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共生肠道微生物及其代谢物针对细菌病原体的保护作用
抽象的多药微生物已成为全球主要的公共卫生问题。肠道微生物组是用于保护人体免受病原体的生物活性化合物的金矿。我们使用了一种多摩学方法，该方法通过代谢组分析整合了74个共生肠道微生物组分离株的全基因组测序（WGS），以发现它们与沙门氏菌和其他抗生素耐药病原体的代谢相互作用。我们根据WGS注释曲线评估了这些选定分离株的功能潜力差异。此外，确定了选定的共生肠道微生物组分离株的共培养上清液中最大的代谢产物，包括一系列二肽，并检查了其防止各种抗生素抗性细菌生长的能力。我们的结果提供了令人信服的证据，表明肠道微生物组会产生代谢产物，包括可能应用于抗感染药物的二肽的化合物类别，尤其是针对抗生素耐药的病原体。我们既定的肠道微生物组生物活性代谢产物的发现和验证的管道是作为多种耐药感染的新候选者，这是发现抗菌铅结构的新途径。
一种新的方法来开发针对植物病原体的抗性品种：CRISPR驱动器
crispr驱动器是一种最新且可靠的工具，可允许对害虫种群（如疟疾媒介蚊子）等害虫种群进行持久的遗传操纵。近年来，有人提出CRISPR驱动器也可以用于控制植物疾病，害虫和杂草。然而，在2021年第一次在拟南芥中使用CRISPR驱动器已被证明在植物育种中使用该技术来获得纯合父母线条。这种观点提出了使用CRISPR驱动器来破坏易感基因的基因来发展耐原体品种的品种。在育种计划中，CRISPR用于在两个父母的杂种品种系列中创建S-基因突变。但是，必须重新涂抹CRISPR或长期折叠，以获得父母线以获取纯合S-突出品种。当父母线与不同的父母线交叉以开发新的杂种时，杂合的S-突变无法在杂种中抵抗病原体。CRISPR驱动器在理论上是有效的，可以通过CRISPR驱动器转换为只有一条父母的线条后，仅通过常规授粉来开发纯合的S-突变植物。以这种方式，育种者可以在不同的交叉组合中使用这条父母线，而无需重新填充基因组编辑技术或反向交叉。此外，CRISPR驱动器还可以允许开发无标记的耐药品种，并在驱动盒上进行修改。
模块化生物材料疫苗技术可预防多种病原体和感染性休克
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 2 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964601 doi：bioRxiv 预印本
鱼类病原体 Edwardsiella ictaluri 93-146 和 Edwardsiella piscicida C07-087 的比较基因组学
收到日期：2018 年 10 月 7 日；接受日期：2019 年 12 月 9 日；发布日期：2020 年 2 月 14 日 作者隶属关系：1 美国密西西比州密西西比州立大学兽医学院；2 德国黑森州吉森 35392 尤斯图斯-李比希大学生物信息学和系统生物学；3 美国阿肯色州杰斐逊市国家毒理学研究中心/FDA 微生物学部。 *通讯作者：马克·L·劳伦斯，lawrence@cvm.msstate.edu 关键词：Edwardsiella ictaluri；Edwardsiella piscicida；比较基因组学；IV 型分泌系统；直系同源性；移动组学。缩写：ANI，平均核苷酸同一性；NCBI，国家生物技术信息中心；SRV，得分比值；T1SS，I 型分泌系统； T2SS，II 型分泌系统；T3SS，III 型分泌系统；T4SS，IV 型分泌系统；T5SS，V 型分泌系统；T6SS，VI 型分泌系统。数据声明：所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。补充材料可在本文的在线版本中找到：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.8956550.v1 . 000322 © 2020 作者
免疫检查点抑制剂及其心血管不良反应
与成年人相比，新生儿免疫系统通常被认为是有效的，通常归因于其不完整的发育。这种观点是通过新生儿对某些病原体的非凡灵敏度和敏感性加强的。对这种敏感性的基础的检查已经表征了新生儿免疫力，因为它们偏向于抗炎性反应，这被解释为缺乏在成年人中观察到的强烈炎症反应的全面发展。在这里，我们研究了新生儿中新生儿免疫反应通常是完整的，但与成人免疫相比，新生儿的免疫反应通常是完全不同的。成人免疫力主要旨在控制入侵Holobiont的病原体，并具有居民微生物群提供的实质性竞争和保护。而不是简单地排斥新的入侵者，而是在从近乎无菌到微生物富裕世界的突然过渡过程中对新生儿免疫系统的直接和关键挑战是复杂的微生物群，以产生稳定且健康的Holobiont。这种对新生儿免疫系统作用的替代观点都解释了其强烈的抗炎性偏见，并就其其他独特方面提供了不同的观点。在这里，我们讨论了最近的工作，探讨了新生儿与微生物与新生儿免疫反应的相互作用的最初接触，并将其与这些替代观点进行了对比。了解，迅速获得共同体的高度复杂且丰富的微生物群如何影响新生儿免疫系统与儿童和病原体之间的相互作用，将允许与该系统更有针对性且有效的合作，以快速实现更具疾病的抗病性霍洛比昂特（Holobiont）。
鸟类肺Mycobiome：肺摄入群落的系统发育和生态驱动因素及其潜在病原体
脊椎动物肺部包含多种微生物群落，但鲜为人知的是社区组成或其对健康的后果的原因。肺微生物组组装，例如分散，协同进化和宿主开关。然而，肺微生物组的比较调查很少，特别是对于真菌成分，是mycobiome。区分真菌分类群是通才或专业共生体，潜在的病原体或偶然吸入的孢子，这是迫切的，因为有很高的新兴疾病潜力。在这里，我们提供了禽肺菌落体的第一个特征，并测试了环境，系统发育和功能性状的相对影响。我们使用了195个肺样本中的元法编码和培养，代表20个家庭中的32种鸟类。我们确定了532个真菌分类群（Zotus），其中包括许多机会病原体。这些主要由门comycota（79％）组成，其次是basidiomycota（16％）和粘膜瘤（5％）。酵母和类似酵母菌的类群（Malassezia，Filobasidium，saccharomyces，Meyerozyma和Aureobasidium）和丝状真菌（cladosporium，cladosporium，externaria，neurospora，fusarium和spergillus）很丰富。肺Mycobiomes受环境暴露的强烈影响，并通过宿主身份，性状和系统发育亲和力进一步调节。我们的结果暗示了迁移性鸟类作为机会性致病真菌的长距离传播的潜在向量。
高温灭活是对抗空气传播病原体感染的一种方法
当前 SARS-CoV-2 冠状病毒感染大流行凸显了控制措施对于对抗由空气传播的病原体引起的感染的重要性。非特异性作用包括通过针对特定病原体结构成分的化学或物理方法灭活微生物的各种手段。将病毒和细菌暴露在高温下是消除其有害潜力的有效方法之一。使用暴露于高温的人腺病毒 5 模型，随后在 A549 细胞中进行病毒体外滴定，我们发现在 100°C 以上的温度下热处理 5 秒后病毒滴度急剧下降。为了验证在封闭环境中热灭活的潜力，我们构建并测试了一种大容量病原体清洁装置的原型。在 226 立方米的房间中以 900 立方米/小时的空气流速使用该装置 2 小时，可使房间内所有收集点的空气中微生物总数减少 50% 以上。
新型三重抗生素糊剂对主要口腔病原体的抗菌效果：
摘要 乳牙的慢性感染，特别是那些涉及根尖周围病变的感染，对儿童牙髓病学构成了重大挑战。由于这些感染的根管系统复杂且具有多种微生物的特性，有效的抗菌治疗至关重要。三联抗生素糊剂 (TAP) 结合了甲硝唑、环丙沙星和米诺环素，在感染根管的消毒方面表现出良好的前景。然而，其对一系列口腔病原体的抗菌效果需要进一步研究。这项体外研究评估了 TAP 对五种口腔病原体的抗菌效果：粪肠球菌 (ATCC 35550)、变形链球菌 (ATCC 25175)、金黄色葡萄球菌 (ATCC 12598)、乳酸杆菌属 (ATCC 4356) 和白色念珠菌 (ATCC 10231)。 TAP 被制备成三种浓度（25 μg/mL、50 μg/mL 和 100 μg/mL），并使用琼脂孔扩散法进行测试。在 37°C 下孵育 24 小时后测量抑菌圈直径。研究发现，TAP 对所有测试的微生物都表现出显著的抗菌活性。在 100% 浓度的 TAP 下观察到最高的抑制区。粪肠球菌显示出最大的抑制区（44.40 ± 0.89 毫米），其次是金黄色葡萄球菌（48.87 ± 0.43 毫米）。虽然 50% 浓度的 TAP 也表现出显著的抗菌活性，但对于大多数生物体来说，50% 和 100% 浓度之间没有统计学上的显著差异。统计分析表明，两种浓度的 TAP 对粪肠球菌、变形链球菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌和乳酸杆菌均有效。三重抗生素糊剂对主要口腔病原体（包括粪肠球菌和金黄色葡萄球菌等生物膜形成细菌）表现出强大的抗菌效果。虽然 100% 浓度显示出最显著的效果，但 50% 浓度也表现出显著的抗菌活性，这表明较低浓度在临床应用中同样有效。需要进一步的临床研究来证实 TAP 在治疗儿科患者慢性牙髓感染方面的潜力。
基于CRISPR-CAS的自适应免疫介导牙周红色复合物病原体中的噬菌体耐药性
1个牙周病学系，Saveetha医学和技术科学研究所（SIMATS），Saveetha Dental College and Hospitals，Saveetha University，Chennai 600077，印度； arvamsi2009@gmail.com 2牙周牙科学院和医院牙周科，印度600119，东海岸路2/102； deeps.271@gmail.com 3牙科大学牙科牙科学院牙周牙科牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯4牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯萨卡卡（Jouf University），沙特阿拉伯（Saudi Arabia）； sultan.abdulkarim.alfatakh@jodent.org（s.a.a.a. ）; dr.haifa.ali@jodent.org（H.A.A.） 5卫生部，利雅得12613，沙特阿拉伯； maalobaida@moh.gov.sa（M.A.A。 ）; aalkaberi@moh.gov.sa（A.A.A。） 6口腔与上颌面外科和诊断科学系口腔医学和颌面放射科，萨卡卡郡乔夫大学牙科学院，沙特阿拉伯72345； drkcs.omr@gmail.com 7口腔医学与放射学系，Saveetha牙科学院，Saveetha医学与技术科学研究所，Saveetha University，Chennai 602105，印度 *通信：Pradeepkumar.sdc@save@save@save@saveetha.com（P.K.Y.1个牙周病学系，Saveetha医学和技术科学研究所（SIMATS），Saveetha Dental College and Hospitals，Saveetha University，Chennai 600077，印度； arvamsi2009@gmail.com 2牙周牙科学院和医院牙周科，印度600119，东海岸路2/102； deeps.271@gmail.com 3牙科大学牙科牙科学院牙周牙科牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯4牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯萨卡卡（Jouf University），沙特阿拉伯（Saudi Arabia）； sultan.abdulkarim.alfatakh@jodent.org（s.a.a.a.）; dr.haifa.ali@jodent.org（H.A.A.）5卫生部，利雅得12613，沙特阿拉伯； maalobaida@moh.gov.sa（M.A.A。）; aalkaberi@moh.gov.sa（A.A.A。）6口腔与上颌面外科和诊断科学系口腔医学和颌面放射科，萨卡卡郡乔夫大学牙科学院，沙特阿拉伯72345； drkcs.omr@gmail.com 7口腔医学与放射学系，Saveetha牙科学院，Saveetha医学与技术科学研究所，Saveetha University，Chennai 602105，印度 *通信：Pradeepkumar.sdc@save@save@save@saveetha.com（P.K.Y.）; sdeepti20@gmail.com（D.S.）
共生细菌，像哨兵的免疫细胞以及对社交变形虫病原体的反应
一些生活在宿主中的内共生体必须调节其宿主的免疫系统，以感染和持久。我们研究了细菌内共生植物对师生多细胞社会变形虫宿主的影响。divyba dictyostelium discoideum的聚集体包含类似于传统多细胞生物的免疫系统的前哨细胞的亚群。前哨细胞隔离并从D. distoideum骨料中丢弃毒素，并可能在防御病原体中起核心作用。我们测量了在paraburkholderia属中被细菌内共生菌感染的D. discoideum骨料中的前哨细胞的数量和功能。感染的D. Discoideum产生的前哨细胞较少，较少的持久性持续细胞，这表明Paraburkholderia可能会干扰其宿主的免疫系统。尽管哨兵细胞受损，但被感染的D. distoiDeum对溴化乙锭毒性的敏感性较小，这表明Paraburkholderia也可能对其宿主具有保护作用。相比之下，D.被Paraburkholderia感染的迪斯科医学会显示出对两种非亲生病原体的敏感性差异。我们的结果扩大了先前的工作，介绍了D. discoideum和Paraburkholderia之间复杂关系的另一个方面，该关系具有很大的潜力作为研究共生研究的模型。