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Malbec葡萄种植品种的二倍体基因组组装启用了克隆表型变异的转录组差异的单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄藤品种（Vitis Vinifera L. ssp。vinifera）必须由于其高度杂合基因组而被克隆繁殖。马尔贝克（Malbec）是一种以法国原始的品种生产高质量的葡萄酒，是品种Prunelard和Magdeleine Noire des Charentes的后代。在这里，我们已经建立了Malbec的二倍体基因组组装，在PacBio Long的三人组合中读取了从任何一个父母继承的两个单倍体补充中。在单倍型的重复数据删除和校正后，以非常低的单倍型开关率（<0.025）获得了两个单倍相的完整组件。单倍相一致性识别> 25％的多态区域。基因注释，包括RNA-Seq转录组组装和从头算预测证据，两种单倍相的基因模型数量相似。在MALBEC的四个克隆辅助的转录组比较中，在浆果组成性状变化的四个克隆辅助中被利用。 使用任何一个单倍相作为参考的成熟果皮转录组分析产生了相似的结果，尽管观察到了一些差异。 尤其是，在仅以玛格德林属性单倍型为参考的差异表达基因中，我们观察到了假设半合子基因的过度占代表性。 总体而言，结果突出了产生二倍体组件以完全表示高度杂合木质作物品种的基因组多样性的重要性，并揭示了克隆表型变异的分子碱基。在浆果组成性状变化的四个克隆辅助中被利用。使用任何一个单倍相作为参考的成熟果皮转录组分析产生了相似的结果，尽管观察到了一些差异。尤其是，在仅以玛格德林属性单倍型为参考的差异表达基因中，我们观察到了假设半合子基因的过度占代表性。总体而言，结果突出了产生二倍体组件以完全表示高度杂合木质作物品种的基因组多样性的重要性，并揭示了克隆表型变异的分子碱基。克隆登录595的较高的浆果花青素含量与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到观察到的苯基丙烷代谢基因的过表达以及对与非生物应激反应相关的基因失控。
拟南芥中物种特异性部分基因重复在强正选择下对形态性状产生了新的表型效应
* 通讯作者：mlong@uchicago.edu (ML)；jbergelson@uchicago.edu (JB)；huangyuan@mail.kib.ac.cn (YH)。† 资深作者 ‡ 这些作者贡献相同 (YH、JC)。ML、JB 和 YH 设计了这项研究。YH 撰写了论文初稿。YH 和 JC 进行了所有实验，包括表型观察和分析、突变体生成、鉴定、表达、转录组和基因组测序以及进化分析。CD 和 SD 参与了群体遗传分析。CF 提供了植物材料。CF、YO、DL、SX 和 EM 修改了稿件。ML 和 JB 指导了这项研究，构思并监督了写作。根据作者须知 (https://academic.oup.com/plcell) 中所述的政策，负责分发与本文所述研究结果相关的材料的作者是：Manyuan Long (mlong@uchicago.edu)。
拟南芥中物种特异性部分基因重复在强正选择下对形态性状产生了新的表型效应
* 通讯作者：mlong@uchicago.edu (ML)；jbergelson@uchicago.edu (JB)；huangyuan@mail.kib.ac.cn (YH)。† 资深作者 ‡ 这些作者贡献相同 (YH、JC)。ML、JB 和 YH 设计了这项研究。YH 撰写了论文初稿。YH 和 JC 进行了所有实验，包括表型观察和分析、突变体生成、鉴定、表达、转录组和基因组测序以及进化分析。CD 和 SD 参与了群体遗传分析。CF 提供了植物材料。CF、YO、DL、SX 和 EM 修改了稿件。ML 和 JB 指导了这项研究，构思并监督了写作。根据作者须知 (https://academic.oup.com/plcell) 中所述的政策，负责分发与本文所述研究结果相关的材料的作者是：Manyuan Long (mlong@uchicago.edu)。
推定二甲双胍靶标对表型年龄和白细胞端粒长度的影响：使用英国生物银行数据的孟德尔随机化研究
公共卫生学院（S Luo Phd，C S L Chui Phd，C M Schooling Phd，S L Au Yeung教授），药理学与药学系（I C K Wong Phd教授）和护理学院（C S L CHUI），Li Ka Shing Shing Inderialt of Hong Kong Kong Kong Kong Kong Proseptial Andifarity Andial in n of Hong Kong Kong Special corame corame corame;英国伦敦伦敦大学学院药学学院实践与政策研究系（I C K Wong教授）；香港科学技术园，香港特殊行政区，中国的卫生数据发现实验室（C S L CHUI）；上海内分泌与代谢疾病研究所内分泌和代谢疾病系，中国上海上海大学医学院，中国上海医学院（J Zheng Phd教授）；上海国家代谢疾病临床研究中心，公关中国国家卫生卫生委员会的主要内分泌和代谢疾病实验室，上海内分泌肿瘤主要实验室，州医学基因组医学医学医院的重要实验室，上海jia Jiao jiao jiao tong tong in jiao tong tong jiao jiao tong英国布里斯托尔布里斯托尔大学布里斯托尔医学院的医学研究委员会综合流行病学部（J Zheng教授）；香港量子AI实验室，香港大学，香港特殊行政区，中国（Y Huang MPH）；美国纽约市纽约市公共卫生与健康政策学院（美国纽约州纽约教授）
PNC SEMINARS - Padova Neuroscience Center
The wiring of the nervous system follows a complex genetic plan during development. However, due to stochastic processes and environmental factors, genetically identical individuals seldom show the same phenotypic outcome. In poikilothermic animals like insects, temperature affects developmental speed, but whether this alters brain wiring and function was so far unclear. We have investigated the effect of temperature on brain wiring in Drosophila, showing that neuronal connectivity scales exponentially with temperature, with lower connectivity at higher temperatures. To explain this finding, we extended the metabolic theory of ecology to model the coordination between body and brain development. The theory predicts a temporal shift between body and brain development, which we have validated experimentally. Physiological analysis suggest that temperature-induced changes in brain wiring have circuit-specific consequences for function. We conclude that while some circuit computations are robust to the effects of developmental temperature on wiring, others exhibit phenotypic plasticity with possible adaptive advantages.
新型数字异常、海马萎缩和突变扩大了 Houge 型 X 连锁综合征智力发育障碍 (MRXSHG) 中 CNKSR2 的基因型和表型谱
推荐引文 推荐引文 Ghasemi，Mohammad Reza；法塔赫，萨汉德·德赫拉尼；本-马哈茂德，阿菲夫；古普塔，维杰；拉拉·G·斯图恩；莱斯卡、盖坦；查特伦，尼古拉斯；康拉德·普拉泽；埃德里，帕特里克；萨德吉，侯赛因；伊西多尔，伯特兰；本杰明·科涅；舒尔茨，海蒂 L.；克劳斯佩-施图贝克，伊洛纳；佩里亚萨米，拉达克里希南；南普蒂里，席拉；米尔法赫莱，礼萨；阿利扬普尔、萨哈尔；西尔布，史蒂芬；普法伊弗，乌尔里希；斯普兰格，斯蒂芬妮；格伦德曼-豪瑟，凯瑟琳；哈克，托比亚斯·B.；帕帕佐普卢，玛丽亚·T.；达·席尔瓦·贡萨尔维斯，泰琳； Panagiotakaki, Eleni；Arzimanoglou, Alexis；Tonekaboni, Seyed Hassan；Lacassie, Yves；等人，“新型数字异常、海马萎缩和突变扩大了 Houge 型 X 连锁综合征性智力发育障碍 (MRXSHG) 中 CNKSR2 的基因型和表型谱”(2024)。医学院教职员工出版物。3292。https://digitalscholar.lsuhsc.edu/som_facpubs/3292 10.1002/ajmg.a.63963
摘要。 Nurhayati，Ardie SW，Santoso TJ，Sudarsono。 2021。CRISPR/CAS9介导的水稻CV中的基因组编辑。 IPB3S导致半昏迷表型M
摘要。Nurhayati，Ardie SW，Santoso TJ，Sudarsono。2021。CRISPR/CAS9介导的基因组编辑，在水稻CV中。 IPB3S导致半昏迷的表型突变体。 生物多样性22：3792-3800。 IPB3S是印尼低地大米和高产品种。 但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。 这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。 IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。 PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。CRISPR/CAS9介导的基因组编辑，在水稻CV中。IPB3S导致半昏迷的表型突变体。 生物多样性22：3792-3800。 IPB3S是印尼低地大米和高产品种。 但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。 这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。 IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。 PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。IPB3S导致半昏迷的表型突变体。生物多样性22：3792-3800。IPB3S是印尼低地大米和高产品种。但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。PCR分析表明，水稻CV。IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。IPB3S T0突变线携带HPT。再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。
机械诱导的染色质体系结构的改变指导细胞塑性与机械记忆之间的平衡
表型可塑性或细胞的适应性确定其在不断变化的细胞环境中生存和功能的能力。机械环境的变化，范围从细胞外基质（ECM）到身体应力（例如张力，压缩和剪切），是影响表型可塑性和稳定性的关键环境线索。此外，已经证明对先前的机械信号的暴露在调节表型变化中起着基本作用，即使在移除了机械刺激之后，这些变化仍然存在，从而产生稳定的机械记忆。在这篇迷你综述中，我们的目标是突出机械环境如何通过染色质结构的变化来改变表型可塑性和稳定的记忆，主要集中在心脏组织中的例子上。我们首先探讨了如何根据机械环境的变化来调节细胞表型可塑性，然后将表型可塑性的变化与染色质结构的变化联系起来，以反映短期和长期记忆。最后，我们讨论了如何阐明机械诱导的染色质结构背后的机制，从而导致细胞适应并保留稳定的机械记忆，这可能会发现治疗方法以防止恶性永久性疾病状态。
通过整合宿主生态系统的相互作用和进化来对抗微生物病原体
图 2 微生物逃逸的主要途径以及针对每种途径的基于系统的治疗方法。（A）抗药性的进化：通过群体水平的遗传变化，抗药性的进化为所有微生物提供了一种治疗逃逸手段。治疗方法包括利用原位进化和新疗法的持续开发。（B）表型屏蔽：通过因表型可塑性或环境条件而发生的变化，表型屏蔽为微生物逃避治疗提供了时间、空间或两者兼而有之。治疗方法包括开发能够渗透微生物表型屏障的药物。（C）休眠：通过对微生物表型的短暂改变，微生物暂时对治疗产生抗药性。治疗方法包括多种方法来保持休眠种群规模较低或不活跃
人类基因组niH-sample-dms-dms-plan。 ...
B.将保留和共享的科学数据，以及这样做的理由：基因组（例如，测序读取和变体呼叫文件）和该项目的表型/临床数据将对超出该项目涉及的研究人员有用，因此将保留和共享。我们将分享从医疗记录中提取的鉴定的患者人口统计学，基因组和临床/表型数据，这些数据用于证实我们发布的发现。与NHGRI期望共享全面的表型数据的期望，我们还将选择从病历中提取的几个（5）其他关键的表型变量，以提供有关研究参与者健康的其他背景，以最大程度地提高共享数据的效用。不符合质量指标的数据（例如RIN> 7，复制concordance> 0.8，FASTQC检查）将无法保留并共享。HIPAA标识符将保存在我们的机构中，但不会共享。