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威廉斯堡县法令第 2024-05 号......
已批准的植物种类清单 南卡罗来纳州本地常绿树 美国冬青、Ilex opaca 东部红柏、Juniperus virginiana 高登尼亚、Gordonia lasianthus 橡树、Quercus virginiana 松树、Pinus 南方木兰、Magnolia grandiflora 樱桃月桂、Prunus caroliniana 魔鬼木桂花、Osmanthus americana 红湾、Persea borbonia 蜡桃金娘、Myrica cerifera 野樱桃、Prunus serotina 北美冬青、Ilex vomitoria 南卡罗来纳州本地常绿灌木 佛罗里达白花楸、Agarista populifolia 佛罗里达茴香、Illicium floridanum 墨莓冬青、Ilex glabra 野生杜鹃花、Rhododendron maximum
文章
鳄梨 (Persea americana Mill.)是一种具有经济价值的植物，因为其果实脂肪酸含量高且风味独特。其脂肪酸含量，尤其是相对较高的不饱和脂肪酸含量，具有显著的健康益处。我们在此展示了西印度鳄梨的端粒到端粒无缝基因组组装 (841.6 Mb)。基因组包含 40 629 个预测的蛋白质编码基因。重复序列占基因组的 57.9%。值得注意的是，所有端粒、着丝粒和核仁组织区都包含在此基因组中。通过荧光原位杂交观察到这三个区域的片段。我们鉴定出 376 个潜在的抗病性相关核苷酸结合亮氨酸富集重复基因。这些基因通常聚集在染色体上，可能来自基因重复事件。五个 NLR 基因（Pa11g0262、Pa02g4855、Pa07g3139、Pa07g0383 和 Pa02g3196）在叶、茎和果实中高度表达，表明它们可能参与鳄梨在多种组织中的疾病反应。我们还鉴定出 128 个与脂肪酸生物合成相关的基因，并分析了它们在叶、茎和果实中的表达模式。Pa02g0113 编码 11 种介导 C18 不饱和脂肪酸合成的硬脂酰酰基载体蛋白去饱和酶之一，在叶子中的表达量高于在茎和果实中的表达量。这些发现提供了宝贵的见解，增强了我们对鳄梨脂肪酸生物合成的理解。
单倍型解析的染色体水平鳄梨基因组可用于分析新的鳄梨基因
鳄梨 (Persea americana) 是木兰科植物的一种，木兰科植物是被子植物的早期分支谱系，其果实营养丰富，在全球具有很高的价值。在这里，我们报告了商业鳄梨品种 Hass 的染色体水平基因组组装，该品种占世界鳄梨消费量的 80%。使用由遗传图谱支持的先前发布的基因组版本进一步组装由 Pacific Biosciences HiFi 读数产生的 DNA 重叠群。总组装体为 913 Mb，重叠群 N50 为 84 Mb。分配给 12 条染色体的重叠群代表 874 Mb，覆盖了 98.8% 的胚性植物基准单拷贝基因。蛋白质编码序列注释确定了 48 915 个鳄梨基因，其中 39 207 个可归因于功能。基因组含有 62.6% 的重复元素。研究了基因组中感兴趣的特定生物合成途径。分析表明，鳄梨中庚糖生物合成的主要途径可能是通过景天庚酮糖 1,7 双磷酸，而不是通过其他途径。内切葡聚糖酶基因数量众多，与鳄梨使用纤维素酶催熟果实一致。尽管经历了多次基因组复制事件，但鳄梨基因组似乎在同源染色体之间有有限数量的易位。与相关物种的蛋白质组聚类允许识别鳄梨和樟科其他成员特有的基因，以及在单子叶植物和真双子叶植物分化前或分化时分化的物种特有的基因。该基因组提供了一种工具，以支持未来开发产量和果实质量更高的优质鳄梨品种。
已删除副本 CBI 已删除
2020 年 6 月 16 日 Bernadette Juarez APHIS 副局长 生物技术监管服务部 4700 River Road, Unit 98 Riverdale, MD 20737 主题：确认使用 CRISPR/Cas9 开发的低 PPO 鳄梨不是管制物品 尊敬的 Juarez 女士， JR Simplot 公司的植物科学部门（Simplot）恭敬地寻求生物技术监管服务部的确认，使用 CRISPR/Cas9 开发的低 PPO 鳄梨（Persea americana Mill.）不符合 7 CFR 第 340 部分对管制物品的定义。美国农业部之前已审查了一种树木作物苹果（Malus × domestica）的低 PPO 性状，并确定经过基因改造以降低多酚氧化酶的不变色苹果不太可能对植物造成有害生物风险 1,2。Simplot 已经开发出一种核糖核蛋白 (RNP) 方法，可以将 CRISPR/Cas9 元素递送到植物细胞中。该方法导致目标基因的等位基因内出现双链断裂，并敲除 [ ] Ppo [ ] 中的两个等位基因。最终选定的品系不包含任何来自 CRISPR/Cas9 的引入 DNA。使用此方法，基因编辑是通过用核糖核蛋白 (RNP) 复合物转染鳄梨原生质体细胞来实现的，该复合物由纯化的 CAS9 蛋白与合成向导 RNA (gRNA) 结合而成 (Andersson et al., 2018)。鳄梨不是植物害虫，也不会成为杂草。低 PPO 鳄梨没有引入植物害虫序列，RNP 方法中也没有使用任何此类序列。与传统鳄梨相比，使用 CRISPR/Cas9 开发的低 PPO 鳄梨不太可能成为植物害虫或具有改变的杂草潜力。因此，低 PPO 鳄梨不符合 7 CFR 第 340 条规定的受管制物品的定义。
确认基因组编辑鳄梨的监管地位
Sekhar Boddupalli 博士 Green Venus LLC 1910 Fifth Street Davis, CA 95616 回复：确认基因组编辑鳄梨的监管状态 亲爱的 Boddupalli 博士， 感谢您 2020 年 6 月 11 日的来信（并于 2020 年 6 月 23 日修改），询问信中描述的鳄梨 (Persea americana Mill.) 产品是否属于 7 CFR 第 340 部分规定的受监管物品。您的信中描述了鳄梨的基因组编辑，这导致了被声称为机密商业信息 (CBI) 的表型。 2000 年的《植物保护法》 (PPA) 赋予美国农业部权力监督植物害虫或有害杂草的检测、控制、根除、抑制、预防或延缓蔓延，以保护美国的农业、环境和经济。根据《联邦法规》第 7 章第 340 条“引入通过基因工程改造或生产的植物害虫或有理由相信是植物害虫的生物和产品”，美国农业部对某些使用基因工程开发的生物的进口、州际运输和环境释放（田间测试）进行监管，这些生物是或有可能是植物害虫。根据法规，如果生物是使用 § 340.2 中列出的供体生物、受体生物或载体或媒介剂进行基因工程改造并符合植物害虫定义的生物，则该生物被视为受管制物品；或者该生物是未分类的生物和/或分类不明的生物，或者管理员确定该生物是植物害虫或有理由相信它是植物害虫。在您的信函中，您描述了您使用基因组编辑系统和方法（均声称为 CBI）在鳄梨中的目标基因（声称为 CBI）中创建双链断裂。未提供 DNA 修复模板。您声明该方法不使用任何植物害虫 DNA 序列。根据您在信函中做出的陈述，您的基因组编辑鳄梨本身不是植物害虫，并且没有植物害虫序列或外源 DNA 被整合到鳄梨的植物基因组中。与之前对类似询问信的回复一致，美国农业部不认为您的基因组编辑鳄梨品系受 7 CFR 第 340 部分的监管。虽然您的基因组编辑鳄梨品系不受 7 CFR 第 340 部分的监管，但其他监管机构可能适用。例如，您的鳄梨种子或植物的进口将受到适用的植物保护和检疫 (PPQ)、许可和/或检疫要求的约束。有关更多信息，如果您计划