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儿童肺炎感染的DNA负荷，基因分型和临床表型的相关性
简介：这项研究旨在研究支原体肺炎（MP） - MP肺炎（MPP）儿童支气管肺泡灌洗液（BALF）中的DNA负荷及其亚型及其亚型的肺炎及其相关的实验室数据，成像，成像儿童及其临时临床的复杂性，并进行了临床临床的临时，并进行了临床。方法：在2017年12月至2020年12月之间在天津儿童医院住院的儿童被选为研究，不包括病毒，细菌和真菌感染的混合病毒。使用实时定量荧光聚合酶链反应（PCR），根据BALF中的MP DNA负载将儿童分为低负载组。成功的MP培养后，阳性样品受到PCR限制片段长度多态性和多级别可变数字串联重复分析键入键入。从研究中包括的所有儿童收集了基本数据，临床信息，实验室数据和放射学结果。结果：PI-I类型主导了不同的负载组。低负荷群体中的儿童喘息和呼吸急促。然而，高负荷组的儿童住院时间更高，最高发烧温度，更高的寒冷/寒冷，腹痛的发生率以及较高的C反应蛋白（CRP），procalcitonin（PCT）和天冬氨酸氨基转移酶（AST）水平。高负载组中的儿童更可能发生成像变化，例如胸腔积液，呼吸道感染和肺外并发症的发生率高于低负载组中的呼吸道感染。我们应用了Spearman的相关分析来阐明MP DNA负载与MPP的临床严重程度之间的关系。我们发现，MP DNA负荷与住院时间，最高发烧温度，CRP，PCT，白介素6（IL-6）和AST水平正相关，并且与发烧和咳嗽持续时间，白细胞计数（WBC）以及单一细胞（MONOO）（MONOO）的比例负相关。相关程度如下：住院时间> IL-6>咳嗽持续时间> AST> AST>发烧持续时间> PCT> WBC>单声道>最高发烧温度> CRP水平的比例。结论：MP DNA负荷与MP键入无关，但与儿童的临床表型显着相关。因此，MP DNA负荷有助于早期诊断感染，并可以更好地预测疾病的回归。
鲨鱼启发的牙齿形态发生的通用模型揭示了表型过渡中的发育不对称
源于遗传和生物力学因素之间的动态相互作用所产生的发展复杂性，使基因型和表型在进化中的变化方式变化。作为范式系统，我们探讨了发育因素的变化如何产生典型的牙齿形状过渡。由于牙齿发育主要是在哺乳动物中研究的，因此我们通过研究鲨鱼中牙齿多样性的发展为更广泛的理解做出了贡献。为此，我们建立了一个通用但现实的，数学的数学模型。我们表明，它重现了牙齿发育的关键特征，以及小斑点catsharks scyliorhinus canicula的真实牙齿形状变化。我们通过与体内实验进行比较来验证我们的模型。引人注目的是，我们观察到牙齿形状之间的发育过渡往往是高度退化的，即使对于复杂的表型也是如此。我们还发现，参与牙齿形状转变的发育参数集往往不对称地取决于该过渡的方向。一起，我们的发现为我们对发展变化如何导致自适应表型变化和特质在复杂的，表型高度多样化的结构中的理解提供了宝贵的基础。
Igf2bp1 的小分子抑制剂可抑制癌细胞中的 Kras 和促癌表型
摘要 Igf2bp1 是一种癌胚 RNA 结合蛋白，其在多种类型的癌症中的表达与关键促癌 RNA 的上调、预后不良和生存率降低有关。重要的是，Igf2bp1 与 Kras 突变协同作用，增强信号传导和致癌活性，这表明抑制 Igf2bp1 的分子可能具有治疗潜力。在这里，我们分离出一种小分子，它与 Igf2bp1 KH3 和 KH4 结构域边界的疏水表面相互作用，并抑制与 Kras RNA 的结合。在细胞中，该化合物降低 Kras 和其他 Igf2bp1 mRNA 靶标的水平，降低 Kras 蛋白，并抑制下游信号传导、伤口愈合和软琼脂中的生长，所有这些都没有任何毒性。这项研究为改善肺癌和其他癌症中表达 Igf2bp1 的肿瘤的预后提供了一种途径。
基于基因表达的表型预测深神经网络的生物学解释
摘要背景：使用预测基因标志来协助临床决策变得越来越重要。深度学习在基因表达谱的表型预测中具有巨大的潜力。但是，神经网络被视为黑匣子，在没有任何解释的情况下，提供了准确的预测。这些模型变得可解释的要求正在增加，尤其是在医学领域。结果：我们专注于解释由基因表达数据构建的深神经网络模型的预测。影响预测的最重要的神经元和基因被鉴定出来并与生物学知识有关。我们对CAN-CER预测的实验表明：（1）深度学习方法优于大型训练集的经典机器学习方法； （2）我们的方法产生的解释与生物学比最先进的方法更连贯； （3）我们可以对生物学家和医生的预测提供全面的解释。结论：我们提出了一种原始方法，用于从基因表达数据中对表型预测深度学习模型的生物学解释。由于模型可以找到表型和基因表达之间的关系，因此我们可以假设已鉴定的基因与表型之间存在联系。因此，解释可以导致生物学家研究新的生物学假设。
鳞状细胞癌表型的未知主要癌症作为分离的腋质量
一名71岁的女性从未吸烟，患有乳腺癌的家族史（60年代初的母亲和妹妹），向她的初级保健医生出现，左臂和乳房疼痛。她在两周前在左臂上咬了一口，并接受了预防性强力霉素。体格检查显示2厘米温和嫩，左腋窝中没有皮肤病变，皮疹或乳房肿块。没有其他肿胀的腺体，其余的身体检查是正常的。她的初级保健医师考虑了莱姆病的诊断，并下令进行胸部X射线，完全的血液计数和莱姆抗体滴度，以进一步评估其他淋巴结肿大的原因。患者的病史对于大约一年前的右上臂0.4 cm x 0.7 cm原发基底细胞癌很重要，她进行了莫尔斯手术，具有阴性的表面和深层手术缘，没有复发的证据。她没有任何免疫抑制，暴露于过度紫外线辐射的病史或职业暴露会增加她患癌症的风险。她没有抽烟或喝酒。她的家族史对包括卵巢癌和结肠癌在内的其他癌症以及对母亲或妹妹的BRCA（乳腺癌基因）测试的结果是否定的。
慢病毒基因疗法恢复了伯纳德 - 苏利里综合征C型C
Bernard-Soulier综合征（BSS）是一种罕见的先天性疾病，其特征是巨骨细胞减少症和频繁出血。它是由三个基因（GP1BA，GP1BB或GP9）中的致病变异引起的，该变异编码为GPIB A，GPIB B和GPIB-V-IX复合物的GPIB A，GPIB B和GPIX亚基，这是Von Willebrand因子的主要血小板表面受体，是Von Willbrand因子的主要血小板受体，对于血小板粘附和聚集而言是必不可少的。根据受影响的基因，我们区分BSS型A1（GP1BA），B型（GP1BB）或C型C（GP9）。这些基因中的致病变异会导致缺乏，不完整或功能障碍的GPIB-V-IX受体，从而导致出血表型。使用基因编辑工具，我们生成了敲除（KO）人类细胞模型，这些模型帮助我们更好地理解了GPIB-V-IX复合体组装。此外，我们开发了能够纠正人类GP9 -KO巨型巨细胞细胞系中GPIX表达，定位和功能的新型慢病毒载体。生成的GP9 -KO诱导的多能干细胞产生了血小板，该血小板概括了BSS表型：膜表面和大尺寸的GPIX不存在。重要的是，基因疗法工具恢复了这两个特征。最后，用基因治疗载体转移了来自两个无关BSS患者的造血干细胞，并分化为表达GPIX的巨核细胞和血小板，大小降低。这些结果证明了基于慢性的基因疗法挽救BSS的潜力。
通过单个 T 细胞克隆的动态和表型捕捉原发性和继发性抗病毒反应
1 俄罗斯联邦莫斯科 Shemyakin-Ovchinnikov 生物有机化学研究所；2 俄罗斯联邦莫斯科皮罗戈夫国立研究医科大学精准基因组编辑和生物医学遗传技术中心；3 俄罗斯联邦莫斯科 Skoltech 生命科学中心；4 德国基尔大学免疫学研究所；5 德国基尔大学临床分子生物学研究所；6 捷克共和国布尔诺马萨里克大学、中欧理工学院；7 俄罗斯联邦莫斯科 VI Kulakov 国家妇产科和围产期医学研究中心；8 俄罗斯联邦莫斯科国立大学；9 法国巴黎高等师范学院、ENS、PSL、索邦大学、巴黎大学和 CNRS 物理实验室
丝状质的系统发育和表型揭示了来自中国的三种新物种（丝状科，丝状科）
菲洛巴氏菌（Filobasidium）属，是菲洛巴·西迪亚斯（Filoba Sidiales）的家族丝虫科的成员，是一组具有许多代表性物种的基本菌。迄今为止，已经在菲洛巴氏菌中描述并接受了14种。尽管最近发表了一些来自中国的新发现，但丝状岛的物种多样性仍未完全理解。样品，并检查了该属的物种多样性。三个新物种，即F. pseudomali sp。nov。 ，F。Castaneaesp。nov。和F. Qingyuanense sp。nov。基于内部转录间隔物（ITS）的系统发育分析以及大亚基（LSU）rRNA基因的D1/D2结构域以及其单独的序列与表型特征相连。提供了完整的描述，插图，与类似物种的比较以及系统发育分析。这项研究的发现实质上丰富了中国菲洛巴氏菌的生物多样性。
mef2ca 和 mef2cb 双突变斑马鱼表现出改变的颅面表型和运动行为
摘要：转录因子 MEF2C 在神经元、心脏、骨骼和软骨的分子过程以及颅面发育中至关重要。MEF2C 与人类疾病 MRD20 有关，该疾病患者的神经元和颅面发育异常。通过表型分析，对斑马鱼 mef2ca；mef2cb 双突变体进行了颅面和行为发育异常分析。采用定量 PCR 检测突变幼虫中神经元标记基因的表达水平。通过 6 dpf 幼虫的游泳活动分析了运动行为。我们发现 mef2ca； mef2cb 双突变体在早期发育过程中表现出几种异常表型，包括已经在携带每个旁系同源物突变的斑马鱼中描述的表型，以及 (i) 严重的颅面表型（包括软骨和真皮骨结构）、(ii) 由于心脏水肿破坏而导致的发育停滞和 (iii) 行为的明显改变。我们证明在斑马鱼 mef2ca ; mef2cb 双突变体中观察到的缺陷与之前在 MEF2C 缺陷小鼠和 MRD20 患者中描述的缺陷相似，证实了这些突变系可作为 MRD20 疾病研究、新治疗靶点识别和可能的挽救策略筛选的模型。
对 FLG 空表型的研究：展示人类角质形成细胞的 CRISPR/Cas9 编辑方法
自从发现 FLG 功能丧失变异与寻常型鱼鳞病和特应性皮炎发病之间的关联以来，FLG 的功能一直在研究中。个体内基因组易感性、免疫混杂因素和环境相互作用使 FLG 基因型与相关因果关系之间的比较变得复杂。使用 CRISPR/Cas9，我们生成了人类 FLG 敲除 (D FLG) N/TERT-2G 角质形成细胞。通过对人类表皮等效培养物的免疫组织化学分析显示 FLG 缺乏。除了结构蛋白（外皮蛋白、角蛋白、角蛋白 2 和转谷氨酰胺酶 1）的（部分）损失外，角质层更致密，缺乏典型的篮状编织外观。此外，电阻抗光谱和经表皮失水分析强调了 D FLG 人类表皮等效物的表皮屏障受损。校正 FLG 可恢复颗粒层中角蛋白透明颗粒的存在、FLG 蛋白表达以及前面提到的蛋白质的表达。电阻抗光谱和经表皮失水的正常化反映了对角质层形成的有益影响。这项研究显示了 FLG 缺乏的因果表型和功能后果，表明 FLG 不仅在表皮屏障功能中起着核心作用，而且通过协调其他重要表皮蛋白的表达对表皮分化至关重要。这些观察结果为研究 FLG 在皮肤生物学和疾病中的确切作用奠定了基础。