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基因组编辑-Alt -R为CAS12A（CPF1）超核酸酶-Net
图1。Alt-R A.S. CAS12A超蛋白在TTTV目标位点选择方面表现出卓越的性能。 DOTS代表了216个指南的等级编辑效率，该指南靶向TTTV（深色阴影）或TTTN（浅色阴影）PAM站点，并且在输送到HEK-293细胞（96个位点）和陪同下（96个位点）和陪同细胞（96个位点）和野生型CAS12A V3（绿色）V3（绿色）或Cas12a Ultra（蓝色）。 如Alt-R CRISPR-CAS12A用户指南中所指示的RNP 人类细胞使用4D-Nucleofector™System（LONZA）的RNP电穿孔。 使用NGS（Rhampseq Amplicon测序）进行电穿孔后48小时编辑效率。Alt-R A.S. CAS12A超蛋白在TTTV目标位点选择方面表现出卓越的性能。DOTS代表了216个指南的等级编辑效率，该指南靶向TTTV（深色阴影）或TTTN（浅色阴影）PAM站点，并且在输送到HEK-293细胞（96个位点）和陪同下（96个位点）和陪同细胞（96个位点）和野生型CAS12A V3（绿色）V3（绿色）或Cas12a Ultra（蓝色）。人类细胞使用4D-Nucleofector™System（LONZA）的RNP电穿孔。使用NGS（Rhampseq Amplicon测序）进行电穿孔后48小时编辑效率。编辑效率。
GAM核酸酶抑制剂的安全数据表（P0774）kor
特征特征特征特征数值数值数值参考参考参考参考参考裁判•如何方法方法方法pH 8.2大麻马。熔点熔点熔点熔点熔点熔点熔点熔点熔点熔点 /冰点冻结点초기초기초기초기끓는점과끓는점과끓는점끓는점끓는점끓는점범위범위범위범위범위범위자료없음없음없음알려진알려진것없음없음없음없음사사사사。inhwa商店inhwa商店inhwa商店inhwa商店inhwa商店没有什么知之甚少。评估蒸发蒸发速度速度速度速度速度速度速度速度速度。易燃的易燃易燃易燃（实心实心，燃气气体气体气体气体气体气体气体气体）数据尚不清楚。Intamus print printing or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or explosives explosion explosion, an upper limit upper limit upper limit upper limit, or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or lower limit.没有一个打印流量易燃打印或或或或或或或或以上或或或或以上或或或以下或或或或或或或或或或或或或或或或或或或或或或在爆炸范围内，范围范围范围范围的下限。 蒸汽压力蒸气蒸气压力蒸气压力数据一无所知。 提交即使被接受也可以接受，即使它被接受，即使被容纳也可以容纳，即使被容纳了即使被容纳，即使它被接受了，即使它被接受了。 蒸汽蒸汽蒸汽蒸汽密度密度密度密度密度密度密度密度密度密度无 比例比例的比例的比例尚不清楚。 n辛烷醇辛烷醇辛烷醇辛烷醇 /水水水分布系数系数系数系数系数系数系数系数无数据。 自然点火自然点火自然点火自然点火自然点火温度温度温度温度温度没有温度尚不清楚。 拆卸分解温度温度温度温度尚不清楚。 粘度粘度粘度粘度图动态动态动态动态动态粘度粘度粘度粘度尚不清楚。Intamus print printing or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or explosives explosion explosion, an upper limit upper limit upper limit upper limit, or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or or lower limit.没有一个打印流量易燃打印或或或或或或或或以上或或或或以上或或或以下或或或或或或或或或或或或或或或或或或或或或或在爆炸范围内，范围范围范围范围的下限。蒸汽压力蒸气蒸气压力蒸气压力数据一无所知。提交即使被接受也可以接受，即使它被接受，即使被容纳也可以容纳，即使被容纳了即使被容纳，即使它被接受了，即使它被接受了。蒸汽蒸汽蒸汽蒸汽密度密度密度密度密度密度密度密度密度密度无比例比例的比例的比例尚不清楚。n辛烷醇辛烷醇辛烷醇辛烷醇 /水水水分布系数系数系数系数系数系数系数系数无数据。自然点火自然点火自然点火自然点火自然点火温度温度温度温度温度没有温度尚不清楚。拆卸分解温度温度温度温度尚不清楚。粘度粘度粘度粘度图动态动态动态动态动态粘度粘度粘度粘度尚不清楚。
GamS 核酸酶抑制剂 (P0774) KOR 安全数据表
属性 属性 属性 属性 属性 属性 数字 数字 数字 数字 参考 参考 参考 参考 参考 • 方法 方法 方法 方法 La la la la la 。 pH 值 8.2 妈妈妈妈妈。熔点 熔点 熔点 熔点 熔点/凝固点 凝固点 凝固点 凝固点 凝固点 无可用数据 未知 巴巴巴巴巴 。初始沸点范围范围范围范围范围范围范围范围范围范围未知数据未知。闪点 闪点 闪点 闪点 闪点 闪点 无可用数据 未知 啊啊啊啊啊。蒸发 蒸发 蒸发 蒸发 蒸发速率 速率 速率 速率 速率 速率 未知数据 未知 自身 自身 自身 自身 自身 。可燃性 可燃性 可燃性 可燃性 可燃性（固体固体固体固体固体，气体气体气体气体气体气体） 无可用数据 未知。炎症 炎症 炎症 炎症 炎症 或 或 或 或 或 爆炸 爆炸 爆炸 爆炸 范围...蒸气压 蒸气压 蒸气压 蒸气压 蒸气压 蒸气压 无可用数据 未知 ta ta ta ta ta 。溶解度 溶解度 溶解度 溶解度 溶解度 溶解度 溶解度 溶解度 无可用数据 未知 其他 其他 其他 其他 其他 溶解度 溶解度 溶解度 溶解度 无可用数据 未知 Pa Pa Pa Pa Pa Pa 。蒸汽蒸汽蒸汽蒸汽蒸汽密度密度密度密度密度数据未知哈哈哈哈哈。重量 重量 重量 重量 重量 重量 无可用数据 未知。 n 辛醇 辛醇 辛醇 辛醇 辛醇/水 水 水 水 水 分配系数 分配系数 分配系数 分配系数 分配系数 无数据 未知 你 你 你 你 你 你 。自燃 自燃 自燃 自燃 温度 温度 温度 温度 温度 无可用数据 未知 更多 更多 更多 更多 。分解 分解 分解 分解 分解温度 温度 温度 温度 温度 未知。粘度 粘度 粘度 粘度 动态 动态 动态 动态粘度 粘度 粘度 未知数据 未知 运动粘度 运动粘度 运动粘度 运动粘度 未知数据 未知
使用 CRISPR ID 型核酸酶对哺乳动物进行基因组编辑
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 3 月 18 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.03.14.991976 doi：bioRxiv preprint
可编程的无所不能的Argonaute核酸酶来自中介细菌Kurthia massiliensis
Argonaute（AGO）蛋白是生命所有领域中存在的保守核酸引导的蛋白质。真核生物Argonaute蛋白（EAGOS）是RNA干扰途径中的关键玩具，并且在生理温度下起RNA引导的RNA核酸内切酶的作用。尽管Eagos被认为是从原核蛋白质（Pagos）演变而来的，但先前研究的Pagos无法在生理温度下催化RNA引导的RNA裂解。在这里，我们描述了来自中粒细菌库尔西亚马西里尼斯（Kmago）的独特pago。kmago利用DNA指南裂解具有较高活性的单链DNA（ssDNA）和RNA靶标。kmago还利用RNA指南在适度的温度下裂解ssDNA和RNA靶标。我们表明，Kmago可以使用5'磷酸化的DNA指南，以切割SS-DNA和RNA，例如Butyricum of Of。小的DNA结合赋予了Kmago上的显着热稳定性，我们可以通过避免DNA指南加载温度来抑制空kmago的独立于导向的质粒加工活性。更重要的是，Kmago在37°C上执行双链DNA和高度结构化的RNA的可编程切割。因此，Kmago可以被视为一种DNA引导的可编程无内能力核酸酶，以使大多数类型的核酸有效地切断。这项研究扩大了我们对AGO蛋白质的理解，可以扩展基于Pago的DNA和RNA MA-MA-MA-MA-MA-MA-NIPULATION工具箱。
一种工程化的 Cas12i 核酸酶，是动物和植物中有效的基因组编辑工具
VI 型 CRISPR-Cas 系统在基因组编辑方面越来越有吸引力。然而，该系统的天然核酸酶通常效率低下，限制了它们的应用。在这里，我们使用结构引导的合理设计和蛋白质工程来优化一种未表征的 Cas12i 核酸酶 Cas12i3。结果，我们开发了 Cas-SF01，这是一种 Cas12i3 变体，在哺乳动物细胞中表现出显著改善的基因编辑活性。与 SpCas9 和其他 Cas12 核酸酶相比，Cas-SF01 显示出相当或更优异的编辑性能。与天然 Cas12i3 相比，Cas-SF01 具有扩展的 PAM 范围，并能有效识别 NTTN 和非规范 NATN 和 TTVN PAM。此外，我们还发现了一种氨基酸替代物 D876R，它显著降低了脱靶效应，同时保持了较高的靶向活性，从而开发出了 Cas-SF01 HiFi（高保真 Cas-SF01）。最后，我们表明 Cas-SF01 在小鼠和植物中具有较高的基因编辑活性。我们的结果表明，Cas-SF01 可以作为一种强大的基因编辑平台，具有高效性和特异性，适用于各种生物体的基因组编辑应用。
接近定量连接会导致DNA折纸对核酸酶和细胞裂解物的抗性
在DNA折纸中结合主食的情况有限，这对于它们与热和机械处理以及化学和生物学环境至关重要。在这里，在折纸中的尼克斯的天然骨干连接中证明了两种近定量连接方法：i）助溶剂溶质二甲基亚氧化二甲基亚氧化二甲基（DMSO）辅助酶结扎和ii）CNBR通过CNBR进行的无酶化学结扎。两种方法在2D折纸中达到了90％以上的连接，只有CNBR方法在3D折纸中导致了≈80％的连接，而单位酶的连接率却产生了31-55％（2D）或22-36％（3D）。只有CNBR方法可用于3D折纸。CNBR介导的反应在5分钟内完成，而DMSO方法进行了隔夜。通过这些方法的结扎提高了最大30°C的结构稳定性，电泳过程中的稳定性以及随后的提取，以及针对核酸酶和细胞裂解物。这些方法在成本，反应时间和效率方面很简单，无聊且优越。
通过结合机器学习和超高通量筛选，工程高度活跃和多样化的核酸酶酶
设计酶以在新型化学环境中起作用是合成生物学具有广泛应用的核心目标。使用机器学习（ML）引导蛋白质设计有可能通过精确导航坚固的健身景观来加速发现高性能酶。在这项工作中，我们描述了ML引导的运动，以设计Nuclease NucB，该核定是一种酶，该酶在治疗慢性伤口的酶降解生物膜，以治疗慢性伤口。在多发酶演化活动中，我们将超高通量功能筛选与ML相结合，并将其与平行的电脑内定向进化（DE）和硅内命中重组（HR）策略进行了比较。ML引导的运动发现了数百种高度活跃的变体，最多有19倍的核酸酶活性改善，而DE的最佳变体提高了12倍。此外，ML设计的命中率距离NUCB WildType高达15个突变，在命中率和多样性方面远远超过了HR方法。我们还表明，仅在进化数据上训练的模型而无需访问任何实验数据，就可以比传统的初始图书馆生成方法以明显高的速率设计功能变体。为了推动ML引导设计的未来进展，我们策划了一个55K多种变体的数据集，这是迄今为止最广泛的基因型 - 表型酶活性景观之一。数据和代码可在以下网址提供：https：//github.com/google-deepmind/nuclease_design。
IDT Alt-R Sp HiFi Cas9 核酸酶 V3 (CRS-10083-FL 03/19)
图 1. Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 促进近野生型靶向编辑效力并显著减少脱靶位点编辑。RNP 复合物由 Alt-R Sp Cas9 Nuclease V3 或 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 与靶向 EMX1 基因的 Alt-R crRNA:tracrRNA 复合物结合形成。RNP 复合物 (4 µM) 通过 Nucleofection™ 方法 (Lonza) 递送到 HEK-293 细胞中。通过下一代测序 (rhAmpSeq 扩增子测序，IDT) 测量了靶位点和 9 个已知脱靶位点处的插入/缺失形成 (在 y 轴上以对数标度表示)。
使用重组 Cas9 核酸酶评估基因组编辑实验中的位点修饰的方案
简介 用 Cas9 核糖核蛋白 (Cas9 核酸酶) 体外消化 PCR 扩增子是一种灵敏的插入/缺失检测方法。与错配检测方法不同，Cas9 还具有确定 50% 以上靶向效率的额外优势。这很有价值，因为基因组编辑实验中的靶向效率提高了，并且可用于检测分离的细胞群落或组织中的双等位基因编辑，而以前只能使用专门的 PCR 或扩增子测序方法来实现。