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单细胞分析和斑马鱼头像揭示了LGALS1作为胶质母细胞瘤的免疫调节靶标的
胶质母细胞瘤（GBM）仍然是最恶性的原发性脑肿瘤，中位生存期很少超过2年。肿瘤性质和免疫抑制微环境是导致当前治疗方法反应率较差的关键因素。GBM相关的巨噬细胞（GAM）经常表现出可促进肿瘤进展的免疫抑制特征。但是，他们与GBM肿瘤细胞的动态相互作用仍然很熟悉。在这里，我们使用了患者衍生的GBM干细胞培养物，并结合了GAM-GBM共培养的单细胞RNA测序，并在正局主题斑马鱼异种移植模型中对GAM-GBM相互作用的实时监测进行实时监测，以洞悉细胞，分子和空间异质性。我们的分析表明，GBM诱导的GAM极地和吸引和激活GAM的能力（与患者生存相关的特征），GBM患者的定位异质性。差异基因表达分析，原始肿瘤样品的免疫组织化学以及斑马鱼中的敲除实验随后将LGALS 1鉴定为免疫抑制的主要调节剂。总的来说，我们的工作高光可以在临床上研究GAM-GBM相互作用
用于诊断DNA损伤修复（DDR）功能丧失（LOF）（LOF）（LOF）和TRESR和ATTACC试验中的响应监测
我们感谢参加TRESR和/或ATTACC的患者的无私和愿意参加临床研究。我们感谢整个Camonsertib研究团队对TRESR RP-3500-01和ATTACC RP-3500-03的贡献。我们还要感谢我们的合作伙伴实验室，《守护者》（Guardant Health）为这项研究提供的技术帮助和数据生成。我们感谢全球主要公司Onyx在排版和准备海报方面的支持。E.R是一名研究研究者。 J.S.R-F是一名研究研究员；并收到了高盛，Paige.ai，Repare Therapeutics和Persantis的咨询费；是Volition RX，Paige.ai，Repare Therapeutics，Personis和Bain Capital的科学咨询委员会的成员；是Grupo Oncoclinicas董事会成员；并且是Roche Tissue Diagnostics，Ventana Medical Systems，Astrazeneca，Daiichi Sankyo和Merck Sharp＆Dohme的科学咨询委员会的临时成员。 B.A.C已通过阿斯利康，Abbvie，Actaute Therapeutics，Astellas，Bayer，Draginfly Therapeutics，Pfizer和Repare and then the Pepepeutics获得了Astrazeneca，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actautics Therapeutics，并获得了研究资金。 s.l已从默克，阿斯利康，雷金伦，罗氏，雷神治疗，葛兰素史克林和西根获得了其机构的赠款或合同； Novocure，Merck，Astrazeneca，Glaxosmithkline，Eisai和Shattuck Labs获得的咨询费；付款或荣誉奖，以进行讲座，演讲，发言人的局，手稿写作或来自阿斯利康，葛兰素史克林和Eisai/Merck的教育活动；并参与Astrazeneca的数据安全监控委员会或顾问委员会。 A.Y. ，E.L。 ，M.CA.E.R是一名研究研究者。J.S.R-F是一名研究研究员；并收到了高盛，Paige.ai，Repare Therapeutics和Persantis的咨询费；是Volition RX，Paige.ai，Repare Therapeutics，Personis和Bain Capital的科学咨询委员会的成员；是Grupo Oncoclinicas董事会成员；并且是Roche Tissue Diagnostics，Ventana Medical Systems，Astrazeneca，Daiichi Sankyo和Merck Sharp＆Dohme的科学咨询委员会的临时成员。B.A.C已通过阿斯利康，Abbvie，Actaute Therapeutics，Astellas，Bayer，Draginfly Therapeutics，Pfizer和Repare and then the Pepepeutics获得了Astrazeneca，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actautics Therapeutics，并获得了研究资金。s.l已从默克，阿斯利康，雷金伦，罗氏，雷神治疗，葛兰素史克林和西根获得了其机构的赠款或合同； Novocure，Merck，Astrazeneca，Glaxosmithkline，Eisai和Shattuck Labs获得的咨询费；付款或荣誉奖，以进行讲座，演讲，发言人的局，手稿写作或来自阿斯利康，葛兰素史克林和Eisai/Merck的教育活动；并参与Astrazeneca的数据安全监控委员会或顾问委员会。A.Y. ，E.L。 ，M.CA.A.Y.，E.L。 ，M.CA.，E.L。 ，M.CA.M.CE已获得国家癌症研究所（NCI）指导的临床科学家研究职业发展奖；拜耳制药，DAVA肿瘤学，Taiho Pharmaceuticals，Seattle Genetics，Macrogenics和Daiichi Sankyo的个人费用；并持有Parthenon Therapeutics的股票期权。B.H已从Eisai获得酬金；曾在Amgen担任咨询或咨询角色；并从：Repare Therapeutics（Inst），Ideaya Biosciences（Inst），Amgen（Inst），Revolution Medicines（Inst），Astellas Pharma（Inst）获得研究资金。和S.Z.是监护人的雇员。D.U. ，I.K。 ，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写D.U.，I.K。 ，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写，I.K。，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写
与基于铂的化学疗法相比，未接收PD-1的非小细胞肺癌患者的外周免疫和多重血浆标志物分析的单细胞质量细胞仪分析
肺癌，最常见的癌症类型会导致全球所有癌症死亡的13％（1）。 肺癌是通过组织学分类为两种主要类型的一种异质性疾病：小细胞肺癌（22％）和非小细胞肺癌（NSCLC），进一步分类为腺癌（40％），鳞状细胞瘤（30％）和大细胞瘤（2）（2）（2）（2）（2）（8％）（8％）（8％）（8％）。 非小细胞肺癌的总5年生存率约为15％，小细胞肺癌约为6％（3，4）。 烟草吸烟已被描述为美国所有与肺癌相关的死亡的87％（5）。 尽管两种类型的吸烟都受到不同的影响，但已证明烟草烟雾是肺癌的主要初步环境原因因素（2）。 主要的治疗选择是手术，放射疗法，化学疗法，针对癌细胞驱动器突变的靶向治疗或免疫疗法。 这些疗法的组合也可以按照最近的指南和当地建议使用。 基于铂的化学疗法，例如顺铂，卡铂和奥沙利铂，是肺腺癌的金标准化学疗法治疗方案，而无需靶向突变（6，7）。 在免疫疗法的出现时，ICI的应用大大改变了患者的总体生存（OS）的良好反应者；与NSCLC中的Docetaxel相比，将第一，PD-1阻断Nivolumab和pembrolizumab作为二线治疗方案的应用（8-10）。肺癌，最常见的癌症类型会导致全球所有癌症死亡的13％（1）。肺癌是通过组织学分类为两种主要类型的一种异质性疾病：小细胞肺癌（22％）和非小细胞肺癌（NSCLC），进一步分类为腺癌（40％），鳞状细胞瘤（30％）和大细胞瘤（2）（2）（2）（2）（2）（8％）（8％）（8％）（8％）。非小细胞肺癌的总5年生存率约为15％，小细胞肺癌约为6％（3，4）。烟草吸烟已被描述为美国所有与肺癌相关的死亡的87％（5）。尽管两种类型的吸烟都受到不同的影响，但已证明烟草烟雾是肺癌的主要初步环境原因因素（2）。主要的治疗选择是手术，放射疗法，化学疗法，针对癌细胞驱动器突变的靶向治疗或免疫疗法。这些疗法的组合也可以按照最近的指南和当地建议使用。基于铂的化学疗法，例如顺铂，卡铂和奥沙利铂，是肺腺癌的金标准化学疗法治疗方案，而无需靶向突变（6，7）。在免疫疗法的出现时，ICI的应用大大改变了患者的总体生存（OS）的良好反应者；与NSCLC中的Docetaxel相比，将第一，PD-1阻断Nivolumab和pembrolizumab作为二线治疗方案的应用（8-10）。不幸的是，肿瘤的进展通常超过初始反应，或者对ICI的抗性也可能发展（11）。几种免疫机制可能会与ICI治疗的成功相抵消，例如T细胞疲劳，抗原表现减少，代谢改变或辅助分子的下调（12）。尽管PD-L1表达是一种强烈的指示，但我们仍然缺乏预后标记，可以增加患者对PD-1靶向ICI治疗的好处（13）。
通过半自动MEP和LC-MS/MS
博洛多诺大学的药房和生物技术系（PTA实验室），药房和生物技术系（Fabit），母校垫，通过Belmeloro 6，40126 Bolmeloro 6，40126 Bologna，意大利B细胞神经生物生物学实验室，药学和生物学（Fabit），Alma Materim，Selma Materim，Sillma Materim，Sciess，Sciess，Sciess，Sillive of Sely of Selioragy Laboloby b细胞神经生物学实验室。意大利C Bologna，Bari Aldo Moro生物科学，生物技术与环境系Bologna，Corso d'Augusto 237，47921意大利RIMINI F国家研究委员会（CNR）生物膜研究所，生物能和分子生物技术（IBIOM），通过Giovanni Amendola 122，70126 Bari，意大利，博洛多诺大学的药房和生物技术系（PTA实验室），药房和生物技术系（Fabit），母校垫，通过Belmeloro 6，40126 Bolmeloro 6，40126 Bologna，意大利B细胞神经生物生物学实验室，药学和生物学（Fabit），Alma Materim，Selma Materim，Sillma Materim，Sciess，Sciess，Sciess，Sillive of Sely of Selioragy Laboloby b细胞神经生物学实验室。意大利C Bologna，Bari Aldo Moro生物科学，生物技术与环境系Bologna，Corso d'Augusto 237，47921意大利RIMINI F国家研究委员会（CNR）生物膜研究所，生物能和分子生物技术（IBIOM），通过Giovanni Amendola 122，70126 Bari，意大利，
补充方法
抽象目的本研究试图阐明贝尔木单抗（BEL）处理对SLE中T细胞免疫分析的分子影响。方法，我们使用25个标记面板的质量细胞术在外周血T细胞（CD3+）的T细胞免疫分析中，来自22例BEL处理的SLE和20例未经BEL治疗的SLE的对照。使用无监督的机器学习聚类Flowsom，用于识别39个T细胞簇（TCLS; TCL01 – TCL39）。TCLS（CD3+的％）与BEL处理显着（P <0.05）的关联（BEL-TCL），以比较时间序列数据组。此外，我们分析了BEL处理与调节性T细胞（Treg）表型的变化之间的关联，以及其他T细胞子集与Treg作为二级分析的比率。结果临床结果：BEL治疗与每日泼尼松龙的使用降低有关（COEF = -0.1769，P = 0.00074），血清CH50（COEF = 0.4653，p = 0.003），C3（C3），C3（COEF = 1.1047，P = 0.001）和CO4（COEF = 0.001）（coef = 0.001）（coef = 0.001）（coef = 0.001）（coef = 0.2990，p = 0.2990，p = 0.2990，分子效应：鉴定出五个不同的BEL-TCL（TCL 04、07、11、12和27）。在这些情况下，BEL治疗的患者在TCL11（COEF = 0.404，P = 0.037）和两个幼稚的TCL（TCL04和TCL07）中表现出增加的比例。TCL27显示与基线C3水平成反比的水平增加（COEF = 0.222，P = 0.037）。此外，BEL与T细胞免疫球蛋白和含有蛋白质3表达的T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域的变化有关（COEF = 0.2422，p = 0.039）。二级分析揭示了Bel治疗与Tregs增加之间的关联（COEF = 1.749，P = 0.0044），抑制功能的Treg比例升高（Ftregs，COEF = 0.7294，p = 0.0178），p = 0.0178，P = 0.0178）以及外周helper t = 0.03和ftreg = 0.03和ftreg = 0.144.44.44.444.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.44.444.44.444.44.44.44.44.44。助手17/ftreg比率（COEF = -6.7868，p = 0.0327）。结论该研究表明，BEL治疗与T细胞（尤其是Tregs）的变异之间存在关联，涉及各种免疫细胞的SLE病理学。
自动切割和跑步将可扩展的表观基因组分析带入精密药物
图5。High-resolution profiling of FACS-isolated type 3 innate lymphoid cells (ILCs) using autoCUT&RUN identifies unique genomic compartments, including active regulatory elements (H3K4me1, H3K27ac), promoters (H3K4me3), and gene bodies (H3K36me3), as well as repressed genes (H3K27me3) and转录因子结合位点（CTCF）（a）。比较FACS分离的原代小鼠粒细胞，3型ILC和天然杀伤细胞（LY49H+）的目标图显示出明显的H3K4ME3（启动子）和H3K27ME3（抑制基因）剖面（B）。所有由Inmger制备和提供的细胞，每反应以10,000个核测定。
对真实世界数据进行回顾性分析，以评估综合分子分析组对实体肿瘤组织样本的可行性（REALM 研究）
1 法国巴黎西岱大学、索邦大学、法国国家健康与医学研究院、科德利埃研究中心，2 法国巴黎乔治蓬皮杜欧洲医院 AP-HP 生物化学系肿瘤和癌症基因组医学系，3 法国土伦圣穆斯医院肿瘤医学科，4 法国巴黎科钦医院 AP-HP 肿瘤科，5 法国南特大学医院皮肤科，6 法国尼姆卡勒莫大学医院细胞遗传学和医学遗传学科，7肿瘤科——法国普瓦捷大学医院、8 法国图卢兹 IUCT Oncopole 肿瘤内科、9 法国维尔瑞夫 Gustave Roussy DITEP、10 法国巴黎城大学、INSERM U976 人体免疫学、病理生理学、免疫疗法 (HIPI)、11 法国巴黎圣路易斯医院分子肿瘤科 UF、AP-HP、12 法国巴黎 Paul Brousse 医院生物化学和肿瘤遗传学——INSERM UMRS 1193、AP-HP、13 法国克莱蒙费朗埃斯坦大学医院皮肤科、14 医院早期癌症试验中心欧洲乔治·蓬皮杜中心，法国巴黎，15 法国克雷泰伊市立医院肺病学系，16 法国巴黎圣路易斯医院肿瘤基因组学和药理学系，AP-HP，17 法国里昂临终关怀院肿瘤肺病学，18 法国南锡跨地区癌症研究所 Gentilly 肿瘤中心，19 法国布洛涅比扬古罗氏公司医疗数据中心，20 法国布洛涅比扬古罗氏公司医疗事务部，21 法国波尔多贝尔戈尼研究所早期研究部
转录组分析揭示了与鹰嘴豆（Cicer Arietinum L.）
鹰嘴豆（Cicer Arietinum L.）是最重要的谷物豆类之一，每年产量为1587万吨（Faostat，2021）。它是一种自授粉的二倍体农作物，基因组大小约为740 mb，并且在世界各地的干旱和半干旱地区都大量生长（Varshney等，2013）。鹰嘴豆的重要性在于其对共生氮固定及其饮食蛋白，维生素和必需矿物质的内在潜力。鹰嘴豆生产对于主要生活在发展中的人们而言，鹰嘴豆生产对于粮食安全和提高饮食的营养质量至关重要。全球鹰嘴豆产量近年来显着上升（Faostat，2021）。但是，满足不断增长的需求要求鹰嘴豆作物的生产率提高。提高农作物的生产率将需要对诸如Fusarium Wilt（FW）和Ascochyta Blight（AB）等毁灭性疾病的可持续管理，这使鹰嘴豆种植极大的风险。fw，由土壤传播真菌，镰刀菌f。 sp。ciceris（foc）是全球鹰嘴豆最普遍的疾病之一。fw导致产量损失从10％到100％不等，具体取决于品种的可见性和合适的气候条件（Sharma等，2012）。由于FW是一种土壤传播疾病，因此难以通过作物旋转策略或化学控制来管理。因此，使用对FW有抵抗力的品种是最具成本效益，有前途和环境可持续的策略来实现这种疾病。在这个方向上，据报道，用于FW耐药性的几个定量性状基因座（QTL）通过分子育种开发了抗FW-抗性品种（Garg等，2018; Sabbavarapu等，2013; Varshney等，2014）。然而，病原体的遗传变异性很高，导致毒力的多样性，并导致可用来源的耐药性分解（Sharma等，2012）。要加快分子育种过程或通过基因编辑方法发展抗性品种，必须深入了解鹰嘴豆中FW耐药性的分子机制。
全基因组 DNA 甲基化分析作为中枢神经系统肿瘤主要分子诊断检测的临床实用性——一项前瞻性研究和临床检测指南。
创作者的创作者克里斯汀·加尔布雷思（Kristyn Galbraith），瓦西尼·瓦苏德瓦拉贾（Varshini vasudevaraja），乔纳森·塞拉诺（Jonathan Serrano），瓜莫亚奥·山（Guomiao Shen），艾维·特兰（Ivy Tran），南希·阿卜杜勒（Nancy Abdallat），曼迪萨·韦恩（Mandisa Wen），梅萨·帕特尔，比萨和比萨。 Ono，P。Gono。 ，克里斯托弗·克里斯托弗（Christopher Christopher），daughter妇，西尔维亚·C·库尔兹（Sylvia C.
比较单细胞谱分析揭示了斑马鱼心脏必不可少的不同心脏居民巨噬细胞
抽象的斑马鱼具有强大的受伤后心脏再生的能力，并且免疫系统在此过程中起着关键作用。我们先前表明，即使在受伤后的第一周内恢复了浸润性的巨噬细胞数量，也会延迟延迟通过氯膦酸盐脂质体（–1D_CL，巨噬细胞延迟模型）会损害中性粒细胞的分辨和心脏再生（Lai等人，2017年）。因此，通过比较心脏修复期间的这些晚期巨噬细胞与对照巨噬细胞的比较，学习再生巨噬细胞的证明是很有趣的。在这里，我们通过将非再生性巨噬细胞模型与再生对照进行比较，进一步研究了心脏再生的机理见解。时间RNASEQ分析表明，–1D_CL治疗导致炎症分辨率破坏，反应性氧稳态和心脏修复过程中能量代谢。对再生性与非再生性心脏的发炎细胞的比较单细胞RNASEQ分析进一步鉴定出异质的宏观斑点和中性粒细胞，显示出替代性激活和细胞串扰，导致中性粒细胞保留和慢性炎症。在巨噬细胞中，仅在再生心脏中富集了两个住宅亚群（HBAA + MAC和TIMP4.3 + Mac 3），并且在 + 1D_CL处理后几乎没有恢复。为了耗尽居民巨噬细胞而不会延迟循环巨噬细胞的招聘，我们通过在CryoInjury之前的8 d（–8d_cl）在8 d（–8d_cl）中管理CL来建立了居民巨噬细胞的模型。引人注目的是，常驻巨噬细胞缺乏斑马鱼仍然表现出血运重建，心肌细胞存活，碎屑清除和细胞外基质重塑/疤痕的缺陷，而无需从循环/单核细胞衍生的巨噬细胞中获得功能补偿。我们的结果表征了炎症细胞与识别独特的居民巨噬细胞之间的不同功能和相互作用的特征。斑马鱼心脏再生的先决条件。