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基于数据挖掘方法确定微小RNA在人类胃癌自我更新、转移和耐药性中的作用：系统
* 通信地址：POBox：16635-148，干细胞和发育生物学系，细胞科学研究中心，鲁瓦扬干细胞生物学和技术研究所，ACECR，伊朗德黑兰 电子邮件：m.ebrahimi@royan-rc.ac.ir 收稿日期：2019 年 12 月 9 日，接受日期：2020 年 5 月 9 日 摘要 胃癌 (GC) 是全球癌症相关死亡的主要原因之一。GC 患者的主要问题是缺乏对治疗的适当反应、耐药性和转移，这是由于肿瘤内存在一类称为癌症干细胞 (CSC) 的细胞亚群。此外，据报道，在 GC 的不同阶段都存在微小 RNA (miRNA) 的失调。本研究的目的是确定和引入有助于调节 GC 中的干性、转移和耐药性的 miRNA。作为一项系统回顾，我们对可用数据集进行了数据挖掘，并回顾了以前的研究，以选择靶向干性、上皮间质转化 (EMT) 和耐药性的 miRNA。所有选定的 miRNA 都通过 R 软件进行分析，以找到这三个过程的共同 miRNA 靶标。然后，分别使用生物信息学工具、ONCO.IO 和 KEGG 数据库获得 miRNA 及其相关信号通路的靶标预测。我们从搜索方法中确定了七个 miRNA（miR-34a、miR-23a、miR-27a、miR-30a、miR-19b、miR-107、miR-100）。这些 miRNA 调节有助于 GC 干性、EMT 和耐药性的通路。四种 miRNA（miR- 34a、miR-23a、miR-30a 和 miR-100）彼此之间存在显著相互作用，其中 52 个靶基因参与调节多种生物过程，其中 MYC、CDK6、NOTCH1、NOTCH2、SIRT1、CD44、CD24 和 AXL 参与调节多种生物过程。这些数据表明，这三种重要特性可由常见 miRNA（hsa-miR-34a、hsa-miR-23a、hsa-miR-30a 和 hsa-miR-100）调节。因此，针对选定的 miRNA 或其靶标可能有助于阻止肿瘤生长和转移发展，并增加肿瘤对化疗药物的敏感性。该特征也可用作转移或耐药性的早期检测。然而，还需要进行更多实验来验证这些结果。关键词：耐药性、胃癌、转移、microRNA、干细胞
VMIX™，一种创新的基于AAV的RNA干扰平台
（mRNA）带有RNA POL II启动子的表达盒会导致mRNA序列中包含的miRNA发夹，然后可以将其导出到细胞质中，然后再被Drosha裂解，从而导致两种途径之间的竞争。•VMIX™向量设计允许分离mRNA和miRNA
microRNA监管网络架构的景观和癌症的功能性重新路由Xu Hua 1，Yongsheng Li 2，Sairahul R. Pentaparthi 2，Danie
摘要◥体突变是癌症发展的主要来源，并且在蛋白质编码区域已经确定了许多驱动器突变。然而，位于miRNA中的突变及其靶点结合位点的突变功能在整个人类基因组中仍然在很大程度上未知。在这里，我们在30种癌症类型上建立了详细的miRNA调节网络，以系统地分析miRNA及其目标位点在3 3 0未翻译区域（3 0 UTR），编码序列（CDS）和5 0 UTR区域的突变效果。从9,819个样品中总共将3,518,261个突变映射到miRNA - 基因相互作用（MGI）。突变在几乎所有癌症类型的靶基因中显示出相互排斥的模式。识别的线性回归方法148个候选驱动器突变，可以显着扰动miRNA调节网络。3 0 UTR中的驱动突变通过更改RNA绑定
microRNA表达与DNA甲基化之间的串扰驱动乳腺癌的激素依赖性表型
背景：观察到异常的DNA甲基化是乳腺癌发生的早期事件。但是，这种变化是如何出现的。microRNA（miRNA）在转录后水平调节基因表达，并在各种生物过程中起关键作用。在这里，我们整合了miRNA表达和CpGS的DNA甲基化，以研究miRNA如何影响乳腺癌甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基，以及DNA甲基化如何调节miRNA表达。方法：来自两个乳腺癌队列的miRNA表达和DNA甲基化数据（n = 297）和癌症基因组地图集（n = 439），通过一种相关方法整合，我们将miRNA-甲基化定量定量性状特征基因座（MIMQTL）分析。层次聚类用于鉴定miRNA和CPG的簇，这些聚类通过分析mRNA/蛋白质表达，临床病理学特征，在硅氧化液反应，染色质状态和可及性，转录因子结合和长期相互作用数据中进一步表征。
基于 CRISPR–Cas9 修饰的催化发夹组装的灵敏且特异的 microRNA 检测和原位成像方法
微小RNA（miRNA）是一类小型非编码RNA，在调控基因表达和相关病理过程中发挥着至关重要的作用。1,2作为一种重要的生物标志物，miRNA在细胞内的分布和表达与许多疾病，尤其是癌症有着密切的关系。因此，miRNA的体外检测和原位成像都有利于疾病诊断。3最近，外泌体是一种直径约30 – 150纳米的小型载体，含有几种不同的生物分子，包括蛋白质、脂质以及mRNA和非编码RNA。外泌体也被认为是细胞 - 细胞通讯介质中的重要部分，因为它们可以将其内容物（尤其是miRNA）释放到邻近细胞和远端细胞。4 – 6因此，外泌体miRNA被视为疾病诊断和病理研究的有前途的生物标志物。据报道，许多 miRNA 检测方法，如实时定量聚合酶链式反应 (qRT-PCR)、北方印迹、微阵列，可在溶液或细胞裂解物中实现灵敏的 miRNA 检测。7,8 尽管如此，这些方法也因步骤耗时、程序复杂和成本昂贵而受到批评，阻碍了它们的广泛应用。7,9,10
MicroRNA 在旧线虫中的新作用
使用秀丽隐杆线虫作为衰老研究的模型生物对于我们了解该过程中涉及的基因和通路至关重要。几种响应胰岛素信号、饮食和蛋白质稳态攻击的保存良好的信号通路在控制寿命方面发挥着明确的作用。新的证据表明微小 RNA (miRNA) 在调节这些通路方面发挥着重要作用。在某些情况下，关键的衰老相关基因已被确定为特定 miRNA 的直接靶标。然而，其他 miRNA 及其蛋白质辅因子在促进或拮抗长寿方面的确切功能仍需确定。在这里，我们重点介绍了最近发现的 miRNA 在常见衰老通路中的作用，以及正在研究的用于在衰老秀丽隐杆线虫中发现 miRNA 功能的新技术。
microRNA：其中一名压力战士在水稻对改变气候条件的弹性中起着至关重要的作用
本世纪正在呈现全球气候变化，并在环境条件下发生了重大变化，这可能会影响几种生物体的生长，发育和生存。反过来，这种影响会影响地球上生物的食物，饲料和饲料的可用性。反复发生的环境压力，例如热，干旱，冷，昏昏欲睡等。可能会造成巨大的收益率损失，对农作物的挑战以及对可持续粮食安全的担忧。在压力条件下基因表达的调节是植物为应对环境应力而采用的分子策略之一。microRNA（miRNA）在通过翻译抑制或由于mRNA的裂解而在控制基因表达方面起重要作用。此外，miRNA正在成为调节发育过程（包括生产力/产量以及对植物压力的反应）的较新候选者。通常，miRNA的靶标是转录因子和与胁迫反应相关的基因，从而影响植物的适应性潜力。miRNA（miR160-arf，miR159-myb和miR169-nFya）的组合参与了调节植物干旱下基因表达的调节。这些干旱响应性的miRNA被证明具有影响生理，生化和分子反应的影响，并用作作物植物基因操纵的候选物，以增强胁迫弹性。本综述提供了对miRNA的见解，这是一种应力，在植物（尤其是大米中）对环境压力的弹性中起着重要作用。据报道，miRNA可以控制关键的生物学过程，例如呼吸，光合作用，信号通路，衰老等，尤其是在压力条件下。已经讨论了利用基于miRNA的策略进行改进的一些局限性以及未来的观点。这些可能有助于理解miRNA的功能，这是基因调节网络的重要组成部分之一，这将促进农作物的遗传改善，从而获得多种应力并产生潜力。
肠道微生物组，miRNA和人类病理之间的双向相互作用的系统回顾
microRNA（miRNA）和肠道微生物组是人类健康的关键调节剂，新兴的证据突出了它们在慢性疾病中复杂的双向相互作用。miRNA，会影响基因表达，并可以调节肠道微生物组的组成和功能，从而影响代谢和免疫过程。相反，微生物组会影响宿主miRNA表达，从而影响炎症途径和疾病易感性。这项系统评价研究了最近的研究（2020-2024），专注于人类受试者，通过严格的包容和排除标准选择。如果研究在胃肠道疾病，肥胖，自身免疫性疾病，认知和神经退行性疾病以及自闭症的背景下研究了miRNA与肠道微生物组之间的相互作用，则包括研究。在体外，体内和计算机分析中被排除在外，以确保对人类病理生理学的强烈转化。值得注意的是，患者稳定且丰富的miRNA已成为微生物组驱动的炎症的有前途的生物标志物。这项系统评价概述了miRNA，它们对细菌菌株的调节作用及其与特定疾病的关联。它还探讨了治疗性进步以及基于miRNA的疗法恢复微生物平衡并减少炎症的潜力。
PA焊机microRNA研究
慢性职业暴露于焊接烟雾中的金属暴露与神经退行性疾病（NDDS）的病因有关，包括帕金森氏病（PD）和阿尔茨海默氏病（AD）。microRNA（miRNA）表达的变化与各种神经退行性条件有关。尤其是循环miRNA已成为有希望的，微创的生物标志物，用于诊断和监测疾病的进展。这项研究旨在表征miRNA在焊接和非焊机中富含神经元的血清外囊泡（EV）中的表达，以探索其与金属浓度和焊接暴露措施的潜在联系，并作为早期诊断生物标志物的神经变性物的潜在联系。收集了来自39个焊机和27个健康个体的血清样品，并提取并分析了EV封闭的miRNA。此外，还获得了全血金属浓度和焊接暴露测量。五十个miRNA在焊工与非焊工中的失调失调，其中三个（miR-16-5p，miR-93-5p，miR-93-5p，miR-486-5p）显示表达降低，两种（miR-4281和miR-4417）表现出与血液金属浓度以及长期和短期式销售量的正相关。这些miRNA的失调表明，接触金属可能会破坏重要的生物学过程，可能导致NDD的风险升高。这些发现强调了进一步研究的必要性，以验证焊接烟雾中的金属暴露，循环miRNA的失调及其在神经退行性疾病发展中的作用，这对基于miRNA的生物标志物在早期疾病检测和预防中的作用影响。
microRNA在海马的神经生物学和病理生理学中的作用
microRNA（miRNA）是与发育和疾病的许多方面相关的简短非编码和保存良好的RNA。microRNA控制与不同生物过程相关的基因的表达，并在许多基因的和谐表达中起着重要的作用。在中枢神经系统的神经发育过程中，miRNA在时空受到调节。在成熟的大脑中，miRNA的动态表达继续持续，突出了它们在神经元中的功能重要性。作为关键的大脑结构之一，海马是大脑主要功能连接的关键组成部分。海马中的基因表达异常导致神经发生，神经成熟和突触形成的扰动。这些干扰是几种神经系统疾病和行为缺陷的根源，包括阿尔茨海默氏病，癫痫和精神分裂症。有强有力的证据表明，miRNA中的异常是通过离子通道的不平衡活性，神经元兴奋性，突触可塑性和神经元凋亡来在海马中的神经退行性机制中造成的。一些miRNA会影响海马中的氧化应激，炎症，神经分化，迁移和神经发生。此外，神经变性中的主要信号传导级联反应，例如NF-Kβ信号传导，PI3/AKT信号传导和Notch途径，由miRNA密切调节。这些观察结果表明，MicroRNA是海马基因调节网络中的重要调节剂。在当前的综述中，我们着重于海马正常发育和神经发生的miRNA功能作用。我们还考虑海马中的miRNA对于病理生理途径中的基因表达机制至关重要。