大规模并行报告基因检测 (MPRA) 是一种高通量方法,用于评估数千个候选顺式调控元件 (CRE) 的体外活性。在这些检测中,候选序列被克隆到由独特 DNA 序列标记的报告基因的上游或下游。然而,标签序列本身可能会影响报告基因的表达,并导致测量的顺式调控活性出现重大潜在偏差。在这里,我们提出了一种基于序列的方法来校正标签序列特异性效应,并表明我们的方法可以显著减少这种变异源并提高 MPRA 对功能性调控变体的识别。我们还表明我们的模型可以捕获与 mRNA 转录后调控相关的序列特征。因此,这种新方法不仅有助于提高 MPRA 实验中对调控信号的检测,而且还有助于设计更好的 MPRA 协议。
在线访问 https://mpra.ub.uni-muenchen.de/116504/ MPRA 论文编号116504,发布于 2023 年 2 月 25 日 14:39 UTC
在线网址:https://mpra.ub.uni-muenchen.de/117838/ MPRA 论文编号。 117838,发布于 2023 年 7 月 8 日 01:41 UTC
在线https://mpra.ub.uni-muenchen.de/118477/ mpra纸编号118477,发布13 9月2023年13:29 UTC
在线https://mpra.ub.uni-muenchen.de/123294/ mpra纸编号123294,发布于2025年1月18日09:18 UTC
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在线https://mpra.ub.uni-muenchen.de/116388/ mpra纸编号116388,发布2023年2月20日09:31 UTC
在线https://mpra.ub.uni-muenchen.de/104586/ mpra纸编号104586,发布2020年12月13日20:47 UTC
在线访问 https://mpra.ub.uni-muenchen.de/100344/ MPRA 论文编号 100344,发布于 2020 年 5 月 15 日 05:23 UTC