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Delta 和 Omicron 时代的 COVID-19 疫苗真实感染保护率
保留所有权利。未经许可不得重复使用。 （未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 9 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.09.01.22279492 doi：medRxiv 预印本
使用Vader和Bert
摘要：在围绕Omicron疫苗接种的迅速发展的讨论中，该研究利用Twitter的数据，重点关注美国，从2022年3月至2023年3月。利用SNScrape Python库的功能，整理了一条全面的推文数据集，并随后受到严格的情感分析技术。采用了两种主要方法论：Valence Aware Away词典和情感推理器（Vader）和来自变形金刚（BERT）模型的双向编码器表示。数据进行了预处理，其中包括删除URL，HTML标签，提及和停止单词。使用Vader最初标记了这些推文，形成了用于训练BERT模型的基础层。遵循令牌化，数据批处理和模型构建后，对BERT模型进行了训练并随后评估。结果在研究期间与Omicron疫苗相关的讨论中照亮了情绪的多方面景观。此外，确定了可辨别的关系，突出了整个Omicron时期与疫苗相关的Twitter对话中的情感通量。这项研究在大流行的关键时期提供了对公共情绪的宝贵见解，并强调了当代自然语言处理工具在衡量公众舆论中的潜力。
泰国奥密克戎流行期间，疫苗接种对严重新冠肺炎后果的响应减弱
截至 2023 年 1 月 30 日，由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的 2019 冠状病毒病 (COVID-19) 大流行已导致全球确诊病例超过 6.7 亿，死亡人数超过 680 万，仅泰国就有近 500 万病例和 34,000 人死亡 [1]。由于出现了不同令人关注的 SARS-CoV-2 变体，COVID-19 大流行迅速演变。2021 年 11 月首次描述的奥密克戎变体已迅速传播并成为全球主导 [2,3]。疫苗的快速开发和部署大大减少了 COVID-19 的临床影响 [4,5]。泰国目前已批准 7 种 COVID-19 疫苗 [ 6 ]，在政府的持续努力下，截至 2022 年 12 月 2 日，77.6% 的泰国人口已完全接种疫苗，另有 38.5% 的人口接种了三剂或三剂以上 [ 7 ]。泰国的主要系列疫苗接种始于 2021 年 3 月的灭活疫苗 (Sino-vac) [ 8 ]，随后是 2021 年 6 月的 ChAdOx1 nCoV-19 (AstraZeneca) [ 9 ] 和 2021 年 10 月的 BNT162b2 (辉瑞-BioNTech) [ 10 ]。由于疫苗供应方面的挑战以及为了管理对灭活疫苗有效性和持续时间的担忧，从 2021 年 7 月起实施了异源接种方案，包括第三剂（加强剂），主要使用 ChAdOx1 nCoV-19 和 BNT162b2。从 2022 年 1 月开始，更广泛地实施了第四剂（第二次加强剂），使用 BNT162b2、ChAdOx1 nCoV-19 和 mRNA-1273（Moderna），以解决对奥密克戎变种疫苗有效性降低的额外担忧 [11,12]。虽然加强剂可以恢复对严重 COVID-19 后果的保护作用 [13-15]，但这种增强保护作用在现实世界中的持续时间仍不清楚。美国疾病控制与预防中心最近的一项研究发现，在接种三剂疫苗的人群中，对 COVID-19 相关住院治疗的有效率从过去 2 个月内接种疫苗的人群的 89% 下降到 4-5 个月前接种疫苗的人群的 66% [16]。巴西也出现了类似的结果，在接种最后一剂加强疫苗后 3-4 个月，保护效果开始减弱，并且同源疫苗接种程序的保护效果减弱速度比异源疫苗接种程序更快[17]。先前的研究调查了在以同源疫苗接种程序为主的人群中加强疫苗接种对严重后果的有效性减弱情况[15、16、18]，只有少数研究调查了异源疫苗接种程序[17、19、20]。包括泰国在内的大多数亚洲国家在疫情早期就实施了异源疫苗接种程序，并且通常在基础接种系列中加入灭活疫苗。因此，了解异源加强疫苗提供的增强保护持续时间至关重要，以便更好地为未来加强剂量频率提供建议。
mRNA COVID-19 疫苗加强剂量对抗 Omicron 严重后果的有效性
标题：mRNA COVID-19 疫苗加强剂量对抗 Omicron 重症 1 后果的有效性 2 3 作者：Ramandip Grewal PhD 1、Lena Nguyen MSc 2、Sarah A Buchan PhD 1,2,3,4、Sarah E 4 Wilson MD 1,2,3,4、Sharifa Nasreen PhD 2,3、Peter C. Austin, PhD 2,5、Kevin A. Brown PhD 1,2,3、5 Deshayne B. Fell PhD 2,6,7、Jonathan Gubbay MBBS MSc 1,8、Kevin L. Schwartz MD MSc 1,2,3、6 Mina Tadrous PharmD PhD 2,9,10、Kumanan Wilson MD, MSc 11,12,13、Jeffrey C Kwong MD 7 MSc 1,2,3,4,14,15 代表加拿大免疫研究网络 (CIRN) 省级 8 协作网络 (PCN) 研究人员 9 10 附属机构：11 1 安大略省公共卫生局，加拿大安大略省多伦多 12 2 ICES，加拿大安大略省多伦多 13 3 多伦多大学达拉拉纳公共卫生学院，加拿大安大略省多伦多 14 4 多伦多大学疫苗可预防疾病中心，加拿大安大略省多伦多 15 5 多伦多大学卫生政策、管理和评估研究所，加拿大安大略省多伦多 16 17 6 渥太华大学流行病学和公共卫生学院，加拿大安大略省渥太华 18 7 东安大略省儿童医院研究所，加拿大安大略省渥太华 19 8 多伦多大学实验室医学和病理生物学系，加拿大安大略省多伦多 20 21 9 多伦多女子学院医院，加拿大安大略省多伦多 22 10多伦多大学，加拿大安大略省多伦多 23 11 渥太华大学医学系，加拿大安大略省渥太华 24 12 渥太华医院研究所，加拿大安大略省渥太华 25 13 布鲁耶尔研究所，加拿大安大略省渥太华 26 14 多伦多大学家庭和社区医学系，加拿大安大略省多伦多 27 28 15 大学健康网络，加拿大安大略省多伦多 29 30 联系人：31 Jeffrey C Kwong 32 高级科学家，ICES 33 G1 06，2075 Bayview Avenue，加拿大安大略省多伦多，M4N 3M5 34
mRNA-1273 疫苗增强剂可减少 SARS-CoV-2 Omicron 逃脱中和抗体
1 美国国立卫生研究院国家过敏和感染性疾病研究所疫苗研究中心，马里兰州贝塞斯达 20892；2 杜克大学医学中心外科系，北卡罗来纳州达勒姆 27710；3 Moderna, Inc.，马萨诸塞州剑桥；4 贝勒医学院医学和分子病毒学与微生物学系，德克萨斯州休斯顿 77030；5 马里兰大学医学院人类病毒学研究所合作疫苗开发和全球卫生中心，马里兰州巴尔的摩 21201；6 美国国立卫生研究院国家过敏和感染性疾病研究所微生物学和感染性疾病分部，马里兰州贝塞斯达； 7 理论生物学和生物物理学，洛斯阿拉莫斯国家实验室，新墨西哥州洛斯阿拉莫斯 87545 * 通讯作者 摘要：SARS-CoV-2 的 Omicron 变体引发人们的担忧，因为它具有增强的传染性和降低抗体中和敏感性的可能性。为了评估该变体对现有疫苗的潜在风险，在两个不同的实验室中对 mRNA-1273 疫苗接种者的血清样本进行了针对 Omicron 的中和活性测试，并在假病毒测定中将其与针对 D614G 和 Beta 的中和滴度进行了比较。在使用 100 µg mRNA-1273 进行 2 次标准接种 4 周后获得的血清样本进行测定时，Omicron 对中和的敏感性比 D614G 低 49-84 倍，比 Beta 低 5.3-6.2 倍。50 µg 加强接种可提高 Omicron 中和滴度，并可显著降低有症状的疫苗突破性感染的风险。正文：在过去两年中，COVID-19 大流行产生了一波又一波令人担忧的 SARS-CoV-2 变异株 (VOC)，这些变异株比早期变异株更具竞争力，可以逃避治疗性抗体，并对自然感染和疫苗接种引起的中和抗体表现出部分耐药性。最早的变异株携带单个刺突突变 D614G，为传播提供了适应性优势，并在 2020 年 5 月之前迅速取代祖先病毒成为主要的大流行变异株 (1)。重要的是，在 Moderna mRNA-1273 疫苗在冠状病毒疗效 (COVE) 第 3 期试验中显示预防有症状的 COVID-19 的有效性为 94% (2, 3) 的那段时间内，D614G 占主导地位，这使得 D614G 刺突蛋白成为主要参考标准。D614G 刺突结合和中和抗体也与 COVE 研究中的疫苗效力相关 (4)，进一步加强了该刺突作为参考标准的实用性。值得注意的是，D614G 是迄今为止已知的最易中和的病毒变体之一 (5)。Alpha 变体在 2021 年初接近主导地位，很快被 Delta 变体超越，后者自 2021 年中期以来一直主导着疫情。Alpha 和 Delta 是适度的中和逃逸变体，与 D614G 相比，其对 mRNA-1273 疫苗诱导抗体的中和敏感性低 2-3 倍 (5)，对 mRNA-1273 疫苗效力影响不大 (6)。其他变体引起了短暂的区域性疫情，但
Omicron covid-19免疫相关性在Cove试验中对MRNA-1273的第三剂量分析
Authors: Bo Zhang 1 , Youyi Fong 1,2 , Jonathan Fintzi 3 , Eric Chu 4 , Holly E. Janes 1,2 , Lindsay N. Carpp 1 , Avi Kenny 5 , Marco Carone 5 , David Benkeser 6 , Lars W. P. van der Laan 7 , Weiping Deng 8 , Honghong Zhou 8 , Xiaowei Wang 8 , Yiwen Lu 1 ，Chenchen Yu 1，Bhavesh 5 Borate 1，Christopher R. Houchens 9，Karen Martins 9，Karen Martins 9，Lakshmi Jayashankar 9，Chuong Huynh 9，Carl J. Fichtebaum 10，Spyros Kalams 11，Cynthia L. Gay 12，Cynthia L. Gay L. Gay L. Gay L. Gay L. Neuzil 14，Frances Priddy 8，Rituparna Das 8，Bethany Girard 8，Hana M. El Sahly 15，Lindsey R. Baden 16，Ruben O. Donis 9，Richard A. Koup 17，Peter B. Gilbert 1，2,5 Moderna，Inc。Team§；冠状病毒疫苗预防网络（COVPN）/冠状病毒功效（COVE）团队；和USG/COVPN生物统计学团队§
严重急性呼吸综合征冠状病毒2 Omicron变体的潜在免疫逃避
冠状病毒疾病2019年（Covid-19）是由新型严重的急性呼吸综合症2（SARS-COV-2）引起的，它引起了全球大流行。Omicron变体（B.1.1.529）于2021年11月在南非博茨瓦纳收集的标本中首次发现。Omicron已成为全球的主要变体，最近已经确定了几种Sublineages或Subvariants。与其他突变体的变体相比，Omicron变体具有高度表达的氨基酸突变，整个基因组中有近60个突变，其中大多数在尖峰（S）蛋白质中，尤其是在受体结合结构域（RBD）中。这些突变增加了ACE2受体的Omicron变体的结合功能，而Omicron变体也可能导致免疫逃脱。尽管引起了较轻的症状，但流行病学证据表明，与原型菌株以及其他先前的变体相比，Omicron变体具有更高的可传播性，更高的再感染和更高的传播。此外，大量数据表明，在大多数疫苗接种人群中，针对Omicron变异的特定中和抗体的水平减少，尽管CD4 +和CD8 + T细胞响应得到了维持。因此，Omicron变体逃避的机制仍不清楚。在这篇综述中，我们调查了Omicron变体的当前流行病状态和潜在的免疫逃逸机制。，我们专注于病毒表位突变，抗原漂移，杂交免疫力和“原始抗原罪”在介导免疫逃避中的潜在作用。这些见解可能会为我们提供更多有价值的简洁信息，以了解Omicron变体的传播。
Omicron B.A 2：使用MHC类-I，MHC类II的疫苗结构，使用生物信息学工具
小说SARS（COV-2）的爆发于2019年31/12月31日在China的Hubei Provence（Mazhar，Mahmood，Saif，Saif，Shahzadi和Aslam，2021年）认可。源自其冠的名称，例如附着在细胞受体上的尖峰蛋白。该病毒属于Coronaviradae家族和Nideovirals Oder（Mazhar等，2022）。这些案件在武汉和湖北普罗旺斯的日常增加。在公共卫生紧急情况下被宣布为这种流行病。出现这种疾病总是一个复杂的情况。进口和第二例案件已报告超过26个。鉴定新的新兴Omicron（BA.1.1.529）SARS-COV-2变体首次在南非引入。2021年11月报道的Covid-19的Omicron变体。这种变体迅速传播，此后不久将72％引入并引入了南非的感染个体（Andeweg等，2022）。Omicron的扩散迅速增加必须是增加病毒的快速传播性。Omicron可以具有许多其他关注变体（VOC）Omicron的较早的文档突变，包括32个尖峰突变，如蛋白质，它被比较
世卫组织战略咨询专家组关于在 OMICRON 和大规模人群免疫背景下使用 COVID-19 疫苗的路线图
1 RITAG：区域免疫技术咨询小组。 2 参见：https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-vaccines-SAGE-good-practice-statement-second-booster。 3 COVID-19 后遗症发生在有疑似或确诊 SARS-CoV-2 感染史的个体中，通常在 COVID-19 发病后 3 个月出现症状，并持续至少 2 个月，无法用其他诊断来解释。常见症状包括疲劳、呼吸急促、认知功能障碍等，通常会影响日常功能。症状可能是在从急性 COVID-19 发作中最初恢复后新出现的，也可能从最初的疾病中持续存在。症状也可能随着时间的推移而波动或复发。儿童可能适用单独的定义。
COVID-19 疫苗有效性以及肝硬化患者中 Alpha、Delta 和 Omicron 变体的社区流行情况
PCR 检测呈阳性的参与者被视为病例，其他参与者被视为对照。使用倾向评分 (PS) 匹配来匹配病例和对照，其中病例的 PS 来自逻辑回归，其中包括参与者的年龄组、性别、种族/民族、酒精、体重指数、糖尿病、当前吸烟情况、酒精使用障碍识别测试-简明版 (AUDIT-C) 评分、肝硬化合并症指数、高血压、慢性阻塞性肺病、Child-Pugh 评分、位置、基线实验室结果（丙氨酸氨基转移酶、血小板计数、肌酐、总胆红素、国际标准化比率和终末期肝病模型-钠 (MELD-Na)）和 COVID-19 检测月份。社区中的变异比例来自疾病控制中心每周的基因组监测数据。 8 定义了三个时期：alpha 主导时期，从 2021 年 2 月 1 日至 2021 年 7 月 25 日；Delta 主导时期，从 2021 年 7 月 26 日至 2021 年 12 月 24 日；Omicron 主导时期，从 2021 年 12 月 25 日至 2022 年 1 月 21 日。通过逻辑回归模型检查了 mRNA 疫苗在预防 COVID-19 感染方面的有效性。该模型包括一个分类变量，表示最