玛丽·洛佩兹(Marie Lopez),朱莉·吉尔伯特(Julie Gilbert),让·孔特雷拉斯(Jean Contreras),卢多维奇·哈尔比(Ludovic Halby),保罗·B·阿里蒙多(Paola B Arimondo)。DNA甲基化的抑制剂。 DNA甲基转移酶 - 角色和功能[第二版],1389,pp.471-513,2022,实验医学和生物学的进步,978-3-031-11454-0(电子书)。 10.1007/978-3-031- 11454-0_17。 hal-04269122DNA甲基化的抑制剂。DNA甲基转移酶 - 角色和功能[第二版],1389,pp.471-513,2022,实验医学和生物学的进步,978-3-031-11454-0(电子书)。10.1007/978-3-031- 11454-0_17。hal-04269122
摘要:宫颈上皮内肿瘤2级(CIN2)是CIN 1之间的中间阶段,这是低级病变,CIN3是宫颈癌的直接前体(CC)。传统上,CIN2被视为高级病变,并用圆锥形或消融方法治疗。近年来,由于经常自发的CIN2回归以及治疗对未来怀孕的不利影响,现在年轻患者的管理发生了变化,现在他们经常受到保守管理。由于进展到CC的风险仍然存在保守管理,因此需要采用个性化方法来识别具有较高进展可能性的患者。在这方面,研究集中在宿主和人乳头瘤病毒(HPV)基因甲基化的作用上。这项系统评价总结了有关保守的CIN2管理的当前知识,该管理着重于主要的甲基化标记及其在保守的CIN2管理中的实施,并描述了有关该主题的主要持续纵向研究。审查表明,DNA甲基化是疾病进展的准确预测指标,也是HPV阳性女性的有效分类工具,CIN2的性能优于分类细胞学。由于几乎所有CC都是甲基化阳性的,因此基线时甲基化阴性妇女的CC风险极低。
莱斯利获得了A.B.哈佛大学的生物学博士学位,作为约翰·哈佛学者和A.M.和博士普林斯顿大学(Laura Landweber)的生物学博士学位和汤姆·缪尔(Tom Muir)作为佩特里(Petrie)的研究员,在那里他使用基因组学和生化分级方法来识别与RNA M6A甲基转移酶同源的新型DNA甲基转移酶配合物,Mettl3-14(Beh等,Cell et al。,Cell 2019)。 莱斯利随后在哥伦比亚大学的山姆·斯特恩伯格(Sam Sternberg)进行了简短的博士后工作,在那里他使用基因组,结构和生物化学方法研究CRISPR-CAS系统,介导RNA指导的DNA整合(Hoffmann*,Hoffmann*,Hoffmann*,hoffmann*,Kim*,Kim*,kim*et al。 之后,莱斯利(Leslie)从事行业职业,加入Illumina,领导一个研究小组开发新型表观遗传学测定的研究小组。 在进行生物学研究并对学生产生影响的愿望的驱动下,莱斯利(Leslie)于2022年9月回到*Star / imcb担任首席研究员。哈佛大学的生物学博士学位,作为约翰·哈佛学者和A.M.和博士普林斯顿大学(Laura Landweber)的生物学博士学位和汤姆·缪尔(Tom Muir)作为佩特里(Petrie)的研究员,在那里他使用基因组学和生化分级方法来识别与RNA M6A甲基转移酶同源的新型DNA甲基转移酶配合物,Mettl3-14(Beh等,Cell et al。,Cell 2019)。莱斯利随后在哥伦比亚大学的山姆·斯特恩伯格(Sam Sternberg)进行了简短的博士后工作,在那里他使用基因组,结构和生物化学方法研究CRISPR-CAS系统,介导RNA指导的DNA整合(Hoffmann*,Hoffmann*,Hoffmann*,hoffmann*,Kim*,Kim*,kim*et al。之后,莱斯利(Leslie)从事行业职业,加入Illumina,领导一个研究小组开发新型表观遗传学测定的研究小组。在进行生物学研究并对学生产生影响的愿望的驱动下,莱斯利(Leslie)于2022年9月回到*Star / imcb担任首席研究员。
DNA甲基化在发展和分化中的基因表达中起着至关重要的作用,以及多发性硬化症,糖尿病,精神分裂症,衰老和癌症等疾病。能够访问大量基因或整个基因组的表观遗传信息的能力,应极大地促进对细胞中基因调节的性质以及细胞与环境之间相互作用的表观依赖性机制的理解。这种能力对于人类表观遗传疾病和辅助繁殖的研究也应具有重要意义。基于微阵列的DNA甲基化分析技术已开发出来以实现这一目标。这些甲基化的OD可以分为三个主要类别的甲基化状态询问:(1)歧视甲基诱导的C至T过渡,(2)通过甲基化敏感限制酶裂解基因组DNA,以及(3)用甲基结合的蛋白质或抗甲基甲基甲基甲基化的甲基甲基甲基化的甲基甲基化蛋白质。这些方法中的每一种都有其自身的局限性。例如,甲基化敏感的限制酶不能询问每个CpG位点,而免疫原理方法无法以任何靶向序列以单碱基分辨率提供甲基化信息。对于基于亚硫酸盐的方法,挑战在于基因组DNA的亚硫酸盐转化后基因组复杂性的降低。特定于目标的探针选择和杂交特异性仍然是主要技术障碍。
图1。Meow在长阅读测序数据中识别差异甲基化区域。A. Meow需要一组带有填充的MM和ML标签的对齐的BAM文件以及包含感兴趣区域列表的床文件,例如CPG岛,以构建参考数据库。在构建参考数据库后,可以在参考队列中执行一项输出分析,以识别该数据集中的唯一差异甲基化区域(DMR)。也可以使用已经构建的参考数据库来识别DMR的测试样本运行。两种方法的输出都在表或图形格式中获得。B.与已知具有Prader-Willi综合征的测试样品相比,与19个随机样品的对照数据库相比,显示了已知具有Prader-Willi综合征的测试样品的显着差异甲基化的位点(红色),该数据库是1000个基因组项目ONT测序联盟的一部分。C. Meow生成图形,说明了测试样品和对照数据集之间甲基化频率的显着差异。所示的五个DMR表示(b)中的显着值。D.色带图显示了查询中每个C和G的甲基化频率,相对于控制数据库甲基化频率在同一位置的平均值和标准误差。
脑膜瘤是最常见的原发性中枢神经系统肿瘤之一,根据组织病理学将世界卫生组织(WHO)分为三年级。金色标准治疗,手术切除,在某些情况下不完全切除和高复发率等问题受到阻碍。随着遗传改变,DNA甲基化,在脑膜瘤的发生和发育中在脑膜瘤的发展中起着至关重要的作用。脑膜瘤的表观遗传景观有助于精炼肿瘤分类,确定稳健的分子标记物,确定预后,指导治疗选择以及创新新的治疗策略。现有的分类缺乏全面的准确性,有效的疗法受到限制。甲基化的DNA标记物在各种脑膜瘤等级中表现出差异特征,是宝贵的诊断工具。尤其是,联合甲基化标记提供了有关脑膜瘤发病机理,组织起源,亚型分类和临床结局的见解。本评论整合了当前的研究,以突出一些在脑膜瘤诊断中使用的一些最有前途的DNA和启动子甲基化标记。尽管有希望,但DNA甲基化生物标志物在脑膜瘤诊断和治疗中的开发和应用仍处于婴儿期,目前只有少数DNA甲基化抑制剂目前临床用于脑膜瘤治疗。未来的研究对于验证这些标记并确定其临床实用性至关重要。脑膜瘤的组合甲基化的DNA标记对理解肿瘤的发展和进展具有广泛的影响,这标志着脑膜瘤治疗策略的范式转移。
1。Introduction .............................................................................................................................1
补充材料补充注释1:基于DNAM的血浆蛋白替代物DNAM Grimage2的模型由九个基于DNAM的血浆蛋白,基于DNAM的PACK年龄,年龄和性别组成。下面我们简要描述了这些九种血浆蛋白。A1C(血红蛋白A1C,HBA1C;糖基化血红蛋白;糖化血红蛋白)是一种血液检查,在过去3个月中显示出平均血糖(葡萄糖)水平。该生物标志物在诊所被广泛用于检查糖尿病前期或糖尿病,并有助于随着时间的流逝指导糖尿病治疗(http://uclahealthib.staywellsoltessolutionsonline.com/bedsid e/167,a1c)。先前的研究还表明,较高水平的A1C与心血管心脏病和死亡率有关[1,2]。A1C的对数尺度是DNAM Grimage2中的新组件。ADM(肾上腺肾上腺素)是血管舒张剂激素。血浆ADM最初从肾上腺中分离出来,患有高血压和心力衰竭的个体增加[3]。最近的一项研究表明,ADM参与了小鼠和人脑老龄化的年龄相关记忆丧失[4]。B2M(β-2微球蛋白)是主要组织相容性复合物1(MHC I)分子的组成部分。血浆B2M是一种与心血管疾病,肾功能,炎症严重程度相关的临床生物标志物[5]。b2m是与认知和再生功能相关的促成因素,并表明B2M可以在老年中以治疗为目标[6]。先前的一项研究表明,衰老血液中的全身性B2M积累促进了与年龄相关的认知功能障碍并损害了小鼠模型[6]。胱抑素C或胱抑素3(以前是伽马痕迹,γ-球蛋白或神经内分泌碱性多肽)主要用作肾脏功能的生物标志物。血浆胱抑素-C是一种临床相关的生物标志物,表明肾脏功能[7]。胱抑素-C似乎在心血管疾病[8]或与阿尔茨海默氏病相关的淀粉样蛋白沉积中起作用[9]。C反应蛋白(CRP)测试在临床上用于在体内发现炎症,可能是由不同类型的疾病引起的,例如感染或自身免疫性疾病,例如类风湿关节炎或炎症性肠病,(https://uclahealthib.staywellib.staywellib.staywellsolinestonline.com/searce_______________________________serium c_serim c_r)先前的几项研究表明,CPR蛋白浓度为
长卷(也称为covid-19 [PASC]的急性后遗症)是指幸存者在严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-COV-2)感染和急性冠状病毒疾病2019(Covid-19)疾病后可能经历的慢性症状。长期的共同是全球公共卫生,医疗和护理挑战,影响了数百万人。作为一种新兴和不断发展的综合症,长期的共同表现出了许多临床体征和症状的组合,医疗保健提供者和科学家正在分类和努力理解。在这个小评论中,我们介绍了病毒和宿主相互作用的DNA甲基化(DNAM)的表观遗传战场。我们提出了这种病毒宿主相互作用引起的DNAM现象和标记的方法可能有助于阐明长期相互作用的病理和预后。在撰写本文中,对长期共vid患者的DNAM特征的了解受到限制(2024年初),研究人员已经注意到急性Covid-19引起的DNAM标记的部分可逆性和潜在的长期持久性。在其他冠状病毒疾病中看到的长期后遗症,例如严重的急性呼吸综合征(SARS)和中东呼吸综合征(MERS),是长期参考的潜在参考,以努力进行更精确的诊断和疾病特征,更好地预测爆发,并使用新药物和免疫药物的发展。