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使用机器学习技术
启动子是基因上游的那些基因组区域，这些区域受RNA聚合酶的启动基因转录绑定。因为它是基因表达的最关键要素，因此启动子的识别对于理解基因表达的调节至关重要。这项研究旨在开发基于机器学习的模型，以预测tumefaciens（A. tumefaciens）菌株C58中的启动子。在模型中，启动子序列由三种不同类型的特征描述符编码，即累积的核苷酸频率，k-mer核苷酸组成和二进制编码。使用相关和基于MRMR的算法优化了所获得的特征。这些优化的特征被输入到一个随机森林（RF）分类中，以区分A. tumefaciens菌株C58中的非促进序列的启动子序列。对10倍交叉验证的检查表明，所提出的模型可以产生0.837的整体精度。该模型将为A. tumefaciens C58菌株中启动子的研究提供帮助。
提高草草的非生物胁迫耐受性
有几种针对SARS-COV-2的抗病毒药已批准或正在开发中。这些可以分类为单克隆抗体（mAb）或旨在干扰病毒复制的小分子。4当前，mAb需要在医院环境中给药，并且由于它们靶向S蛋白，因此它们可能会失去临床功效，如Omicron变体所观察到的那样。4，5与疫苗和mAb不同，口服抗病毒是直接作用，并且不容易受到病毒突变的影响和S蛋白的变化。口服治疗剂批准使用或显示潜力的靶向病毒RNA依赖性RNA聚合酶（RDRP）或3C样蛋白酶。 临床开发的药物包括靶向3Cl蛋白酶的莫纳皮拉维尔，靶向RDRP和Nirmatrelvir。 6 - 8 molnupiravir是抗病毒核苷酸类似物的前药形式，β -d -n 4-羟基胞丁胺（NHC）。 另一种针对RDRP的药物是Remdesivir，Remdesivir是一种核苷酸ANA Logue前药，最初是为治疗埃博拉病毒感染个体而开发的。口服治疗剂批准使用或显示潜力的靶向病毒RNA依赖性RNA聚合酶（RDRP）或3C样蛋白酶。临床开发的药物包括靶向3Cl蛋白酶的莫纳皮拉维尔，靶向RDRP和Nirmatrelvir。6 - 8 molnupiravir是抗病毒核苷酸类似物的前药形式，β -d -n 4-羟基胞丁胺（NHC）。另一种针对RDRP的药物是Remdesivir，Remdesivir是一种核苷酸ANA Logue前药，最初是为治疗埃博拉病毒感染个体而开发的。
入侵性高粱蚜虫：十年植物抗性机制研究及高粱抗蚜育种新方法
缩写：AI，人工智能；Avr，无毒力；CaM，钙调蛋白；CK，细胞分裂素；CRISPR/Cas，成簇的规律间隔的短回文重复序列；GWAS，全基因组关联研究；HTP，高通量表型分析；JA，茉莉酸；KASP，竞争性等位基因特异性 PCR；LOX，脂氧合酶；LRR，富含亮氨酸的重复序列；MAGIC，多亲本高代杂交；MeJA，茉莉酸甲酯；MLL，多位点谱系；NAM，嵌套关联图谱；NBS，核苷酸结合位点；OPDA，12-氧代植物二烯酸；R 基因，抗性基因；RNAi，RNA 干扰；ROS，活性氧；SA，水杨酸；SAP，高粱关联组；SNP，单核苷酸多态性；TF，转录因子； UAS，无人机系统；WRKY TF，WRKY 转录因子；YOLO，你只需看一次；tZR，反式玉米素核苷。
DNA条形码分析（Anabas ...
摘要：Ikan Betok（Anabas testudineus，Bloch 1792）是FISHES之一，是Anabantidae家族的成员。Betok是Riau省的一种地方性鱼。关于Betok Fish的DNA条形码的科学研究仍然很少。这项研究旨在分析Betok Fish上细胞色素C氧化酶I（COI）的DNA条形码序列。方法，例如采样，总DNA提取，PCR，电泳，测序和数据分析。所研究的COI序列的大小为694 bp。BLASTN分析表明，Betok Fish的相似性最高为99.7％，而A. cobojinus的testudineus和最低的93.00％。有一个核苷酸基于COI序列（即核苷酸编号309）。这项研究可能会丰富Genebank中Betok Fish的DNA条形码数据库。关键字：Anabas testudineus，Betok Fish，COI，DNA条形码，RIAU。pendahuluan
orca：预测圆形原核生物染色体中的复制起源
基因与复制的起源的接近性在细菌中的复制和转录相关过程中起关键作用。潜在来源位置的计算预测在起源发现中具有重要作用，从而严重降低了实验成本。我们将ORCA（复制评估的起源）作为可视化核苷酸差异的快速且轻巧的工具，并预测了复制起源的位置。orca使用核苷酸差异，DNAA盒区域和靶基因位置的分析来找到潜在的起源位点，并具有随机的森林分类器来预测这些位点可能是起源的。orca的预测和可视化功能使其成为有助于实验确定复制起源的有价值方法。orca用Python-3.11编写，以最少的精力处理任何操作系统，并且可以处理大型数据库。完整的实施详细信息在补充材料中提供，源代码可在GitHub上免费获得：https：//github.com/zoyavanmeel/orca。
继承的分子基础
DNA和RNA世界：1。在门德尔（Mendel）之后的几年中，研究了遗传物质的性质，从而意识到DNA是大多数生物中的遗传物质。2。脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）是活体系中发现的两种核酸。核酸是核苷酸的聚合物。3。DNA在大多数生物体中充当遗传物质，而RNA在某些病毒中充当遗传物质。4。RNA主要用作Messenger。RNA具有其他功能作为衔接子，结构或催化分子。 5。 多核苷酸链的结构（i）核苷酸具有三个部分，即 氮基，五糖糖（DNA中的脱氧核糖，RNA中的核糖）和磷酸基团。 （ii）氮碱是嘌呤，即 腺嘌呤，鸟嘌呤和嘧啶，即 胞嘧啶，尿嘧啶和胸腺嘧啶。 （iii）胞嘧啶在DNA和胸腺氨酸中都存在于DNA中。 尿嘧啶存在于胸腺嘧啶位置的RNA中。 （iv）氮基碱通过N-糖苷键连接到五糖糖，形成核苷，即 腺苷和鸟嘌呤等。 （v）当磷酸基团通过磷酸二酯键连接到核苷的5' - OH时，形成了相应的核苷酸。 （vi）两个核苷酸通过3' - > 5'磷酸二酯键连接以形成二核苷酸。 （vii）可以连接几个核苷酸以形成多核苷酸链。 （x）基碱对彼此互补。RNA具有其他功能作为衔接子，结构或催化分子。5。多核苷酸链的结构（i）核苷酸具有三个部分，即氮基，五糖糖（DNA中的脱氧核糖，RNA中的核糖）和磷酸基团。（ii）氮碱是嘌呤，即腺嘌呤，鸟嘌呤和嘧啶，即胞嘧啶，尿嘧啶和胸腺嘧啶。（iii）胞嘧啶在DNA和胸腺氨酸中都存在于DNA中。尿嘧啶存在于胸腺嘧啶位置的RNA中。（iv）氮基碱通过N-糖苷键连接到五糖糖，形成核苷，即腺苷和鸟嘌呤等。（v）当磷酸基团通过磷酸二酯键连接到核苷的5' - OH时，形成了相应的核苷酸。（vi）两个核苷酸通过3' - > 5'磷酸二酯键连接以形成二核苷酸。（vii）可以连接几个核苷酸以形成多核苷酸链。（x）基碱对彼此互补。（viii）多核苷酸链中的主链由于糖和磷酸盐而形成。（ix）与主链糖部分相关的氮基碱基。6。在RNA的情况下，每个核苷酸残基都有一个额外的OH组，核糖中的2位位于核糖中。另外，在胸腺氨酸（5-甲基尿嘧啶）的位置也发现了尿嘧啶。
DNA重组技术中使用的主要酶
DNA甲基转移酶是一类催化DNA中核苷酸残基甲基化的酶。甲基转移酶的活性包括将甲基（CH3-）基团转移到DNA中的含氮碱基胞嘧啶上，这会导致DNA性质的改变，同时相应基因的活性和功能以及核酸的空间结构（构象）也会发生变化
Lab-7-Nupack-Simulation-for-DNA杂交。 ...
•熔化温度（TM）：DNA的熔化温度是指样品中50％DNA的温度已从双链DNA（DSDNA）变性为单链DNA（SSDNA）。对DNA样品熔融曲线的敏感测量可用于检测两个DNA样品之间的单核苷酸差异。
Hoedjes 等人 2023 MBE.pdf
单核苷酸多态性是最常见的遗传变异类型，但这些变异如何有助于复杂表型的适应仍不清楚。实验进化和全基因组关联研究表明，PPAR γ 同源物 Eip75B 的变异与果蝇 (Drosophila melanogaster) 的寿命和生活史差异有关。使用 RNAi 敲低，我们首先证明成年果蝇中 Eip75B 表达的降低会影响寿命、产卵率和卵量。然后，我们通过应用两种互补方法测试了 Eip75B 顺式调控域内自然发生的 SNP 的影响：使用果蝇遗传参考面板的品系的孟德尔随机化方法，以及使用精确的 CRISPR/Cas9 诱导基因组编辑的等位基因替换。我们的实验表明，这种天然多态性对繁殖力和卵到成虫的生存能力具有显着的多效性影响，但对寿命或其他生活史特征没有影响。我们的研究结果在核苷酸水平上提供了罕见的功能验证，并确定了影响适应性和生活史适应性的天然等位基因变异。
19 号染色体上 SNP 相互作用的模拟深度学习模型，用于预测阿尔茨海默病风险和疾病进展速度
尽管脱氧核糖核酸 (DNA) 的组成简单，只有 4 个核苷酸变体，但它却存储着物种间和物种内大量变异的独特信息。遗传密码由单核苷酸多态性 (SNP) 的顺序和位置、它们之间的空间关系以及它们与其他 SNP 的上位相互作用决定 [8–10]。全基因组关联研究 (GWAS) 方法通过对痴呆症患者和认知未受损 (CU) 的个体进行组比较来识别与 AD 相关的 SNP [11–15]。然而，GWAS 不考虑上位相互作用。为了更好地解释遗传性并确定 AD 的遗传结构，开发了使用载脂蛋白 E (APOE) Ɛ 4 单倍型（最重要的散发性 AD 风险因素）以及通过 GWAS 方法和多基因风险评分 (PGRS) 确定的许多其他 AD 风险 SNP 的多元回归方法 [16–19]。然而，它们仅解释了疾病遗传性的一部分，表明缺少额外的风险 SNP 和有关相互作用的关键信息。