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Yves Briers
Yves Briers是根特大学生物技术系应用生物技术实验室的副教授兼负责人。他小组的研究兴趣集中在模块化蛋白质的合成生物学上，其特定焦点的噬菌体蛋白（例如脂蛋白和噬菌体受体结合蛋白）。他于2022年共同创立了比利时微生物病毒学会，他目前主持了该学会。去年2023年夏季，他创立了开发用于人类治疗的噬菌体裂解的衍生产品，目前他目前充当兼职CSO。
噬菌体基因组工程的方法
一个多世纪以前，发现了细菌生物技术病毒中的噬菌体，称为噬菌体或噬菌体[1]。从那时起，对噬菌体及其与细菌的相互作用的研究对我们对生物学的理解产生了巨大影响。例如，噬菌体的研究提供了以下证据：DNA是遗传物质[2]，建立了遗传密码的三重态[3]，并为基因调节提供了许多范式，包括在转录中具有功能相关的创伤的组织，其转录被控制为单位[4]。以噬菌体为中心的研究也是分子生物学的基础。例如，发现细菌编码限制酶，以防止特异性DNA序列的切割来免受噬菌体感染[5]。通过将限制性酶的这种特性与噬菌体T4 DNA连接酶将DNA分子结合在一起的能力，可以为DNA组装创建分子切割和糊状方法。这项技术代表了重组DNA黄金时代的开始，通过允许基因克隆进行功能研究[6]。此外，噬菌体DNA聚合酶对于测序技术的开发至关重要[7，8]，最近，对抗的定期散布的短与短质体的重复酶相关蛋白（CRISPR- CAS）系统可以实现基因组编辑的革命[9]。许多其他令人兴奋的发现可能正在等待研究噬菌体的研究 - 细菌相互作用和噬菌体基因组。但是，噬菌体基因组上的大多数蛋白质编码基因仍然具有未知功能，并且与数据库中的其他序列缺乏同源性，因此要求实验方法来揭示基因功能。
deporanker：使用机器学习预测克雷伯菌解放酶的网络工具
背景：噬菌体疗法显示出治疗抗生素耐药性克雷伯菌感染的希望。识别噬菌体的噬菌体去聚合物酶，使毛发囊囊多糖获得至关重要，因为这些胶囊对生物膜形成和毒力构成了贡献。但是，基于同源的搜索在新型解聚酶发现中存在局限性。目标：开发用于识别和对针对克雷伯氏病的潜在噬菌体解放酶进行排名的机器学习模型。方法：我们开发了Deporanker，这是一种机器学习算法，以蛋白质的可能性为蛋白质。该模型在5种新表征的蛋白质上进行了实验验证，并与BLAST进行了比较。结果：驱动器在识别潜在的解聚酶时表现出较高的性能。实验验证证实了其对新蛋白质的预测能力。结论：Deporanker提供了一种准确且功能上的工具，可以加快对克雷伯氏菌的噬菌体疗法发现的去聚合酶发现。它可作为网络服务器和开源软件提供。可用性：WebServer：https：//deporanker.dcs.warwick.ac.uk/源代码：https：//github.com/wgrgwrgrght/deporanker
T4噬菌体Y基因分裂产物是一种加工蛋白
T4 sun Y 基因是已鉴定出的含有自剪接 I 组内含子的 4 个噬菌体基因之一（7、12、30、32）。4 个含内含子的噬菌体基因中，3 个的功能是已知的。噬菌体 T4 的 td 基因（编码胸苷酸合酶）和 nrdB 基因（编码核糖核苷二磷酸还原酶的小亚基）均参与 DNA 前体的合成，噬菌体 SPOI 中鉴定出的内含子位于编码 DNA 聚合酶的基因 31 中。然而，sun Y 基因的功能尚不清楚。据我们所知，sun Y 基因并非必需基因，因为干扰噬菌体发育的突变尚未定位到该基因座上。作为表征 sun Y 基因功能的第一步，我们鉴定了 sun Y 蛋白并确定了其合成的时间进程。虽然我们尚未确定太阳 Y 基因的功能，但我们做出了一个奇怪的观察：它的表达涉及蛋白质以及 RNA 基因产物 (gp) 的处理。
̶靶标，例如抗体̶表现像小分子̶排泄物一样排泄
鉴定噬菌体自行车粘合剂 - 粘合剂是从化学脚手架的“幼稚”噬菌体文库（2）中选择的，然后使用目标特异性定制噬菌体文库进行了优化。使用荧光素标记的自行车（直接FP）或通过荧光素标记的配体（FP竞争）来确定的自行车的结合亲和力 - 由荧光极化（FP）确定。Ca IX＆CD38晶体学 - 标记为标记的人CD38 ECTO结构域与自行车粘合剂以1：1的比例结晶，结构分辨为1.7Å；用他的标签Ca IX催化结构域与自行车抑制剂以2个自行车的比例共结晶：1 Ca IX Dimer，结构分辨为2.5Å。使用标准的固相肽合成制作了在噬菌体上鉴定出的CD38自行车药物结合物 - 通过肽间隔和可裂解的二硫化物连接器与DM1（Mertansine）结合的自行车序列。小鼠异种移植物 - CD38-针对BDC施用的IV TIW对雌性CB17-SCID小鼠携带MOLP-8异种移植物与媒介物对照组一起（n = 3）。
通过氧化石墨烯作为成核剂
噬菌体，也称为噬菌体，是在细菌和古细菌中复制的病毒。噬菌体最初被发现为抗菌剂，并且在称为“噬菌体疗法的过程中，它们都被用作细菌感染的治疗剂。”最近，已经研究了噬菌体在各个领域的功能性纳米材料，因为它们不仅可以作为治疗剂，而且可以作为生物传感器和组织再生材料的功能。噬菌体对人是无毒的，它们具有自组装的纳米结构和功能特性。此外，可以很容易地对遗传修饰进行噬菌体以显示特定的肽或通过噬菌体显示筛选功能性肽。在这里，我们证明了噬菌体纳米材料在组织工程，传感和探测的背景下的应用。
病毒学海流与海洋生物的年度审查：前进的病毒学和科学教育
对本科生的研究机会是强有力的，但大规模实施带来了许多挑战。噬菌体人群的巨大多样性和支持的程序结构为参与噬菌体发现，基因组学和遗传学的早期职业本科生提供了机会。The Science Education Alliance (SEA) is an inclusive Research-Education Community (iREC) providing centralized programmatic support for students and faculty without prior experience in virology at institutions from community colleges to research-active universities to participate in two course-based projects, SEA-PHAGES (SEA Phage Hunters Advancing Genomic and Evolutionary Science) and SEA-GENES (SEA Gene-function Exploration by a Network of Emerging Scientists).自2008年以来，SEA已支持50,000多名本科研究人员，他们隔离了23,000多个杂菌，其中4,500多个已完全测序并注释。学生在功能上表征了数百个噬菌体基因，噬菌体收集促进了治疗噬菌体治疗分枝杆菌感染的治疗。参与海洋可以促进学生在科学教育中的持久性，其包容性促进了一个更公平的科学界。
在健康婴儿肠道中扩大已知病毒多样性
肠道微生物组是通过婴儿期形成的，并影响免疫系统的成熟，从而在生命后期预防慢性疾病。噬菌体或感染细菌的病毒，通过裂解和裂解性调节细菌生长，后者在婴儿肠道中尤为突出。病毒宏基因组（病毒瘤）很难分析，因为它们涵盖了未知的病毒多样性，缺乏标记基因和标准化的检测方法。在这里，我们系统地解决了来自哥本哈根属于哥本哈根的647名1岁儿童的粪便病毒多样性，该研究是2010年儿童哮喘的前瞻性研究，这是一个未选择的丹麦母子对的丹麦人群。通过组装和策划，我们从248个病毒家族水平进化枝（VFC）中发现了10,000种病毒物种。大多数（232个VFC）以前未知，属于小尾病毒病毒类别。使用来自同一儿童的细菌宏基因组中的簇状常规短滴定重复垫片确定噬菌体的79％的噬菌体。典型的细菌 - 感染的碎屑被未描述的噬菌体家族感染了梭菌和双歧杆菌。噬菌体生活方式在病毒家族水平上保守，有33个有毒和118个温带噬菌体家族。有毒的噬菌体更加丰富，而温带噬菌体则更为普遍和多样化。一起，在这项研究中发现的病毒家庭扩大了现有的噬菌体分类法，并提供了一种帮助未来婴儿肠道病毒蛋白研究的资源。
使用机器学习优化细胞培养基
目前的研究团队通过实验测试了长期以来的假设，即细菌的遗传多样性限制了病毒物种的多样性。这导致人们期望一种噬菌体类型将胜过所有其他噬菌体成为孤独的幸存者。然而，就像多细胞生物在其微生物组中拥有各种细菌物种一样，新的结果表明，单个细菌菌株本身可以拥有多样化的噬菌体群体。
第二斯洛文尼亚噬菌体会议计划
咖啡休息14：25-15：00 15：00 - 16:30 3：噬菌体申请由AlešPodgornik主持，15：00-15：20 Katja Molan：使用噬菌体的抗菌表面：使用新的卫生科学学院证明了Novo MeSto Dep的健康科学。卢布尔雅那大学金属金属学院生物技术学院卢布尔雅那大学生物技术教师15：20-15：40AndrejCör：使用工程性噬菌体疫苗使用工程性噬菌体疫苗的黑色素疗法valdoltra obthopedic Hospital 15：40-16：40-16：00-40-16：00-16：00-tomage for tomage for tomage for tomage for tomage for tomage for tomage for tomage，商业规模的研发Jafral 16：00-16：20 Martina Durcik：从噬菌体隔离和体内测试到特殊临床需求中患者的噬菌体疗法Cobik 16：20-16：25 Flash Talk Talk