。CC-BY 4.0 国际许可,可在未经同行评审认证的情况下使用)是作者/资助者,他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者(此版本于 2021 年 7 月 23 日发布。;https://doi.org/10.1101/2021.07.23.453538 doi:bioRxiv 预印本
建立肽序列与原纤维形成之间的基本关系对于理解蛋白质错误折叠过程和指导生物材料设计至关重要。在这里,我们将全原子分子动力学(MD)模拟与人工intel-ligence(AI)相结合,以研究短肽序列排列的细微变化如何影响其形成原纤维的倾向。我们的结果表明,疏水残基的分布和电荷簇的分布很小,可以显着影响成核速率和跨β结构的稳定性。为了快速扩展此分析,我们开发了一个主动学习 - 增强的框架 - 用于分子动力学的机器学习(ML4MD),从而根据MD衍生的聚合数据迭代地完善了其预测。ML4MD有效筛选了许多肽排列,并指导发现先前未识别的原纤维式序列,从而在接收器操作特征(ROC)曲线(AUC)下达到0.939的接收器下方。总体而言,ML4MD通过将详细的原子模拟与快速和高敏锐的ML预测整合在一起,简化了淀粉样蛋白样肽的合理设计。
。cc-by-nc 4.0国际许可证可永久提供。是作者/资助者,他已授予Medrxiv的许可证,以显示预印本(未通过同行评审证明)的预印版本的版权所有者,该版本持有人于2025年2月13日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.12.12.25322150 doi:medrxiv Preprint
体内噬菌体显示是一种用于识别有机或疾病的血管归巢肽的方法,用于靶向药物。对于目标分子的性质和身份而言,这是不可知论的。当前的体内生物植物缺乏内置机制,无法选择能够进行血管归巢的肽,这也将能够组织渗透到组织实质中的治疗相关细胞。在这里,我们将体内噬菌体显示与基于微透析的实质恢复和高通量测序相结合,以选择除血管归巢外,还可以促进渗出和组织穿透。我们首先在皮肤伤口中证明了该方法可以选择性地将已知的归巢肽与具有额外组织渗透能力的肽分开。筛查肽库中的肽鉴定在血管性和糖尿病伤口中的血管外肉芽组织中鉴定出肽,以及视网膜病中的视网膜屏障 - 视网膜屏障。我们的工作表明,体内噬菌体显示与微透析结合使用,可用于发现能够渗出和组织渗透的血管归巢肽的发现。
G. Sampath无隶属的sampath_2068@yahoo.com摘要。肽合成。肽是合成的C-TO-N或N-TO-C,作为延伸到同肽标头的延伸,一端绑定到固定表面,另一端绑定为固定表面,并由纳米孔封闭。表面安装在可以以0.1-0.15 nm精度移动的平台上;孔的作用像核糖体隧道,可保护氨基酸(AA)侧链免受不需要的耦合,并且还可以防止聚集和环化。合成发生在以下步骤中的循环中:耦合剂将受末端保护的AA连接到孔末端生长的头端残基;光学检测到耦合的完成;耦合剂,保护器和多余的AA被洗掉;该平台缩回3.5Å;新添加的AA被抛弃,保护器被洗净。合成完成后,平台通过添加的肽的长度向孔移动,将肽与标头分开。电势和液压的组合始终保持肽的完全拉伸。纳米孔发挥了次要作用,在上面没有进行测量。可以使用一系列标头和一系列纳米孔来完成平行合成,最高能力的纳米孔可以实现。原则上,可以合成的肽长度没有限制。没有侧链保护,最小的试剂量,减少洗涤,几乎没有合成后清理,该方法具有潜在的绿色水平。
摘要:人类肽酶失调与癌症,高血压和神经变性等多种疾病有关。病毒蛋白酶的一部分对于病原体的成熟和组装至关重要。几十年的研究致力于探索这些宝贵的治疗靶标,通常用基于合成底物的抑制剂来解决它们,以阐明其生物学作用并开发药物。基于肽的抑制剂的合理设计为获得各种研究工具和候选药物提供了快速的途径。非共价修饰符在历史上是由于其可逆酶结合模式而导致的蛋白酶抑制作用的首选,因此可能更安全。然而,近年来,共价性不可逆抑制剂正在复活,其相关出版物,临床前和临床试验以及FDA批准的药物的急剧增加。取决于上下文,共价修饰符可以提供更有效和选择性的候选药物,因此需要较低剂量,从而限制了脱靶效应。此外,这种分子似乎更适合解决癌症和耐药性耐药性的关键问题。在可逆性和不可逆的抑制剂的边界,新药类别是基于共价肽的抑制剂,随着FDA在2003年获得FDA的批准,迄今为止又有4个其他4个列表。该领域的亮点是第一种口服Covid-19药物Nirmatrelvir的快速发展。1。简介共价可逆抑制剂理论上可以提供可逆修饰符的安全性,并结合其不可逆转的对应物的高效力和特异性。在此,我们将介绍基于共价可逆的基于肽的抑制剂的主要群体,重点是其设计,合成和成功的药物开发计划。
神经肽垂体腺苷酸环化酶激活肽(PACAP)在调节压力,恐惧和焦虑反应中起关键作用。研究PACAP的遗传和分子研究表明性二态特征,女性在神经精神疾病中表现出PACAP信号的反应性增加。研究通过证明PACAP的调节扩大了PACAP的作用到药物使用障碍(SUD)可以导致尼古丁,乙醇,刺激剂和阿片类药物引起的神经生物学变化。鉴于患有SUD的女性相对于男性表现出明显的药物使用,复发和戒断敏感性,我们假设PACAP系统会导致这些性别特定的差异。因此,我们通过表征PACAP在与成瘾周期相关的分子,大脑区域和行为水平上的作用来回顾PACAP在SUD中的作用。我们提出了将PACAP与神经精神疾病联系起来的文献,这些文献证明了PACAP在神经元信号传导和调节成瘾的途径中的复杂作用。我们假设女性在成瘾周期的中毒和戒断阶段中更容易受到与PACAP相关的变化的影响。完全了解PACAP系统中的性别特定差异为未来的研究提供了基础,旨在开发针对SUD的量身定制干预措施。
摘要背景:急性肾损伤 (AKI) 发作的延迟诊断和目前单一 AKI 生物标志物缺乏特异性阻碍了其管理。尿液肽组分析可能有助于识别 AKI 的早期分子变化并掌握其复杂性以确定潜在的可靶向分子途径。方法:在总计 1170 名大型心脏搭桥手术患者的衍生和验证队列中以及 1569 名重症监护病房 (ICU) 患者的外部队列中,开发、验证了一种基于肽的 AKI 预测评分 (7 天 KDIGO 分类),并将其与参考生物标志物尿液 NGAL 和 NephroCheck 和临床评分进行比较。结果:鉴定并验证了一组 204 个尿肽,这些肽来自 48 种与溶血、炎症、免疫细胞运输、先天免疫以及细胞生长和存活有关的蛋白质,可根据患者发生 AKI 的风险(OR 6.13 [3.96–9.59],p < 0.001)对患者进行早期鉴别(< 4 小时),优于参考生物标志物(尿液 NGAL 和 [IGFBP7]。[TIMP2] 产物)和临床评分。在 1569 名 ICU 患者的外部队列中,特征的表现相似(OR 5.92 [4.73–7.45],p < 0.001),并且还与住院死亡率有关(OR 2.62 [2.05–3.38],p < 0.001)。结论:总体 AKI 病理生理学驱动的尿肽特征显示出在早期识别将发展为 AKI 的患者方面具有重大前景,从而可以针对这种常见且危及生命的疾病制定个性化治疗方案。尿肽特征的性能与单一生物标志物一样高或更高,但增加了机制信息,可能有助于区分 AKI 的亚表型,从而提供新的治疗途径。关键词:急性肾损伤、心脏手术、重症监护病房、尿肽组学、预测
摘要传统上,天鹅绒鹿角(VA)已被用作东亚的药物或饮食补充剂。它含有具有抗炎,抗毒液,抗衰老和抗癌作用的生物活性化合物。尽管对VA的需求在全球范围内增加,但由于其从传统汤中的生物活性化合物恢复较低,因此其SUP和消费量受到限制。因此,需要替代提取方法来富集活性化合物并增强其生物学功效。据报道,该提取物可预防脑细胞中的神经病理条件,并抑制氧化应激和神经炎症 - 对神经退行性疾病的起始或进展至关重要。因此,VA是神经退行性疾病的潜在治疗剂。然而,VA对大脑中主要的神经胶质细胞的星形胶质细胞的有益作用尚不清楚。在本研究中,我们研究了酶消化的VA提取物(YC-11101)对星形胶质细胞线粒体的保护作用,星形胶质细胞是调节氧化应激的必不可少的器官。与VA的热水提取物相比,使用液态色谱鼠质谱法(LC-MS/MS)使用液体色谱鼠质谱法(LC-MS/MS)蛋白质组学和代谢组学结果。与其他健康功能成分相比,YC-11101对星形胶质细胞中线粒体应激源的保护作用显着。 al在一起,我们的结果表明,YC-11101的生物活性疗效及其针对星形胶质细胞中线粒体应激源的保护作用。蛋白质组学和代谢组学结果。与其他健康功能成分相比,YC-11101对星形胶质细胞中线粒体应激源的保护作用显着。al在一起,我们的结果表明,YC-11101的生物活性疗效及其针对星形胶质细胞中线粒体应激源的保护作用。关键字:天鹅绒提取物,酶消化,线粒体,脂多糖,scopol
根据世界卫生组织(WHO),主要抑郁症(MDD)是最普遍的情绪障碍,是全球残疾人的主要原因,有超过3亿名患者受到影响(Who,2017年)。 MDD是由一系列行为,情感和认知症状的星座定义的,并为医学界带来了挑战。 传统的抗抑郁药,例如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIS)或三环抗抑郁药(TCA)有几个缺陷,因为它们的治疗功效通常受到副作用和从几周到几个月(Harmer等人的效果发作)延迟而延迟的副作用(Harmer等人,2017年)。 此外,那些失败的标准抗抑郁药治疗失败的人被认为具有耐药性抑郁症(TRD),因为研究确定大约50%的此类患者无法对这种治疗做出反应,并且大约65%的患者无法实现缓解(Chen,2019年)。根据世界卫生组织(WHO),主要抑郁症(MDD)是最普遍的情绪障碍,是全球残疾人的主要原因,有超过3亿名患者受到影响(Who,2017年)。MDD是由一系列行为,情感和认知症状的星座定义的,并为医学界带来了挑战。传统的抗抑郁药,例如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIS)或三环抗抑郁药(TCA)有几个缺陷,因为它们的治疗功效通常受到副作用和从几周到几个月(Harmer等人的效果发作)延迟而延迟的副作用(Harmer等人,2017年)。此外,那些失败的标准抗抑郁药治疗失败的人被认为具有耐药性抑郁症(TRD),因为研究确定大约50%的此类患者无法对这种治疗做出反应,并且大约65%的患者无法实现缓解(Chen,2019年)。