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蛋白质 - 蛋白质相互作用界面的多重映射
*这些作者对这项工作的贡献同样贡献：jingxuan he（juh709@psu.edu），ling-nan zou（lxz7@psu.edu）摘要我们描述了通过sp绘制的肽映射的肽映射，这是一个替代性c（sparc-map），一个方法可以识别两个互动互动的互动蛋白。我们的方法基于细菌宿主内的体内亲和力选择，并使用高吞吐量DNA测序结果来推断蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）接口的位置。SPARC-MAP仅使用常规微生物技术，而不依赖专门的仪器或重新建立蛋白质复合物的体外；它可以调节以检测PPI在广泛的亲和力上。它可以多路复用以并联探测多个PPI。它的非特异性背景可以精确测量，从而使PPI的敏感检测能够检测。使用SPARC-MAP，我们在（p21-PCNA复合物中恢复已知接口。我们还使用SPARC-MAP来探测嘌呤体，这是六种嘌呤生物合成酶的弱结合的复合物，在那里尚无PPI接口。在那里，我们确定满足底物渠道结构要求的接口；我们还确定了参与多种不同相互作用的蛋白质表面，我们使用现场人体细胞中特定于位点的光叠链链接来验证。最后，我们表明SPARC-MAP结果可以对基于机器学习的结构预测对输出施加严格的约束。
鸟翼甲基呋喃糖基核苷作为5
摘要提出了包含6-氯吡啶和尿嘧啶部分的5'-瓜尼迪诺素呋喃糖基核苷的合成和生物学评估，以及3- O-苯苯二甲基硫素糖基单元的合成和生物学评估。它们的访问是基于5-氮杂3- O-苯二苯基二甲苯基乙酸乙酸苯乙酸苯胺丙氨酸酯供体的n-糖基化，并带有硅胶化的核苷酸酶和随后的一柱顺序两步方案，涉及涉及Staudinger涉及的5-氮杂尿液和N 9- n 9- n-N 9-链条n-N 9- n-n-N 9- n-N-N 9-- '-bis（tert-butoxycarbonyl） - n''-triflylguanidine。生物活性筛查显示合成化合物之间表现出的重要活性，即抑制丁乙酸糖酯酶（BCHE）的能力，这是一种治疗症状治疗阿尔茨海默氏病的治疗靶点，是阿尔茨海默氏病的后期阶段，对癌细胞和/或神经保护作用的细胞毒性活性。5'-甘甘尼尼诺6-氯肽核苷被证明是混合型和选择性的亚摩尔或微摩尔或微摩尔BCHE抑制剂，n 9 9核苷是最突出的化合物，具有抑制常数为0.89μm /2.96μm /2.96μmm的抑制常数，显示出抑制作用，并显示出cy的低含量。对人神经母细胞瘤细胞（SH-SY5Y）的显着细胞毒性。此外，N 9连接的核苷表现出对前列腺癌细胞（DU-145，IC 50 =27.63μm）的选择性细胞毒性活性，而其N 7 Regioisomer对所有测试的癌细胞都活跃[DU-145，IC 50 =24.48μm；结直肠腺癌（HCT-15，IC 50 =64.07μm）;和乳腺癌
国际寄生虫学杂志 - Wheeler Lab
利什曼病是一种媒介传播疾病，由利什曼原虫属感染引起，利什曼原虫是专性细胞内原虫寄生虫。目前，人类疫苗尚不可用，主要治疗严重依赖全身用药，这些药物通常配方不理想且毒性很大，因此新药成为受疾病困扰的中低收入国家的高度优先事项，但由于利润率不高，大多数制药公司的议程中新药的优先级较低。需要新的方法来加速新药的发现或现有药物的重新定位。为了应对这一挑战，我们的研究旨在确定临床相关的利什曼原虫种之间共享的潜在蛋白质靶点。我们采用了减法蛋白质组学和比较基因组学方法，整合高通量多组学数据，根据不同的药物可药性指标对这些靶点进行分类。这项工作对 14 种致病性利什曼原虫种的 6502 个蛋白质靶点直系同源组进行了排名。在排名前 20 位的组中，已知具有吸引力药物靶标的代谢过程被重新发现，包括泛素化途径、氨酰基-tRNA 合成酶和嘌呤合成。此外，我们还发现了新的有希望的靶标，例如烟酸磷酸核糖转移酶和二氢硫辛酰胺琥珀酰转移酶。这些组表现出有吸引力的药物特性，包括与人类宿主蛋白质组的序列同一性小于 40%、预测的必要性、结构分类为高度药物化或药物化，以及在无鞭毛体形式中的表达水平高于第 50 个百分位。这项工作中提供的资源还代表了有关锥虫生物学的综合数据集合。
生物膜诱导的异质性针对Anammox细菌分布和代谢组
厌氧铵氧化（ANAMMOX）生物膜过程已被认为是一种有效的方法，可以保留和积累系统中的Anammox细菌。作为过程性能的主要决定因素，但是在生物膜形成期间，在Anammox伴侣内的微生物相互作用和代谢尚不清楚。因此，这项研究系统地研究了Anammox系统中的微生物依次，代谢和分子调节机制，并与载体的添加相比，并比较了不同尺寸颗粒和生物膜中MI Croornismiss的差异反应。Anammox生物膜反应器的氮去除效率保持稳定，为90.0±3.8％。微生物群落分析表明，蛋白质细菌，氯反llexi和planctomycetota在Anammox颗粒和生物膜中都是主要的门。具体而言，kuenenia念珠菌和未分类的_f_brocadiaceae是主要的Anammox细菌，相对丰度分别为17.9±3.8％和3.6±0.5％。增加载体可以使微生物形成空间异质性分布模式，这有利于增强微生物相互作用并维持ANAMMOX系统的动态平衡。天冬氨酸和谷氨酸是系统中的主要中间体，这对于嘧啶和嘌呤的合成也很重要。在Anammox生物膜中，这些代谢途径的丰度显着上调了30.0±5.1％，反映了微生物的代谢活性较高，这进一步促进了功能细菌的增殖和积累。这项全面的研究强调了携带者在生物膜中Anammox Consortia增强代谢活性和稳定性中的作用，并提供了整体见解，以优化废水处理中的Anammox Biofilm工艺。
对设计的苯咪唑衍生物的分子对接分析为EGFR
摘要非小细胞肺（NSCL）和结直肠癌经常与表皮生长因子受体（EGFR）的致癌激活相关，这是受体酪氨酸激酶（RTK）家族的成员。当前的酪氨酸激酶抑制剂（TKI）容易受到耐药性突变的影响，并诱导了对正常EGFR S的细胞毒性作用。带嘌呤的苯咪唑的同余性质具有模仿基于嘌呤的ATP的结合模式并防止其与EGFR活性位点的接触的巨大潜力。在这里，我们报告了50种设计的苯咪唑衍生物以及Gefitinib和ATP的分子对接，以分析和比较EGFR WT和T790M活性位点的结合模式。配体的设计基于我们先前的研究，我们建议评估与双键接头的酮和氨基 - 苯并咪唑，以及在各个位置附有电子捐赠和电子撤回的苯基基团。对接模拟表明，酮苯并咪唑在两个EGFR配合物中占据了前十名最高结合亲和力。与其他具有-8.1（7C）和-7.8（11C）KCAL/MOL在EGFR WT中的结合能相比，具有更稳定的复合物的磺酰基取代基的存在，eGFR WT中的结合能，-8.3（7d）和-8.4（7d）和-8.4（1c）kcal/mol for t790m t790m for T790m。对苯咪唑的取代影响不仅有助于氢键和疏水相互作用，而且还对经常被转化的范德华力的力，这些力是负责苯并咪唑与EGFR结合口袋的形状互补性的负责。
肠炎沙门氏菌 ATCC 13076 中浮游细胞和固着细胞的比较代谢研究：阐明驱动生物膜形成的代谢途径
微生物倾向于积聚在表面，形成诸如生物膜之类的聚集体，这使它们能够抵抗各种环境压力和抗菌剂。这种能力阻碍了对包括沙门氏菌在内的致病微生物引起的疾病的有效治疗，沙门氏菌是造成全球大量死亡的罪魁祸首。本研究旨在使用代谢组学方法比较肠炎沙门氏菌浮游细胞和固着细胞的代谢特征。用 LC/MS 方法分析从细菌细胞中提取的代谢物。使用 Thermo Xcalibur v 3.1 软件分析原始数据。对于数据处理，使用 XCMS 进行特征检测、保留时间、校正和对齐。通过 MetaboAnalyst 软件 v 6.0 中的单变量和多变量统计方法（PCA、PLS-DA、热图）分析数据矩阵。总共 121 种代谢物被推定为两种细菌状态之间的差异代谢特征，并且它们与它们相应的代谢途径相关。在浮游细胞中表现出正向调节的代谢物包括脯氨酸、苯丙氨酸，它们是必需代谢物的前体，也是应激适应机制的一部分。此外，腐胺和尸胺在生长、应激反应和细胞稳定性中起着至关重要的作用。相反，固着细胞中最具代表性的代谢物包括赖氨酸、腺苷、嘌呤、嘧啶和柠檬酸，主要与维持细胞稳态、应激反应和代谢调节有关。最后，通路富集分析确定了 11 条通路的代谢变化，主要涉及嘌呤和嘧啶代谢、精氨酸和脯氨酸代谢以及维生素 B6 代谢。这些发现有助于鉴定与肠炎沙门氏菌固着细胞生物膜形成有关的潜在代谢途径。
脂肪衍生的脂联素和肝衍生的黄嘌呤氧化还原酶在代谢综合征中的心血管意义
摘要。基于内脏脂肪的代谢综合征对动脉粥样硬化心血管疾病（CVD），聚类糖尿病，血脂异常，高血压，高尿酸血症和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的影响很大。脂联素是一种由脂肪细胞专门分泌的蛋白质，在人体血液中大量循环，但其浓度在病理状况（例如内脏脂肪积累）下降低。广泛的临床证据表明，低脂肪核酸血症与CVD和慢性器官疾病的发展有关。尽管已经鉴定出脂联素的几个结合伴侣，例如adipor1/2，但脂联素如何对各种器官产生多种有益作用，尚待充分阐明。脂联素研究的最新进展表明，脂联素通过与独特的糖基磷脂酰肌醇锚定的T-钙粘着蛋白结合而在心血管组织上积累。脂联素/T-钙粘蛋白复合物增强了外泌体的生物发生和分泌，这可能有助于维持细胞稳态和组织再生，尤其是在脉管系统中。黄嘌呤氧化还原酶（XOR）是一种限制酶，可分解黄嘌呤和黄嘌呤与尿酸。XOR在反应过程中产生活性氧，这表明XOR参与了CVD进展的病理机制。临床和实验室研究的最新发现表明，血浆XOR活性与肝酶之间存在很强的正相关。，尤其是在NAFLD条件下，过量的肝XOR泄漏到血液中，加速了循环中嘌呤的分解代谢，使用从血管内皮细胞和脂肪细胞中分泌的低黄嘌呤，这可以促进血管重塑。在这篇综述中，我们专注于脂肪衍生的脂联素和肝脏衍生的XOR在与代谢综合征相关的CVD发展中的心血管意义。
小鼠的早期移植具有持久作用 中期可持续供应链网络设计的三个目标优化模型
肠道菌群与认知发展有因果关系。我们旨在确定介导其对认知发展的影响以及与最有前途的代谢产物有关的食物或营养的代谢产物。粪便（多利安 - 皮萨克队列，包括90个有婴儿的一般人群，42/48女性/男性，2011年至2014年出生）（FMT）中的C57BL/6无菌小鼠。儿童和受体小鼠通过认知表型或基于保护性代谢物进行分层。在儿童中获得了食物频率问卷。小鼠的认知测量值包括五次Y迷宫测试，直到FMT后23周，以及（23周）PET-CT用于脑代谢和放射性，以及基于超声的颈动脉血管指数。儿童（粪便，尿液）和小鼠（粪便，血浆）代谢组通过1H NMR光谱法测量，并通过16S rRNA扩增子测序在小鼠中分析粪便菌群。儿童和受体小鼠的认知评分相关。fmt依赖性的脑代谢修饰。从高认知或保护性代谢物富集的儿童中接受FMT的小鼠发展出了卓越的认知行为表现。一组代谢产物，即黄嘌呤，甲明甲明，甲酸盐，甘露糖，酪氨酸，苯丙氨酸，谷氨酰胺，可介导供体儿童和受体小鼠的肠道认知轴。血管指标部分解释了代谢物与表型关系。儿童消费豆类，全乳酸奶和鸡蛋以及铁，锌和维生素D的摄入似乎支持保护性肠道代谢物。总体而言，参与炎症，嘌呤代谢和神经递质合成的代谢产物介导了肠道认知轴，并具有筛查的希望。相关的饮食和营养发现提供了针对认知保护的微生物群的干预措施，并具有持久的影响。
序列徽标：显示共识
序列的模式（4）。但是，共识序列并不代表序列中的所有信息，因为在许多情况下，其他碱基也出现了很大的频率。例如，主要是Aug的procaryotic启动密码子也有时也有Gug和Uug。如果人们忽略了这些可能性，则已经扭曲了数据。这是共识序列是结合位点的差模型的几个原因之一（5，6）。在绑定站点中特定位置的重要性更清楚地始终如一地描述了那里的模式所需的信息（7，8）。从同样可能的可能性中选择一个符号或状态需要一个“位”信息。例如，要向某人传达硬币弹的结果需要1个信息，因为只有一个是不是一个问题：“是头吗？”。如果绑定站点中的位置始终包含一个基数（例如g），然后我们需要两个信息，因为需要回答两个是的问题：“是A还是G？”（即是嘌呤吗？）和'是A还是C？”。（如果两个问题的答案都是“否”的，则必须是T。）此外，如果职位包含两个基础（例如有时A，有时是G），只有一个问题就足够了，因为四分之二的选择等同于两个选择中的一个。因此，仅需要一个位来描述仅包含嘌呤的结合位点的位置，但是需要两个位来描述始终包含腺嘌呤的位置。在1948年，克劳德·香农（Claude Shannon）展示了如何做到这一点（7,8）。如果碱的频率不是完全概括的，则需要更复杂的计算以在某个位置找到平均信息。在香农之后，我们将不确定性度量定义为：
药物遗传学在瘢痕疙瘩治疗中的作用
药物遗传学是一门研究基因变异是否可以预测药物治疗反应的学科。1,2 该学科已应用于医学的各个方面，包括肿瘤学的靶向治疗。3 它还被用于预测那些有药物不良反应风险的人，例如硫嘌呤甲基转移酶 (TPMT) 缺乏症——继发于 TPMT 基因缺陷——易患硫嘌呤药物引起的粒细胞缺乏症。4 瘢痕疙瘩是纤维增生性病变，表现为毁容性、凸起的瘢痕，超出原始创伤的范围。5 典型部位包括耳垂、肩膀和胸骨。虽然人们认识到某些种族易患瘢痕疙瘩（更高的 Fitzpatrick 皮肤类型），但确切的病理生理学尚未完全阐明。全基因组关联研究 (GWAS) 已允许识别易患瘢痕疙瘩的不同种族家庭（例如非裔美国人）的多个基因位点。6 大量证据表明压力和张力等机械生物学因素与瘢痕疙瘩的发病机制和维持有关。这些因素在细胞内和细胞外水平上发生变化，信号通路参与瘢痕形成和纤维化。组织学分析也表明，在高张力部位（例如瘢痕疙瘩边缘），血管生成和炎症增加。7 瘢痕疙瘩患者采用多种疗法，但没有一种疗法能够普遍成功。非侵入性治疗倾向于抑制成纤维细胞增殖率以及细胞外基质和胶原蛋白的生成。5 它们还能诱导细胞凋亡、抑制炎症和上调基质金属蛋白酶以防止瘢痕疙瘩形成。 5 非侵入性疗法包括压力衣疗法、硅胶片、洋葱提取物和肝素凝胶、病灶内注射皮质类固醇和 5-氟尿嘧啶 (5-FU)，