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基因组规模和途径工程，用于假单胞菌的可持续航空燃料前体异丙醇生产
可持续航空燃料（SAF）将显着影响航空部门的全球变暖，并且重要的SAF目标正在出现。异丙醇是有希望的SAF化合物DMCO（1,4-二甲基甲基氯辛烷）的先驱，并且已在几种工程的微生物中产生。 最近，假单胞菌Putida成为异丙肾生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物量的未来寄主，因为它可以利用廉价的植物生物量。 在这里，我们设计了代谢通用的宿主P. putida来生产异丙醇。 我们采用两种计算建模方法（双光线优化和约束最小切割组）来预测基因敲除靶标并优化P. p. putida中的“ IPP-Bypass”途径，以最大程度地提高异源醇的产生。 Alto gether，在喂养批处理条件下，以3.5 g/L的速度获得了p. p. p. p. p. p.的最高生产滴度。 用于高级生物燃料生产的P. Putida上计算建模和应变工程的这种组合在实现可以使用可再生碳流的生物生产过程中具有至关重要的意义。异丙醇是有希望的SAF化合物DMCO（1,4-二甲基甲基氯辛烷）的先驱，并且已在几种工程的微生物中产生。最近，假单胞菌Putida成为异丙肾生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物量的未来寄主，因为它可以利用廉价的植物生物量。在这里，我们设计了代谢通用的宿主P. putida来生产异丙醇。我们采用两种计算建模方法（双光线优化和约束最小切割组）来预测基因敲除靶标并优化P. p. putida中的“ IPP-Bypass”途径，以最大程度地提高异源醇的产生。Alto gether，在喂养批处理条件下，以3.5 g/L的速度获得了p. p. p. p. p. p.的最高生产滴度。用于高级生物燃料生产的P. Putida上计算建模和应变工程的这种组合在实现可以使用可再生碳流的生物生产过程中具有至关重要的意义。
靶向生物膜和法定人数在铜绿假单胞菌中的绿木素，Meloxicam及其与Colistin的潜在协同作用
假单胞菌。铜绿（p.aeruginosa）是一种重要的致病细菌，具有有限的治疗选择。在我们先前的研究中，我们在计算机研究中证明了槲皮素和美洛昔康可以充当Quorum传感系统（QS）系统LASR和P.Aerogenosa中RHLR的自动诱导者分子的抑制剂。这项研究旨在验证槲皮素和美洛昔康对LASR和RHLR基因表达的影响，以研究其对生物膜形成能力的影响，作为由（QS）系统控制的重要强大因子，并检查其与肠菌素抗生素的组合。强生物膜以前的铜绿假单胞菌分离株，将PAO1菌株作为参考菌株，分别通过槲皮素和美洛昔康的亚抑制作用。槲皮素和美洛昔康具有显着的抑制作用生物膜形成，并且对QS基因LASR和RHLR的调节降低。由实时PCR测试。此外，通过棋盘法测试了与槲皮素或美洛昔康的结肠蛋白组合。这项研究表明，槲皮素和美洛昔康都对生物膜都有显着的抑制作用。因此，它们可以用作群体传感抑制剂（QSI）。此外，发现槲皮素与colistin具有协同作用。
相关的pp2c磷酸酶PIC3和PIC12对番茄的免疫力负调节丁香假单胞菌的免疫力
。cc-by-nd 4.0国际许可在A未获得Peer Review的认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（本版本发布于2024年5月13日。; https：//doi.org/10.1101/2024.02.02.08.579555 doi：biorxiv Preprint
铜绿假单胞菌中的CRISPR-CAS提供瞬时人群水平的免疫力，以防止高噬菌体暴露
原核生物适应性免疫系统，CRISPR-CAS（群集定期间隔短的短滴虫重复序列；与CRISPR相关），需要靶向靶向入侵移动遗传元件（例如噬菌体）的间隔序列。先前的工作已经确定了驱动模型有机体基于CRISPR的免疫的进化的生态变量，铜绿假单胞菌PA14针对其噬菌体DMS3VIR，导致快速噬菌体灭绝。但是，尚不清楚这种获得的免疫力在细菌种群中是否以及如何稳定，以及这如何取决于环境。在这里，我们检查了30天的演化实验中CRISPR间隔者获取和损失的动态，并确定条件使免疫力长期维持之间的平衡与支持噬菌体持久性的替代抵抗策略之间的平衡。具体来说，我们发现初始噬菌体剂量和再感染频率都决定了是否长期保持获得的CRISPR免疫，并且噬菌体是否可以与细菌共存。在人口遗传学水平上，出现和CRISPR免疫的丧失与高水平的间隔多样性有关，随后由于携带菌毛相关突变的细菌的侵袭而下降。在一起，这些结果提供了CRISPR免疫获取和损失动态的高分辨率，并证明累积噬菌体负担决定了CRISPR对生态相关时间表的有效性。
转录因子FOXM1在糖尿病及其...
摘要：Lelliottia羊膜是一种革兰氏阴性的辅助厌氧芽孢杆菌，后来又从食物（洋葱，奶油，未经糊糊的牛奶和西班牙猪香肠）中鉴定出来，在某些情况下，在某些情况下会引起人类的感染，尤其是在人类中，尤其是在免疫成分的患者中。文献中很少有人类感染的病例，例如内脑炎，尿路感染，肾盂脾气病和败血症。我们描述了一个住在城市环境中的69岁高加索男性患者的情况拭子（2023年5月25日）在罗马尼亚县临床紧急医院的临床急诊医院被送往传染病诊所后。入院时，进行了肺计算机断层扫描（CT）扫描，该扫描的严重程度得分为25分。在疾病的第二周中，患者进行了闻症，从中进行了细菌学检查，并确定了pseudomonas putida和Lelliottia amnigena。在第三次收获痰液样品期间，将P. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. a amnigena（两种低毒力菌株均具有对抗生素的敏感性。在接受放线菌病，慢性阻塞性肺部疾病和支气管扩张的先前肺部手术的免疫抑制患者的背景下，所有这些疾病都有利于生物膜形成。在抗病毒治疗，皮质疗法，抗生素治疗（在缺乏鉴定病因学的情况下，最初与linezolid和lineZolid相关的杂苯甲和ceftazimime-avibactam），voriconazole，voriconazole，salbutamol intaration contriation contriation contriation CONTRATION CORTAINTIAN CONTIAN CORTAINS INHALALALALALALALALALALALALALALALALALALASES，在抗病毒治疗，皮质疗法，抗生素治疗（在缺乏识别病因学的情况下，最初是Meropenem）施用的进化，并将要求，出院后，患者在家中继续进行氧气治疗，流量为5 l/分钟。L. amnigena仍然是一种很少在人类病理学中孤立的病原体，但我们应该更加关注，尤其是在免疫抑制的患者中，在这种患者中，它可以造成极为严重的临床状况。
具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc
mRNA 疫苗可诱导针对铜绿假单胞菌 III 型分泌性毒力的保护性免疫
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2023 年 6 月 10 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.06.09.544431 doi：bioRxiv preprint
在铜绿假单胞菌菌群中抗菌抗性的降低，铜绿菌菌血症之后的抗菌血症是199大流行病的：一项纵向观察性研究
在研究期间，观察到333例患者的总共493例PA菌血症实例。MDRPA的比例从21％（62/291）前流行降至9％（19/202）后p，调整后或0.38，95％CI 0.18-0.79，p = 0.01）。在最初的非MDRPA菌血症初期住院期间，MDRPA的发生很少见，不太可能比两周后发生。抗菌消耗模式在大流行开始后发生了变化，随着amikacin和ciprofloxacin的使用降低，头孢酸和美皮烯类的使用增加。MDRPA菌血症患者的总体不尸体死亡率仍然很高（28％），大流行前后没有实质性差异（调整后危险比1.57，95％CI 0.43-5.67，p = 0.49）。
香茅假单胞菌WXP-4一氧化二氮还原酶NosZ基因克隆、还原性能及结构
生物降解因条件温和、成本低廉、不产生二次污染等优点而受到广泛关注。6,7全球三分之二以上的N2O排放来源于土壤生态圈和水圈，在微生物反硝化途径的最后一步可以还原为无害的氮气（N2）。8–10一氧化二氮还原酶（N2OR）是唯一进行生物反硝化过程的酶，11,12因此，有效利用N2OR对于通过生物方法有效控制N2O排放至关重要。N2OR是一种周质多铜酶，为头尾相连的同型二聚体，每个单体包括两个结构域：C端的电子转移双核CuA中心和N端的催化四核CuZ中心。 13,14通常，CuA由6个氨基酸残基配体，包括1个蛋氨酸、1个色氨酸、2个半胱氨酸和2个组氨酸；CuZ则由7个组氨酸配体。15,16基于N 2 OR的三维结构，对N 2 O催化还原机理的一致看法是，N 2 O与CuZ的催化活性位点结合，然后电子从CuA转移，将N 2 O转化为N 2 。
减少了在国际空间站生长的浮游培养物上观察到的铜绿细胞大小
摘要：过去已经研究了细菌的生长和行为，但是尽管对无数过程的影响，包括生物膜形成，但对船员健康的影响很少，但几乎没有将重点引向细胞大小。分析了在国际空间站（ISS）上培养在不同材料和媒体上培养的铜绿假单胞菌的特征上清液等分试样，作为太空生物膜项目的一部分。在该实验中，铜绿假单胞菌是在微重力的（与地球对照匹配的）中生长的，在改良的人工尿液培养基（Maumg-high Pi）或补充了KNO 3的LB Lennox中，并评估了其在六种不同材料上的生物膜形成。在孵育一二，两天和三天后，ISS船员通过固定在多聚甲醛中终止了实验的子集，并在此处介绍了上清液的等分试样进行浮游细胞尺寸研究。通过在油浸入下的相对造影显微镜，moticam 10+数码相机和斐济图像分析程序下使用相对造影显微镜，获得了飞行后的测量。统计比较，以确定使用Kruskal – Wallis和Dunn检验的哪些治疗方法在细胞尺寸上产生了显着差异。在LBK和Maumg-High Pi中，培养物中存在的材料存在统计学上的显着差异。与此一起，数据还按重力条件，培养基和孵育天数分组。总而言之，在微重力上生长的培养物上观察到较小的细胞，并且细胞大小随孵育时间的函数和培养物的生长而变化。在微重力中培养的浮游细胞的比较显示细胞长度降低（根据材料，从4％到10％）和直径（根据材料，根据材料的1％到10％）就其匹配的地球对照组而言，需要注意的是，在给定时间，培养物可能在其生长曲线上可能在不同的生长曲线上处于不同的位置。我们在此处描述了这些变化，以及在机组人员健康和潜在应用方面对人类太空旅行的可能影响。