要描述的实验与组蛋白在核功能中的作用有关,特别强调了生物合成反应,这些反应通过引入乙酰基和甲基来改变组蛋白的结构。使用乙酸-C14和蛋氨酸 - 甲基-C'4在孤立的小牛胸腺核中研究了这些反应(参见参见参考文献1)作为前体,将它们的不合格与C14-赖氨酸和其他氨基酸的不合格进行比较,并测试普罗蛋白对不同组蛋白分数的合成的影响。将提供证据,以表明在细胞核中,组蛋白的乙酰化和甲基化很可能发生在多肽链完成后。尤其是乙酰化的组蛋白结构的这种修饰可能会影响组蛋白在体内抑制核糖核酸合成的能力。这种观点得到了以下发现的支持:当孤立的精氨酸组蛋白经过有限的乙酰化时,它们会因小牛胸腺核的DNA依赖性RNA聚合酶的RNA合成抑制剂而失去了许多有效性,因此它们的有效性很大。然而,这种修饰的组蛋白仍然是强烈的碱性蛋白质,它保留了与其得出的母体组蛋白相当的DNA的亲和力。这些发现介绍了组蛋白对核RNA的影响可能涉及的可能性不仅仅涉及对RNA合成的简单抑制,并且可能存在更微妙的机制,这些机制允许抑制和重新激活RNA沿染色体的RNA产生。在过去的几年中,对组蛋白作为染色体活性的调节剂的兴趣已大大提高,因为越来越多的实验证据已经积累了支持组蛋白的作用是抑制染色体
家族A DNA聚合酶(Polas)形成了参与DNA复制和修复的现有聚合酶的重要且研究的一类。否则,尽管在独立的,专门的作品中表征了多个子家族,但到目前为止,他们的综合性分类却缺少。因此,我们重新审查了所有目前可用的pola semence,将它们的成对相似性转化为欧几里得空间中的位置,将它们分为19个主要簇。中有11个对应于已知的亚家族,但以前没有八个特征。对于每个组,我们都会汇编它们的一般特征,检查其系统发育关系,并在基本序列基序中进行保护分析。大多数亚家族与生命的特定领域有关(包括噬菌体),但一个亚科出现在细菌,古细菌和真核生物中。我们还表明,两个新的小家族含有功能性酶。我们使用alphafold2来生成缺乏实验降低结构的所有群集的高牢固预测模型。我们确定了涉及结构变化,有序的插入和明显的尿嘧啶-DNA糖基酶(UDG)结构域的明显结构掺入的新的保守效果。最后,T7样噬菌体子集的网络和结构分析表明,将3'–5'EXO和POL结构域分裂为两个单独的基因,第一次在Polas中观察到。
背景:噬菌体疗法显示出治疗抗生素耐药性克雷伯菌感染的希望。识别噬菌体的噬菌体去聚合物酶,使毛发囊囊多糖获得至关重要,因为这些胶囊对生物膜形成和毒力构成了贡献。但是,基于同源的搜索在新型解聚酶发现中存在局限性。目标:开发用于识别和对针对克雷伯氏病的潜在噬菌体解放酶进行排名的机器学习模型。方法:我们开发了Deporanker,这是一种机器学习算法,以蛋白质的可能性为蛋白质。该模型在5种新表征的蛋白质上进行了实验验证,并与BLAST进行了比较。结果:驱动器在识别潜在的解聚酶时表现出较高的性能。实验验证证实了其对新蛋白质的预测能力。结论:Deporanker提供了一种准确且功能上的工具,可以加快对克雷伯氏菌的噬菌体疗法发现的去聚合酶发现。它可作为网络服务器和开源软件提供。可用性:WebServer:https://deporanker.dcs.warwick.ac.uk/源代码:https://github.com/wgrgwrgrght/deporanker
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此预印本的版权持有人(此版本发布于2024年4月1日。; https://doi.org/10.1101/2024.04.04.044.01.587509 doi:biorxiv Preprint
1塔苏乌巴大学生活与环境科学研究生院,日本8日9 2日本杜斯库巴大学生命与环境科学教师 Korea 14 5 Division of Invertebrate Zoology, American Museum of Natural History, New 15 York, USA 16 6 Research Center for Advanced Analysis, National Agriculture and Food 17 Research Organization, Tsukuba, Japan 18 7 RIKEN iTHEMS, Wako, Saitama, Japan 19 8 Graduate School of Agriculture, Kyoto University, Kyoto, Japan 20 9 Department of Biology and Ecology, Faculty of Science, University of Ostrava, 21捷克共和国奥斯特拉瓦22 10计算科学中心,日本杜斯库巴大学23 24 *信函的作者:marek.elias@osu.cz(M.E.),25
图1。点击编辑的概述和开发。a,单击编辑器的示意图(CE),它是由RNA程序编程的DNA nickase,DNA依赖性DNA聚合酶和ssDNA绑扎域组成的融合蛋白(例如,嗯,核酸内切酶; Huhe)与导向RNA(GRNA)配对。Click-DNA(clkDNA)模板是一种单链DNA寡核苷酸,它编码底漆结合位点(PBS),聚合酶模板(PT)和Huhe识别位点B,从709序列产生的系统生成树47序列47,描绘了Huains多样性的小型元素,该序列是47个序列。量表表示序列之间的分数相关性。c,与ssDNA分子共价磷酸酪氨酸加合物形成共价磷酸酪氨酸加合物的示意图,其中huhe结合了识别顺序以引发单点样共轭反应。d,逐步点击编辑机制,涉及:(1)DNA目标位点释放非目标链(NTS)3'基因组瓣,(2)NTS laps plap杂交与clkDNA PBS,(3)NTS-NTS-NTS-NTS-PBS连接与DNA依赖性DNA Polimentsion(4)nts-pbs intthers(3) clkDNA的编码PT,(5)新合成的3'和天然基因组5'襟翼之间的平衡,以及(6)5'-flap裂解,导致编辑结合。e,在HEK 293T细胞中的点击编辑转染的示意图,涉及CE质粒的共转染(Porcine Circovirus 2(PCV2)Huhe Huhe与NSPCAS9(H840A)融合,并从e.coli dna Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA))中, clkDNA和一个(或两个)GRNA质粒(S)。ngrna)针对非编辑链的目标编辑效率。f,g,使用DNMT1 GRNA和带有PBS13-PT12的clkDNA插入或读取突变(Indels)的 f,g, f,g, f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g, f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。 CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即f,g,使用PBS13-PT12编码A +3- 5 cag deletion(使用A +49 nick; Panel f)或rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 grna a +rnf2 gkdna A +3-5 clkDNA A +49-PT12替换(带有+5“ 2b”刻度;面板G)。CE1,CE(PCV2-NSPCAS9(H840A)-ECKLENOW),带有一个GRNA,以指导非目标链刻度; CE1.N2,CE1带有额外的grna来指导刻痕(即
每天在基础研究以及临床诊断中使用的多种生物技术技术取决于DNA聚合酶及其内在能力,以使DNA链复制具有惊人的高度有限性的DNA链。对现代分子生物学具有基本重要性的应用,包括聚合酶链反应和DNA测序,如果没有在过去60年中这些酶表征这些酶的进步,则是不可行的。尽管如此,DNA聚合酶仍在增长的施用范围需要鉴定具有量身定制特性的新型酶。在最近的过去,已经开发了针对不同PCR和测序应用优化的DNA聚合酶以及接受多种不自然底物的酶,以合成修饰的核酸的合成和逆转录。
Catalogue No Description PackSize GEN-TaQ5 GENTaq Taq DNA Polymerase 5U/ul, 500U GEN-RMX-50 GenKit RT-PCR Master Mix kit for cDNA synthesis 50 RXN GEN-TQMX-100 GenKit qPCR Master Mix Kit with SYBRGREEN and ROX 100RXN GEN-TMXG-100 Green Dye PCR Master Mix 100Rxn GEN-PCR-MM-100 PCR主混合套件(2x)(带有100 bp的DNA梯子),每个Gen-PCR-RMM-5-100红色染料PCR主混合(2x),5x100,每个反应每个反应,每个反应,每个gen-Hottaq-3-1000-A HotStart Taq DNA聚合酶(3 U/µL)每个Gen-HotpCr-MM-1x100 diverist Masterivions diverip Master
DNA聚合酶通过在细胞分裂期间将遗传信息从一代转移到另一代,在生物学中起着核心作用。利用这些酶在实验室中的力量促进了涉及DNA的合成,扩增和测序的生物医学应用的增加。然而,大多数天然发生的DNA聚合酶所表现出的高底物特异性通常无法在需要修改的底物的实际应用中使用。超越天然遗传聚合物需要复杂的酶工程技术,这些技术可用于指导通过量身定制的活性发挥作用的工程聚合酶的演化。这种努力有望通过具有新的物理化学特性的合成,复制和演变来使合成生物学中的新兴应用驱动合成生物学的新兴应用。