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发现神经元中的新型转录增强子...
神经精神疾病越来越普遍。鉴于其复杂且多因素的发病机理，迫切需要有效且有针对性的疗法可以改善患者的生活质量。全基因组关联研究（GWASS）已经确定了各种遗传改变，这些改变有助于神经精神疾病的发展和发展，从轻度阅读障碍到更严重的疾病，例如精神分裂症。虽然成千上万的单核苷酸多态性（SNP）（SNP）与DNA中的单个核苷酸位置发生了变化 - 与神经系统疾病有关，但大多数位于基因组的非编码区域。尽管这些非编码区未编码蛋白质，但它们包含调节元素，例如增强子序列，在控制基因表达中起着至关重要的作用。增强子可以在长距离内调节基因活性，并且通常特定于细胞类型和发育阶段。尽管其重要性，但增强子的特征仍然很差，并且尚未完全了解其在神经系统发展和疾病中的精确功能。在一项新的研究中，奇巴大学高级学术研究与医学研究院医学研究所Masahito教授以及Karolinska Institutet，Sweden，Sweden和PelinSahlénnewlobleInstutter from fromniwleart Institute froment from Technology的Karolinska Institutet的Huddinge（MedH）的Juha Kere和Peter Swoboda教授以及彼得罗斯卡研究所（Karolinska Institutet）的彼得·斯沃博达（Peter Swoboda）博士。他们还研究了与神经元疾病有关的假定增强子与GWAS识别的基因座之间的关联。他们进行了一系列高级分析，以使用Luhmes细胞来识别和表征参与神经元分化的增强子，Luhmes细胞是源自人类胎儿中脑多巴胺能神经元的细胞系。该研究的主要作者Yoshihara博士很快就会发表在EMBO报告中，他说：“阐明与疾病相关的变体影响基因调节的方式可以揭示以前统一的参与神经元疾病的分子途径，并揭示了用于药物开发的新型治疗靶标。”研究人员使用了luhmes神经元前体细胞，这些细胞可以分化为与人脑衍生神经元具有高转录相似性的功能性神经元。他们采用了基因表达（CAGE）和天然伸长转录本（净）键的CAP分析，以识别和量化基因组宽水水平的启动子和增强子的活性。这些技术与靶向的染色体构象捕获（Capture Hi-C/HICAP）相结合，这是一种将远处增强子与其靶基因联系起来的高级测序方法。该分析确定了47,350个主动推定增强剂，其中65.6％是新颖的，并且证明了与帕金森氏病，精神分裂症，双相情感障碍和主要抑郁症相关的SNP富集。最后，他们在培养细胞中进行了体外测定，以验证启动子增强子相互作用。使用CRISPR-CAS9系统进行基因组编辑，他们激活了与神经元分化和疾病有关的基因的增强子和启动子。与他们的分析一致，增强子的激活导致靶基因的表达水平显着升高。
引用 Wang J, Zhu W, Li X, Wu Y, Ma W, Wang Y, Zhao W, Wei F 和 Wang W (2025) 卵巢癌转录组分析揭示了
在女性生殖系统中，最致命的癌性生长被称为上皮性卵巢癌 (EOC)。根据 2020 年全球癌症统计数据，卵巢癌在全球女性恶性肿瘤中排名第七，每年新发病例超过 310,000 例（Lee 等人，2022 年；Konstantinopoulos 和 Matulonis，2023 年）。卵巢癌每年夺走约 210,000 人的生命。2020 年，中国有 60,000 例新诊断病例被诊断为卵巢癌，并导致 40,000 人死亡（Zhao 等人，2023 年）。晚期卵巢癌患者的 5 年生存率约为 30%。随着多次复发，治疗和复发的间隔变得更短，导致对铂类药物的敏感性降低，最终发展为铂类耐药性。该病的治疗难度大，预后往往较差（Marchetti等，2021；Porter和Matulonis，2023）。克服卵巢癌的化疗耐药性是一个紧迫而重要的临床问题。炎症反应主要分为急性和慢性两类。急性炎症主要发生在物理、化学或急性感染情况下，是机体的早期防御机制，通常很快可自行缓解（Yang等，2023）。慢性炎症则发生在慢性感染或自身免疫性疾病中，机体正常的反馈调节无法阻止炎症，导致慢性炎症（Liu等，2022）。统计数据显示，全球约20%的恶性肿瘤是由慢性炎症引起的（Kennel et al., 2023; Venakteshaiah and Kumar, 2021; Haas et al., 2021），非甾体抗炎药物在临床上可以降低各类实体瘤的发病率和转移率，降低肿瘤引起的死亡率。慢性炎症被认为对癌症的发生、生长和进展有显著的影响。慢性炎症引发肿瘤发生、发展的机制多种多样，但往往与炎症为肿瘤提供的微环境有关。癌相关成纤维细胞（CAFs）作为癌症基质的重要组成部分，与炎症和肿瘤免疫微环境（TME）密切相关（Chen et al., 2021）。 CAFs 与 NF- κ B、PI3K-Akt、IL6-JAK-STAT3 和 TGF- β 等各种信号通路相互作用，帮助形成和维持 TME，影响 ECM 结构并产生免疫治疗耐药性（Mao et al., 2021; Wu F. et al., 2021）。此外，活化的 CAFs 促进单核细胞粘附并驱动巨噬细胞向 M2 极化方向分化，进一步抑制 TME 中的免疫反应（Lavie et al., 2022; Galbo et al., 2021）。因此，分析与炎症相关的基因与肿瘤免疫环境之间的关系有助于
基于特征序列基因组开采发现...
1个定量生物学中心，中国北京北京大学高级跨学科研究学院； 2北京北京北京大学高级跨学科研究学院北京北京跨学科研究中心北京； 3苏黎世大学，瑞士苏黎世化学系； 4中国青岛山东大学生命科学学院； 5江苏省固体废物利用率省级钥匙实验室，中国有机肥料的关键实验室，中国南京的南京农业大学； 6赫尔辛基大学，芬兰赫尔辛基微生物学系； 7 Helmholtz抗感染国际实验室，中国青岛山东大学微生物技术的国家关键实验室； 8苏黎世大学，定量生物医学系，瑞士苏黎世
通过基于 DNA 的监测发现波罗的海地区独特的细菌和原生浮游生物多样性动态
沿海水域的浮游微生物构成了食物网和生物地球化学循环的基础。波罗的海地区具有明显的环境梯度，是典型的沿海环境。然而，迄今为止，对这些环境梯度的微生物多样性评估既缺乏分类范围，也缺乏空间和时间尺度的整合。在这里，我们使用 DNA 宏条形码分析了 398 个样本的原生生物和细菌多样性，这些样本与波罗的海和卡特加特海峡-斯卡格拉克海峡的国家监测同步。我们发现，与其他环境因素不同，盐度对细菌群落组成的影响大于对原生生物群落组成的影响。同样，贝叶斯模型表明，在较低（<9 PSU）和较高（>15 PSU）的咸水盐度中，细菌谱系出现的可能性都小于原生生物。尽管如此，原生生物的 α 多样性还是随着盐度的增加而增加。细菌 α 多样性的变化主要是季节性的，与冬季通过垂直混合引入深水生物群有关。我们认为原生生物在生态上对盐度不太敏感，因为区室化使它们能够将基本代谢过程与细胞膜分离。此外，细菌进一步和更频繁地扩散可能会阻碍局部适应。最终，基于 DNA 的环境监测扩展了我们对微生物多样性模式和潜在因素的理解。40
发现 NOTCH1 是治疗 MLL 重排白血病的有希望的靶点
摘要：MLL 重排 (MLL r) 是导致预后不良的急性白血病的原因。因此，迫切需要新的治疗方法。NOTCH1 通路在包括急性白血病在内的许多癌症的发病机制中起着关键作用。使用 CRISPR/Cas9 MLL-AF4/-AF9 易位模型，新开发的毒性副作用较小的 NOTCH1 抑制剂 CAD204520 使我们能够揭示 NOTCH1 作为 MLL r 白血病的致病驱动因素和潜在治疗靶点的影响。我们的 MLL r 模型和 MLL r 细胞系的 RNA 测序 (RNA-seq) 和 RT-qPCR 显示 NOTCH1 通路过表达和激活。令人惊讶的是，我们证实了白血病患者中这种表达水平升高。我们还证明 CAD204520 治疗 MLL r 细胞可显着降低 NOTCH1 及其靶基因以及 NOTCH1 受体表达。类似阿糖胞苷治疗未观察到这种现象，表明小分子具有特异性。因此，使用 CAD204520 治疗导致剂量依赖性增殖和活力降低、细胞凋亡增加，并通过下调 MLL 和 NOTCH1 靶基因诱导细胞周期停滞。总之，我们的研究结果揭示了 NOTCH1 通路在 MLL 或白血病中的致癌相关性。抑制该通路可产生特定的抗白血病作用，并为进一步在临床环境中进行评估铺平了道路。
乳突的多符合元分析发现了各种不同的敏感性基因座
保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。（未经同行评审证明）是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以永久显示预印本。此预印本版的版权持有人于2025年1月31日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.28.25321288 doi：medrxiv preprint
揭示足球守门员隐蔽注意力的脑电图相关性：迈向创新运动训练程序
体育科学和神经科学的进步为设计高效且激励人心的运动训练工具提供了新的机会。例如，使用神经反馈 (NF)，运动员可以学会自我调节特定的大脑节律，从而提高他们的表现。在这里，我们专注于足球守门员的隐性视觉空间注意 (CVSA) 能力，这对于这些运动员取得优异成绩至关重要。我们寻找可用于基于虚拟现实的 NF 训练程序的 CVSA 脑电图 (EEG) 标记，即符合以下标准的标记：(1) 特定于 CVSA，(2) 可实时检测，(3) 与守门员的表现/专业知识相关。我们的结果表明，CVSA 最著名的 EEG 标记——被关注半视野同侧 α 功率增加——由于不符合标准 2 和 3 而无法使用。尽管如此，我们还是强调了运动员 CVSA 能力的提高与静息时 α 功率增加之间存在显著的正相关性。虽然该标记的特异性仍有待证实，但它符合标准 2 和 3。这一结果表明，可以为守门员设计创新的生态训练程序，例如结合使用 NF 和在虚拟现实中执行的认知任务。
比较蛋白质组学揭示了番茄在有益和致病微生物相互作用过程中的不同生物标志物、蛋白质网络和防御反应
此预印本的版权所有者此版本于 2025 年 1 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.23.634544 doi：bioRxiv preprint
三阴性乳腺癌异质性建模揭示了一种可克服原发性耐药性的新型组合疗法
三阴性乳腺癌 (TNBC) 是一种高度侵袭性的乳腺癌亚型，其特征是显著的分子异质性。目前，尚无有效的药物靶点和先进的人类疾病临床前模型。在这里，我们生成了一种独特的乳腺肿瘤小鼠模型（MMTV-R26 Met 小鼠），该模型由野生型 MET 受体表达的细微增加驱动。MMTV-R26 Met 小鼠会自发形成排他性 TNBC 肿瘤，重现患者对治疗的原发性耐药性。MMTV-R26 Met 肿瘤的蛋白质组学分析和机器学习方法表明，该模型忠实地重现了人类 TNBC 的肿瘤间异质性。进一步的信号网络分析突出了潜在的药物靶点，其中 WEE1 和 BCL-XL 的共同靶向协同杀死 TNBC 细胞并有效诱导肿瘤消退。从机制上看，BCL-XL 抑制加剧了 TNBC 细胞对 WEE1 功能的依赖，导致组蛋白 H3 和磷酸化 S 33 RPA32 上调、RRM2 下调、细胞周期扰动、有丝分裂灾难和细胞凋亡。本研究介绍了一种独特、强大的小鼠模型，用于研究 TNBC 的形成和进化、其异质性以及确定有效的治疗靶点。
意见：揭开小岛屿发展中的diaphragm绞痛和其他突然的意外死亡
似乎没有看到即将发生的碰撞，也没有及时支撑自己。在慢速重播跌落之前穿越身体时，可以看到冲击波。然后，他站起来试图卸下头盔，但向后倒下，显然失去了意识。我们相信他的隔膜吸收了碰撞的一些动力，引发了DCC呼吸停滞。随之而来的快速低氧血症可能会导致晕厥和继发性心脏骤停（通常不是通常的）。幸运的是，CPR立即开始了，医护人员显然将脉搏恢复了[尽管他可能实际上并没有失去他们]。尽管大多数人都认为Consotio Cordis是因果关系（主要心脏骤停），但涉及弹丸撞击胸部并直接发生在心脏上，这并没有发生。