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dix-seq：快速扩增子数据分析的集成管道
8 DeepBiome。Co. Ltd.，上海200031，中国 *通信：yongjunwei@zzu.edu.cn（y.w. ）; liming@henau.edu.cn（M.L。 ）; zhanglei@logictek.cn（L.Z.） 收到：2024年10月18日；接受：2025年2月21日；在线发布：2025年2月22日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100120©2025作者。 这是CC下的开放访问文章（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）。 引用：Dong P.，Chen Y.，Wei Y.等。 （2025）。 dix-seq：用于快速扩增子数据分析的集成管道。 创新生活3：100120。 在过去十年中，测序技术的快速进步推动了Amplicon Metagenome的广泛采用。 但是，当前的Amplicon数据分析软件/管道通常需要手动干预跨越多个步骤，因此需要清楚了解参数，并阻碍缺乏经验的用户自动化其工作流程。 在这里，我们介绍了Dix-Seq，这是一种完全容器化的工具，用于快速，自动化和可扩展的扩增子数据分析。 使用一个单个命令，DIX-Seq可以将原始扩增子序列处理为各种统计和可视化结果，生成基于HTML的报告和恢复的日志文件。 dix-seq利用单个参数表可以大大简化其命令行接口，从而使其不受欢迎的用户更容易实现，同时改善了研究可重复性。 DIX-SEQ的模块化设计使得将新方法和数据库的快速采用到其软件框架中。Co. Ltd.，上海200031，中国 *通信：yongjunwei@zzu.edu.cn（y.w.）; liming@henau.edu.cn（M.L。）; zhanglei@logictek.cn（L.Z.）收到：2024年10月18日；接受：2025年2月21日；在线发布：2025年2月22日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100120©2025作者。这是CC下的开放访问文章（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）。引用：Dong P.，Chen Y.，Wei Y.等。（2025）。dix-seq：用于快速扩增子数据分析的集成管道。创新生活3：100120。在过去十年中，测序技术的快速进步推动了Amplicon Metagenome的广泛采用。但是，当前的Amplicon数据分析软件/管道通常需要手动干预跨越多个步骤，因此需要清楚了解参数，并阻碍缺乏经验的用户自动化其工作流程。在这里，我们介绍了Dix-Seq，这是一种完全容器化的工具，用于快速，自动化和可扩展的扩增子数据分析。使用一个单个命令，DIX-Seq可以将原始扩增子序列处理为各种统计和可视化结果，生成基于HTML的报告和恢复的日志文件。dix-seq利用单个参数表可以大大简化其命令行接口，从而使其不受欢迎的用户更容易实现，同时改善了研究可重复性。DIX-SEQ的模块化设计使得将新方法和数据库的快速采用到其软件框架中。当前，已将21个以上的算法，软件和第三方程序集成到DIX-Seq中的八个模块中，而越来越多。这种方法还允许经验丰富的用户微调工作流程，从而促进定制分析。在实际案例研究的数据集上执行的基准测试了DIX-Seq的能力，该功能在生成统计信息和提取生物学上有意义的模式的完整数字中生成了发布的数字。此外，它在检测模拟测序深度下降的方差方面仍然非常有效，结果在所有和某些方面（例如植物网络多样性和Pearson的相关性），结果保持稳健至11000和1000的深度。总而言之，Dix-Seq是用于扩增数据分析的方便但高度可自定义的工具，使其成为入门级和经验丰富的用户的理想选择。
立法将阻止伊利诺伊州的二氧化碳管道，长达两年
对政府和纳税人的保护措施包括碳存储所有者在储存完成后至少30年监视其网站的要求。该立法还为碳管道和存储设施，存储运营商的财务和保险要求以及州资金设定了费用，以支付监控和检查
满足管理层：早期管道演示
本演示文稿可能包含前瞻性语句。前瞻性陈述给出了集团当前的期望或对未来事件的预测。投资者可以通过与历史或当前事实无关的事实来识别这些陈述。他们使用诸如“预期”，“估计”，“期望”，“打算”，“愿意”，“ project”，“ plan”，“ plan”，“相信”，“目标”以及与未来经营或财务绩效的任何讨论有关的类似含义的词。尤其包括与未来行动，潜在产品或产品批准有关的陈述，当前和预期产品的未来绩效或结果，销售工作，费用，诸如法律诉讼，股息付款和财务业绩等意外事件的结果。
肥胖治疗中的范式转移：当前管道剂的广泛审查
1。引言肥胖是一种复杂的疾病，是中枢体重控制失调引起的公共卫生挑战[1,2]。复杂的调节机制控制体重，偏爱捍卫脂肪质量。但是，这种机制在现代时代提出了挑战，因为它可以保护异常升高的体重，从而阻碍了可持续的脂肪减少努力。净负能量平衡激活大脑中的反馈回路，从而恢复体重。解决肥胖症的当前治疗策略主要是通过调节饮食行为来减少能量调节的生理倾向[1]。对胃肠道途径的最新发现影响了饱腹感以及外周代谢和中枢神经系统元素之间的相互作用导致肥胖治疗的转化范式转移[1,2]。先前的体重管理策略增加了基础能量消耗，例如管理多余的甲状腺激素或二硝基苯酚，已受到阻碍
balrog-mon：用于基因组牛津纳米孔
宏基因组测序是一种最近可行的方法，可以同时表征样品中的ARG，微生物组和病原体的数据，与分离和培养细菌相比，它是一种更有效，更全面的方法。对宏基因组数据的典型分析涉及一种基于组装的方法或基于读取的方法，每种方法都有其自身的好处和限制。宏基因组装配允许对ARGS进行上游或下游研究，并提供对其起源的准确识别。但是，这种方法可能导致信息丢失，因为低覆盖的基因组通常不会组装。相比之下，基于读取的方法可实现所有可用数据的映射，但缺乏探索周围基因组环境或提供准确分类分类的能力。为了应对这些挑战，我们开发了Balrog-mon，这是一种多功能且可重现的NextFlow管道，用于测量病原体和元基因组长阅读测序的ARG，提供“组装”和“无装配”工作流程选项。
管道中的全球变暖
1气候科学，意识和解决方案，哥伦比亚大学地球研究所，纽约，纽约，美国2罗马俱乐部荷兰俱乐部，‘S-Hertogenbosch，荷兰，荷兰3 NASA戈达德太空研究所，纽约，纽约，纽约，纽约州，纽约州，纽约州，美国，美国4号哥伦比亚大学地球研究所，纽约州哥伦比亚大学，纽约州，纽约州。 6 Mercator Ocean International, Ramonville St., -Agne, France 7 NASA Langley Research Center, Hampton, VA, USA 8 Department of Geosciences, University of AZ, Tucson, AZ, USA 9 Department of Geography and Atmospheric Science, University of KS, Lawrence, KS, USA 10 CSAS KOREA, Goyang, Gyeonggi-do, South Korea 11 Business Integra, Inc, New York, NY, USA 12中国北京，中国科学院大气物理学研究所13大气与海洋科学系，北京大学，北京大学物理学院
比较转录组学揭示了蚊子的抗性和敏感的表型之间的不同曲线
在几种物种中，抗性和易感个体之间的表型差异与基因表达的组成型变化有关。例如，在对神经毒性杀虫剂有抵抗力的个体中观察到了排毒基因家族的构型过表达。这表明了代谢解毒在抗性中的作用，在某些情况下，允许允许使用哪些基因参与耐药的遗传方法。细胞色素P450单糖酶和三磷酸腺苷（ATP）结合盒（ABC）转运蛋白的情况就是这种情况。5,24 - 29除解毒基因之外，已经记录了编码角质层合成基因的过表达，并导致耐药性和易感性的独立物（即穿透性抗性）之间的表皮变化。30该证据突出了通常基于抗性表型的复杂性，并表明需要研究基因表达以充分理解昆虫抗性。与其他杀虫剂相反，抗药性个体中的表达情况已被广泛阐明，蚊子对CSIS的抗性表型的整个基因表达模式仍然被忽略了。在这里，我们的目标是通过分析蚊子CX的易感和耐DFB个体的构成基因表达来弥补这一差距。pipiens。
管道能量损失评估
管道技术基于流体流动的普遍原理。当真实（粘性）流体流过管道时，其部分能量用于维持流动。由于内部摩擦和湍流，该能量被转换成热能。这种转换导致能量损失以流体高度来表示，称为水头损失，通常分为两类。第一种类型主要是由于摩擦，称为线性或主要水头损失。它存在于整个管道长度中。第二类称为次要或单一水头损失，是由于管网中存在的次要附属物和附件造成的。流体流动遇到的附属物是边界的突然或逐渐变化，导致流速的大小、方向或分布发生变化。这种主要和次要水头损失的分类是相对的。对于具有许多次要附属物的短管，总次要水头损失可能大于摩擦水头损失。在石油和水分配网络中，管道长度相当长，因此可以使用主要水头损失和次要水头损失这两个术语而不会产生混淆。为了对各种类型的水头损失进行一般而精确的公式化，人们进行了大量研究。Weisbach [1] 是第一个提出水头损失关系的人。正如 Bhave [2] 所指出的，Darcy 为推导关系的应用做出了巨大贡献，因此他的名字与 Weisbach 的名字联系在一起。因此，该关系通常称为 Darcy-Weisbach 公式。它本质上取决于摩擦系数和相对粗糙度。摩擦系数是雷诺数所表征的流态的函数。人们提出了几种摩擦系数的显式和隐式关系。Nikuradse [3] 进行了大量实验，实验涉及使用均匀大小的沙粒实现的光滑和人工粗糙管道。Nikuradse 图也称为 Stanton 图或 Stanton-Pannel 图，是这些研究的结果。 Colebrook [4] 比较了 Nikuradse 图表中的结果，发现其曲线与实际管道的曲线不匹配。但是，通过引入等效表面粗糙度的概念，可以将 Nikuradse 的结果用于商用管道。其他几位研究人员在文献中提供了不同的图表。Johnson [5] 使用几个无量纲组给出了商用管道的图表。Rouse [6] 绘制了代表
媒体和投资者发行诺华·布尔斯特（Novartis Bolsters
巴塞尔条件，2025年2月11日 - 诺华今天宣布，已签订协议，以获取一家位于波士顿的Anthos Therapeutics，Inc。，这是一家位于波士顿的私人私人，临床阶段的临床阶段生物制药公司，Abelacimab，Abelacimab，Abelacimab，Abelacimab，这是一家晚期医学，用于预防Streoke和系统性内胚型在患者中的发展。 这项交易应遵守习惯结束条件，完全符合诺华的增长战略和治疗领域的重点，从而利用了公司在心血管领域的实力和专业知识。 由黑石生命科学和诺华于2019年推出的Anthos Therapeutics通过诺华的许可，通过临床开发推进了Abelacimab。 abelacimab是一种新型，高度选择性的，完全人类的单克隆抗体，旨在通过因子XI抑制因子诱导有效的止血抗凝。 第2阶段的数据显示，服用阿贝拉西单抗的患者的出血事件显着降低，而心房颤动患者（杜鹃花1,2）的患者与护理标准的直接抗凝剂标准相比。 3阶段3临床试验正在进行中，患有动脉和静脉血凝块的患者，其中一名是心房颤动（淡紫色-TIMI 76 3）的患者，两项患者在癌症相关的血栓形成（Aster 4）和（木兰5）中。 “我们很高兴联手推进阿贝拉西单抗的发展，阿贝拉基莫比（Abelacimab）是一种潜在的第一类治疗方法，可以预防心房颤动以及癌症与癌症的血栓形成。” 2022年9月也获得了快速的巴塞尔条件，2025年2月11日 - 诺华今天宣布，已签订协议，以获取一家位于波士顿的Anthos Therapeutics，Inc。，这是一家位于波士顿的私人私人，临床阶段的临床阶段生物制药公司，Abelacimab，Abelacimab，Abelacimab，Abelacimab，这是一家晚期医学，用于预防Streoke和系统性内胚型在患者中的发展。这项交易应遵守习惯结束条件，完全符合诺华的增长战略和治疗领域的重点，从而利用了公司在心血管领域的实力和专业知识。由黑石生命科学和诺华于2019年推出的Anthos Therapeutics通过诺华的许可，通过临床开发推进了Abelacimab。abelacimab是一种新型，高度选择性的，完全人类的单克隆抗体，旨在通过因子XI抑制因子诱导有效的止血抗凝。第2阶段的数据显示，服用阿贝拉西单抗的患者的出血事件显着降低，而心房颤动患者（杜鹃花1,2）的患者与护理标准的直接抗凝剂标准相比。3阶段3临床试验正在进行中，患有动脉和静脉血凝块的患者，其中一名是心房颤动（淡紫色-TIMI 76 3）的患者，两项患者在癌症相关的血栓形成（Aster 4）和（木兰5）中。“我们很高兴联手推进阿贝拉西单抗的发展，阿贝拉基莫比（Abelacimab）是一种潜在的第一类治疗方法，可以预防心房颤动以及癌症与癌症的血栓形成。”2022年9月也获得了快速的“欢迎Anthos Therapeutics增强了我们在心血管空间中的重点，并补充了我们改变生活治疗，全面的临床计划和战略合作的组合，从而帮助全球成千上万的心脏病患者。” 2022年7月，阿贝拉西姆（Abelacimab）从FDA获得了快速轨道名称，用于治疗与癌症相关的血栓形成。
分析流程中的数值不确定性导致大脑网络产生重大变化
脑成像数据的分析需要复杂的处理流程来支持有关脑功能或病理的发现。最近的研究表明，分析决策的变化、少量噪音或计算环境可能会导致结果的巨大差异，从而危及结论的可信度。我们通过使用蒙特卡罗算法引入随机噪声来检测结果的不稳定性。我们评估了连接组的可靠性、其特征的稳健性以及对分析的最终影响。结果的稳定性范围从完全稳定（即所有数据位都有效）到高度不稳定（即 0-1 个有效数字）。本文强调了利用大脑连接估计中诱导的方差来减少网络偏差的潜力，同时不影响可靠性，同时提高其在个体差异分类中的应用的稳健性和潜在上限。我们证明，稳定性评估对于理解脑成像实验固有的误差是必要的，以及如何将数值分析应用于脑成像和其他计算科学领域的典型分析工作流程，因为所使用的技术与数据和上下文无关，并且具有全局相关性。总体而言，虽然由于分析不稳定性导致的结果极端多变可能会严重妨碍我们对大脑组织的理解，但它也为我们提供了提高研究结果稳健性的机会。