录组学分析及其在各个领域的实际应用的了解。
激发途径的纳米级成像
在植物根部的微生物定植期间，特异性微生物激活的过程的识别受到元文字组学的技术约束的阻碍。这些包括缺乏参考基因组，数据集中宿主或微生物rRNA序列的高度表示，或难以实验验证基因功能。在这里，我们将无菌丝的丁香虫thaliana重新定殖，具有合成但代表性的根微生物群，可释放106个基因组序列的细菌和真菌分离株。我们使用了多个王国rRNA耗竭，深度RNA测序和读取参考微生物基因组来分析丰富的殖民者的植物元转录组。我们确定了在土壤界面差异调节的3,000多个微生物基因。翻译和能量生产过程在植物中持续激活，它们的诱导与细菌菌株在根中的丰度相关。最后，我们使用靶向诱变表明，在丰富的细菌菌株之一（一种可遗传可触及的杜鹃杆菌）中，需要多种细菌持续诱导的几个基因。我们的结果表明，菌群成员激活应变特异性过程，但也可以激活植物根的常见基因集。
使用基因组中的元文章
摘要通过在营养较差的环境中提供和回收必需营养物质，海绵微生物组基础宿主功能。基因组数据表明，碳水化合物降解，碳固定，氮代谢，硫代谢和补充B-维生素是中央微生物功能。然而，很少探索海绵共生途径的基因组潜力的验证。为了评估宏基因组预测，我们测序了三个常见的珊瑚礁海绵的宏基因组和元文字：ircinia ramosa，ircinia ramosa，ircinia microconulosa和phyllospongia foliascens。多种碳水化合物活性酶通过猪杆菌，细菌和氰基菌群共生菌表达，这表明这些谱系在吸收溶解的有机物中具有核心作用。在所有海绵中都观察到了碳固定和多硫化合物转化的整个途径的表达。厌氧氮代谢（反硝化和硝酸盐还原）的基因表达比有氧代谢（硝酸盐）更常见，其中只有I. ramosa微生物组表达了硝化途径。最后，虽然B-VITAMIN的生物合成途径的表达很常见，但其他转运蛋白基因的表达受到了限制。总的来说，我们强调了元基因组和
云，空气中微生物的绿洲 - 元基因组学/ metatranscriptomics分析云和清晰的大气情况 div
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。
云，空气中微生物的绿洲 - 元基因组学/ metatranscriptomics分析云和清晰的大气情况 div
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。
云，空气中微生物的绿洲
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。
微生物瘤动态变化的证据...
Emily Hollister（EH）：总体而言，宏基因组学是对环境或生态系统中所有微生物的遗传物质的检查。它有助于证明哪些生物可用，并提供有关其潜在编码功能的见解。metatranscriptomics，其根源在于对单个生物体的转录组研究，是为了表征微生物群落中的基因表达，并提供了对社区活性功能的见解，而不是对潜力。尽管对潜在功能的元素理解已经就微生物群落和宿主微生物相互作用的动力学提出了重要的发现，但文献还包含该群落的功能不一定反映微生物群落的DNA组成的例子。您是选择元基因组学还是元文字组学最终取决于是否应该确定微生物社区中可用的内容或在那里进行的活动。
可持续农业的微生物组工程
摘要微生物组工程代表了可持续农业的一个有希望的边界，利用植物相关的微生物来增强作物的生长，营养摄取和对环境压力源的韧性。本文探讨了微生物在农业系统中的定义，意义和多样化的应用，并强调了它们在改善土壤健康，促进植物生长以及降低对化学输入的依赖方面的作用。诸如宏基因组学和元文字组学之类的技术被讨论为理解和操纵微生物群落以实现可持续成果的工具。微生物组工程解决全球农业挑战的潜力是巨大的，但是它面临着与微生物社区建立和监管有关的障碍。研究和现场应用中的未来方向将突出显示，以利用微生物组工程的全部农业可持续性潜力。关键字：微生物组工程，可持续农业，植物微生物组，宏基因组学，元文字组学。
特刊 - 微生物组影响的基因组分析...
我们很高兴地宣布一个有关“微生物组对人类疾病的影响”主题的特殊问题，该问题旨在为研究人员提供一个平台，以提出其在微生物组的基因组分析领域的最新发现和进步，及其对人类健康和疾病的深远影响。人类微生物组在维持人类健康中起着至关重要的作用，并且与各种疾病的发展有关。基因组分析技术的最新进步已彻底改变了我们研究微生物组与人类疾病之间复杂关系的能力。本期特刊将着重于基因组分析工具的应用，包括宏基因组学，元文字组学和元蛋白质组学，以揭示微生物组的遗传和功能多样性及其对人类健康和疾病的影响。我们期待您对这一特殊问题的宝贵贡献，并相信其页面中共享的集体知识将极大地有助于我们对微生物组的基因组分析及其对人类健康和疾病的影响。
在微生物组中微生物裂解中的遗传潜能与代谢调节和表达之间的解耦
抽象的宏基因组学，元文字组学和元蛋白质组学用于探索酶分泌的微生物能力，但是在生态系统中，pro tein te-tein编码基因与相应的转录本/蛋白之间的联系是毫无疑问的。By conducting a multi-omics comparison focusing on key enzymes (carbohydrate-active enzymes [CAZymes] and peptidases) cleaving the main biomole cules across distinct microbiomes living in the ocean, soil, and human gut, we show that the community structure, functional diversity, and secretion mechanisms of microbial secretory CAZymes and peptidases vary drastically between微生物组在主质，元文字和元蛋白质组水平上。由于主要参与者对有机物物质源和浓度的不同反应，这种变化导致cazymes与肽酶之间从遗传潜能到蛋白质表达的decouper质关系。我们的结果强调了对有机物上微生物裂解的因素进行系统分析的需求，以更好地将OMICS数据与生态系统过程联系起来。