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CRISPR 革命即将到来
它是细菌和古细菌获得对噬菌体和致病质粒的免疫力的系统。使用 CRISPR-Cas 系统在感染中存活下来的细菌会将致病 DNA 片段存储在其自身基因组的 CRISPR 基因座内。在基因座内有重复区域，即所谓的。回文、空格交错或取自病原体的核苷酸序列。 CRISPR 基因座内还存在编码同名系统重要酶的 Cas 基因。 Cas1 和 Cas2 酶识别、处理并将新的、以前未知的核苷酸序列以新的间隔物的形式掺入 CRISPR 基因座中，从而创建原核生物的免疫记忆系统。当再次感染病原体时，CRISPR免疫库中储存的DNA片段会形成短RNA分子，并与Cas9酶形成复合物。然后，该复合物会搜索细菌细胞中的 DNA，如果遇到匹配的片段，就会以近乎激光的精度去除已识别的 DNA，从而阻止感染。对 CRISPR-Cas9 系统进行某种编程的可能性非常大，只需为 Cas9 蛋白提供所需的 RNA 转录并将该系统注入细胞即可。然后，细胞利用自身的机制来修复由非同源或同源重组造成的 DNA 断裂。如果细胞与 Cas9 一起获得所需的基因，则该基因很可能会整合到细胞的 DNA 中并成功进行修改。如果没有模板，细胞很可能会通过非同源重组将切割的DNA的末端连接在一起，这会导致突变，使基因无法发挥功能。 1–3
内部用途PO001评估因子IX的影响...
PO001评估IX因子药代动力学对血友病B的影响：测量方法的比较研究B. Koc 1，*，F。F.Aydın2，G。G. G. G. Gunver 3，B。Zulfikar B. Zulfikar 1 1遗传性出血疾病单位，ISTANBUL UNICASION INSCOLIOG INSTICALIC INSTICAL INSTICAL INSTISTIS INSTICATION，ISTITITU ISTITIS INSTICATIN伊斯坦布尔医学教师，伊斯坦布尔，türkiyepo002固有激活的凝血酶生成，用于对VIII因子的功效和监测E. URLINGS 1,2，R。VanOerle 1,3，F。Heubel-Moenen 4，* CATE 1,3，Y。Henskens 2，H。Spronk 1,3 1 Maastricht University，Maastricht University Medical Center，Maastricht University 2，Maastricht University Center，3凝结概况B.V.计划2024 A. Williams 1，*，C。Reilly-Stitt 1，S。厨房1，I。Jennings 1，W。Lester 2 1 UK NEQAS BC，Sheffield，Sheffield，2家伯明翰大学医院，伯明翰，英国伯明翰，英国PO004 NEQAS BC和ECAT合作练习，与Efanesoctogog Alfa Alfa spikeg od spikegog spikegog spikeg of plase ins and and and and and and and and and and byan byane byane byanic byanic byan byanic byan byan byan byan by nikic and and and。Glass 1，L。J. Wilcox 4，S。des eTages-wong 5，C。J. Petropoulos 2 1 Pfizer Inc，纽约，纽约，2 Labcorp-Monogram生物科学，南旧金山，加利福尼亚州，加利福尼亚州，美国，3 Pfizer Inc，Madrid，Madrid，西班牙，西班牙，西班牙，4 Pfizer Inc.C. C. Reilly-Stitt 1，*，I。Jennings 1，A。Williams 1，P。Meijer 2，A。Bowyer 3，S。厨房1 1 Neqas BC，BC，Sheffield，英国，2 ECAT，2 ECAT，ECAT，VOORSCHOTEN，VOORSCHOTEN，VOORSCHOTEN，NETHERLANDS，3 HALLAMSHIRE，SHEFFIELD HOSPITY H. Ong Clausen 1，T。Latendorf2，R。Stehr2，D。Bausch-Fluck 3，*，J。Lund4 1 Biostatistics，Novo Nordisk，Novo Nordisk，Søborg，Søborg，2实验室FürKlinischeklinische forschung forschung forschung（lkf）gmbh，kmbh，keiel，keiel，keiel，keiel，keiel，swit，3 Global Medical nob n Novo，Nove，NOVIS， Discovery，Novo Nordisk，Søborg，Søborg，丹麦po006访问Fidanacogone elaparvovec：由第一类同伴诊断P. Patel 1，J。Sperinde2，M。Díaz-Muñoz2，M。Díaz-Muñoz3，*
bfestival 2025 -uni -lj
Damjana Drobne，Natasaštajner，Miha Humar，AndrejbončinaBiotechnology是最有前途，最先进的科学领域之一，彻底改变了我们的世界。将生命科学与先进的技术联系起来，并为改变日常生活的解决方案打开了机会。通过促进可持续的实践并解决全球挑战，例如气候变化，提供粮食和管理健康危机，生物技术为所有代人提供了新的机会和改善各代人的生活质量。结合了知识和创新并促进合作。它的目标是有效，道德和可持续性的解决方案。通过使用先进的技术来创建旨在减少人类对环境行动的生物形式的材料，生物技术是可持续未来的关键。在粮食生产领域，生物技术方法使得能够开发更有效，抗性和环保的方法，以确保食品对子孙后代的安全性和充分性。生物技术已被认为是欧洲战略技术。这就是为什么欧盟在2024年建立了步骤（欧洲的战略技术）平台，该平台促进和支持发展可持续实践和向绿色经济的过渡的发展。也是对教育计划和培训的重要重视，这将为欧洲提供必要的知识和技能，以开发生物技术领域的专家。自1993年以来，卢布尔雅那大学的生物技术学院就一直在实现这一任务，当时在斯洛文尼亚高等教育机构建立了生物技术的第一个研究方向。今年的Bfestival在生物技术学科中阐明了生物技术中的重要作用。该事件强调了知识和研究领域的多样性，并为当代挑战提供了创新的解决方案。同时，它在促进来自不同主席和教职员工部门的研究人员之间的更好的沟通和合作中起着关键作用，从而增强了跨学科的整合和进步。我们认为，在Bfestival上提出的发现也将吸引公众。该活动的录音可通过生物技术教师网站（https://www.bf.uni-lj.si/en/raziskave/raziskave/bfestival/）在YouTube在线平台上获得。我们邀请所有对生物技术领域的研究结果感兴趣的人和整个Bio -Bio -bio -bie来查看在线平台。
武装部队部为我提供了住宿。这是什么类型的公园？随着住房雄心计划的实施，武装部队内部的租赁管理正在发生一些变化。为了帮助您了解影响到您的变化，您可以在此找到有关该部的住房存量的信息。武装部队部的房地产组合包括约 30,000 套住宅。并非所有人都拥有相同的地位。这对租赁管理有影响，因为租赁管理根据公园的类型遵循不同的规则。 - 州立公园（占公园总数的28％）。这些是国家所有的房屋。作为用户服务机构的武装部队部自 2023 年 1 月 1 日起将其管理委托给 NOVÉ 集团。如果您已收到 NOVE（您的新租赁管理联系人）的一份不稳定居住协议 (COP) 并需要签署，则您的住宿属于此类型。 - 已批准的园区（占园区总面积的 70%），即通过与出租人和社会或非社会运营商（例如 CDC Habitat、BATIGÈRE、SA HLM Logis Familial Varois 等）达成协议保留的住房。这些房屋不属于国家所有。武装部队部向这些运营商支付了一笔财政资助，以便其国民能够使用这些设备。如果您在入住时签署了“经典”租赁合同，您的住宿就属于此类。您不会受到州立公园特定措施的影响。 - 租赁存量（占总存量的 2%），即从私人业主租赁的住房。根据您所承担的具体职能（NAS 或 COP/A），我们为您分配了此类住宿。您不会受到州立公园特定措施的影响。 为什么我的租金和费用在 2023 年 1 月 1 日上涨？本信息中包含的信息涉及武装部队部分配的所有住宿的居住者，无论财产类型如何（国有、承包或租赁）。此外，更普遍地说，下面解释的增长也影响到法国的所有住房，无论租赁情况如何。众所周知，住宅租金包括固定部分（月租金或裸租金）和租赁费用，其中包括公用事业费用（水、电、煤气、暖气）、与公共区域维护有关的费用（集体设备的日常维修）以及房主转嫁给居住者的租赁税（例如家庭垃圾收集）。至于费用，这些费用是按月支付的，根据实际发票每年调整。关于固定部分，就是租金。 1月1日起，州立公园的占用费和保留公园的租金受到租金固定部分法定重估的影响。此次重新估价是一项合法的、普遍的措施，涉及法国所有私人和公共租赁物业。这是租赁审查指数（IRL）的应用。 2023 年年度重估为 3.6%。这一变化比近年来的变化要大得多，因为 IRL 反映了通货膨胀对租金的影响。关于在基本租金（占用费或经批准的公园租金）中添加的费用的规定；它们还遭受通货膨胀的困扰。能源成本、小型工程甚至工资上涨的增加转嫁到维护服务上，不可避免地会导致租赁费用的增加。
武装部队部为我提供了住宿。这是什么类型的公园？随着住房雄心计划的实施，武装部队内部的租赁管理正在发生一些变化。为了帮助您了解影响到您的变化，您可以在此找到有关该部的住房存量的信息。武装部队部的房地产组合包括约 30,000 套住宅。并非所有人都拥有相同的地位。这对租赁管理有影响，因为租赁管理根据公园的类型遵循不同的规则。 - 州立公园（占公园总数的28％）。这些是国家所有的房屋。作为用户服务机构的武装部队部自 2023 年 1 月 1 日起将其管理委托给 NOVÉ 集团。如果您已收到 NOVE（您的新租赁管理联系人）的一份不稳定居住协议 (COP) 并需要签署，则您的住宿属于此类型。 - 已批准的园区（占园区总面积的 70%），即通过与出租人和社会或非社会运营商（例如 CDC Habitat、BATIGÈRE、SA HLM Logis Familial Varois 等）达成协议保留的住房。这些房屋不属于国家所有。武装部队部向这些运营商支付了一笔财政资助，以便其国民能够使用这些设备。如果您在入住时签署了“经典”租赁合同，您的住宿就属于此类。您不会受到州立公园特定措施的影响。 - 租赁存量（占总存量的 2%），即从私人业主租赁的住房。根据您所承担的具体职能（NAS 或 COP/A），我们为您分配了此类住宿。您不会受到州立公园特定措施的影响。 为什么我的租金和费用在 2023 年 1 月 1 日上涨？本信息中包含的信息涉及武装部队部分配的所有住宿的居住者，无论财产类型如何（国有、承包或租赁）。此外，更普遍地说，下面解释的增长也影响到法国的所有住房，无论租赁情况如何。众所周知，住宅租金包括固定部分（月租金或裸租金）和租赁费用，其中包括公用事业费用（水、电、煤气、暖气）、与公共区域维护有关的费用（集体设备的日常维修）以及房屋所有者转嫁给居住者的租赁税（例如家庭垃圾收集）。至于费用，这些费用是按月支付的，根据实际发票每年调整。关于固定部分，就是租金。 1月1日起，州立公园的占用费和保留公园的租金受到租金固定部分法定重估的影响。此次重新估价是一项合法的、普遍的措施，涉及法国所有私人和公共租赁物业。这是租赁审查指数（IRL）的应用。 2023 年年度重估为 3.6%。这一变化比近年来的变化要大得多，因为 IRL 反映了通货膨胀对租金的影响。关于在基本租金（占用费或经批准的公园租金）中添加的费用的规定；它们还遭受通货膨胀的困扰。能源成本、小型工程甚至工资上涨的增加转嫁到维护服务上，不可避免地会导致租赁费用的增加。
Al TV Que Pria可以-2025猪油吗？
欢迎来到2025年欧洲文化首都，欢迎来到Nova Gorica和Gorizia的萨默伦。我们迫不及待地开始开始，因为正如我们在斯洛文尼亚所说的那样，这一天是在早晨又知的。我们的早晨将持续到深夜和深夜，因为我们将在2月8日开放日，以及一年的亮点。到今天早晨，它带领了八年的视野，梦想，设计和准备工作，但是提交的作品的结果是每一步都知道的：圆形剧场已经在剧院后面成长，曲目的数量撤出了绿色腰带，在两个城市的墙壁和帆布上，已经有放映和音乐会和音乐会；欧洲剧院几乎没有离开，已经有电影制片人...但是我们还没有开始！是的，我们从2月8日开始的斯洛文尼亚文化假期开始，这是欧洲文化假期。，由于斯洛文尼亚人还说这不是要在晚上的前一天赞美，因此您会看到我们已经在考虑2026年了。是的，您读到，2026年 - 因为这是城市，记者和决策者的公民提出的关键问题：剩下什么！2025？将仍然是两个城市的经过翻新和复兴的部分，其余的将是一个常见的时装秀 - 其余的将是无数的经验，艺术和日常，个人和集体，亲密和跨境的经验。由于这些经验丰富的社区和亲属关系充满乐观，我们正在寻找未来：不仅是我们疏远的一年，而且在未来几年中。让这是我们从阿尔卑斯山和亚得里亚海之间阳光明媚的位置发送的信息。<滑雪>欢迎！斯洛文尼亚和意大利的 nova Gorica和Gorizia试图向欧洲展示并向世界展示这是可能的：尽管世界不断增长，但有可能与欧洲携手合作。和本节目书应证明官方节目提供的内容，以及介于两者之间的有价值，美丽和难忘的东西：许多满足最苛刻的家庭受众以及来自欧洲和世界各地最好奇的访客的许多内容。
丹·杜邦（Dan Dupont）的提交，所有业主，工作森林PEI，有限公司
以下是关于我在公开会议上和与委员会的讨论中听到的内容的具体评论和建议。我同意缺乏可持续管理森林的基于市场的选择。当农业用地以$ 6000/ac的价格出售，但这尤其如此，但这不应授予我们清除森林的许可以立即获得收益。是，如果我们将人们视为一个精明的商人，那么我们已经成为一个文化/社会，如果他在清理森林中从成熟的森林中删除经济价值的100％，然后才能清除其从其森林砍伐状态中获利？诺夫·斯科舍省的“ Lahey报告”是一种有远见的观点，是一种可持续的方法来管理所有价值的政府拥有的森林。我相信，如果部长迈尔斯部门的某人熟悉拉希先生的工作，这是管理我们33,600公顷的公共森林公共森林的合理方法，这将是有益的。另一方面，在零散的私人土地上很难建立Lahey方法。合作模型在管理私人土地方面一直在全球范围内运行良好。大多数私人森林所有者都无法获得森林管理专业知识，而合作社满足了需求。否则，它们留给了所谓的“精明商人”的异想天开。我相信部长尚未问森林，鱼类和野生动植物部的高级职员的正确问题。该部门因质疑自己及其表现而缺乏领导能力而失败了。当仅由政府管理资源时，任何管辖权都会受到损害。为什么？它劝阻其厚墙外的任何建议或投入，因此为具有独立思想的工作人员带来了两极分化的工作环境。不幸的是，审计长的两个报告似乎并未导致所需的措施。我听说它说：“在私有森林上支付的公共资金的支出可能效率低下，但我没有其他方法可以朝着更具韧性的森林的目标迈进。”通常，政府部门的任务是支持其确定的行业。渔业，农业和旅游部的部门就是一个很好的例子。相反，Deeca清楚地指出，支持我们不是他们的立场。我认为，他们失去了职责。这一直是任何可持续管理尝试的死亡之后。如果没有可持续行业资助，则无法进行可持续的森林管理。政府应协助该行业的发展，并在白云杉供应下降和土地所有者要求变化时将面临的过渡。多年来，组织已经在岛上建立森林行业进行了几次尝试，但部长甚至不会考虑和/或批准必要的文件。为我自己讲话，在一个行业工作的状态而没有能力使它变得更好的状态一直在征税。该岛为这样一个行业充满了机会。一个例子与我们住房需求的状态有关。想象一下满足对木材产品的国内需求我相信，负责住房的部长表示，该岛需要在未来十年内每年建造2500辆，以跟上我们的国内需求。想象一下，建筑行业是否要与我们的森林行业合作，用于木材，修剪，桁架，地板以及所需的其他森林产品！
会议记录 - SMEITS
今年是塞尔维亚机电工程师和技术人员协会 (SMEITS) 于 1969 年 12 月举办首届流程工业设备研讨会以来的半个世纪。如此悠久的传统证实了本次会议在工艺工程师和相关专业工程师的教育和聚集方面的重要性，没有他们的支持和参与，大会就不会有如此重要的意义。论文集作为一个整体，经过处理后将出版在光盘上，将获得 CIP 和 ISBN 号。许多展出的作品将获得 DOI 标记，这可确保显着提高文本的可见性和引用。《Procesne tehnika》的编辑与作者达成一致，选择了在该杂志今年的两期中发表的论文，并且该文集仅包含这些论文的摘要。今年Processing的国际化特征是由来自7个国家的16件提交作品的外国参赛者以及来自12个国家的科学委员会成员实现的。大会上发表论文的官方语言是塞尔维亚语和英语。大会的主要目标是创新和扩展流程工业、能源、采矿、公用事业部门（自来水厂、供热厂）工程师的知识，并支持研究人员展示研究项目的成果。加工主题包括基本加工操作——机械、流体机械、热、扩散、化学和生物化学，以及加工工厂和设备（仪器和机器）。加工计划 '19 涵盖以下领域： 加工工业的设计和开发；机器、仪器和装置的建造；工业厂房建设和安装的准备和管理；工业和实验室测量；材料、产品、机器和设备的测试和认证；新设备和工业系统的研究和开发。在 11 个主题领域内，有 69 篇论文被接受，作者将在大会的两天期间展示这些论文，并在海报会议中展示部分论文。加工圆桌会议的主题是“根据气候变化领域的法规，工业界的义务”。草案中的《气候变化法》及其附则规定了对某些工厂的CO 2 排放进行监测、核查和报告的义务。此外，在加入欧盟之前，工业工厂必须大幅改变其运营方式并改进技术和生产，以避免在股票市场和/或金融面板上购买超过 CO 2 的 CO 2 减排量的成本2排放。圆桌会议的介绍性发言包括专题： • 塞尔维亚工业工厂的温室气体排放以及减少温室气体排放的可能方法，Aleksandar Jovović，机械工程学院，贝尔格莱德，
工作| PD-1/PD-L1抑制剂免疫疗法的有效性和化学疗法在非小细胞肺癌治疗中的有效性
简介：世界卫生组织（WHO）将肺部肿瘤分为两个主要类别，小小的和非small（SCLC）肺癌（NSCLC）占所有肺癌病例的80-85％。尽管使用了几种抗癌策略，例如手术，化学疗法和辐射，用于治疗NSCLC和SCLC，但迫切需要有效治愈或控制肺癌，尤其是晚期癌症的策略。因此，免疫验证点抑制剂（ICI）的免疫疗法通过预防肿瘤免疫疗法而成为一种有希望的疗法，在这种疗法中，除了逐步开发免疫抑制性的微观环境外，肿瘤通过丧失免疫原性抗原的损失而避免了免疫监测。这是通过激活的T细胞中存在的程序性细胞死亡检查点（PD-1）的相互作用发生的，并且存在于肿瘤细胞中的编程死亡粘合剂（PD-L1），以抑制与肿瘤与细胞毒性细胞相关的Quinase，以及肿瘤的增殖以及抗体细胞的降低，以及抗体的降低，以及抗体的减少，以及抗体的降低，抗体的分泌，抗体，，抗肿瘤的降低，，抗肿瘤，抑制了肿瘤毒性的繁殖，避免鉴定和死亡肿瘤细胞，削弱免疫系统。目的：评估使用PD-1/PDL-1抑制剂对非小细胞肺癌治疗的有效性。结果：在激活五年-OLD，390篇文章后发现了五年的-OLD。其中，在阅读标题时消除了350，在阅读摘要中有25份，在阅读完整文章时被淘汰，有9篇供审查。方法论：使用“肺癌”和“ PD-1免疫疗法”和“化学疗法”搜索策略在Medline数据库上进行了文献综述，作为包含标准，使用了解决非小细胞肺癌之间关系的文章；作为排除标准，没有提及PD-1/PDL-1轴的文章；在过去五年中发表的文章没有语言限制；对于文章的选择，读取标题，摘要和完整文本。与孤立地接受化学疗法的患者相比，有一些患者对PD-1/PD-L1抑制剂进行了联合治疗，获得了更好的临床结局，显示了较长的事件，没有事件的事件，没有进展而无需复发的生存和生存。结论：在非小细胞肺癌中掺入PD-1/PDL-1抑制剂以及化学疗法对于患者治疗至关重要，因为它可以防止肿瘤的免疫学排气，因此可以促进患者的全球生存期。
0098P240100200090 - SM PNLD 2023
本馆藏符合第 10 号法令中规定的国家图书和教材计划的目标。 9,099/2017，基于一致的方法提供有助于改善公立学校英语教学的资源，从而提高教育质量。该作品构成了教学行动的支持材料，尊重教师的自主权，并为他们提供替代用途，以便他们能够选择和适应最适合其环境的内容：城市或农村。这些活动以英语教学作为一项社会活动为基础，始终处于动态之中，有效地融入学生和教师的生活中，而不仅限于在课堂上进行的形式化活动。符合《指导方针和基础法》(LDB) 或第 1 号法律的指导方针。 9,394/1996，该材料除其他外，有助于培养学生行使公民权；传播对公民的社会利益、权利和义务至关重要的价值观；尊重共同利益和民主秩序；加强家庭纽带、人类团结和宽容的纽带，这是社会生活的基础。它还符合《儿童和青少年法》(ECA) 第 53 条的规定。 8,069/1990，通过促进旨在使学徒全面发展并培养他们行使公民权和获得工作资格的活动。根据 2014-2024 年国家教育计划 (PNE)（第 13,005/2014 号法律）的规定，它通过旨在促进公民意识以及道德和伦理价值观的活动，促进人文、科学、文化和技术培训和尊重人权（国家人权计划 – PNDH-3，第 10 号法令） 7,037/2009）、多样性和社会环境可持续性。该集合遵循国家九年制基础教育课程指南（决议 CNE/CEB n. 7/2010）的规定，并遵循其基础和原则。在提供学习英语语言的活动的同时，它还确保学习者获得对学习者个人发展和社会生活至关重要的社会相关知识和文化元素（第5 o )。主题的选择遵循 CNE/CEB 决议中列出的伦理、政治和美学原则。 7/2010。通过这种方式，这项工作投资于寻求正义、团结、自由和自主以及尊重人的尊严的教育，并有助于消除偏见、成见和任何形式的歧视。 、《残疾人法》（第 13,146/2015 号法律）和《老年人法》（第 10,741/2003 号法律）。此外，该系列通过不同的文化和艺术表现形式提升审美敏感性，同时又不忽视巴西文化和多元化身份。
什么是元基因组学中的binning
宏基因组学是对直接从土壤，水和肠道含量等环境样品中提取的遗传物质的研究，而无需隔离单个生物。该领域使用宏基因组学框来根据相似性将DNA序列分为组。目标是将这些序列分配给其相应的微生物或分类群，从而更深入地了解样本中的微生物多样性和功能。计算方法（例如序列相似性，组成和其他特征）用于分组。宏基因组学的方法包括：基于序列组成的binning，它分析了不同基因组中的不同模式；基于覆盖范围的binning，它使用测序深度将分组读取为垃圾箱；混合式分子，结合了两种方法以提高准确性；基于聚类的封装，可用于高基因组多样性数据集；和基于机器学习的封装，需要带注释的参考基因组进行培训。每种方法都有其优势和局限性，其选择取决于特定的元基因组数据集和研究问题。宏基因组学箱很复杂。2017年，本教程将涵盖元基因组式融合工具，以及咖啡发酵生态系统和metabat 2算法metabat的数据生成MAGS，可以轻松地与下游分析和工具集成，例如分类学注释和功能预测。已经对六个样本进行了测序，生成了6个用于咖啡发酵系统的原始数据集。2。宏基因组套件是分析复杂的微生物群落的关键步骤，但面临着几个挑战，包括水平基因转移污染危险嵌合序列和Maxbin Metabat mycc mycc mycc groopm groopm metawrap anvi'o semibin of de nove bin bin bin bin bin bin bin bin bin bin bin的物种计算工具中的物种计算工具中的应变变化，例如已显示出高度准确的有效扩展和用户友好的基准研究发现，Metabat 2在准确性和计算效率方面都优于其他替代方案，以提供有关宏基因组学软件的更多信息，请参见Sczyrba等。使用Illumina MiSeq全基因组测序进行了六次颞枪i弹枪元基因组研究，以全面分析咖啡微生物组的结构和功能。我们基于这些现实世界数据为本教程创建了模拟数据集。我们将介绍本教程中的以下主题：准备分析历史记录和数据，将metabat 2运行到bin元基因组测序数据。要运行binning，我们首先需要将数据纳入Galaxy，任何分析都应具有自己独特的历史记录。让我们通过单击历史记录面板的顶部创建一个新的历史记录并重命名它。要将序列读取数据上传到星系中，您可以直接从计算机导入它，也可以使用这些链接从Zenodo或数据库中获取它：等等。首先，创建一个名为GTN的文件夹 - 带有主题名称和教程名称的子文件夹的材料。选择所需的文件要从顶部附近的下拉菜单中导入。3。通过在弹出窗口中选择“选择历史记录”，选择要导入数据（或创建新数据）的历史记录。通过重命名示例名称的读取对创建配对集合，然后按照以下步骤：检查所有要包含的数据集，并通过单击“数据集对构建列表”来构建数据集对列表。将未配对的前进和反向读取文本更改为每对的常见选择器。单击“配对这些数据集”以进行有效的前进和反向对。输入一个集合名称，然后单击“创建列表”以构建集合。binning有几个挑战，包括高复杂性，碎片序列，不均匀的覆盖率，不完整或部分基因组，水平基因转移，嵌合序列，应变变异和开放图像1：binning。在本教程中，我们将通过Galaxy使用Metabat 2（Kang等，2019）来学习如何键入元基因组。metabat是“基于丰度和四核苷酸频率的元基因组binning的工具”，该工具将shot弹枪元基因组序列组装到微生物群落中。它使用基因组丰度和四核苷酸频率的经验概率距离来达到98％的精度，并在应变水平下以281个接近完全独特的基因组为准。我们将使用上传的汇编FastA文件作为Metabat的输入，为简单起见保留默认参数。设置为“否”。在输出选项中，“垃圾箱的最小尺寸作为输出”设置为200000。对于ERR2231567样品，有6个箱子，将167个序列分类为第二箱。手：1。4。该工具将在Galaxy版本1.2.9+Galaxy0中使用这些参数：“包含重叠群的Fasta文件”汇编FASTA文件； “考虑融合的良好重叠群的百分比”设置为95； “ binning边缘的最低分数”为60； “每个节点的最大边数”为200； “构建TNF图的TNF概率截止”为0；和“关闭丢失还是小重叠的额外的押金？”The output files generated by MetaBAT 2 include (some are optional and not produced unless required): - Final set of genome bins in FASTA format (.fa) - Summary file with info on each genome bin, including length, completeness, contamination, and taxonomy classification (.txt) - File with mapping results showing contig assignment to a genome bin (.bam) - File containing abundance estimation of each genome bin （.txt） - 每个基因组bin（.txt）的覆盖曲线的文件 - 每个基因组bin的核苷酸组成（.txt） - 文件具有每个基因组bin（.faa）的预测基因序列（.faa）的基因序列，可以进一步分析和用于下游应用，例如功能性注释，相比的植物组合和化学分析，并可以用于下游应用。去复制是识别基因组列表中“相同”的基因组集的过程，并从每个冗余集中删除除“最佳”基因组之外的所有基因组。在重要概念中讨论了相似性阈值以及如何确定最佳基因组。基因组去复制的常见用途是元基因组数据的单个组装，尤其是当从多个样本中组装简短读数时（“共同组装”）。这可能会导致由于组合类似菌株而导致碎片组件。执行共同组装以捕获低丰度微生物。另一种选择是分别组装每个样品，然后去重新复制箱以创建最终的基因组集。metabat 2不会明确执行放松，而是通过利用读取覆盖范围，样品差异覆盖范围和序列组成来提高构架准确性。DREP等工具的设计用于宏基因组学中的复制，旨在保留一组代表性的基因组，以改善下游分析。评估：DREP评估集群中每个基因组的质量，考虑到完整性，污染和应变异质性等因素。基因组选择：在每个群集中，DREP根据用户定义的标准选择代表性基因组。该代表性基因组被认为是群集的“翻译”版本。放松输出：输出包括有关消除基因组的信息，包括身份，完整性和污染。用户可以选择基因组相似性的阈值，以控制删除水平。使用您喜欢的汇编程序分别组装每个样本。bin每个组件分别使用您喜欢的Binner。bin使用您喜欢的Binner共同组装。5。将所有组件中的垃圾箱拉在一起，然后在它们上运行DREP。6。在解复的基因组列表上执行下游分析。检查质量：1。一旦完成，必须检查其质量。2。可以使用CheckM（Parks等，2015）评估binning结果，这是一种用于元基因组学框的软件工具。3。2。检查通过将基因组仓与通用单拷贝标记基因进行比较，评估了基因组仓的完整性和污染。宏基因组学：1。宏基因组学将DNA碎片从混合群落分离为单个垃圾箱，每个垃圾箱代表一个独特的基因组。checkm估计每个基因组箱的完整性（存在的通用单拷贝标记基因集的总数）和污染（在一个以上bin中发现的标记基因的百分比）。关键功能：1。基因组完整性的估计：CheckM使用通用单拷贝标记基因来估计回收基因组的比例。2。基因组污染的估计：CHECKM估计多个箱中存在的标记基因的百分比，表明来自多种生物的潜在DNA。3。识别潜在的杂料：CheckM基于基因组的标记基因分布来识别杂种。4。结果的可视化：CheckM生成图和表，以可视化基因组垃圾箱的完整性，污染和质量指标，从而使解释更加容易。checkm也可以根据与不同分类学组相关的特定标记基因（例如sineage_wf：评估使用谱系特异性标记集对基因组垃圾箱的完整性和污染）进行分类分类的基因组分类。checkm lineage_wf工作流使用标记基因和分类信息的参考数据库来对不同分类学水平的基因组垃圾箱进行分类。来源：-Turaev，D。，＆Rattei，T。（2016）。（2014）。使用metabat 2的元基因组重叠群构造教程强调了选择最合适的binning工具的重要性。不同的方法具有不同的优势和局限性，具体取决于所分析的数据类型。通过比较多种封装技术，研究人员可以提高基因组融合的精度和准确性。可用于元基因组数据，包括基于参考的，基于聚类的混合方法和机器学习。每种方法都有其优点和缺点，从而根据研究问题和数据特征使选择过程至关重要。比较多种封装方法的结果有助于确定特定研究的最准确和最可靠的方法。在完整性，污染和应变异质性方面评估所得垃圾箱的质量至关重要。另外，比较已识别基因组的组成和功能谱可以提供有价值的见解。通过仔细选择和比较binning方法，研究人员可以提高基因组箱的质量和可靠性。这最终导致对微生物群落在各种环境中的功能和生态作用有了更好的了解。微生物群落系统生物学的高清晰度：宏基因组学以基因组为中心和应变分辨。- Quince，C.，Walker，A。W.，Simpson，J。T.，Loman，N。J.，＆Segata，N。（2017）。shot弹枪宏基因组学，从采样到分析。-Wang，J。和Jia，H。（2016）。元基因组范围的关联研究：微生物组细化。-Kingma，D。P.和Welling，M。（2014年）。自动编码变分贝叶斯。-Nielsen，H。B.等。鉴定和组装基因组和复杂元基因组样品中的遗传因素，而无需使用参考基因组。-Teeling，H.，Meyerdierks，A.，Bauer，M.，Amann，R。，＆Glöckner，F。O.（2004）。将四核苷酸频率应用于基因组片段的分配。-Alneberg，J。等。（2014）。通过覆盖范围和组成的结合元基因组重叠群。-Albertsen，M。等。（2013）。通过多个元基因组的差异覆盖层获得的稀有，未培养细菌的基因组序列。-Kang，D.D.，Froula，J.，Egan，R。，＆Wang，Z。（2015）。metabat，一种有效的工具，用于准确地重建来自复杂微生物群落的单个基因组。simmons b a和singer s w提出了一种新算法，称为Maxbin 2.0，用于2016年生物信息学期刊中多个元基因组数据集的binning基因组。此外，Kang等人开发了Metabat 2，一种自适应binning算法，该算法于2019年在Peerj发表。PlazaOñate等人引入了MSPMiner，这是一种从shot弹枪元基因组数据重建微生物泛元组的工具，如2019年的生物信息学报道。Other studies like those of Lin and Liao, Chatterji et al, Parks et al, Pasolli et al, Almeida et al, Brooks et al, Sczyrba et al, Qin et al, Bowers et al, Sieber et al, Cleary et al, Huttenhower et al, Saeed et al, and Pride et al have also contributed to the development of metagenomics tools and approaches for genome recovery.这些发现表明，宏基因组分析和计算方法的最新进展使研究人员能够从环境样本中恢复几乎完整的基因组。本文讨论了有关宏基因组学的各种研究，这是对特定环境中多种生物的遗传物质的研究。研究集中于人类肠道微生物组及其在不同人群和年龄之间的组成。引用了几篇论文，其中包括Chen等人的论文。（2020），他开发了一种从宏基因组获得准确而完整的基因组的方法。Daubin等人的另一篇论文。（2003）探讨了细菌基因组中侧向转移基因的来源。本文还提到了有关人肠道微生物组的研究，包括Schloissnig等人的工作。（2013），他绘制了人类肠道微生物组的基因组变异景观。Yatsunenko等。 （2012）研究了在不同年龄和地理位置的人类肠道微生物组。 此外，本文参考了有关微生物从母亲传播到婴儿的研究，包括Asnicar等人的工作。 （2017）和Ferretti等。 （2018）。 本文还涉及宏基因组学分析中使用的机器学习和深度学习技术，例如变化自动编码器和无监督的聚类方法。 最后，本文提到了用于分析元基因组数据的软件工具，包括Li（2013）的BWA-MEM和Paszke等人的Pytorch。 （2019）。 以下是生物信息学和基因组学领域的各种研究文章的摘要。Yatsunenko等。（2012）研究了在不同年龄和地理位置的人类肠道微生物组。此外，本文参考了有关微生物从母亲传播到婴儿的研究，包括Asnicar等人的工作。（2017）和Ferretti等。（2018）。本文还涉及宏基因组学分析中使用的机器学习和深度学习技术，例如变化自动编码器和无监督的聚类方法。最后，本文提到了用于分析元基因组数据的软件工具，包括Li（2013）的BWA-MEM和Paszke等人的Pytorch。（2019）。以下是生物信息学和基因组学领域的各种研究文章的摘要。释义旨在保留原始文章的主要思想和发现，同时以更简洁和易于访问的方式介绍它们。1。**聚类**：一种用于将相似数据点分组在一起的算法，应用于基于Web的数据。2。** art **：用于下一代测序的模拟器可以模仿现实世界数据。3。** metaspades **：一种可以从混合微生物群落中重建基因组的宏基因组组装子。4。** minimap2 **：一种以高精度和速度对齐核苷酸序列的工具。5。** blat **：用于比较基因组序列的爆炸样比对工具。6。** Circos **：用于比较基因组学的可视化工具，用于显示多个基因组之间的关系。7。**高通量ANI分析**：使用平均核苷酸同一性（ANI）指标估算原核基因组之间距离的方法。8。** checkm **：一种评估微生物基因组完整性和污染的工具。9。** BLAST+**：具有改进功能和用户界面的BLAST算法的更新版本。10。** mash **：使用Minhash估算基因组或元基因组距离的工具。11。**浪子**：原核基因组的基因识别和翻译起始位点识别工具。12。** InterPro 2019 **：蛋白质序列注释的InterPro数据库的更新，具有改进的覆盖范围和访问功能。13。14。15。16。**控制虚假发现率**：一种用于管理生物信息学研究中多种假设检验的统计方法。** checkv **：一种用于评估元基因组组装的病毒基因组质量的工具。**使用深度学习从宏基因组数据中识别病毒**：使用机器学习从混合微生物群落中检测病毒的研究。**标准化的细菌分类法**：基于基因组系统发育的细菌进行分类的新框架，该细菌修改了生命之树。17。** gtdb-tk **：一种用于与基因组分类学数据库（GTDB）分类的工具包。18。** iq-Tree **：使用快速有效算法估算最大可能的系统发育的工具。这些摘要概述了生物信息学和基因组学领域的各种研究文章，突出显示了与序列比对，组装，注释和系统发育有关的工具，方法和研究。最新的多个序列对齐软件的进步显着提高了D. M. Mafft版本7，Modelfinder，Astral-III，UFBOOT2，Life V4和APE 5.0等工具的性能和可用性。这些工具通过引入新颖特征，例如快速模型选择，多项式时间种树重建，超快的自举近似和交互式可视化来提高系统发育估计值的准确性。这些软件包的整合已简化了构建进化树的过程，使研究人员可以更轻松地探索复杂的系统发育关系。