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甲烷营养型 Methanoperedens 古菌中广泛存在的一大类质粒
厌氧甲烷营养 (ANME) 古菌从甲烷分解中获取能量，但人们对它们的染色体外遗传元素了解甚少。本文我们描述了与 Methanoperedens 属的 ANME 古菌相关的大质粒，这些质粒在富集培养物和其他天然缺氧环境中存在。通过人工筛选，我们发现其中两个质粒很大（155,605 bp 和 191,912 bp），呈环状，并且可以双向复制。质粒的拷贝数与主染色体相同，并且质粒基因被积极转录。其中一个质粒编码三种 tRNA，即核糖体蛋白 uL16 和延伸因子 eEF2；这些基因似乎在宿主 Methanoperedens 基因组中缺失，表明质粒和宿主之间存在强制性的相互依赖性。我们的工作为开发遗传载体开辟了道路，以阐明 Methanoperedens 的生理学和生物化学，并可能对其进行基因编辑以增强生长并加速甲烷氧化速率。
通过AMP编码质粒引起的免疫力无法增加对欧洲海鲈鱼侵害诺达病毒的保护
抗菌肽（AMP）是先天免疫系统的有效臂，可以直接杀死病原体并诱导免疫调节。在海洋水产养殖中，欧洲鲈鱼（Dicentrarchus labrax L.）是最繁荣的物种之一，但对诺达病毒（NNV）非常容易受到影响，该物种在幼虫和少年阶段产生高死亡率。因此，我们旨在评估AMP是否在鲈鱼中发挥免疫调节性和/或NNV预防作用。To do this, plasmids encoding the sea bass AMPs dicentracin (pDIC), beta- defensin (pDB1), hepcidin (pHAMP2) or NK-lysin (pNKL) were generated and intramuscularly injected into sea bass juveniles to evaluate their immunomodulatory and anti-NNV roles.海低音肌肉转录AMP，并产生循环水平的增加，并增加抗菌活性。免疫相关的基因分析表明，在注射部位，炎症反应的激活和嗜中性粒细胞的募集。然而，AMP编码的质粒，即Phamp2，通过增加鱼类死亡率对NNV疾病的负面影响。总而言之，编码AMP的质粒显示出对欧洲鲈鱼的免疫刺激作用，但不能提高对NNV的抗性。
使用移动、广泛的宿主去除 AMR 质粒
抗菌素耐药性 (AMR) 基因广泛传播于质粒上。因此，旨在阻断质粒吸收和转移的干预措施可能会抑制 AMR 的传播。先前的研究已使用基于 CRISPR-Cas 的技术从目标细菌中去除编码 AMR 基因的质粒，使用通常宿主范围较窄的噬菌体或质粒递送载体。为了使该技术可用于从复杂微生物群落的多个成员中去除 AMR 质粒，需要一种高效、宿主范围广的递送载体。我们设计了宿主范围广的 IncP1 质粒 pKJK5 来编码被编程为靶向 AMR 基因的 cas9。我们证明所得质粒 pKJK5::csg 能够阻断 AMR 质粒的吸收并去除大肠杆菌中的常驻质粒。此外，由于其广泛的宿主范围，pKJK5::csg 成功阻断了一系列环境、猪和人类相关大肠杆菌分离株以及两种假单胞菌分离株中的 AMR 质粒摄取。这项研究坚定地确立了 pKJK5::csg 是一种有前途的广泛宿主范围 CRISPR-Cas9 递送工具，用于去除 AMR 质粒，它有可能应用于复杂的微生物群落，以从广泛的细菌物种中去除 AMR 基因。
污染与腺相关病毒基因治疗后肝组织中存在的制造质粒和破坏的载体基因组
a）pa的肝活检显示出明显的外围和小叶infmmaɵon以及界面infmmaɵon（*）;存在许多带有气囊的肝细胞（**）。A中的盒子在B中被放大。b）气囊肝细胞的高亮片highlighɵngngngngngngngngngngngngngng。c）rna原位杂化剂检测到smn1基因在球囊核细胞核中显示出强烈的红色信号，该肝细胞被严重的免疫细胞隔开（*）。盒在D中被放大。d）气囊肝细胞的高亮纤维显示了核中的posiɵve信号，并在肝细胞和免疫细胞（*）的肝细胞胞质中具有轻度至中度的，标点的信号。免疫组织化学div>肝脏中的炎症表现为div>通过免疫组织化学CD4（E），CD8（F）和CD20（G）显示。bar，A和C，400微米，B，60微米，D，100微米，E-G，300微米。
补充数据 1. 本研究中使用的质粒的 DNA 序列。
>pET15b 中带有 His 标签的 BipA TAATACGACTCACTATAGGGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCCCCTCTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAA GAAGGAGATATACC ATGGGCAGCAGCCATCATCATCATCACAGCAGCGGCCTGGTGCCGCGCGGCAGCCA T ATGATCGAAAAATTGCGTAATATCGCCATCATCGCGCACGTAGACCATGGTAAAACCACCCTGGTAGACAAG CTGCTCCAACAATCCGGTACGTTCGACTCTCGTGCCGAAACCCAAGAGCGCGTGATGGACTCCAACGATTTGG AGAAAGAGCGTGGGATTACCATCCTCGCGAAAAACACCGCTATCAAATGGAATGATTACCGTATCAACATCGT TGATACCCCGGGGCACGCCGACTTCGGTGGTGAAGTTGAACGTGTAATGTCCATGGTAGACTCAGTGCTGCTG GTGGTTGACGCATTTGACGGCCCGATGCCGCAAACGCGCTTCGTAACCAAAAAAGCGTTTGCTTACGGCCTGA AGCCGATTGTTGTTATCAACAAAGTTGACCGCCCTGGCGCGCGTCCTGATTGGGTTGTGGATCAGGTATTCGA TCTGTTCGTTAACCTCGACGCGACCGACGAGCAGCTGGACTTCCCGATCGTTTACGCTTCTGCGCTGAACGGT ATCGCGGGTCTGGACCACGAAGATATGGCGGAAGACATGACCCCGCTGTACCAGGCGATTGTTGACCACGTTC CTGCGCCGGACGTTGACCTTGACGGTCCGTTCCAGATGCAGATTTCTCAGCTCGATTACAACAGCTATGTTGG CGTTATCGGCATTGGCCGCATCAAGCGCGGTAAAGTGAAGCCGAACCAGCAGGTCACTATCATCGATAGCGAA GGCAAAACCCGCAACGCGAAAGTCGGTAAAGTGCTGGGCCACCTCGGTCTGGAACGTATCGAAACCGATCTGG CGGAAGCTGGCGATATCGTTGCGATCACGGGCCTTGGCGAACTGAACATTTCTGACACCGTTTGCGACACGCA AAACGTTGAAGCGCTGCCGGCACTCTCCGTTGATGAGCCGACCGTTTCTATGTTCTTCTGCGTTAACACCTCG CCGTTCTGCGGTAAAGAAGGTAAGTTCGTAACGTCTCGTCAGATCCTGGATCGTCTGAACAAAGAACTGGTAC ACAACGTTGCGCTGCGCGTAGAAGAAACCGAAGACGCCGATGCGTTCCGCGTTTCTGGTCGTGGCGAACTGCA CCTGTCTGTTCTGATCGAAAACATGCGTCGTGAAGGTTTCGAACTGGCGGTATCCCGTCCGAAAGTTATCTTC CGTGAAATCGACGGTCGTAAACAAGAGCCGTATGAAAACGTGACTCTGGACGTTGAAGAACAGCATCAGGGTT CTGTAATGCAGGCGCTGGGCGAACGTAAAGGCGACCTGAAAAACATGAATCCAGACGGTAAAGGCCGCGTACG TCTCGACTACGTGATCCCAAGCCGTGGTCTGATTGGCTTCCGTTCTGAGTTCATGACCATGACTTCCGGTACT GGTCTGCTGTACTCCACCTTCAGCCACTACGACGACGTACGTCCGGGTGAAGTGGTCAGCGTCAGAACGGCG TACTGATCTCTAACGGTCAGGGTAAAGCGGTCGCGTTCGCGCTGTTCGGTCTGCAGGATCGCGGTAAGCTGTT CCTCGGTCACGGTGCAGAAGTTTACGAAGGTCAGATTATCGGTATTCATAGCCGCTCTAACGACCTGACTGTA修改
Plasmid2MC：高效无细胞重组质粒成高纯度微环 DNA 用于基因组编辑应用
DNA 质粒通常用于在基因组编辑中传递蛋白质和 RNA。然而，与缺乏此类细菌序列的微环 DNA (mcDNA) 相比，它们的细菌成分可能导致失活、细胞毒性和效率降低。现有的将质粒重组到专有细菌菌株内的 mcDNA 中的商业试剂盒劳动密集型，产生的结果不一致，并且通常产生低质量的 mcDNA。为了解决这个问题，我们开发了 Plasmid2MC，这是一种使用 Φ C31 重组的无细胞方法，可有效从常规制备的质粒中切除细菌骨架，而 mcDNA 纯化步骤可消化所有 DNA 杂质并降低内毒素水平。我们展示了 mcDNA 表达 CRISPR-dCas9 在 HEK293T 细胞和小鼠胚胎干细胞中的碱基编辑以及同源性独立的靶向插入 (HITI) 基因组编辑中的应用。该方法易于制备、效率高且 mcDNA 纯度高，使其成为需要细菌无骨架环状 DNA 的应用的宝贵替代方案。
在常用合成生物学质粒中防止质粒多聚体形成
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2024年7月24日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.23.604805 doi：Biorxiv Preprint
全球实验室制造质粒中错误的流行率
质粒在生命科学研究和治疗学开发中是必不可少的。目前，大多数实验室定制其质粒。到目前为止，尚无有关实验室制造质粒质量的系统数据。在这里，我们报告了全球数百个学术和工业实验室的质粒的广泛调查。我们表明其中几乎一半包含设计和/或序列错误。用于制造AAV载体的转移质粒，该质粒广泛用于基因治疗中，由于其固有的不稳定性，ITR区域中约有40％的突变，这受到GC含量侧翼的影响。，由于其毒性，我们还列出了难以克隆质粒或包装中的基因。我们的发现引起了人们对实验室制造的质粒的可信度的严重关注，这与以前报道的未被低估的支原体污染和错误识别的哺乳动物细胞系相同，并突出了社区广泛的标准，以维护这项在研究和医学中这种普遍于这种普遍剂量的质量。
基于AMA1的下一代质粒，用于增强丝状真菌的异源表达
图1使用下一代AMA1质粒增强了麦克利荧光蛋白的表达。A。分析了MCHERRY表达的AMA1质粒的示意图，其选择标记物具有不同的变体。b荧光曲霉曲霉菌落的荧光照片显示，用Ubi-M-Pyrg和Ubi-Y-Y-Pyrg质粒转化的菌落中荧光增加。来自转化菌落的孢子中麦克利荧光的流式细胞仪分析表明，使用UBI-Y-Y-PYRG质粒实现了最均匀和最高的麦克利信号。在图S1a中，来自不同转化菌落的重复之间的平均荧光和重复的直方图。在液体培养中生长的菌丝体的共聚焦显微镜图像显示，在含有UBI-M-PYRG和UBI-Y-PYRG质粒的菌丝体中的表达增加。ImageJ火灾校准栏代表不同级别的MCHERRY信号。在图中重复S2。e。对等差质粒浓度下不同质粒的转化效率的评估显示，质质质质量降低的质粒的转化效率降低了，将pyRG融合到降解标签。字母表示由ANOVA确定的，并在Tukey后的测试中确定了显着不同的组。F.在选定和非选择条件下固体培养基上菌落生长速率的比较表明，在选择性条件下，携带UBI-M-PYRG和UBI-Y-Y-PYRG质粒的菌株的生长较慢。星号代表pADJ <0.05 <0.05，韦尔奇的t检验表示选择性和非选择性培养基之间的直径差异，用于携带每种质粒的菌株。
Janelia Atalanta质粒为果蝇提供了一个简单有效的CRISPR/CAS9介导的同源性修复平台
。cc-by 4.0未经同行评审获得的未获得的国际许可证是作者/筹款人，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年5月11日。; https：//doi.org/10.1101/2023.06.17.545412 doi：biorxiv preprint