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课程目录 - 纽约城市大学
本学期我们的首要目标之一是加强现有的校园合作。跨部门和跨学科的合作产生的协同效应对于营造充满活力的学术环境至关重要。我们之前共同发起的计划，例如与纽约市立大学生物学系合作的社区科学家研究所、查尔斯·B·兰格尔创新劳动力计划、通过纽约市立大学心理学系开展的 OASAS 认证的 CASAC 培训计划、与土木工程教授约翰·菲洛斯合作的纽约市环境保护局 (DEP) 以及与伯纳德和安妮·斯皮策建筑学院合作的建筑暑期职业实验室，继续为我们的学生提供就业机会和更全面的教育体验。通过巩固这些联系，我们可以最大限度地发挥我们的集体影响力，为纽约城市学院的传承做出贡献。
通过强大的优化，可证明神经网络的强大和合理的反事实解释
反事实解释（CES）已成为解释神经网络分类器的主要方法的越来越多的兴趣。通常，输入输出对的CES定义为具有最小距离的数据点，该数据点与输入分类的输入最小距离，而该输入与输出标签相比。要解决模型参数时很容易无效的确定问题（例如，重新培训）研究提出了方法来证明在模型参数变化下由标准球界定的CES鲁棒性。但是，针对这种鲁棒性形式的现有方法并不完整，它们可能会产生令人难以置信的CES，即离群值WRT WRT训练数据集。实际上，没有现有的方法同时优化邻近性和合理性，同时保留鲁棒性保证。在这项工作中，我们提出了可证明的强大和合理的反事实表达（PREPLACE）1，这是一种利用强大优化技术来促进上述文献中限制的方法。我们制定了一种迭代算法来计算可证明可靠的CES并证明其收敛性，健全性和完整性。通过涉及六个基线的比较实验，其中五个靶向鲁棒性，我们表明，在三个评估方面，预言实现了针对指标的最新表现。关键字：可解释的AI；反事实解释；解释的鲁棒性
biot5+：通过IUPAC整合和多任务调整
计算双学学的最新研究趋势越来越集中于整合文本和生物实体建模，尤其是在分子和蛋白质的背景下。，以前的努力（例如Biot5）在跨越各种任务的概括方面面临着挑战，并且缺乏对分子结构的细微理解，尤其是在其文本代表中（例如，IUPAC）。本文介绍了Biot5+，这是Biot5框架的扩展，该框架是为了增强生物学研究和药物发现而定制的。biot5+结合了几种新颖特征：IUPAC名称的集成，用于分子理解，包括Biorxiv和PubChem等来源的扩展生物文本和分子数据，用于跨任务的多任务中的多任务指定调整，以及用于数值的数字处理的数值数据。这些增强功能允许Biot5+弥合分子表示之间的差距及其文本描述，从而提供了对生物实体的更全面的理解，并在很大程度上改善了对生物质量和生物序列的基础推理。该模型经过预先训练和微调，并通过大量实验，包括3种类型的问题（分类，回归，一代），15种任务和21种基准数据集，在大多数情况下表现出了显着的性能和现状的结果。biot5+因其在生物学数据中捕获复杂的关系船的能力而脱颖而出，从而有助于生物信息学和计算生物学。我们的代码可从https：//github.com/qizhipei/biot5获得。
resfinderfg v2.0：通过功能宏基因组学获得的抗生素抗性基因数据库
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散（ARGS）。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌，而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择，并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年，创建了ResfinderFG V1.0数据库，以从功能性研究中收集ARG。在这里，我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围，该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心（https：//cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/）中获得。它包括3913 ARG，由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道，土壤和水（海洋 +淡水）全球微型基因目录（https://gmgc.embl.de）相比，我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺，环素，苯酚，糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此，ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG，从而改善了抗抗性的描述。
人工智能与分子生物学...
历史上，分子生物学充满了新颖、微妙且常常引起争议的思想，最近，它继承了以多核苷酸和多肽序列形式存在的大量标准化数据。弗雷德·桑格因在开发将核心生物信息简化为一个线性维度所需的基本技术方面发挥了开创性作用而获得了两项当之无愧的诺贝尔奖。随着记录信息的爆炸式增长，生物化学家首次发现有必要熟悉数据库和提取记录相关性所需的算法，并反过来将它们很好地用于探索系统发育关系以及寻找基因及其通常有价值的产物的应用任务。人类基因组计划中对这一研究挑战的形式化为要分析的数据集和支持该研究的资金产生了新的动力。因此，DNA 序列数据库的管理一直是与分子生物学相关的计算机科学的主要吸引力，这是有充分理由的。除了可以访问大量数据的实用优点之外，序列几乎没有表示的复杂性；而知识获取任务几乎只需要执行集中的、网络连接的档案中存储序列信息的约定标准。细胞对序列的解释嵌入在比字符串匹配更复杂的环境中。必须承认，典型 DNA 双螺旋中的碱基互补规则和密码子的匹配
代谢相关脂肪肝和胰岛素抵抗儿童外周血单核细胞表达的 miRNA 谱
1. Fazel Y、Koenig AB、Sayiner M、Goodman ZD、Younossi ZM。非酒精性脂肪性肝病的流行病学和自然史。代谢。2016；65(8):1017-1025。2. Marchesini G、Brizi M、Bianchi G 等人。非酒精性脂肪性肝病 2001；50。3. Lonardo A、Nascimbeni F、Maurantonio M、Marrazzo A、Rinaldi L、Adinolfi LE。非酒精性脂肪性肝病：不断发展的范式。世界胃肠病杂志。2017；23(36):6571-6592。4. Stefan N、Hans-Ulrich Häring KC。非酒精性脂肪性肝病：病因、诊断、心脏代谢后果和治疗策略。柳叶刀糖尿病内分泌学。2019；4：313-324。5. Newton KP、Hou J、Crimmins NA 等人。非酒精性脂肪性肝病儿童中 2 型糖尿病和糖尿病前期的患病率 Kimberly。JAMA Pediatr。2016；170(10):e161971。6. Eslam M、Newsome PN、Sarin SK 等人。代谢功能障碍相关脂肪性肝病的新定义：国际专家共识声明。J Hepatol。2020；73(1):202-209。doi: 10.1016/j。 jhep.2020.03.039 7. Eslam M, Alkhouri N, Vajro P 等。定义儿童代谢（功能障碍）相关脂肪肝疾病：国际专家共识声明。柳叶刀胃肠肝病。2021；6(10): 864-873。
高血压
<50％。5,6不遵守抗血液疗法被认为是我们医疗保健系统表现如此糟糕的主要原因之一。7,8在耐药性高血压中，处方药的不遵守率约为44％（部分非依从性），而14％的药物不耐受性（平均5）降压药。9因此，持久性降压性是治疗高血压患者的主要挑战。组合疗法优于单一治疗，可以进行BP控制，而欧洲心理学/欧洲高血压指南学会建议已经在启动抗耐药药时已经使用了其使用。1,2,10组合处理的基本原理是提高功效并获得BP控制的可持续性。1,11各种药物与不同药理作用的组合导致抗高血压作用2×至5倍，比单一疗法获得的抗高血压作用大。12种药物可靠性既具有药物依从性和持久性。尽管药物依从性（合规性）描述了患者按照剂量方案的规定间隔和剂量的作用程度，但药物的持续性测量从开始到中断治疗的时间持续时间。11结合了1粒中的2或3种抗抗剂，称为单次漏洞组合（SPC），可提高患者的依从性。7,13几项与SPC与
glam：通过邻里分区和生成子图编码
将大型语言模型（LLMS）与源自领域数据得出的知识图集成在一起，代表了对更强大和事实发展的重要进步。随着这些模型变得越来越有能力，至关重要的是要使它们能够通过实际知识图进行多步骤推断，同时最大程度地减少幻觉。虽然大型语言模型在对话和文本发电中表现出色，但它们在互连实体的域特殊图上推理的能力仍然有限。例如，我们可以根据私人数据库中的关系和属性查询LLM以确定专业网络中的最佳联系人吗？答案是否 - 这种可行性超出了当前方法。但是，这个问题强调了必须解决的重要技术差距。在科学，安全性和电子商务等领域的许多高价值应用都依赖于编码独特的结构，关系和逻辑共识的专有知识图。我们介绍了一个微调框架，用于开发与g raph一致的la nguage m odels（gl a m），该框架将知识图转换为具有la beled Question-Asswer Pairs的替代文本表示。我们证明，在基于图的特定知识中对模型进行基础，扩大了模型的基于结构的推理的能力。我们的方法论利用了大型模型的生成能力来创建数据集，并提出了一个有效的替代方法，以替代检索增强的生成样式方法。
高效 142–182-GHz SiGe BiCMOS 功率...
摘要 — 本文提出了一种高效宽带毫米波 (mm-Wave) 集成功率放大器 (PA)，该放大器采用了基于低损耗槽线的功率组合技术。所提出的基于槽线的功率合成器由接地共面波导 (GCPW) 到槽线的过渡和折叠槽组成，可同时实现功率合成和阻抗匹配。该技术提供了一种宽带并联-串联合成方法，可增强毫米波频率下 PA 的输出功率，同时保持紧凑的面积和高效率。作为概念验证，我们在 130 nm SiGe BiCMOS 后端 (BEOL) 工艺中实现了紧凑的四合一混合功率合成器，从而使芯片面积小至 126 µ m × 240 µ m，测量的插入损耗低至 0.5 dB。3 dB 带宽超过 80 GHz，覆盖整个 G 波段 (140-220 GHz)。基于此结构，采用 130 nm SiGe BiCMOS 技术制作了高效毫米波 PA。三级 PA 实现了 30.7 dB 的峰值功率增益、40 GHz 的 3 dB 小信号增益带宽（从 142 GHz 到 182 GHz）、测量的最大饱和输出功率为 18.1 dBm，峰值功率附加效率 (PAE) 在 161 GHz 下为 12.4%。极其紧凑的功率合成方法使核心面积小至 488 µ m × 214 µ m，单位芯片面积的输出功率为 662 mW/mm 2 。
人类粪便转移后，饮食诱导的微生物组修饰对GDM的积极影响
我们最近在《肠道》中报道说，微生物对早期妊娠糖尿病（GDM）的诊断学涉及，从第一学期开始（T1），其他小组持续表明，在第二三中（T2）和第三三年（T2）（T3）（T3）（T3）中，女性患有Microtobiota dismbibiobios。2在继续进行T1研究时，我们现在有数据表明，饮食干预措施（GDM的首选和主要治疗方法）部分通过改变肠道菌群而有效。To elucidate the causal role of the microbiome on GDM, we performed faecal micro- biota transplant (FMT) of samples from age/body mass index-matched women with and without GDM (n=5 each, table 1 and online supplemental table 1) in T2 and in T3, following dietary inter- vention, to germ-free mice to elucidate microbiome-mediated effects of diet on GDM（图1A）。对供体样品的回顾性分析表明，无论三个月如何，各组之间的不同微生物组成（图1B，C）；没有发现差异丰富的分类单元。为了检查FMT对GDM表型的影响，进行了腹膜内葡萄糖耐受性测试。在每个三体中的组之间观察到葡萄糖代谢的变化（图1d，e）。在饮食干预之前，在T2女性的FMT的小鼠中，我们发现