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引用纸浆版本（APA）：Griffiths，M.，Delory，B.M.，Jawahir，V.，Wong，K.M.，Bagnall，G.C.，Dowd，T.G.，Nusinow，D.A.，Miller，Miller，A.J
图2在单场试验中生长的覆盖作物物种的表型性状评估。（a）植物表型特征的主要成分分析由植物质量分数和杂草严重程度的家族聚集，这是对PC1和总生物量的最大贡献者，对PC2的贡献最大。（b - g）箱形图显示了每个覆盖作物物种的单个表型特征评分。苜蓿（Medicago sativa），Dundale Pea（trifolium incarnatum），Milkvetch（Astragalus spp。），深红色三叶草（Pisum sativum），毛茸茸的vetch（vicia villosa），芥末酱（Brassica juncea），大麦（大麦（Hordeum vulgare）），小麦（triticum aestivum），冬季rye（secale cereale）（secale cereale）和diliticale（x triticosecale）[×Triticosecale）[
使用FastAni和AniclusterMap
在本文中，我们想使用FastAni（Jain等，2018）和AniclusterMap（https://github.com/moshi4/moshi4/aniclusterm ap）提出一种基于平均核苷酸认同（ANI）的细菌基因组比较的简单方法。ANI是作为新测序基因组分类隶属的标准。It is a similarity index between a given pair of genomes that can be applicable to prokaryotic organisms independently of their G+C content, and a cut-off score of > 95% indicates that they belong to the same species (Figueras et al ., 2014) Nevertheless, the usage of ANI value as a mean of strains phenotypic diversity offers a relatively easy way for studding bacterial phylogeny.所提出的程序可用于研究完整和细菌基因组草案的系统发育。程序的最大优势是它们的相对简单性。但是，程序允许进行基本的系统发育分析，并且不考虑编码和非编码区域或重组区域之间的差异。更详细的分析将需要另一种方法。
Georg-august-Universitätgöttingen模块M.Cobi.501
在应用方面，这些主题突出 - 但不限于 - 可用于回答生物学问题（基因组学，转录组学，系统基因组学，代谢组学，蛋白质组学，蛋白质组学，chip -Seq，比较基因组学，现象学等）的不同类型的“ OMICS”类型。他们将了解可行性和数据分析的不同方法。此外，学生还将了解生物科学的数字化，其中包括机器可读的形态学表型注释，表型数据库，生物图像分析等。
综合元素揭示了迅速发展的调节序列驱动灵长类动物大脑进化
6 LIANGZHU实验室，郑明大学医学中心，杭州，中国广东，7云南元南灵长生物医学研究所，灵长类动物转化医学研究所，昆明科学与科技大学，昆明，昆明，尤恩南，尤恩南，尤恩南，中国8号动物进化和遗传学的Yunnan，Yunnan 8 Models and Human Disease Mechanisms of Chinese Academy of Sciences & Yunnan Province, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Yunnan, China 10 National Resource Center for Non-Human Primates, Kunming Primate Research Center, and National Research Facility for Phenotypic & Genetic Analysis of Model Animals (Primate Facility), Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming,中国云南11 KIZ-CUHK生物库和共同疾病的分子研究联合实验室，昆明动物学研究所，中国科学院，昆明，尤恩南，尤恩，中国12号医学遗传学研究所，医学院，医学院，加拿大大学，加拿大大学，威尔士，威尔士13号，英国人，西北大学，Xi'同样对这项工作。6 LIANGZHU实验室，郑明大学医学中心，杭州，中国广东，7云南元南灵长生物医学研究所，灵长类动物转化医学研究所，昆明科学与科技大学，昆明，昆明，尤恩南，尤恩南，尤恩南，中国8号动物进化和遗传学的Yunnan，Yunnan 8 Models and Human Disease Mechanisms of Chinese Academy of Sciences & Yunnan Province, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Yunnan, China 10 National Resource Center for Non-Human Primates, Kunming Primate Research Center, and National Research Facility for Phenotypic & Genetic Analysis of Model Animals (Primate Facility), Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming,中国云南11 KIZ-CUHK生物库和共同疾病的分子研究联合实验室，昆明动物学研究所，中国科学院，昆明，尤恩南，尤恩，中国12号医学遗传学研究所，医学院，医学院，加拿大大学，加拿大大学，威尔士，威尔士13号，英国人，西北大学，Xi'同样对这项工作。
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在流行病学和数据分析的抗菌素耐药性研究中，动物健康计划[参考。 [186/24] IRTA当前是
在流行病学和数据分析的抗菌素耐药性研究中，动物健康计划[参考。186/24] IRTA目前正在寻求一名积极进取和热情的博士后研究人员，以在动物健康计划中具有一个健康的观点，加入我们的研究团队。博士后研究人员将在EU-JAMRAI 2工作2“加入行动抗菌抗性和与医疗保健相关的感染”，旨在通过欧洲各地通过欧洲的联合行动和协调的行动来领导对AMR的斗争，促进跨学科的合作，从而促进国家，机构，机构和行业之间，以促进反杂货不动的人。The researcher will focus on setting up the basis for piloting studies in antimicrobial surveillance using phenotypic and genotypic tools, such as minimal inhibitory concentration, and next generation sequencing technologies (Illumina and Nanopore), together with the implementation of IPC measures including biosecurity in animal health to reduce the consumption of antimicrobials.我们邀请雄心勃勃的候选人的申请，具有相关的研究经验和热情，主要是在抗菌管理和AMR监视领域进行研究和创新活动。
微刺激
预期使用Gen III Microplate™测试面板使用94种生化测试提供了标准化的微方法，以剖面并识别革兰氏阴性和革兰氏阴性细菌的广泛范围。生物学的微生物识别系统软件（例如Omnilog®数据收集）用于从Gen III微板岩中的表型模式中鉴定细菌。描述生物Gen III微镀酸盐分析了94个表型测试中的微生物：71个碳源利用分析（图1，列1-9）和23种化学敏感性测定（图1，列，10-12列）。测试面板提供了微生物的“表型指纹”，可用于在物种水平上识别它。所有必要的营养物质和生化物都被预填充并干燥成96孔的微板井。四唑氧化还原染料用于比色表示碳源的利用或对抑制性化学物质的抗性。进行测试非常简单，如图2所示。要鉴定的分离物在琼脂培养基上生长，然后在推荐的细胞密度下悬浮在特殊的“胶凝”接种液3（IF）中。然后将细胞悬浮液接种到Gen III微板酸盐中，每孔100 µL，然后将微孔板孵育以使表型指纹形成。接种时，所有井都无色。在孵育过程中，在细胞可以利用碳源和/或生长的井中呼吸增加。增加的呼吸导致四唑氧化还原染料的减少，形成紫色。图1。负井仍然无色，负面对照井（A-1）也没有碳源。也有一个阳性对照井（A-10）用作10-12列中化学敏感性测定的参考。孵化后，将紫色井的表型指纹与生物学广泛的物种文库进行了比较。如果发现匹配，则将进行分离物的物种水平识别。在微板元素III微板TM
神经肿瘤科 - ORBilu
摘要 表型可塑性已成为癌症肿瘤内异质性和治疗耐药性的主要原因。越来越多的证据表明，胶质母细胞瘤 (GBM) 细胞表现出显著的内在可塑性，并能可逆地适应动态的微环境条件。复发时有限的遗传进化进一步表明，耐药机制也主要在表型水平上起作用。在这里，我们回顾了最近的文献，这些文献支持了 GBM 可塑性在创建异质细胞梯度方面的作用，包括那些带有癌症干细胞 (CSC) 特性的细胞。从 CSC 的层次化到非层次化概念，以及最近对 GBM 可塑性的认识的历史视角。细胞状态彼此之间以及与周围的大脑之间动态相互作用，形成一个灵活的肿瘤生态系统，从而能够迅速适应包括治疗在内的外部压力。我们介绍了调节肿瘤内表型异质性和表型状态平衡的关键成分，包括遗传、表观遗传和微环境因素。我们进一步讨论了内在肿瘤耐药性背景下的可塑性，其中预先存在的耐药细胞和适应性持久细胞之间的可变平衡导致治疗后可逆的适应性。需要针对可塑性调节器和向治疗耐药状态转变的机制进行创新努力，以限制 GBM 的适应能力。
Carta图像分析软件
在Carta®Phenoglyphs™软件模块中使用了无监督和监督的机器学习的独特组合来量化表型变化。使用数百个可以同时分析的细胞特征，创建了全面的表型曲线，可以在整个筛选工作流程中应用。这种多元分类方法提供了对物体种群的准确表征，使用户能够解决药物治疗或遗传修饰引起的细微表型变化。它可以在许多生物靶标中使用，包括类器官，细胞，球体等。
兄弟姐妹间 BBS1 的临床变异性
背景 Bardet-Biedl 综合征 (BBS) 是一种具有多效性的常染色体隐性纤毛病，表现为由多个基因变异导致的一系列异常。虽然这种综合征的发病率因地区而异，但它很罕见，在北美和欧洲，每 120,000 到 160,000 人中就有 1 人患有该病。1 到目前为止，已确定 26 个基因是 BBS 的病因，其中最常见的是 BBS1 变异，随着基因检测的进步，更多的基因被发现。2 BBS 表现出明显的表型变异，临床表现包括轴后多指畸形、肥胖、视网膜营养不良、肾功能障碍、发育迟缓、认知障碍、学习障碍和性腺功能低下。 2 3 具体来说，患有 BBS1 变异的患者通常表现为夜盲症、远视散光、上睑下垂或轻度眼睑痉挛、多指足、第五指弯曲、头痛史和不同程度的饮食反应性肥胖。 4 这种综合征在生命的最初十年进展缓慢，但到第二十年和第三个十年时会显著恶化。这一点，再加上其多变的表型表现，给诊断带来了巨大挑战，通常导致患者在童年晚期或成年早期才被诊断出来。 3 因此，加深对 BBS 家庭间和家庭内表型变异的了解至关重要，因为早期诊断可以使患者更及时地获得必要的支持服务和医疗保健，从而改善健康结果。因此，我们旨在强调由 BBS1 变异引起的 BBS 家庭内表型变异，就像在两个兄弟姐妹身上看到的那样。
全基因组DNA甲基化分析揭示了具有不同类型的尾巴
在哺乳动物中，DNA甲基化是指在DNA-甲基转移酶（DNMT）的作用下用S-腺苷甲基氨酸（SAM）供应甲基，将其甲基转移到甲基环胞嘧啶环的第5个碳原子中，形成甲基化的甲基化脱氧糖苷（5MC）（5MC）（5MC）（5MC）。5MC通常出现在CpG的胞嘧啶上，CpG位点可以占哺乳动物基因组的5–10％。CpG的甲基化状态与基因表达密切相关，DNA甲基化可以抑制辅助基因的活性，而脱甲基化可以诱导基因重新表达。表型差异并不能完全解释遗传差异，研究表明，DNA甲基化可以解释表型差异，例如双胞胎，克隆动物的表型差异（6-8）。DNA甲基化主要通过调节与脂肪细胞分化，转录辅助因子和与脂肪代谢相关的转录因子的表达来调节脂肪组织的生长和发育（9）。张张已经表明，基因启动子区域的甲基化可能抑制与脂肪代谢相关的基因的表达，从而影响脂质液滴结构和脂肪沉积（10）。