hal是一个多学科的开放访问档案,用于存款和传播科学研究文件,无论它们是否已发表。这些文件可能来自法国或国外的教学和研究机构,也可能来自公共或私人研究中心。
普通的英语摘要背景和研究的目的是认知障碍是中风患者的普遍发现,无论严重程度如何,对生活质量产生了重要影响。血管认知障碍(VCI)描述了从轻度认知障碍(MCI)到痴呆症的一系列认知障碍,对所有认知领域和行为产生了影响。这是一项研究,旨在研究N-PEP-12治疗对中风后认知障碍患者恢复的影响。n-pep-12是一种营养补充剂,在实验研究中以及早期的临床研究中,在与年龄相关的认知缺陷患者中具有神经保护作用和获得性认知作用。
摘要:shot弹枪蛋白质组学已被证明是识别病原体和表征其产生的抗菌耐药基因的有吸引力的替代方法。由于其性能,预计通过串联质谱法对微生物的蛋白质打字将成为现代医疗保健中必不可少的工具。通过培养物学从环境中分离出来的蛋白质型微生物也是开发新生物技术应用的基石。系统性培训是一种新策略,可估计样品中存在的生物体之间的系统发育距离并计算其共同肽的比率,从而改善其对生物量的贡献的定量。在这里,我们确定了基于记录几种细菌的MS/MS数据的串联质谱蛋白观察的限制。使用我们的实验设置的沙门氏菌邦戈里的检测极限为4×10 4菌落形成单元,来自1 ml的样品体积。这种检测极限与每个细胞的蛋白质量直接相关,因此取决于微生物的形状和大小。我们已经证明,细菌通过系统肽学对细菌的鉴定独立于其生长阶段,并且在存在相同比例的其他细菌的情况下,该方法的检测极限不会降解。
肽与主要组织相容性复合物(MHC)分子之间的相互作用在自身免疫,病原体识别和肿瘤免疫方面是关键的。癌症免疫疗法的最新进展需求需要更准确的MHC结合肽计算预测。我们解决了与MHC结合的肽预测的普遍性挑战,从而揭示了当前基于序列的方法的局限性。我们利用几何深度学习(GDL)的基于结构的方法表明,在看不见的MHC等位基因的普遍性方面有望提高。此外,我们通过在结构(3D-SSL)上引入一种自我监督的学习方法来解决数据效率。在不暴露于任何绑定亲和力数据的情况下,我们的3D-SSL优于基于序列的方法,该方法在〜90倍的数据点上训练。最后,我们证明了基于结构的GDL方法对乙型肝炎病毒疫苗免疫肽疗法案例研究的结合数据的偏见。这项概念验证研究强调了基于结构的方法增强通用性和数据效率的潜力,对数据密集型领域(如T细胞受体特异性预测预测)具有重要意义,为增强对免疫反应的理解和操纵铺平了道路。
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“我们的实验室为该项目开发了一种定制的计算机辅助建模管道,该管道对肽的分子结构进行了建模,并与患病心脏细胞中预测的分子效应子相互作用。计算建模指导特定实验的设计研究分子机制。通过这种方式,计算机辅助建模的优势以及Ritterhoff博士和教授最有效地相互补充。”韦德教授说。
1美国贝勒医学院病理与免疫学系的药物发现中心,美国德克萨斯州休斯敦77030,美国。2 Verna和Marrs McLean生物化学与分子药理学系,贝勒医学院,德克萨斯州休斯敦77030,美国。3,明尼苏达州明尼阿波利斯,明尼苏达州,明尼苏达州,分子生物学和生物物理学系,分子生物学和生物物理学,美国明尼苏达州55455,美国。4美国贝勒医学院国家热带医学院儿科系,美国德克萨斯州休斯敦77030。 5美国德克萨斯州贝茨街1102号,德克萨斯州休斯敦市贝茨街1102号疫苗开发中心,美国德克萨斯州77030,美国。 6伯克利结构生物学中心分子生物物理学和综合生物成像,劳伦斯·伯克利国家实验室,美国加利福尼亚州伯克利94720,美国。 7,德克萨斯大学圣安东尼奥大学生物化学与结构生物学系,德克萨斯州圣安东尼奥市,美国78229,美国。 8霍华德·休斯医学院,德克萨斯大学健康圣安东尼奥分校,圣安东尼奥,德克萨斯州78229,美国。 9这些作者同样贡献:Ravikumar Jimmidi,Srinivas Chamakuri,Shuo Lu。 10这些作者共同监督这项工作:Srinivas Chamakuri,Timothy Palzkill,Damian W. Young。 ✉电子邮件:srinivas.chamakuri@bcm.edu; timothyp@bcm.edu; damian.young@bcm.edu4美国贝勒医学院国家热带医学院儿科系,美国德克萨斯州休斯敦77030。5美国德克萨斯州贝茨街1102号,德克萨斯州休斯敦市贝茨街1102号疫苗开发中心,美国德克萨斯州77030,美国。 6伯克利结构生物学中心分子生物物理学和综合生物成像,劳伦斯·伯克利国家实验室,美国加利福尼亚州伯克利94720,美国。 7,德克萨斯大学圣安东尼奥大学生物化学与结构生物学系,德克萨斯州圣安东尼奥市,美国78229,美国。 8霍华德·休斯医学院,德克萨斯大学健康圣安东尼奥分校,圣安东尼奥,德克萨斯州78229,美国。 9这些作者同样贡献:Ravikumar Jimmidi,Srinivas Chamakuri,Shuo Lu。 10这些作者共同监督这项工作:Srinivas Chamakuri,Timothy Palzkill,Damian W. Young。 ✉电子邮件:srinivas.chamakuri@bcm.edu; timothyp@bcm.edu; damian.young@bcm.edu5美国德克萨斯州贝茨街1102号,德克萨斯州休斯敦市贝茨街1102号疫苗开发中心,美国德克萨斯州77030,美国。6伯克利结构生物学中心分子生物物理学和综合生物成像,劳伦斯·伯克利国家实验室,美国加利福尼亚州伯克利94720,美国。7,德克萨斯大学圣安东尼奥大学生物化学与结构生物学系,德克萨斯州圣安东尼奥市,美国78229,美国。8霍华德·休斯医学院,德克萨斯大学健康圣安东尼奥分校,圣安东尼奥,德克萨斯州78229,美国。 9这些作者同样贡献:Ravikumar Jimmidi,Srinivas Chamakuri,Shuo Lu。 10这些作者共同监督这项工作:Srinivas Chamakuri,Timothy Palzkill,Damian W. Young。 ✉电子邮件:srinivas.chamakuri@bcm.edu; timothyp@bcm.edu; damian.young@bcm.edu8霍华德·休斯医学院,德克萨斯大学健康圣安东尼奥分校,圣安东尼奥,德克萨斯州78229,美国。9这些作者同样贡献:Ravikumar Jimmidi,Srinivas Chamakuri,Shuo Lu。10这些作者共同监督这项工作:Srinivas Chamakuri,Timothy Palzkill,Damian W. Young。✉电子邮件:srinivas.chamakuri@bcm.edu; timothyp@bcm.edu; damian.young@bcm.edu
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图1:使用(a)NT17衍生的肽和(b)GST-HTT-EXON1(46Q)融合蛋白的序列。用于GST-HTT-EXON1(46Q)融合蛋白,用因子XA裂解GST会启动聚集。(c)HTT-EXON1模拟肽HTT-EXON1(46Q)单独或与每个NT17肽孵育的THT聚合测定数据。HTT-EXON1(46Q)浓度约为10μM,与肽的孵育约为1:1 HTT-EXON1(46Q):肽比率。条件,然后平均为HTT-EXON1(46Q)对照。错误条表示SEM。使用学生的t检验, *表示p值<0.05,**表示相对于HTT-EXON1(46Q)控制,p值为<0.01。(d)在没有HTT-EXON1的情况下,用NT17衍生的肽进行的控制测定法(46Q)。对控制HTT-EXON1(46Q)绘制了响应以供参考。
细胞内淀粉样β低聚物(AβOS)与阿尔茨海默氏病(AD)发病机理和这种神经退行性疾病中的神经元损伤有关。钙调蛋白与AβO具有非常高的亲和力结合,在Aβ诱导的神经毒性中起关键作用,并已用作AβO-抗抗酸肽设计的模型模板蛋白。Aβ的COOH末端结构域的疏水性氨基酸残基在与具有高亲和力的AβO的细胞内蛋白相互作用中起主要作用。本综述着重于与Aβ末端结合的Aβ-抗疏水性肽及其在大脑中的内源性产生的结合,强调了蛋白酶体作为这种类型肽的主要来源。强调,相对于年龄匹配的健康个体,这些疏水性内源性神经肽的水平在AD患者的大脑中发生了显着变化。可以得出结论,这些神经肽可能成为评估零星AD和/或AD预后风险的有用生物标志物。此外,与Aβ的COOH末端结合的Aβ-抗疏水性肽似乎是先验的新型AD疗法的良好候选者,可以与其他基于药物的疗法结合使用。未来在AD临床管理中使用的观点和局限性。