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放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者
预印本 DOI：发布于 2022 年 6 月 30 日 https://...
基于全基因组测序的链霉菌属的表征。 6（4）：关注天然产品1 2 MarcelaProençaBorba1（0000-0003-4909-969X），JoãoPaulowitusk 1，DéboraMarchesan Cunha 1，Daiana deiana de Lima- 3 Mora-3 Morales 2,3 591-6514）4 5 1-农业和环境微生物学的研究生课程，基本健康科学研究所，6联邦大学里奥格兰德大学，巴西Porto Alegre，巴西Porto Alegre 7 2-生物信息知识从Porto Alegre开始阿雷格里、南里奥格兰德州、阿雷格里港、巴西 10 11 通讯作者：Marcela Proença Borba（ceh.proenca@gmail.com） 12 13 关键词 14 次生代谢产物、基因组挖掘、放线菌、生物合成基因簇、植物病原真菌。 15 16 数据摘要 17 该全基因组霰弹枪项目已存入 DDBJ/ENA/GenBank，登录号为 18 VIFW00000000。由于核苷酸序列数量巨大，在整个手稿和在线资源的补充数据中发现了数据库登录号。 20 21 摘要 22 我们对链霉菌属的整个基因组进行了测序。 6（4）是从番茄根部分离得到的，对植物病原真菌具有抗真菌活性，主要针对番茄根结线虫（Bipolaris sorokiniana）。该基因组有近 7 Mb 和 24 3,368 种假设蛋白质，这些蛋白质在 Uniprot 中进行了分析和表征，重点是 25 种生物化合物。为了表征和鉴定该分离株，进行了 MLST 分析，最终得到一种新的 ST，26 归类为 ST64。构建了表型和系统发育树来研究链霉菌属。 6(4)进化27和序列相似性，该分离株是与Streptomyces prasinus和Streptomyces viridosporus更接近的菌株。已知链霉菌属具有强大的代谢能力，并且存在隐秘基因。这 29 个基因通常以簇的形式存在，负责生产多种天然产物，其中主要是抗生素。此外，6（4）显示通过反SMASH扩增出11个生物合成基因簇，其中包括3个簇31PKS和NRPS类型。 32 33 34 简介 35
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17英语（强制性英语，> = 60％得分）ENG 71.00 ----- 18财务数学FMAT 51.09 51.09 58.27 57.45 19 Genetics Gen 67.82---------------20 Geo 47.09 64.64 64.64 64.64 64.64 61.36 21 Globsograph（Art Cropsige Groups） Group with Computer Science) GGR 51.00 91.73 56.27 23 GEOGRAPHY (Pre-Engineering Group) GGR 45 00 59 45 46 09 23 GEOGRAPHY (Pre-Engineering Group) GGR 45.00 59.45 46.09 24 GEOGRAPHY (Pre-Medical Group) GGR 47.45 67.82 78.91 25 HISTORY GHS 45.00 45.00 45.00 26 HEALTH, PHY.edu。＆体育科学（艺术 /商业小组）HPE 60.55 ------- 27 Health，Phy。edu。＆体育科学（预设计组）HPE 49.64 ------- 28 Health，PHY。edu。＆体育科学（医学前小组）HPE 50.36 ------------- 29伊斯兰历史IHS 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 30伊斯兰学习ISL 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 31太空科学和技术ISP 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 32法律学院（HEC LAT SCORE> HEC LAT> = 50 MARKS）BA，LL.B。wth 1st div。）PSY 82.36 ---------- 49心理学（与心理学中间）PSY 55.55------- 50 Qura'n和Sunnah Qes 45.00 45.00 45.00 45.00 45.00 51社会学（中间科学 /商业小组）SCL 55.00 55.00 55.00 55.00 55.00 55555555555.00 55.00 55.00 52with SCL, ECO, CIV, PSY, EDU, SWK or STA ) SCL 60.00 60.64 60.64 53 SOCIOLOGY (Intermediate (with SCL, ECO, CIV, PSY, EDU, SWK or STA ) SCL 45.00 45.00 45.00 54 SINDHI SND 60.45 72.64 - - - 55 STATISTICS (Intermediate Science / Arts Group with Mathematics) STA 45.00 45.00 45.00 56统计（数学DAE）STA 45.00 45.00 45.00 45.00 57社会工作（中级艺术集团）SWK 47.45 60.27 51.27 51.27 58社会工作(H) LAW 65.55 - - - - - - 33 LIBRARY & INFORMATION SCIENCE LSC 45.18 60.00 48.36 34 MATHEMATICS MAT 50 09 70 00 53 55 34 MATHEMATICS MAT 50.09 70.00 53.55 35 MICROBIOLOGY MBI 73.18 - - - - - - 36 MARINE SCIENCE MRS 45.27 79.36 - - - 37 PERSIAN PER 45.00 45.00 45.00 38 PHILOSOPHY PHI 45.00 45.00 45.00 39 PHYSICS PHY 50.00 50.00 50.00 40 PHYSICS (DAE) PHY 50.00 50.00 50.00 41 PHYSIOLOGY PHZ 61.27 - - - - - - 42 PAKISTAN STUDIES PKS 46.00 - - - - - - 43 PUBLIC HEALTH PLH 50.00 - - - - - - 44 POULTRY SCIENCE PLT 50.00 50.00 50.00 45政治学（中级科学 /商业小组）POL 52.73 ----------------------------------------------------------------------------------------------------00 45.00 45.00 45.00 45.0047心理学（DAE）PSY 70.97--------------------------------------- 48心理学（Insermediae Arts，Science，Com。Science) SWK 46.82 - - - 56.18 59 SOCIAL WORK (Intermediate Pre-Engineering Group) SWK 46.45 58.00 - - - 60 SOCIAL WORK (Intermediate Pre-Medical Group) SWK 48.64 56.91 51.45 61 URDU URD 45.00 45.00 45.00 62 USOOL-UD-DIN USD 45.00 45.00 45.00 63 WOMEN'S STUDIES WST 45.00 45.00 45.00 64 ZOOLOGY ZOO 49.27 - - - - - - Note: University reserves the right to correct any inadvertent error that may be detected in the list.