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Panorama：探索种间多样性的微生物基因组的比较pangenomics工具
随着公共数据库中核基因组的增加，比较基因组学方法现在使用数百种基因组来分析物种多样性。许多研究着重于整个物种基因含量，即pangenome，以了解其在流行病学或环境数据方面的共同和可变基因方面的进化。在这种情况下，我们一直在研究基因组数据表示作为pangenome图。我们开发了用于重建和分配的pangenome重建和分区（Ppanggolin 1），基因组可塑性鉴定区域（PANRGP 2）和模块检测（PanModule 3）的方法。与Panorama一起，我们将实现新的方法论发展，以进行pangemenomes的比较研究。 将有助于研究细菌的适应潜力，并更好地了解微生物代谢多样性背后的进化动力学。与Panorama一起，我们将实现新的方法论发展，以进行pangemenomes的比较研究。将有助于研究细菌的适应潜力，并更好地了解微生物代谢多样性背后的进化动力学。
对乳酸细菌的分离和初步筛选，从生牛奶中为抗菌潜力
乳酸细菌（LAB）因其在食品保存中的作用及其产生细菌素的潜力而被广泛认可，天然抗菌肽有效地针对各种粮食源性病原体。本研究的重点是从摩洛哥南部和北部收集的生奶样品中产生细菌素的实验室菌株的分离和表征。表型和基因型方法用于鉴定分离的菌株，并针对包括大肠杆菌和沙门氏菌属的普通食源性病原体评估了它们的抗菌活性。结果表明，有几种实验室菌株具有明显的细菌素产生和对靶病原体的强烈抑制作用。这些发现突出了这些菌株在食品行业中的潜在应用，尤其是为了提高发酵食品的安全性和保质期。这项研究为将来研究实验室作为天然食品防腐剂的生物技术剥削提供了基础。
通过掺入氧化石墨烯和氧化石墨烯中的磺化聚乙烯氨膜
Mehri Shabani，H。Younesi，MaximePontié，A。Rahimpour，M。Rahimnejad等。通过掺入氧化石墨烯和功能化的石墨烯氧化硫烯中的硫酸聚乙烯硫酸酯膜中，增强了微生物燃料细胞的效率。可再生能源，2021，179，pp.788-801。10.1016/j.renene.2021.07.080。hal-03335271
抗肿瘤活性和激素毒素的作用机理，一种与Dermaseptin-B2结合的LHRH类似物，一种多功能抗菌肽
w在320至355 nm之间，最大发射波长反映了W对溶剂的暴露。在水溶液（PBS 1X）中测量这种荧光在非结构环境中观察（肽不会在水中形成α-螺旋）和胶束溶液，以研究脂肪样微环境的效果（图6a.3和6b.3）。我们观察到，超过1 mm，即DPC的CMC，DRS-B2的荧光发射最大值和H-B2移动向更短波长（“蓝移”），并显示出荧光强度的强烈增加（高染料移位）。这些光谱变化反映了从亲水性到疏水环境的变化，可以通过埋在DPC胶束的疏水层中的W残基来解释，或者
熏蒸剂dazomet通过改变根际微生物群落
在连续种植多年后，农作物通常会受到生长抑制作用，这严重影响了其产量。在农业生产中，土壤熏蒸可以有效地减轻植物的生物压力。然而，对土壤熏蒸变化和植物反应的微生物群之间的关系，以及它们的存在是否对植物做出了有益的贡献，尚不清楚。我们通过影响微生物来探索土壤熏蒸的机理，从而促进植物生长。结果表明，dazomet的治疗显着缓解了烟草的生长迟缓，而这种差异在烟草的繁荣时期最为明显，当时植物高度和叶子面积分别增加了3.33次和3.24次。此外，地上组织的生长优势与根部优势显着相关（p <0.05）。同时，我们发现dazomet处理显着增加了与根相关的大量微生物基团，例如g_pedobacter，g_microbacterium和g_brevundimonas。结构方程建模的结果表明，与所应用的dazomet量正相关的微生物群落，并且与根部正相关（p <0.05）是有助于烟草生长优势的重要因素。总体而言，这项研究的发现对于增强我们通过熏蒸的土壤修复的理解具有重要意义，并且可能对dazomet熏蒸的实际应用具有很大的影响。
一种用于预测分子抗菌活性的机器学习方法
响应对抗生素抗性的日益关注以及抗生素发现中传统方法的局限性，我们引入了一种基于机器学习的方法，名为MFAGCN。这种方法通过将三种类型的分子指纹（MACC，PubChem和ECFP）与分子图表示作为输入特征，以特定于分子官能团的重点来预测分子的抗菌功效。MFAGCN结合了一种注意机制，将不同权重分配给来自不同相邻节点的信息的重要性。在两个公共数据集上使用基线模型的比较实验证明了MFAGCN的出色性能。此外，我们对训练和测试集中的功能组分布进行了分析，以验证模型的预测。此外，还进行了已知抗生素的结构相似性分析，以防止重新发现已建立的抗生素。这种方法使研究人员能够快速筛选具有有效抗菌特性的分子，并促进影响抗菌性能的官能团，从而为进一步的抗生素发育提供了宝贵的见解。
低成本凝胶填充的微孔阵列装置，用于筛选海洋微生物财团
为了利用环境中存在的微生物以获得其有益资源，有效的选择和从环境样品中隔离了微生物是必不可少的。在这项研究中，我们使用树脂制造了一个用于微生物培养的凝胶填充的微孔阵列装置。该设备具有集成的密封机制，可以基于微生物的培养物进行高密度隔离。该设备易于管理，使用明亮场显微镜促进观察。这款由甲基丙烯酸甲酯（PMMA）/聚乙二醇三苯二甲酸酯（PET）制成的低成本装置具有900个微孔（600μm×600μm×600μm×700μm），填充在玻璃滑板板中的微生物培养基培养基。它还具有用于维持微凝胶中水分含量的凹槽。井之间的分区壁具有高度疏水的涂层，可抑制微生物迁移到相邻井中并防止液体物质交换。密封后，该设备可以在琼脂糖凝胶中保持水分7天。在使用该设备的细菌培养实验中，将环境细菌分离出来，并在3天后在单个井中培养。此外，然后从井中捡起孤立的细菌并重新培养。该设备可有效地首次筛选海洋环境样品中的微生物。
针对人类临床用途的革兰氏阴性感染的新兴抗菌疗法
越来越需要新颖的治疗剂抗菌抗菌抗性抗菌丝抗菌抗菌菌和现代医学实践来治疗感染。在2019年，超过600万人死亡与抗生素耐药菌1有关，预计到2050年，每年将增加每年超过1000万人死亡。在2021年，由于多药耐药性（MDR）造成了100,000多人死亡，其中四种是革兰氏阴性菌，包括鲍曼尼杆菌，大肠杆菌，克雷伯氏菌，肺炎，肺炎，以及铜绿假单胞菌3。此外，在2024年世界卫生组织（WHO）细菌优先病原体列表中，有9种的物种是革兰氏阴性4。这种细菌尤其有问题，因为它们本质上对许多抗生素具有抗药性，因为它们的外膜可以充当物理屏障，以防止细胞进入和靶向杀死2的细胞内成分。此外，许多革兰氏阴性细菌正在迅速获得对最后一线抗生素的抗性，包括碳青霉烯，第三代头孢菌素和氟喹诺酮。可以预测，针对特定革兰氏阴性感染的新抗菌剂的开发将避免到2050年2月2日死亡。由于使用合适的药代动力学和毒性方面识别或设计分子的固有挑战，抗生素发现显着降低，再加上细菌耐药性可以发展的速度。鉴于这些问题，已经提出了许多可与现有标准护理结合使用的新型抗菌疗法（图1）。由于缺乏经济上可行的途径来开发这些药物，因此导致许多大型制药公司在抗生素开发中进行投资5。这些包括直接针对细菌的方法，包括噬菌体治疗（PT），噬菌体产物，抗病毒疗法和抗菌肽（AMP）。其他潜在疗法
生物作为复杂微生物和病毒关联的介体
微生物真核生物（又称生物学家）以其在不同生态系统中的营养循环中的重要作用而闻名。然而，原始人相关的微生物组的组成和功能在很大程度上仍然难以捉摸。在这里，我们采用了与培养无关的单细胞分离和基因组分辨的宏基因组学，以详细的见解对目前从不同环境中分离出的目前无法培养的纤毛和Amoebae的100多个未倍增的微生物组和病毒膜。我们的发现揭示了独特的微生物组组成，并暗示了复杂相互作用以及与细菌共生体和病毒关联的复杂网络。我们观察到纤毛和变形虫在微生物组和病毒蛋白组成方面存在明显的差异，突出了原生物 - 微生物相互作用的特异性。超过115个回收的微生物基因组与已知的真核生物的内共生体相关，其中包括多元化的众多成员，人力体，军团菌，衣原体，依赖性和250个以上的人与可能的宿主相关细菌属于phylylyscibac的细菌。我们还确定了属于多种病毒谱系的80多个巨型病毒，其中一些病毒在单细胞转录组中积极表达基因，这表明可能与采样的生物有关联。我们还揭示了广泛的其他病毒，这些病毒被预测会感染真核生物或宿主相关的细菌。我们的结果提供了进一步的证据，表明生物是复杂的微生物和病毒关联的介体，在生态网络中起着至关重要的作用。我们的样品中巨型病毒和多种微生物共生体的频繁同时出现表明多部分关联，尤其是在变形虫中。我们的研究提供了与鲜为人知的原生物谱系相关的微生物多样性的初步评估，并为对原生生态学及其在环境和人类健康中的作用有了更深入的理解铺平了道路。