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锌指核酸酶的应用
EXZACT™ 精准技术消除了植物基因组改造中的猜测。EXZACT™ 基于专有的锌指蛋白 (ZFP) 设计，是一种多功能且强大的工具包，可用于对植物进行靶向基因组改造。EXZACT™ 能够针对几乎任何 DNA 序列，从而使发现者和开发者能够快速准确地添加、删除或编辑基因。使用 EXZACT™，植物研究人员可以测试假设、开发遗传特性并将其引入植物，同时避免传统 DNA 工程工具带来的意外影响。EXZACT™ 加快了特性开发时间并降低了农产品成本，并为作物特性研发建立了新的行业标准。了解更多信息，请访问 www.exzactprecisiontechnology.com。
nuc-off核酸酶和DNA去除喷雾
图1。在去除RNase和dNase中，MP生物医学Nuc-Off核酸酶和DNA去除喷雾剂和竞争者T溶液的性能比较。A. RNase消除。在室温下孵育5分钟，将4μl的去除试剂和不同量的RNase（以1μl为单位）的混合物孵育；之后，加入1μlRNA，并在室温下进一步孵育15分钟，然后在含有甲醛的琼脂糖凝胶中变性和最终混合物的电泳。B. DNase消除。在室温下孵育4μl的去除试剂和不同量的DNase（以1μl）的混合物5分钟；之后，将1μl10X反应缓冲液和1μgDNA和无核酸酶的水加入总体积10μl，并在室温下进一步孵育15分钟，然后是最终混合物的琼脂糖凝胶电泳。C.去除试剂对DNA稳定性的影响。在室温下孵育15分钟，将4μl的去除试剂和1μl基因组DNA的混合物进行孵育，然后通过琼脂糖凝胶电泳进行分析。D.去除试剂对RNA稳定性的影响。在室温下孵育4μl的去除试剂和1μlRNA的混合物，然后变性添加含有甲醛的琼脂糖凝胶电泳。此处显示的图仅供参考，它可能会根据不同的实验条件而有所不同。
CRISPR相关核酸酶的化学和光学控制
在其他几种情况下需要控制CAS9活动的控制。首先，长时间的CAS9活性是对原发性细胞和干细胞的遗传毒性，因为双链DNA断裂已被证明会诱导高水平的细胞凋亡，从而导致编辑的细胞数量较少，并且潜在的肿瘤症克隆的潜在选择[11，12]。第二，在种系编辑中，镶嵌物（例如，不同细胞中的基因型异质性）是由分裂细胞中的不均匀Cas9活性引起的，可以通过将Cas9的活性限制为狭窄的时间窗口[13，14]。第三，CAS9包装用于腺相关病毒（AAV）E介导的输送可能是有毒的，可以通过关闭CAS9来解决此限制[15]。最后，对CAS9的控制对于在多种情况下的基因驱动器中特别有用，包括控制超级孟德尔遗传的程度和致命特征的促进性[16]。小分子和光通常用于精确控制酶活性。在这里，我们回顾了对CRISPR E CAS技术的化学和光学控制的不同方法，重点是基本的分子机制，它们的优势和缺点以及他们提供的控制程度。
nuc-off核酸酶和DNA去除喷雾
图1。在去除RNase和dNase中，MP生物医学Nuc-Off核酸酶和DNA去除喷雾剂和竞争者T溶液的性能比较。A. RNase消除。在室温下孵育5分钟，将4μl的去除试剂和不同量的RNase（以1μl为单位）的混合物孵育；之后，加入1μlRNA，并在室温下进一步孵育15分钟，然后在含有甲醛的琼脂糖凝胶中变性和最终混合物的电泳。B. DNase消除。在室温下孵育4μl的去除试剂和不同量的DNase（以1μl）的混合物5分钟；之后，将1μl10X反应缓冲液和1μgDNA和无核酸酶的水加入总体积10μl，并在室温下进一步孵育15分钟，然后是最终混合物的琼脂糖凝胶电泳。C.去除试剂对DNA稳定性的影响。在室温下孵育15分钟，将4μl的去除试剂和1μl基因组DNA的混合物进行孵育，然后通过琼脂糖凝胶电泳进行分析。D.去除试剂对RNA稳定性的影响。在室温下孵育4μl的去除试剂和1μlRNA的混合物，然后变性添加含有甲醛的琼脂糖凝胶电泳。此处显示的图仅供参考，它可能会根据不同的实验条件而有所不同。
EFSA意见对位置定向核酸酶的适用性
欧洲委员会要求对经过遗传修饰的有机体（GMO）进行EFSA小组，以评估第4节（危险识别）以及EFSA科学意见对使用锌型3型技术（ZFN-3）的工厂开发的植物开发的植物的科学意见（Zfn-3）和其他核定型（ZFN-3）的植物（ZFN-3）的效果（ZFN-3）（ZFN-3）的作用（ SDN-1，SDN-2和寡核苷酸指导的诱变（ODM）。在发表这种意见时，GMO面板将与通过SDN-1，SDN-2和ODM产生的植物与与通过SDN-3和常规育种获得的植物相关的植物进行了比较。与SDN-3方法不同，SDN-1，SDN-2和ODM方法的应用旨在以一种可能导致植物不包含任何转基因，内元或顺式的植物来修饰基因组序列。因此，GMO面板得出结论，这些考虑与第4节中包含的转基因，内元或面条的存在，以及SDN-3的意见的结论无关，与通过SDN-1，SDN-1，SDN-2或ODM获得的植物无关。总体而言，与SDN-3和常规育种相比，GMO面板没有发现与通过SDN-1，SDN-2或ODM产生的基因组修饰的新危害。此外，转基因专家小组认为，现有的对遗传修饰工厂的食物和饲料的风险评估指南以及对遗传修改工厂的环境风险评估的指南，但仅部分适用于通过SDN-1，SDN-1，SDN-2或ODM生成的工厂。的确，如果最终产物的基因组不包含外源性DNA，则这些与外源性DNA有关的指导文档的要求与通过SDN-1，SDN-2或ODM接近开发的植物的风险评估无关。
通过改造的 CRISPR-Cas9 核酸酶改变 DNA 修复途径的参与
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 3 月 10 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.03.10.483793 doi：bioRxiv preprint
微型 VF 型 CRISPR-Cas 核酸酶可实现细胞中的靶向 DNA 修饰
2 类 CRISPR 系统极其多样化，但所有系统都共享一个效应蛋白，该蛋白包含保守的 RuvC 样核酸酶结构域。有趣的是，这些 CRISPR 相关 (Cas) 核酸酶的大小范围从 Cas9/Cas12a 的 >1000 个氨基酸 (aa) 到 Cas12f 的 400-600 个 aa。对于体内基因组编辑应用，紧凑的 RNA 引导核酸酶是理想的，并且可以简化细胞递送方法。尽管微型 Cas12f 效应子已被证明可以切割双链 DNA，但真核细胞中的靶向 DNA 修饰尚未得到证实。在这里，我们从生物化学角度表征了两种微型 VF Cas 核酸酶，SpCas12f1 (497 aa) 和 AsCas12f1 (422 aa)，并表明 SpCas12f1 在植物和人类细胞中均能发挥作用，产生针对性的修饰，在植物中，短热脉冲可增强修饰效果。我们的发现为开发基于微型 Cas12f1 的基因组编辑工具铺平了道路。
全面的 Bioconductor 生态系统，用于跨核酸酶和技术设计 CRISPR 引导 RNA
CRISPR 介导的基因扰动研究的成功高度依赖于 gRNA 的质量，并且已经开发了几种工具来实现最佳的 gRNA 设计。然而，这些工具并不都适用于最新的 CRISPR 模式或核酸酶，也没有提供全面的注释方法或用于高级 CRISPR 应用的可扩展性。在这里，我们介绍了一个新的 R 包生态系统，它能够为多种 CRISPR 技术实现高效的 gRNA 设计和注释，包括 CRISPR 敲除、CRISPR 激活 CRISPR 干扰和 CRISPR 碱基编辑。核心包 crisprDesign 提供了一个全面、用户友好且统一的界面，可通过几种比对方法添加靶向和脱靶注释、丰富的基因和 SNP 注释以及十几个靶向和脱靶活动分数。这些功能适用于任何 RNA 或 DNA 靶向核酸酶，包括 Cas9、Cas12 和 Cas13。我们通过为三个案例研究设计最佳 gRNA 来说明我们工具的普遍适用性：使用碱基编辑器 BE4max 平铺 BRCA1 的 CRISPRbe 库、使用 CasRx 平铺 CD46 和 CD55 的 RNA 靶向库以及使用 CRISPRa 激活 MMP7。我们的 R 软件包套件是开源的，并通过 Bioconductor 项目部署，以方便 CRISPR 社区使用它们。
具有富含 C 的 PAM 识别功能的新型 CRISPR 型 V 核酸酶家族
大多数 CRISPR 型 V 核酸酶在富含 T 的 PAM 刺激下切割双链 (ds) DNA 靶标，这限制了它们的靶向范围。在这里，我们鉴定并表征了一个新的型 V RNA 引导核酸酶家族 Cas 12l，它专门识别富含 C 的 (5'-CCY-30) PAM。其 CRISPR 基因座内的基因组织类似于 II-B 型 CRISPR-Cas 9 系统，但序列分析和功能研究均将其确立为一个新的型 V 效应物家族。生化实验表明，Cas 12l 核酸酶在 37 至 52°C 之间发挥最佳功能，具体取决于直系同源物，并优先切割超螺旋 DNA。与其他型 V 核酸酶一样，它表现出由 ssDNA 或 dsDNA 靶标识别触发的附带非特异性 ssDNA 和 ssRNA 切割活性。最后，我们表明，一个家族成员 Asp 2 Cas 12 l 可以在异源细胞环境中发挥作用，这表明这一组新的 CRISPR 相关核酸酶可以被用作基因组编辑试剂。
Caszyme和Integra Therapeutics标志许可协议新型CRISPR CAS12L核酸酶
斯德哥尔摩，2024年11月4日。caszyme（维尔纽斯，立陶宛），是CRISPR基因编辑技术开发和应用的先驱，以及Integra Therapeutics（西班牙巴塞罗那，西班牙），这是一家公司，这是一家公司，这是一家公司，领导着创建基于下一代基因写作工具的高级治疗的方法，以宣布了Caszyes的使用及其caszyes的使用，并宣布了Caszyes的使用，并提高了Caszyes的使用量，并提高了Caszyes的新颖核心的使用。疗法。该协议在今年的Bio Europe上揭幕，这是本周在斯德哥尔摩举行的欧洲生物医学行业最大的合作赛事。超过2800家公司来自60个国家 /地区，有5,000多名生物制药专业人员出席。根据协议，Integra Therapeutics将将基因组编辑器CAS12L纳入其FICAT 2.0（查找和剪切转移）基因编写平台，此后在体内和EX VIVO研究中成功进行，这在人类细胞的安全性和功能方面产生了高度积极的结果。Caszyme将获得高达4000万的里程碑付款。欧元外，还有销售特许权使用费。cas12l是一个独特的CRISPR核酸酶家族，其效应子大小约为850个氨基酸，其尺寸较小和多功能性而引人注目。作为对高效和安全基因编辑的需求