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ChEC-seq2：一种改进的染色质内源性裂解测序方法和生物信息学分析流程，用于绘制体内蛋白质-DNA 相互作用
摘要 确定转录因子 (TF) 的体内 DNA 结合特异性几乎完全依赖于染色质免疫沉淀 (ChIP)。虽然 ChIP 揭示了 TF 结合模式，但其分辨率较低。采用核酸酶的高分辨率方法，例如 ChIP-exo、染色质内源性裂解 (ChEC-seq) 和 CUT&R UN，可解决 TF 占用和结合位点保护问题。ChEC-seq 中内源性 TF 与微球菌核酸酶融合，既不需要固定也不需要抗体。然而，有人认为 ChEC 期间 DNA 裂解的特异性低于 ChIP 或 ChIP-exo 识别的峰的特异性，这可能反映了转录因子与 DNA 的非特异性结合。我们简化了 ChEC-seq 协议，以最大限度地减少核酸酶消化，同时提高裂解 DNA 的产量。 ChEC-seq2 的切割模式在重复实验和已发表的 ChEC-seq 数据之间具有高度可重复性。结合 DoubleChEC（一种可去除非特异性切割位点的新型生物信息学流程），ChEC-seq2 为三种不同的酵母 TF 确定了高可信度的切割位点，这些位点因其已知结合位点而高度富集，并且与已知靶基因相邻。
布氏锥虫中 RNA–DNA 混合相互作用蛋白的免疫沉淀揭示了保守和新的活性，包括控制抗原变异逃避免疫所需的表面抗原表达
摘要 RNA-DNA 杂交是基因组的表观遗传特征，可提供多种且不断增长的活动范围。通过表征与杂交相互作用的蛋白质，可以了解这些功能，但迄今为止，所有这些分析都集中在哺乳动物身上，这意味着尚不清楚在其他真核生物中是否也发现了类似的 RNA-DNA 杂交相互作用物。非洲锥虫是 Discoba 类群的单细胞真核寄生虫，在核心生物学的几个方面与其哺乳动物宿主存在显著差异。在这里，我们表明 DNA-RNA 杂交免疫沉淀结合质谱法在 T. brucei 哺乳动物和昆虫感染细胞中恢复了 602 个推定的相互作用物，其中一些提供在哺乳动物中也发现的活动，一些提供谱系特异性的活动。我们证明，三种因子（两种假定的解旋酶和一种 RAD51 旁系同源物）的缺失会改变布氏锥虫的核 RNA-DNA 杂交和 DNA 损伤水平。此外，每种因子的缺失都会影响寄生虫抗原变异免疫存活机制的运作。因此，我们的工作揭示了 RNA-DNA 杂交对布氏锥虫生物学的广泛贡献，包括宿主免疫逃避中的新功能以及可能对真核基因组功能至关重要的活动。
利用机器学习对结构-活性关系进行建模，以确定 GSK3 靶向小分子作为潜在的 COVID-19 治疗方法
冠状病毒会引发严重的上呼吸道感染，并可能扩散到肺部。核衣壳蛋白 (N 蛋白) 在 SARS-CoV-2（引起 COVID-19 的病毒）和其他冠状病毒的基因组复制、转录和病毒体组装中起着重要作用。糖原合酶激酶 3 (GSK3) 活化会使病毒 N 蛋白磷酸化。为了对抗 COVID-19 和未来的冠状病毒疫情，干扰 N 蛋白对 GSK3 的依赖性可能是一种可行的策略。为此，本研究旨在构建强大的机器学习模型，使用定量结构-活性关系方法从食品和药物管理局批准和研究药物库中识别 GSK3 抑制剂。从 ChEMBL 数据库获取了一个非冗余数据集，其中包含 495 种和 3070 种 GSK3 a 和 GSK3 b 化合物。使用 12 组分子描述符来定义这些抑制剂，并使用 LazyPredict 包选择机器学习算法。采用直方图梯度提升算法和轻梯度提升机算法建立预测模型，并根据均方根误差和 R 平方值进行评估。最后，根据最高预测活性（半最大抑制浓度的负对数，pIC 50 值）选择前两种药物（selinexor 和 ruboxistaurin）进行分子动力学模拟，以进一步研究蛋白质-配体复合物的结构稳定性。这种基于人工智能的虚拟高通量筛选方法是加速药物发现和寻找新药理靶点的有效策略，同时可降低成本和时间。
一项针对可手术局部晚期非小细胞肺癌 2-3 周期治疗作为新辅助治疗的开放性、观察性、三组临床研究：中期分析
肺癌仍然是2020年全球癌症死亡的主要原因。约80%的肺癌病例被归类为非小细胞肺癌（NSCLC），约三分之一的NSCLC病例在局部晚期时被诊断出来（1，2）。对于局部晚期NSCLC，标准治疗是多学科治疗，包括新辅助治疗、完整手术切除和辅助治疗（3，4）。虽然新辅助化疗是一种有前途的治疗策略，可显著提高可手术局部晚期NSCLC的生存率，但这些患者的5年生存率仍然不足50%（5，6）。基于这种不令人满意的益处，研究人员致力于探索可手术局部晚期NSCLC的各种新辅助治疗方法。免疫检查点抑制剂（ICI），包括程序性细胞死亡受体1（PD-1）或程序性细胞死亡配体1（PD-L1）抗体和细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（CTLA-4）抗体的出现，彻底改变了可手术局部晚期NSCLC的新辅助化疗局面。Checkmate 159是首个报道在21例接受2个周期nivolumab治疗的局限期NSCLC患者中进行术前新辅助免疫治疗的临床试验( 7 )。随后，NADIM试验（新辅助化疗联合nivolumab）和NEOSTAR试验（新辅助nivolumab或nivolumab联合ipilimumab）也证明了新辅助免疫治疗在可手术NSCLC中的潜在价值( 8 ,9 )。除了新辅助免疫治疗外，EMERGING-CTONG 1103试验（厄洛替尼vs.吉西他滨加顺铂（GC化疗）作为新辅助治疗）在局部晚期表皮生长因子受体（EGFR）突变阳性NSCLC患者中也取得了更好的效果（10）。我们设计了这项临床试验，旨在研究不同新辅助疗法（联合（不联合）化疗的新辅助免疫治疗、新辅助化疗和
二十年后：RECIST 作为实体肿瘤反应的生物标志物 EORTC 成像组 - ESOI 联合论文
2欧洲肿瘤学会（ESOI），欧洲无线电学会，奥地利3级大学，援助公共场所 - 霍普塔尔·欧洲乔治·佩皮德，巴黎无线电心血管研究中心（PARCC）UNITE ́ S，5个生物医学光子Imging小组，Twente University，Enthernand，6个外科科学系，都灵大学，都灵，意大利人都灵，7收音机，Candilo Cancer Institute，Fondazione del Piemonte piemonte piemonte piemonte caratere Scienti and Co carate and Co（FPO-IRCCS）马耳他大学，马耳他，马耳他10号，英国林肯大学10学院，弗里德里希·阿尔克斯德（FAU），弗里德里希·阿尔克森德大学医院11.徒劳，比利时，比利时，第14座电台纪念馆，纽约，纽约，纽约，美国15号生物医学形象和im imaged Therapy，召集了维也纳大学，奥地利维也纳，奥地利16号，维也纳大学，医院17科学和翻译医学，意大利罗马萨皮恩扎大学，埃斯特姆斯MC 19号电台，荷兰大学医学中心摇滚乐队，荷兰20号，荷兰，荷兰，荷兰21研究所和政治机构，用于诊断和临时部门荷兰阿姆斯特丹荷兰癌症研究所无线电部23号电台的离子医院，24岁意大利比萨大学转化研究系和新外科和医疗技术系，26 英国伦敦癌症研究所和皇家马斯登国民健康服务 (NHS) 基金会放射治疗和成像部，27 奥地利维也纳欧洲放射学会欧洲成像生物标志物联盟 (EIBALL)，28 美国伊利诺伊州奥克布鲁克北美放射学会定量成像生物标志物联盟，29 比利时鲁汶大学医院核医学系，30 比利时鲁汶天主教大学 (KU) 鲁汶成像和病理学系核医学与分子成像系，
继续停止在甲状腺甲状腺癌中进行TKI治疗 - 来自长期随访的个体病例的教训
结果：七名MTC患者[6个散发性MTC，1个多个内分泌Neplasie 2A型（MEN2A）]，先前的Vandetanib治疗（中位数：41个月；范围7-87个月）和持续的TKI停用，并在161个分析的MTC-FILES中确定了161份。TKI治疗是由于所有患者的高肿瘤负担和症状或症状（实体瘤的反应评估标准）而开始的。直到现在，范德奈伯（Vandetanib）停产后，两名患者（29％）保持稳定（随访47和61个月）。两名患者已经接受了TKI治疗73个月和58个月。五名患者（71％）在停用TKI后出现了进行性疾病。在2例患者中，范德迪尼在45个月和52个月后再次重新启动，导致疾病控制。一名患者在中断45个月后，入选了新的RET激酶抑制剂试验。两名患者因心理健康问题而拒绝接受治疗，导致