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基因组和生物信息学 - 拟南文 -
Genomic and bioinformatic profiling of mutational neoepitopes reveals new rules to predict anticancer immunogenicity Fei Duan 1 , Jorge Duitama 2 , Sahar Al Seesi 2 , Cory M. Ayres 3 , Steven A. Corcelli 3 , Arpita P. Pawashe 1 , Tatiana Blanchard 1 , David McMahon 1 , John Sidney 4 , Alessandro Sette 4 , Brian M. Baker 3，I. Mandoiu 2和Pramod K. Srivastava 1 1 1 1免疫学和Carole和Ray Neag Neag Neag综合癌症中心，康涅狄格大学医学院，法明顿大学，CT 06030 2计算机科学与工程系，康涅狄格大学，康涅狄格大学，CT 06269 306269 3.巴黎圣母院（Notre Dame），在46556 46556 4 Lajolla过敏和免疫学研究所，La Jolla，CA 92037癌症的突变曲目创造了使癌症免疫原性的新皮特。在这里，我们介绍了两个新型工具，这些工具以相对较高的精度识别了一小部分的新皮特（在数百种潜在的新皮上）通过抗肿瘤T细胞响应保护宿主。这两个工具由（a）突变序列与未分离的对应物之间的NetMHC得分的数值差异称为差分激光指数（DAI），以及（b）MHC I肽相互作用的构象稳定性。从机械上讲，这些工具识别出突变以创建用于MHC结合的新的锚固残基的新皮特，并使整体肽更加刚性。这些结果大大扩展了目标癌抗原的宇宙，并确定了人类癌症免疫疗法的新工具。我们将方法应用于mutliple独立肿瘤。令人惊讶的是，此处鉴定出的保护性新皮肤引起了CD8依赖性免疫力，尽管它们对KD的亲和力是比500 nm的阈值低的数量级，但被认为合理的这种相互作用。实际上，包括DAI算法在内的管道首先是在肿瘤细胞系的甲基甲基细胞系中进行经验得出的，然后在CMS5细胞系上进行了测试。通过DAI算法预测的抗肿瘤活性在CMS5中明显强大。这种变化很可能是甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基苯甲酸酯特有的免疫抑制机制的反映，因此与DAI算法本身的优点无关。此后，DAI算法在另一种小鼠肿瘤B16黑色素瘤和该系中T细胞反应的数据中进行了测试，与仅NETMHC的显着优越性一致。尽管本研究的重点是鉴定CD8 T细胞的MHC I限制表位，但该分析也可以扩展到CD4 T细胞的MHC II限制表位。
靶向组蛋白去乙酰化酶增强Erastin诱导的铁死亡对EGFR激活突变肺腺癌的治疗效果
肺癌是死亡率最高的恶性肿瘤，而肺腺癌（LUAD）占所有肺癌的40%（1）。在亚洲，表皮生长因子受体（EGFR）是LUAD最常见的驱动突变，发生率为55%（2-4），其中EGFR激活突变在全球占17.4%，在中国占37.3%（5）。表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）目前是EGFR突变LUAD患者的标准一线治疗方案（6）。尽管使用EGFR-TKI已为晚期EGFR突变型NSCLC患者带来显著的临床获益和前所未有的生存率提高（7-10），但不可避免地会产生获得性耐药。继发性EGFR突变，包括EGFR-T790M突变和EGFR结构域内的其他突变、MAPK、PI3K和细胞周期基因的突变以及EGFR或其他致癌基因如MET的扩增，导致LUAD细胞获得性EGFR-TKI耐药（11-13）。但有些患者在缺乏已知耐药机制的情况下获得了EGFR-TKI耐药。因此，内在性EGFR-TKI耐药是临床上的一个挑战。据报道，大约20%-30%的EGFR突变型LUAD对EGFR-TKI具有内在性耐药（14）。因此，如何克服这些获得性和内在性的EGFR-TKI耐药一直是临床关注的焦点。
Chediak Higashi综合征中的基因突变：A ...
简介：Chediak-Hogashi综合征的特征是表型变化，例如部分白化病，进行性神经系统唱片，皮肤感染和易于血肿。这种情况是由溶酶体交通调节蛋白Lyst基因突变引起的，该蛋白负责中性粒细胞中巨型溶酶体的发展。目的：识别和分析与Chediak-Hogashi综合征发展有关的LYST基因相关的主要突变。方法论：选择了21种针对人类研究的文章，从而丢弃了动物实验。发现的突变是在包含：文章标题，具有突变的基因型，表型（基因表达）和Zigoity的表中组织的。结果和
评估DNA修复缺陷的突变积累...
李斯特氏病是由细菌单核细胞增生菌引起的，是一种严重的食源性疾病，具有很大的公共卫生影响，尤其是由于其在高危人群中的严重结果。弱势群体 - 包括老年人，孕妇，新生儿和免疫功能低下的个体 - 特别容易受到这种疾病的侵入性形式，例如菌血症和脑膜炎。这些条件与高病态率率有关，强调了良好的食品安全和监视系统的重要性，即通过迅速识别受污染的食物来源来迅速检测和管理暴发。欧洲疾病预防与控制中心（ECDC）的最新数据表明，欧洲李斯特菌病病例的增加，强调了这种感染对公共卫生的持续挑战（欧洲预防疾病预防与控制中心，2023年）。在奥地利，自2014年以来，从人，食物和环境来源的单核细胞增生菌菌分离出来。自2016年以来，这些分离株已通过全基因组测序（WGS）和核心基因组多焦点序列（CGMLST）常规分析（Cabal等，2019; Pietzka等，2019）。NRL在中央数据库中管理WGS数据，应用CGMLST跟踪簇和跟踪潜在的污染源。这种系统的监测与欧盟范围内的计划保持一致，该计划授权了侵入性李斯特菌病病例的通知，并使用基于WGS的监视作为早期爆发检测和控制的基石。在李斯特菌爆发调查中，CGMLST是一种具有高歧视性的技术。在李斯特菌爆发调查中，CGMLST是一种具有高歧视性的技术。通过分析单核细胞增生乳杆菌基因组中的保守基因来鉴定遗传相关的克隆。Ruppitsch等人（欧洲疾病预防与控制中心，2020年），用于单核细胞增生李斯特菌的键入。 具有1,701个靶基因以及Moura等人的巴斯德方案的方案（Ruppitsch等，2015）。 具有1,748个目标基因是常用的CGMLST方案，在整个欧盟成员国的监视工作协调方面起着至关重要的作用（Ruppitsch等，2015; Moura等，2016; 2016; 2016;欧洲疾病预防与控制中心，2020年）。 CGMLST在李斯特菌爆发检测中的一个基本方面是应用簇阈值（通常为7-10个等位基因差异）将与爆发相关的病例与零星的病例分开。 该阈值基于研究表明，从同一暴发中分离出来的分离率通常差异少于7-10个等位基因（Ruppitsch等，2015；欧洲疾病预防与控制中心，2022年）。 通过应用此限制，调查人员可以有效地确定何时开始爆发调查并优化食物追溯工作。 将分子数据与流行病学证据的整合，包括患者的食物史，在几项爆发研究中证明至关重要，从而可以鉴定受污染的食物来源以及快速实施控制措施，例如食品产品召回。 例如，从2014年到2019年，涉及22例欧盟成员国的22例单核细胞增生疫苗爆发与使用CGMLST污染的鲑鱼产品有关（欧洲疾病中心用于单核细胞增生李斯特菌的键入。具有1,701个靶基因以及Moura等人的巴斯德方案的方案（Ruppitsch等，2015）。 具有1,748个目标基因是常用的CGMLST方案，在整个欧盟成员国的监视工作协调方面起着至关重要的作用（Ruppitsch等，2015; Moura等，2016; 2016; 2016;欧洲疾病预防与控制中心，2020年）。 CGMLST在李斯特菌爆发检测中的一个基本方面是应用簇阈值（通常为7-10个等位基因差异）将与爆发相关的病例与零星的病例分开。 该阈值基于研究表明，从同一暴发中分离出来的分离率通常差异少于7-10个等位基因（Ruppitsch等，2015；欧洲疾病预防与控制中心，2022年）。 通过应用此限制，调查人员可以有效地确定何时开始爆发调查并优化食物追溯工作。 将分子数据与流行病学证据的整合，包括患者的食物史，在几项爆发研究中证明至关重要，从而可以鉴定受污染的食物来源以及快速实施控制措施，例如食品产品召回。 例如，从2014年到2019年，涉及22例欧盟成员国的22例单核细胞增生疫苗爆发与使用CGMLST污染的鲑鱼产品有关（欧洲疾病中心具有1,701个靶基因以及Moura等人的巴斯德方案的方案（Ruppitsch等，2015）。具有1,748个目标基因是常用的CGMLST方案，在整个欧盟成员国的监视工作协调方面起着至关重要的作用（Ruppitsch等，2015; Moura等，2016; 2016; 2016;欧洲疾病预防与控制中心，2020年）。CGMLST在李斯特菌爆发检测中的一个基本方面是应用簇阈值（通常为7-10个等位基因差异）将与爆发相关的病例与零星的病例分开。该阈值基于研究表明，从同一暴发中分离出来的分离率通常差异少于7-10个等位基因（Ruppitsch等，2015；欧洲疾病预防与控制中心，2022年）。通过应用此限制，调查人员可以有效地确定何时开始爆发调查并优化食物追溯工作。将分子数据与流行病学证据的整合，包括患者的食物史，在几项爆发研究中证明至关重要，从而可以鉴定受污染的食物来源以及快速实施控制措施，例如食品产品召回。例如，从2014年到2019年，涉及22例欧盟成员国的22例单核细胞增生疫苗爆发与使用CGMLST污染的鲑鱼产品有关（欧洲疾病中心
基因组编辑模拟和逆转与骨髓增生性肿瘤相关的普遍突变
骨髓增生性肿瘤 (MPN) 会导致血细胞（如红细胞增多症）或血小板（原发性血小板增多症）的过度生成。JAK2 V617F 是许多 MPN 中最常见的体细胞突变，但之前在小鼠中对这种突变的建模依赖于转基因过度表达，并导致不同的表型，在某些情况下，这些表型归因于表达水平。CRISPR-Cas9 工程通过精确修改原代细胞中的内源性位点，为建模和潜在治愈遗传编码疾病提供了新的可能性。我们在此开发了“无疤痕”的 Cas9 试剂，用于在永生化人类红系祖细胞 (HUDEP-2)、CD34+ 成人人类造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 以及免疫表型长期造血干细胞 (LT-HSC) 中创建和逆转 JAK2 V617F 突变。我们发现与内源性 JAK2 V617F 等位基因相关的体外增殖没有明显增加，但与野生型细胞共培养揭示了突变提供的竞争性生长优势。即使在没有造血细胞因子信号传导的情况下，获得 V617F 等位基因也会促进红系祖细胞的终末分化。综上所述，这些数据与 MPN 的逐渐进展的表现相一致，并表明与转基因过表达模型相比，内源性获得性 JAK2 V617F 突变可能产生更细微的表型。
CERT1 突变通过破坏鞘脂稳态来扰乱人类发育
Charlotte Gehin, 1 Museer A. Lone, 2 Winston Lee, 3,4 Laura Capolupo, 1 Sylvia Ho, 1 Adekemi M. Adeyemi, 5 Erica H. Gerkes, 6 Alexander PA Stegmann, 7 Estrella López-Martín, 8 Eva Bermejo-Sánchez, 8 Martínez, Martínez, Dzierz , 9,10 Cornelia Kraus, 9 Bernt Popp, 11,12 Vincent Strehlow, 11 Daniel Gräfe, 13 Ina Knerr, 14,15 Eppie R. Jones, 16 Stefano Zamuner, 17 Luciano A. Abriata, 18 Vidya Kunnathully, 1 19 Anthony Eller, Samuel Anthony, 1. 21 Jean-Philippe Bocquete, 21 Evelyne Ruchti, 22 Greta Limoni, 22 Marine Van Campenhoudt, 22 Samuel Bourgeat, 22 Petra Henklein, 23 Christian Gilissen, 24,25 Bregje W. van Bon, 24 Rolph Pfundt, 25 Landa, 24 Jole, H. H. Schemjole. 26 Emanuela Leonardi, 27,28 Fiorenza Soli, 29 Alessandra Murgia, 28 Hui Guo, 30 Qiumeng Zhang, 30 Kun Xia, 30 Christina R. Fagerberg, 31 Christoph P. Beier, 31 Martin J. Larsen, 31 Irene Xienzu, 32 Fernando Valyinda , 33 Robert Śmigiel, 34 Vanesa López-González, 35 Lluís Armengol, 36 Manuela Morleo, 37,38 Angelo Selicorni, 39 Annalaura Torella, 37,38 Moira Blyth, 40 Nicola S. Cooper, 41 Vare Wilson, 44, 434 ore Garde, 45,46 Ange-Line Bruel, 46,47 Frederic Tran Mau-Them, 46,47 Alexis BR Maddocks, 48 Jennifer M. Bain, 49 Musadiq A. Bhat, 50 Gregory Costain, 51 Peter Kannu, 52 Ashish Marwaha, 51 Michael E. E. Friegne, 35 B. Richardson, 53 Vykuntaraju K. Gowda, 54 Varunvenkat M. Srinivasan, 54 Yask Gupta, 55 Tze Y. Lim, 55 Simone Sanna-Cherchi, 55 Bruno Lemaitre, 21 Toshiyuki Yamaji, 56 Kentaro Hanada, 56 John E. Burke, 2017, Ana Briš , D. McCa . abe, 22 Paolo De Los Rios, 1,17 Thorsten Hornemann, 2 Giovanni D'Angelo, 1,19,21 and Vincenzo A. Gennarino 3,58,59,60,61
使用量子置换垫在 IBMQ 系统中进行量子加密和解密
Maria Perepechaenko 和 Randy Kuang Quantropi Inc.，加拿大渥太华 电子邮件：maria.perepechaenko@quantropi.com；randy.kuang@quantropi.com 摘要 — 我们介绍了 Kuang 等人的量子排列垫 (QPP) 的功能实现，使用目前可用的国际商业机器 (IBM) 量子计算机上的 Qiskit 开发套件。对于此实现，我们使用一个带有 28 个 2 量子比特排列门的垫，可提供 128 位熵。在此实现中，我们将明文分成每块 2 位的块。每个这样的块一次加密一个。对于任何给定的明文块，都会创建一个量子电路，其中的量子位根据给定的明文 2 位块初始化。然后使用从 28 排列 QPP 垫中选择的 2 量子比特排列运算符对明文量子位进行操作。由于无法直接发送量子比特，因此密文量子比特通过经典信道进行测量并传输到解密方。解密可以在经典计算机或量子计算机上进行。解密使用逆量子置换垫和用于加密的相应置换门的 Hermitian 共轭。我们目前正在推进 QPP 的实施，以包括额外的安全性和效率步骤。索引术语 — 量子通信、量子加密、量子解密、量子安全、安全通信、QPP、Qiskit、国际商业机器量子 (IBMQ)
通过针对顺式调控元件突变的 FIND-IT 筛选优化大麦植酸酶基因表达
结果与讨论：发现了基因表达较高或较低的突变体，最终成熟谷物植酸酶活性 (MGPA) 较高或较低。田间试验和发芽期间的肌醇磷酸分析表明，PAPhy_a 不会影响试验条件下的农艺性能，但它确实缩短了发芽期间磷酸盐动员的滞后时间。较高的内源性 MGPA 可提高饲料用谷物质量，因为它可提高单胃动物的磷酸盐生物利用度。此外，由于 PAPhy_a 启动子的目标 CRE 基序与一系列种子表达基因（如关键的谷物和豆类储存基因）共享，因此当前结果展示了一种调节一系列种子基因的单个基因表达水平的概念。
Sotorasib 用于治疗先前治疗过的 KRAS G12C 突变……
3.1 KRAS 致癌基因是肺癌中最常见的突变基因。KRAS G12C 突变是最常见的突变，在英国占非小细胞肺癌 (NSCLC) 肿瘤的 12%。这种突变在非鳞状 NSCLC 中更常见，通常不会与其他已知突变（如 EGFR、ALK 和 ROS-1）同时发生。这些其他已知突变可能有可用的靶向治疗，但目前没有针对 KRAS G12C 突变的靶向治疗。KRAS G12C 突变阳性的局部晚期或转移性 NSCLC 患者通常接受化疗，这是一种非靶向治疗，会产生影响健康相关生活质量的不良反应。临床专家强调，KRAS G12C 突变阳性 NSCLC 患者的预后较差。临床和患者专家指出，该人群对有效且可耐受的治疗存在未满足的需求。他们还强调，缺乏靶向治疗方案可能会产生心理影响。这种疾病伴有难以治疗的症状，患者专家提交的意见强调了这些症状对患者及其护理人员的心理影响。临床和患者专家表示，针对非小细胞肺癌中 KRAS G12C 突变的靶向治疗将受到欢迎。委员会得出结论，针对 KRAS G12C 突变阳性局部晚期或转移性非小细胞肺癌的靶向治疗存在尚未满足的需求，这些治疗将带来身体和心理上的益处。
viperin突变与斑马鱼中VHSV感染期间的免疫，免疫细胞动力学和代谢改变有关
耐粘蛋白是在动物中发现的突出的抗病毒蛋白。耐蛋白的主要功能是生产3'-deoxy -3'，4' - 二维德罗 - 酪氨酸三磷酸（DDHCTP），这是一种参与病毒RNA合成的抑制性核苷酸。哺乳动物模型中的研究表明，DDHCTP会干扰代谢蛋白。但是，该假设尚未在Telest中进行检验。在这项研究中，测试了耐毒素在调节病毒出血性败血病毒（VHSV）感染中的代谢改变中的作用。被VHSV感染时，viperin - / - 鱼的死亡率较高。vhsv拷贝数和NP基因的表达在耐蛋白 - / - 芬中显着增加。代谢基因分析显示，苏打，HIF1A，FASN和ACC表达的显着差异，表明它们对代谢的影响。在VHSV感染期间，斑马鱼幼虫中的胆固醇分析表明，胆固醇的产生显着上调，没有耐耐蛋白。对ZF4细胞的体外分析表明，脂质产生的降低显着降低，并且具有耐毒素过表达的活性氧（ROS）产生的显着上调。中性粒细胞和巨噬细胞的募集显着调节。因此，我们证明了耐蛋白在干扰VHSV感染过程中的代谢改变中起作用。