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此预印本的版权持有人(此版本发布于2024年4月1日。; https://doi.org/10.1101/2024.04.04.044.01.587509 doi:biorxiv Preprint
冠状病毒含有RNA病毒中最大的基因组之一,编码与蛋白水解加工,基因组复制和转录有关的14-16个非结构性蛋白质(NSP),以及四种构建成熟Virion的核心的结构蛋白。由于跨冠状病毒的保护,NSP形成了一组有前途的药物靶标,因为它们的抑制作用直接影响病毒复制,因此会影响感染的进展。显示出一种由一种RNA依赖性RNA聚合酶(NSP12),一个NSP7,两个NSP8辅助亚基和两个解旋酶(NSP13)酶形成的最小但功能齐全的复制和转录复合物。我们的方法涉及NSP12和NSP13,以使多个起点干扰病毒感染的进展。在这里,我们报告了一种合并的体外重新利用筛选方法,确定了新的和确认报告的SARS-COV-2 NSP12和NSP13抑制剂。
在彗星测定中的摘要中,如果细胞被X X倍化为Genoto XIC剂,则在单细胞凝胶电泳后形成尾巴。these尾巴包括DNA单链断裂(SSB)和双链断裂(DSB)的混合物。ho w e v er,这些两种类型的链断裂无法使用具有Con V en ventionDNA染色的彗星测定方案来区分。由于DSB对单元格是有问题的,因此如果可以在同一彗星中差异化SSB和DSB,则将很有用。为了能够区分SSB和DSB,我们为聚合酶辅助的DNA损伤分析(PADDA)设计了一种协议,可与Flash Comet协议或固定单元格结合使用。通过使用DNA聚合酶I将SSB和末端脱氧核苷酸转移酶标记为具有荧光团标记的核苷酸的DSB。在此,TK6细胞或HACAT细胞暴露于过氧化氢(H 2 O 2),电离辐射(X射线)或DNA切割酶,然后遵循彗星方案,以实施彗星方案。p adda提供了更广泛的检测范围,未发现的DNA链断裂的未发现的未发现。
使用适当的诊断工具对于土壤传播的蠕虫控制和消除工作至关重要。Kato-Katz(KK)是最常用的诊断,但最近其他工具,例如实时定量聚合酶链反应(多重QPCR),开始使用更多。在这里,我们评估了泰国五个蠕虫物种的这两种诊断工具的性能。在没有黄金标准的情况下,可以使用潜在类别分析评估诊断性能。我们的结果表明,在高于2%多重QPCR的中等至高流行率的情况下,这比KK更敏感,对于东北省的Opisthorchis viverrini来说,这尤其明显。然而,对于低患病率,两种诊断症都遭受低灵敏度。两种诊断的特异性估计在所有设置中均为高(高于70%)。对于某些特定的蠕虫感染,例如O. viverrini,
1塔苏乌巴大学生活与环境科学研究生院,日本8日9 2日本杜斯库巴大学生命与环境科学教师 Korea 14 5 Division of Invertebrate Zoology, American Museum of Natural History, New 15 York, USA 16 6 Research Center for Advanced Analysis, National Agriculture and Food 17 Research Organization, Tsukuba, Japan 18 7 RIKEN iTHEMS, Wako, Saitama, Japan 19 8 Graduate School of Agriculture, Kyoto University, Kyoto, Japan 20 9 Department of Biology and Ecology, Faculty of Science, University of Ostrava, 21捷克共和国奥斯特拉瓦22 10计算科学中心,日本杜斯库巴大学23 24 *信函的作者:marek.elias@osu.cz(M.E.),25
图1。点击编辑的概述和开发。a,单击编辑器的示意图(CE),它是由RNA程序编程的DNA nickase,DNA依赖性DNA聚合酶和ssDNA绑扎域组成的融合蛋白(例如,嗯,核酸内切酶; Huhe)与导向RNA(GRNA)配对。Click-DNA(clkDNA)模板是一种单链DNA寡核苷酸,它编码底漆结合位点(PBS),聚合酶模板(PT)和Huhe识别位点B,从709序列产生的系统生成树47序列47,描绘了Huains多样性的小型元素,该序列是47个序列。量表表示序列之间的分数相关性。c,与ssDNA分子共价磷酸酪氨酸加合物形成共价磷酸酪氨酸加合物的示意图,其中huhe结合了识别顺序以引发单点样共轭反应。d,逐步点击编辑机制,涉及:(1)DNA目标位点释放非目标链(NTS)3'基因组瓣,(2)NTS laps plap杂交与clkDNA PBS,(3)NTS-NTS-NTS-NTS-PBS连接与DNA依赖性DNA Polimentsion(4)nts-pbs intthers(3) clkDNA的编码PT,(5)新合成的3'和天然基因组5'襟翼之间的平衡,以及(6)5'-flap裂解,导致编辑结合。e,在HEK 293T细胞中的点击编辑转染的示意图,涉及CE质粒的共转染(Porcine Circovirus 2(PCV2)Huhe Huhe与NSPCAS9(H840A)融合,并从e.coli dna Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA))中, clkDNA和一个(或两个)GRNA质粒(S)。ngrna)针对非编辑链的目标编辑效率。f,g,使用DNMT1 GRNA和带有PBS13-PT12的clkDNA插入或读取突变(Indels)的 f,g, f,g, f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即
polintons/mavericks(以下称为polintons)被发现为双链DNA(dsDNA)转座子,它们编码B家族(PPOLB)(PPOLB)的自发性,蛋白质培养的DNA 2聚合酶(PPOLB)和逆转录病毒 - 元素(Int-Element-entempose(Int)(int-like Light)(polints)(polintons)(polintons)(polintons)(polintons)(horce)(horce)3个名称。到目前为止,主要在硅硅中鉴定和表征,Polinton是跨单细胞和多细胞真核生物广泛发现的4个较大的已知DNA转座子之一,范围从13-25千个酶对(KBP),具有100-1500碱基对(BP)碱基对(BP)终端倒流6(TIR)和5-8 bp tarts 1(tir)和5-8 bp dup dup dup dup dup dup dup duplic(tir)。除了PPOLB和INT外,Polintons 7通常还编码编码与病毒型形态发生的DsDNA病毒蛋白8的核心基因组合,例如腺病毒样成熟蛋白酶(Pro),基因组9包装ATPase,以及MAGID CAPSID蛋白,以及MCSID蛋白(MCPS和MCPS和MCPS)5-11。10 polinton通常占据其宿主基因组的一部分;然而,有基因组11的发生率要高得多,例如挖掘的阴道滴虫,波林顿12膨胀到占基因组3,12-18的30%以上。13
急性腹部感染,例如穿孔腹膜炎和腹腔内脓肿可能是致命的。此外,抗菌(AMR)细菌的传播现在已成为全球一个严重的问题,这使得抗菌选择极为困难(Thompson,2022)。在2019年,据报道,全球感染AMR引起的死亡人数为495万。据报道,这些死亡人数为127万,是由于直接的AMR感染(Thompson,2022)。AMR发生率增加的原因之一是过度使用广谱抗菌剂。在细菌培养测试中,大约需要5天的时间才能完全识别病原细菌并提供抗菌易感性结果(Pardo等,2016)。因此,严重的病例通常需要使用广谱抗菌剂。这种临床状况强调了迫切需要研究快速鉴定病因生物,以选择适当的较窄的蛋白酶抗菌剂。
卵巢癌(OC)是最常见的妇科恶性肿瘤之一。OC的预后最差和死亡率最高。根据美国癌症协会(Siegel等,2022年)的数据,仅在2022年,仅在2022年就估计了超过19,000例新的OC和12,000例死亡。oc是女性中第七种最常见的恶性肿瘤类型,也是全球死亡率的第八个原因(Gaona-Luviano等,2020)。早期患者的预后更好,但大多数患者在晚期阶段被诊断出来。上皮OC在晚期患者中约为80%。手术伪造和基于铂的化学疗法(例如卡铂和紫杉醇)是一线治疗方案。然而,这些治疗的长期结果并不令人满意。DNA损伤修复缺陷存在于各种肿瘤细胞中。这是肿瘤起始和肿瘤疗法的机制之一。由BRCA基因编码的蛋白质与通过同源重组(HR)途径的DNA双链损伤有关。乳腺癌1/2基因(BRCA1/2)以及其他参与同源重组修复(HRR)基因突变或功能可能会导致同源重组率(HRD),从而导致细胞中的恶性转化(Chiappa等,2021)。parpi已成为OC的分子靶向治疗策略。研究表明,Parpis可以显着改善OC的自由生存(PFS)和总生存率(OS),尤其是在新诊断和通过“综合杀伤力”机制,聚(ADP-核糖)聚合酶抑制剂(PARPI)阻止HRD肿瘤细胞中DNA单链断裂的修复,积累了大量DNA双链链破裂(DSB)(DSB),导致肿瘤细胞的死亡,从而表现出肿瘤的死亡,从而表现出抗肿瘤的死亡。 Al。,2021)。