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用多路复用单细胞转录组筛选解码人神经器官的形态学模式
形态剂是直接细胞命运和组织发育的分泌信号分子，用于将神经上皮祖细胞指向整个Central神经系统的离散区域认同。在体外源自多能干细胞的神经组织（神经器官）为研究神经区域化提供了新的模型，但是，我们缺乏对发展中人类神经上皮质量如何对形态学提示进行的全面调查。在这里，我们使用多重的单细胞转录组学筛选产生了形态学诱导的对人神经类动物轴向和区域特异性影响的详细图。我们发现，形态剂的时序，浓度和组合强烈影响器官细胞类型和区域组成，并且该细胞系和神经诱导方法强烈影响对给定形态学条件的反应。我们将浓度梯度施加在多孔板中的浓度梯度或多孔板中的一系列静态浓度，以探索在两种情况下，人类神经上皮如何解释莫尔多的浓度并观察到类似的剂量依赖性剂量依赖性域。总的来说，我们提供了一个详细的资源，该资源支持新的区域化神经器官协议的发展，并增强了我们对人类中枢神经系统模式的理解。
多路复用成像数据处理中公平质量控制的观点
多路复用成像方法越来越多地用于大型组织区域的成像，从样品的数量和每个样品的图像数据大小来产生大型成像数据集。由于从大量的染色目标中频繁的技术文物和异质性填充，可以简化多路复用图像的分析，因此已经开发出了自动化的管道，因此已经开发了自动化的管道，因此已经开发出了自动化的管道，因此已经开发出了自动化的管道。在这些管道中，一个处理步骤的输出质量通常取决于上一个步骤的输出和每个步骤的错误，即使它们显得很小，也可以传播和混淆结果。因此，在图像处理管道的每个不同步骤中，严格的质量控制（QC）对于正确分析和解释分析结果以及确保数据的可重复性至关重要。理想情况下，QC应该成为成像数据集和分析过程的组成部分且易于检索的部分。然而，当前可用的框架的局限性使交互式QC难以集成大型多重成像数据。鉴于多路复用成像数据集的大小和复杂性的增加，我们提出了将QC整合到图像分析管道中的不同挑战，并提出了可能建立在生物图像分析最新进展之上的可能解决方案。
使用潜在类别分析评估泰国临床蠕虫感染的Kato-Katz和多重定量聚合酶链反应性能
使用适当的诊断工具对于土壤传播的蠕虫控制和消除工作至关重要。Kato-Katz（KK）是最常用的诊断，但最近其他工具，例如实时定量聚合酶链反应（多重QPCR），开始使用更多。在这里，我们评估了泰国五个蠕虫物种的这两种诊断工具的性能。在没有黄金标准的情况下，可以使用潜在类别分析评估诊断性能。我们的结果表明，在高于2％多重QPCR的中等至高流行率的情况下，这比KK更敏感，对于东北省的Opisthorchis viverrini来说，这尤其明显。然而，对于低患病率，两种诊断症都遭受低灵敏度。两种诊断的特异性估计在所有设置中均为高（高于70％）。对于某些特定的蠕虫感染，例如O. viverrini，
mgikit：用于MGI FASTQ文件的解密工具包
MGI Tech推出了一系列基于DNBSEQ技术的新NGS设备。对于不同类型的测序文库而言，这些序列据报道这些序列仪的准确性相似或精确度略低。但是，根据T7 Sequencer的情况，它们每天更具成本效益，并且每天达到约6 TB的数据。这些原因为MGI测序仪在基因组学领域中广泛使用铺平了道路，因此鼓励开发可以分析此类数据的软件。MGI序列器输出带有不同读取标题和文件命名的大型FastQ文件，而不是Illumina输出。单端的配对末端或正向读取（R1）的反向读取（R2）的末端是包含样本索引（i7和i5）和唯一分子标识符（UMI）的读取条形码。这些索引用于删除数据，即将读取分配给相应的样本。MGI Tech已将SplitBarcode工具1发布给Demultiplex MGI FastQ。但是，该工具无法识别数据中的UMIS，也没有解决不同标头和文件命名格式的问题，这些格式可以由Illumina基于Illumina的工具所需的问题。此外，它要求用户知道在读取条形码中找到索引的前期，并且不支持同一运行中的多个库。Mgikit用Rust编程语言写。可以在工具网页上获得综合文档和用户指南https：// sagc- bioinformatics.github.io/mgikit/。在此申请注释中，我们提供了一个软件套件的Mgikit，以消除MGI FASTQ数据，检测条形码模板并生成可以通过mgikikit-multiqc插件转换为html报告的反复材料和质量报告工具[1]。
使用轨道角动量光束复用/多播实现安全光互连
摘要：轨道角动量 (OAM) 用方位角相位项 exp ð jl θ Þ 描述，具有具有不同拓扑电荷 l 的不受约束的正交态。因此，随着全球通信容量的爆炸式增长，特别是对于短距离光互连，光承载 OAM 由于其正交性、安全性以及与其他技术的兼容性，已证明其在空分复用系统中提高传输容量和频谱效率的巨大潜力。同时，100 米自由空间光互连成为“最后一英里”问题的替代解决方案，并提供楼宇间通信。我们通过实验演示了使用 OAM 复用和 16 进制正交幅度调制 (16-QAM) 信号的 260 米安全光互连。我们研究了光束漂移、功率波动、信道串扰、误码率性能和链路安全性。此外，我们还研究了 260 米范围内 1 对 9 多播的链路性能。考虑到功率分布可能受到大气湍流的影响，我们引入了离线反馈过程，使其灵活控制。
引用：Anderson EW，Fishbein J，Hong J等。喹啉酸是一种kynurenine/色氨酸途径代谢产物，与认知受损的TES div>相关联
抽象的客观抗DSDNA抗体（抗DSDNA）是SLE中所有分类方案的组成部分，并包括经过验证的活动指标中的一个域之一。抗DSDNA经常通过酶免疫测定（EIA）或crithidia luciliae免疫荧光试验（CLIFT）进行商业测量。通过通过两种不同的测定法测量这些抗体的临床影响，这项研究利用了良好的多种族/种族组合。方法所有患者符合至少一种经过验证的方案的SLE分类标准：美国风湿病学院，系统性红斑狼疮国际合作诊所和/或美国风湿病学/欧洲联盟反对风湿主义分类标准。通过多重EIA和Clift同时配对的抗DSDNA患者。 对一致性或不一致的分析，测定法的滴度可比性以及与杂交SLE病活动指数评分，狼疮肾炎的患病率（LN），预测耀斑和分类标准的能力。 结果207名患者由EIA和Clift至少一次用于抗DSDNA，产生了586个配对结果。 377对是一致的，有209对不一致。 207例患者中的41个总是不一致的成对结果，39名患者总是患有滴度不一致的结果。 在100例LN患者中，60例EIA为阳性，Clift为72例。 对LN与没有LN患者的患者的敏感性和特异性分别为EIA 60％和47％，Clift分别为72％和37％。通过多重EIA和Clift同时配对的抗DSDNA患者。对一致性或不一致的分析，测定法的滴度可比性以及与杂交SLE病活动指数评分，狼疮肾炎的患病率（LN），预测耀斑和分类标准的能力。结果207名患者由EIA和Clift至少一次用于抗DSDNA，产生了586个配对结果。377对是一致的，有209对不一致。207例患者中的41个总是不一致的成对结果，39名患者总是患有滴度不一致的结果。在100例LN患者中，60例EIA为阳性，Clift为72例。对LN与没有LN患者的患者的敏感性和特异性分别为EIA 60％和47％，Clift分别为72％和37％。42例成对结果后的90天内进行了耀斑评估。 七个轻度耀斑和四名患有严重耀斑的患者中有六名均具有一致的阳性结果。 结论我们的数据表明，抗DSDNA的两种测定法之间的阳性不一致相对普遍，发生在整个患者的五分之一和三分之一的访问中。 eiA阳性与LN相比，LN的频率少于Clift阳性。 与抗DSDNA分析之间的结果显着不一致，获得Clift和EIA分析可能对SLE的分类和常规监测可能是有益的。42例成对结果后的90天内进行了耀斑评估。七个轻度耀斑和四名患有严重耀斑的患者中有六名均具有一致的阳性结果。结论我们的数据表明，抗DSDNA的两种测定法之间的阳性不一致相对普遍，发生在整个患者的五分之一和三分之一的访问中。eiA阳性与LN相比，LN的频率少于Clift阳性。与抗DSDNA分析之间的结果显着不一致，获得Clift和EIA分析可能对SLE的分类和常规监测可能是有益的。
使用新型熔体发夹探针设计
数字PCR（DPCR）是需要对目标分子绝对定量或检测罕见事件的研究和诊断应用的强大工具，但是可以在测定中进行区分的核酸靶标数量限制了其实用性。对于大多数DPCR系统，每个目标都会在光通道中检测到一个目标，并且目标总数受到平台上光通道的数量的限制。高阶多路复用有可能显着增加DPCR的实用性，尤其是在样本有限的情况下。多路复用的其他潜在收益包括较低的成本，更多的探针生成的其他信息以及较高的吞吐量。为了满足这种未满足的需求，我们开发了一种新颖的基于熔体的发夹探针设计，以提供多重多重数字PCR的强大选择。在16孔微流体数字PCR平台中，使用三个基于熔体的发夹探针的原型多重数字PCR（MDPCR）测定方法准确区分并量化了每个孔的12个核酸靶标。对于具有10,000个人类基因组当量的样品，空白极限的探针特异性范围为0.00％ - 0.13％，检测分析限制的范围为0.00％ - 0.20％。实验室间的可重复性非常好（r 2 = 0.997）。重要的是，这种新型基于熔体的发夹探针设计具有超出该原型测定的12个目标/孔的多路复用的潜力。具有出色性能特征的易于使用的MDPCR技术有可能彻底改变数字PCR在研究和诊断环境中的使用。
与基于铂的化学疗法相比，未接收PD-1的非小细胞肺癌患者的外周免疫和多重血浆标志物分析的单细胞质量细胞仪分析
肺癌，最常见的癌症类型会导致全球所有癌症死亡的13％（1）。 肺癌是通过组织学分类为两种主要类型的一种异质性疾病：小细胞肺癌（22％）和非小细胞肺癌（NSCLC），进一步分类为腺癌（40％），鳞状细胞瘤（30％）和大细胞瘤（2）（2）（2）（2）（2）（8％）（8％）（8％）（8％）。 非小细胞肺癌的总5年生存率约为15％，小细胞肺癌约为6％（3，4）。 烟草吸烟已被描述为美国所有与肺癌相关的死亡的87％（5）。 尽管两种类型的吸烟都受到不同的影响，但已证明烟草烟雾是肺癌的主要初步环境原因因素（2）。 主要的治疗选择是手术，放射疗法，化学疗法，针对癌细胞驱动器突变的靶向治疗或免疫疗法。 这些疗法的组合也可以按照最近的指南和当地建议使用。 基于铂的化学疗法，例如顺铂，卡铂和奥沙利铂，是肺腺癌的金标准化学疗法治疗方案，而无需靶向突变（6，7）。 在免疫疗法的出现时，ICI的应用大大改变了患者的总体生存（OS）的良好反应者；与NSCLC中的Docetaxel相比，将第一，PD-1阻断Nivolumab和pembrolizumab作为二线治疗方案的应用（8-10）。肺癌，最常见的癌症类型会导致全球所有癌症死亡的13％（1）。肺癌是通过组织学分类为两种主要类型的一种异质性疾病：小细胞肺癌（22％）和非小细胞肺癌（NSCLC），进一步分类为腺癌（40％），鳞状细胞瘤（30％）和大细胞瘤（2）（2）（2）（2）（2）（8％）（8％）（8％）（8％）。非小细胞肺癌的总5年生存率约为15％，小细胞肺癌约为6％（3，4）。烟草吸烟已被描述为美国所有与肺癌相关的死亡的87％（5）。尽管两种类型的吸烟都受到不同的影响，但已证明烟草烟雾是肺癌的主要初步环境原因因素（2）。主要的治疗选择是手术，放射疗法，化学疗法，针对癌细胞驱动器突变的靶向治疗或免疫疗法。这些疗法的组合也可以按照最近的指南和当地建议使用。基于铂的化学疗法，例如顺铂，卡铂和奥沙利铂，是肺腺癌的金标准化学疗法治疗方案，而无需靶向突变（6，7）。在免疫疗法的出现时，ICI的应用大大改变了患者的总体生存（OS）的良好反应者；与NSCLC中的Docetaxel相比，将第一，PD-1阻断Nivolumab和pembrolizumab作为二线治疗方案的应用（8-10）。不幸的是，肿瘤的进展通常超过初始反应，或者对ICI的抗性也可能发展（11）。几种免疫机制可能会与ICI治疗的成功相抵消，例如T细胞疲劳，抗原表现减少，代谢改变或辅助分子的下调（12）。尽管PD-L1表达是一种强烈的指示，但我们仍然缺乏预后标记，可以增加患者对PD-1靶向ICI治疗的好处（13）。
高质量亮度分析用于蛋白质和基因表达多重分析
图3。用PHA，CONA或LPS刺激后，基因（RNA）与蛋白质表达的相关性与蛋白质表达的相关性。在刺激后12、24和48小时，ENA（CXCL5），GRO-ALPHA（CXCL1），MCP-3（CCL7）和BLC（CXCL13）的相对RNA和蛋白质表达。将Quantigene plex人免疫反应面板80-plex数据（线图）标准化为管家PPIB。使用Procartaplex人免疫反应面板80-plex获取蛋白质数据。数据（条形图）显示为log2折叠在未刺激的控制样本上的变化。
IN4MER CRISPR/Cas12a 多重敲除平台
高效基因敲除和遗传相互作用：IN4MER CRISPR/Cas12a 多重敲除平台 Nazanin Esmaeili Anvar 1,2,* , Chenchu Lin 1,* , Xingdi Ma 1,2,* , Lori L. Wilson 1 , Ryan Steger 3 , Annabel K. Sangree 3 , Medina Colic 1 , Sidney H. Wang 4 , John G. Doench 3 , Traver Hart 1,5,6