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通过 Prime 编辑纠正致病突变
Camille Bouchard 1,2,*、Kelly Godbout 1,2,*、Jacques P. Tremblay 1,2 > 基因编辑是一个不断发展的领域，其中 Prime 编辑是最新的技术之一。它允许使用仅切割一条 DNA 链的 Cas9 切口酶来修改基因以进行测量。该切口酶与逆转录酶融合，将定制合成的向导 RNA 复制到 DNA 中。该技术用于在细胞或动物模型中创建精确的突变。通过纠正导致致病效应的突变，Prime 编辑还应用于治疗遗传性疾病的临床研究。剩下的挑战是将治疗性分子复合物“递送”至体内细胞。已开发出不同的方法来到达针对每种疾病的特定器官。
制造过程中GD2 TRAC-CAR T细胞的代谢启动促进记忆表型，同时增强持久性
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年3月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.03.22.586207 doi：Biorxiv Preprint
突变与基因编辑 | SL IB 生物学复习笔记 2025
静默突变 – 突变不会改变多肽的氨基酸序列（这是因为某些密码子可能编码相同的氨基酸，因为遗传密码是退化的）错义突变 – 突变改变多肽链中的单个氨基酸（镰状细胞性贫血症是一种由单一替代突变改变序列中的单个氨基酸而引起的疾病）无义突变 – 突变产生过早的终止密码子（信号，让细胞停止将 mRNA 分子翻译成氨基酸序列），导致产生的多肽链不完整，从而影响最终的蛋白质结构和功能（囊性纤维化是一种由无义突变引起的疾病，尽管这并不总是唯一的原因）
用KRASG12D或KRASG12V突变的AMHR2-CRE小鼠中妇科肿瘤发展的差异
不同的KRAS变体如何影响体内肿瘤的启动和进展。我们假设KRAS G12D或KRAS G12V突变启动肿瘤形成的能力取决于上下文。AMHR2-CRE小鼠在组织中发育到输卵管，子宫和卵巢中的组织中表达CRE重组酶。我们使用这些小鼠来有条件地表达KRAS G12V/ +或KRAS G12D/ +突变。具有基因型AMHR2-CRE PTEN（FL/ FL）KRAS G12D/ +（G12D小鼠）的小鼠具有异常的卵泡结构，并在18周内开发了低级浆液卵巢癌，其渗透率为100％。相比之下，具有基因型AMHR2-CRE PTEN（FL/ FL）KRAS G12V/ +（G12V小鼠）的小鼠具有正常的卵泡结构，其中约90％的子宫肿瘤具有类似于平滑肌瘤和Leiomyosarcomarcoma的组织学特征多样的组织学特征。颗粒细胞肿瘤也在G12V小鼠中发展。 使用RNA测序和反相蛋白阵列分析鉴定出G12D和G12V小鼠子宫组织中细胞信号途径的差异。 我们发现CTNNB1，IL1A，IL1B，TNF，TGFB1，APP和IL6在G12V小鼠中的活性高于G12D小鼠。 这些小鼠模型将有助于研究由KRAS G12V/ +或KRAS G12D/ +突变驱动的信号传导途径的差异，以帮助开发针对特定的KRAS突变变体的靶向疗法。 由KRAS G12V/ +突变驱动的我们的平滑肌瘤模型也将有助于解密从平滑肌瘤到平滑肌肉瘤的恶性发展。颗粒细胞肿瘤也在G12V小鼠中发展。使用RNA测序和反相蛋白阵列分析鉴定出G12D和G12V小鼠子宫组织中细胞信号途径的差异。我们发现CTNNB1，IL1A，IL1B，TNF，TGFB1，APP和IL6在G12V小鼠中的活性高于G12D小鼠。这些小鼠模型将有助于研究由KRAS G12V/ +或KRAS G12D/ +突变驱动的信号传导途径的差异，以帮助开发针对特定的KRAS突变变体的靶向疗法。由KRAS G12V/ +突变驱动的我们的平滑肌瘤模型也将有助于解密从平滑肌瘤到平滑肌肉瘤的恶性发展。
使用实时 RT-PCR 快速评估废水中的 SARS-CoV-2 变体相关突变
摘要 在 2020 年 3 月 20 日宣布 COVID-19 大流行后的几个月内，世界各地开始检测到新的、传染性更强的 SARS-CoV-2 变体。由于国际旅行是疾病传播的主要原因，迅速识别进入一个国家的变体至关重要。在本研究中，我们利用基于废水的流行病学 (WBE) 来监测英国国际航空旅客入境 COVID-19 隔离设施产生的废水中变体的存在。具体来说，我们开发了多重逆转录定量 PCR (RT-qPCR) 检测方法，用于识别与 Beta (K417N)、Gamma (K417T)、Delta (156/157DEL) 和 Kappa (E154K) 变体相关的定义突变，这些变体在采样时（2021 年 4 月至 7 月）在全球流行。这些检测方法偶尔检测到与 Beta、Gamma 和 Kappa 变体相关的突变，占所有样本的 0.7%、2.3% 和 0.4%。在 13.3% 的样本中发现了 Delta 变体，峰值检测率和浓度在 2021 年 5 月 (24%) 达到峰值，与该变体在英国出现同时发生。RT-qPCR 结果与测序结果相关性良好，表明基于 PCR 的检测可以很好地预测变体的存在；尽管探针结合不充分可能导致假阳性或阴性结果。我们的研究结果表明，WBE 结合 RT-qPCR 可用作快速初步评估，以识别国际边界和大规模隔离设施中新出现的变体。
DNA甲基转移酶3a（DNMT3A）中的种系和体细胞突变易感性
Director of TIME (Translational Institute of Medicine) & QCPU (Queen's Cardiopulmonary Unit) Department of Medicine, Queen's University Elizabeth Smith, Distinguished University Professor C. Franklin and Helene K. Bracken Chair Biosciences Complex Room 1520 116 Barrie Street Kingston, Ontario, Canada, K7L 3N6 Preferred E-mail : stephen.archer@queensu.ca Telephone: 613-533-2817传真：613-533-2061
ARX聚丙氨酸突变在人皮质和中间神经元发育中的双重影响
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年9月16日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.01.25.577271 doi：Biorxiv Preprint
非模式水稻品种中伽马射线和 X 射线诱发突变的光谱和密度
1 国际原子能机构 (IAEA) 联合司植物育种和遗传学实验室，2444 Seibersdorf，奥地利 2 生物信息学和科学计算核心，维也纳生物中心核心设施有限公司，Dr-Bohr-Gasse 3, 1030 Vienna，奥地利 3 医学生物信息学中心，图尔库生物科学中心，图尔库大学，Tykistökatu 6, 20520 Turku，芬兰 4 医学生物信息学中心，图尔库生物科学中心，Åbo Akademi 大学，Tykistökatu 6, 20520 Turku，芬兰 5 临床分子生物学系，比亚韦斯托克医科大学，15-269 Bialystok，波兰 6 生物信息学研究组，基因组学和生物信息学核心设施 Szent á gothai 研究中心，佩奇大学，H-7622 Pecs，匈牙利 7加利福尼亚大学兽医遗传学实验室，美国加利福尼亚州戴维斯市老戴维斯路 95616 * 通讯地址：till.brad@gmail.com
逐步编辑的人类黑色素瘤模型揭示了突变对肿瘤和微环境的影响
* 通讯地址：eran_hodis@dfci.harvard.edu、aviv.regev.sc@gmail.com。†现地址：美国马萨诸塞州波士顿布莱根妇女医院医学部，邮编 02115。美国马萨诸塞州波士顿哈佛医学院，邮编 02115。§现地址：德国海德堡大学医院和海德堡大学医学院计算生物医学研究所和德国海德堡大学医院病理学研究所‡现地址：美国加利福尼亚州南旧金山 DNA Way 1 号 Genentech 公司，邮编 94080。 # 平等贡献作者贡献：概念化：EH、ETT、JYHK、TB、LAG、AR，调查：EH、ETT、JYHK、TB、LRZ、SP、JC.H.、LB、TMD、DP、DD、LTN、DS、ZM、CAJ、AH，监督：OR-R.、MCM、LAG、AR，写作 - 原稿：EH、ETT、JYHK、TB、LAG、AR，写作 - 审查和编辑：所有作者。
碱基编辑筛选出影响癌症中 IFNγ 信号传导的突变图谱
识别对 IFN g 敏感性和抗性的遗传介质。Cas9 用于识别结直肠癌细胞系中调节 IFN g 反应的重要途径和基因。使用多碱基编辑诱变筛选来评估关键调节因子中意义不明确的变体 (VUS) 的功能后果。b) CRISPR-Cas9 筛选的基因级火山图，比较 IFN g 处理与对照