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生物信息学洞察途径和基因关联
摘要简介：鼻咽癌的发病机理（NPC）是复杂的，受宿主遗传学，病毒感染和环境因素在内的因素的影响，导致遗传和表观遗传修饰。尽管对早期患者的预后呈阳性，但大多数NPC病例都在高级阶段被诊断出，这突出了增强对早期诊断和治疗的可及性的紧迫性。驱动NPC进展的潜在分子途径仍然难以捉摸。本研究的重点是使用生物信息学技术和数据库进行研究，以了解对NPC中基因相关性和潜在应用的见解。材料和方法：从2017年1月至2024年6月以英文发表的搜索，利用了“鼻咽癌”，“生物信息学”，“基因表达”和“基因微阵列”等关键字，跨越了PubMed，Medline和Scopuss。基因表达综合（GEO）数据库用于访问NPC Messenger RNA（mRNA）表达分析研究。结果：大多数研究都利用GEO数据库来鉴定正常组织和NPC组织之间差异表达的基因（DEG），然后使用基因和基因组（KEGG）途径的基因本体论（GO）和京都百科全书进行功能分析。蛋白质蛋白质相互作用（PPI）的DEG网络通常是使用字符串构建的，并使用Cytoscape软件可视化。GO和KEG途径分析与PPI网络构建以及NPC发病机理下的失调途径和分子机制的有价值的见解。微阵列分析，尤其是GSE12452，GSE64634和GSE34573等数据集，已实现了与NPC相关的DEG的识别。PPI网络分析确定了与NPC发病机理有关的轮毂基因，例如DNALI1，DNAI2和RSPH9。通过GEPIA等平台和oncomine验证基因表达模式验证了已鉴定的生物标志物的临床相关性。 此外，采用RNA测序和生物信息学方法的研究发现了与NPC无线电抗性和预后有关的新型基因，为个性化的治疗策略铺平了道路。通过GEPIA等平台和oncomine验证基因表达模式验证了已鉴定的生物标志物的临床相关性。此外，采用RNA测序和生物信息学方法的研究发现了与NPC无线电抗性和预后有关的新型基因，为个性化的治疗策略铺平了道路。
安全性和有效性数据摘要（SSED）
最初的PMA（P160045）ONCOMINE™DX靶标（ODXT）测试于2017年6月22日批准，用于检测可能从FDA批准的三种非小细胞肺癌（NSCLC）中受益的患者的遗传改变。随后，批准了其他PMA补充剂，用于扩展使用ODXT测试的指示，以检测NSCLC患者的肿瘤中的RET融合，以证明第四次治疗指示和鉴定IDH1单核苷酸变体（SNVS）以来的胆管癌（CC）患者是其原始批准的患者。支持先前批准的指示的SSED可以在CDRH网站上找到。当前的面板轨补充剂被提交以扩展使用ODXT测试的适应症，以包括鉴定表皮生长因子受体（EGFR）Exon 20插入的NSCLC患者的伴随诊断指示，这些NSCLC患者可能会受益于目标药物治疗，EXKITION™（Mobocertinib）。II。 使用的指示II。使用的指示
认可参数列表 Oncoscreen Jena v5.xlsx
Oncomine Comprehensive Assay v3 DNA 组：AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AR、ARAF、ARID1A、ATM、ATR、ATRX、AXL、BAP1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CDK12、CDK2、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CHEK1、CHEK2、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC2、ESR1、EZH2、FANCA、FANCD2、FANCI、FBXW7、FGF19、FGF3、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、 FOXL2、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、H3-3A、HIST1H1E、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KNSTRN、KRAS、MAGOH、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAPK1、MAX、MDM2、 MDM4、MED12、MET、MLH1、MRE11A、MSH2、MSH6、MTOR、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NBN、NF1、NF2、NFE2L2、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NRAS、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PALB2、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、 PIK3CB, PIK3R1、PMS2、POLE、PPARG、PPP2R1A、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAC1、RAD50、RAD51、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAF1、RB1、RET、RHEB、RHOA、RICTOR、RNF43、ROS1、SETD2、SF3B1、SLX4、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SPOP、SRC、STAT3、STK11、TERT、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、U2AF1、XPO1
PGK1是卵巢癌抗糖酵解治疗的关键靶点：基于糖酵解相关基因的综合分析
能量代谢重编程是癌症的重要标志，为探索癌症的发展提供了新的研究视角，但卵巢癌抗糖酵解治疗的最关键靶点仍不清楚。因此，本研究利用Oncomine、GEPIA和HPA数据库，结合不同组织类型的卵巢癌临床标本，综合评估卵巢癌中糖酵解相关代谢物转运体和酶的表达水平。我们选取Kaplan-Meier Plotter数据库中预后价值最高的磷酸甘油酸激酶1（PGK1）进行后续验证。免疫化学检测证实PGK1在卵巢癌中高表达，PGK1表达水平是卵巢癌患者生存和预后的独立危险因素。功能分析显示PGK1表达水平与中性粒细胞浸润呈正相关。细胞实验证实，抑制卵巢癌细胞中PGK1的表达可降低上皮间质转化（EMT）过程，导致细胞迁移和侵袭能力丧失。小分子NG52剂量依赖性地抑制卵巢癌细胞的增殖。此外，NG52通过抑制PGK1活性来减少EMT过程并逆转Warburg效应。因此，PGK1是卵巢癌抗糖酵解治疗的一个有吸引力的分子靶点。
检查点治疗靶点数据库（CKTTD）
摘要 背景 检查点靶点在肿瘤介导的免疫逃逸中起着关键作用，因此对癌症免疫治疗至关重要。不幸的是，缺乏汇编所有检查点靶点以用于免疫肿瘤学中的转化研究和药物发现的生物信息学资源。 方法为此，我们开发了检查点治疗靶点数据库 (CKTTD)，这是第一个针对免疫检查点靶点（蛋白质、miRNA 和 LncRNA）及其调节剂的综合数据库。采用评分系统以高置信度筛选更多相关靶点。此外，Oncomine、Drugbank、miRBase 和 Lnc2Cancer 数据库等一些生物数据库被集成到 CKTTD 中，以提供深入的信息。此外，我们计算并提供了所有靶点的配体结合位点信息，这可能为基础科学家进行药物发现工作提供支持。结果 CKTTD 总共汇编了 105 个检查点蛋白靶点、53 个调节剂（小分子和抗体）、30 个 miRNA 和 18 个 LncRNA，这些实验证据均通过增强型文本挖掘系统从 10 649 篇文献中整理出来，这些证据均经过验证。 结论 总之，CKTTD 可以作为癌症免疫治疗和药物发现研究的有用平台。CKTTD 数据库可在 http://www.ckttdb.org/ 上免费向公众开放。
原创文章 六种基因在人类肝细胞癌中具有良好的诊断和预后价值
摘要：肝细胞癌（HCC）是最常见的原发性肝癌类型。在过去的几十年中，已有大量数据揭示了其致癌作用。尽管查明HCC的病因具有挑战性，但这本身可能并不是一个无法克服的问题。事实上，新分子靶点的出现已经推动了HCC的靶向治疗。与传统治疗相比，具有分子靶向作用的药物被认为是治疗HCC的最佳方法。然而，目前针对HCC患者的靶向治疗有限。在我们的工作中，我们探索了更多潜在的HCC靶向治疗基因。首先，在基因表达谱交互分析（GEPIA）和NetworkAna lyst中确定了差异表达基因（DEG）。随后，通过富集分析和PPI网络构建选择了10个关键基因。基于GEPIA和Oncomine数据库，选择了六个上调基因。通过人类蛋白质图谱数据库确认了这六个基因的高蛋白表达。此外，根据 Kaplan-Meier 绘图生物信息学，这六个基因与不良的总生存期和无进展生存期相关。此外，通过 UALCAN 确定基因表达与肿瘤分期和病理分级密切相关。更重要的是，使用 cBioPortal 确定 PTTG1、UBE2C 和 ZWINT 是抗癌药物的潜在靶点。qPCR 和蛋白质印迹分析显示后三个基因在 HCC 细胞系中表达水平较高。总之，这些发现有望为 HCC 的临床研究提供理论基础和新见解。
早期的胆单元的生成测序...
抽象目标尽管成像和病理评估取得了重大进展，但良性和恶性胆道狭窄之间的早期分化仍然具有挑战性。内窥镜逆行胆管造影术（ERCP）用于研究胆道狭窄，使胆汁的收集。我们测试了下一代测序（NGS）突变无细胞DNA（CFDNA）的诊断潜力。设计了一组可疑胆汁狭窄的患者（n = 68）的前瞻性队列。使用对临床实验室实施开放的NGS面板，将初始病理诊断的性能与在第一次ERCP时收集的胆汁CFDNA的突变分析（oncomine pan-Cancancer无细胞的无细胞测定法）进行了比较。导致初始病理诊断将这些狭窄分类为良性（n = 26），不确定（n = 9）或恶性（n = 33）。该诊断的敏感性和特异性分别为60％和100％，因为在最初良性或不确定狭窄的26个随访中，有26个和八个。对我们的NGS分析的恶性肿瘤的敏感性和特异性，此处称为Bilemut，分别为96.4％和69.2％。重要的是，在扩展随访后，四个双双阳性阳性中的一个发生了胰腺癌。值得注意的是，在初始诊断良性或不确定狭窄的患者中，双肿瘤的恶性肿瘤的敏感性为100％。对30个配对胆汁和组织样品的分析也证明了双血片的出色表现。在初始诊断阶段实施BILEMUT的胆道狭窄可以显着改善恶性肿瘤的检测，减少患者临床治疗的延迟，并帮助选择靶向疗法的患者。
下一代测序和基因组图谱
简介：肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，在摩洛哥发病率很高。该国这种疾病的流行病学复杂，需要深入分析基因图谱以改善诊断和治疗。本研究利用新一代测序 (NGS) 绘制摩洛哥肺癌患者的基因变异图谱，而这一领域的分子数据严重缺乏。重要的是，本研究使用新一代测序技术对摩洛哥人群中的肺癌进行了开创性的分析。虽然以前的研究只关注有限数量的基因，但我们的研究提供了对该队列中基因变异的全面而详细的视角，包括肿瘤印迹的生成。方法：本研究涉及 100 名经组织学确诊的肺癌患者。使用 NGS 技术结合 Oncomine Precision Assay GX 方案检测基因异常。制备、纯化和测序肺活检样本，并分析所得数据以识别显著的遗传变异。结果：分析显示 13 种不同基因存在遗传变异，其中 TP53、KRAS 和上皮生长因子受体 (EGFR) 基因的突变率较高。TP53 突变出现在 27% 的病例中，而 KRAS 和 EGFR 分别在 19% 和 14% 的样本中出现突变。ALK、MET、ERBB2 和 ROS1 基因中也发现了具有临床意义的突变，凸显了该群体中存在大量基因组多样性。结论：本研究结果增强了对摩洛哥肺癌患者遗传变异的了解，并强调了加强摩洛哥先进分子诊断工作的必要性。NGS 的使用已经确定了关键的基因突变，促进了个性化治疗的发展并改善了临床结果。这些发现为旨在改进诊断和治疗策略的未来研究铺平了道路，从而有助于更好地管理患者。
使用综合生物信息学分析
摘要引入核糖核苷酸还原酶（RR）亚基基因（RRM1，RRM2和RRM2B）表达的失调与各种人类恶性肿瘤的发生有关。然而，肺腺癌（LUAD）患者RR亚基基因表达的预后值仍然有争议。目的本研究旨在分析LUAD中RR亚基基因的表达谱，预后值和免疫浸润关联，以探索RR亚基基因表达在肺腺癌患者的预后中是否具有价值。方法论，我们使用多个搜索引擎访问多个在线生物信息学数据库，包括oncomine，Timer，Gepia，Kaplan -Meier Plotter，Prognoscan，Human Protein Atlas，MD Anderson Cancer Center，UCSC Xena，UCSC Xena，Cbioftal，Cbioftal，Cbioftal，TCGA，TCGA，GEO，GEO，DAVID和String Databases。结果研究发现，RRM1和RRM2可能是治疗LUAD的有吸引力的靶标，而RRM2B在LUAD中表达下来（P <0.05）。研究还发现，TCGA和GEO数据库中LUAD患者的预后不良，RRM1或RRM2表达较低，表明LUAD患者的预后不良（P <0.05）。此外，我们的结果表明，RR亚基基因表达具有不同的特征，并具有免疫浸润，RRM2B几乎与CD4+ T细胞以外的几乎所有浸润的免疫细胞具有轻微但显着的正相关性（所有P <0.05）。结论研究结果表明，RR亚基基因可能是LUAD患者的预后标志和治疗靶标。关键字：生物信息学分析；生物标志物；核糖核苷酸还原酶亚基基因；肺腺癌此外，通过对RR亚基基因的共表达基因网络分析，我们发现，五个新的中心基因（PLK1，Aurka，CDCA8，TTK和CDC45）与RRM1和RRM2的表达与RRM2B的表达差异较低，与RRM2B的表达相关的差异与RRM2B的表达差异很高，并且与这些五型HA的表达相关，并与RRM2B的表达差异很高，并显着阳性地相关。患者（p <0.05）。
非小型
抽象背景肿瘤突变负担（TMB）是最近提出的实体瘤免疫疗法的预测生物标志物，包括非小细胞肺癌（NSCLC）。可用的TMB确定测定方法在水平覆盖率，基因含量和算法上有所不同，从而导致结果差异，从而影响患者的选择。迫切需要对NSCLC患者队列中TMB评估的协调研究。方法我们评估了使用两个销售的下一代测序面板获得的TMB评估：Trusight Oncology 500（TSO500）和96 NSCLC样品中的参考分析（Foundation One，FO）与参考分析（FOSTION ONE，FO）相比。此外，我们研究了三种方法与肿瘤中PD-L1表达的一致性水平，检查了不同免疫浸润与TMB的水平，并进行了实验室间可重复性研究。最后，确定了调整后的截止值。结果两个面板都与FO相一致，一致性相关系数（CCC）为0.933（95％CI 0.908至0.959），用于OTML的0.933（95％CI 0.908至0.959）和0.881（95％CI 0.840至0.922）。相应的CCC为0.951（TSO500-FO）和0.919（OTML-FO），在具有PD-L1的细胞<1％（PD-L1 <1％; N = 55）和0.861（TSO500-FO）和0.722（OTML-FO）的肿瘤中，pD-L1（pd-L1 <1％; n = 55）和0.722（otml-fo）（otml-fo）（otml-fo）（otml-fo）（otml-fo）（otml-fo），带有PD-L1％（n = 41％）（n = 41％）。实验室间的可重复性分析显示，TSO500的可重复性更高。在免疫浸润与TMB方面没有发现显着差异。结论两个面板在TMB评估中均表现出强大的分析性能，并且更强调整后的截止值对应于10个MUTS/MB的FO需要降低到7.847 MUTS/MB（TSO500）和8.380 MUTS/MB（OTML），以确保灵敏度> 88％。随着这些临界值的阳性预测值为78.57％（95％CI 67.82至89.32），负预测值为87.50％（95％CI 77.25至97.75）的TSO500，而OTML则为OTML，而OTML为73.33％（95％CI 62.142.14至84.52）和84.52）至84.52）至84.52）至84.52）至84.52）至84.52）至84.52）至84.52）（84.52）至84.52）分别为74.81至97.41）。