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无需 RNA-Seq 即可确定 qPCR 标准化的稳定参考基因
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。此版本的版权持有者于 2021 年 8 月 25 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.08.21.457202 doi：bioRxiv 预印本
相对 qPCR 定量分析丛枝菌根真菌对植物根系的定植
摘要 丛枝菌根真菌 (AMF) 是一种有益的土壤真菌，可以促进宿主植物的生长。准确量化植物根部中的 AMF 非常重要，因为定植水平通常可以表明这些真菌的活性。根定植传统上用显微镜方法测量，该方法可以看到根内的真菌结构。显微镜方法劳动密集型，结果取决于观察者。在本研究中，我们提出了一种相对 qPCR 方法来量化 AMF，其中我们根据植物基因标准化了 AMF qPCR 信号。首先，我们在计算机上验证了引物对 AMG1F 和 AM1，并表明这些引物涵盖了植物根部存在的大多数 AMF 物种，而不会扩增宿主 DNA。接下来，我们基于对矮牵牛植物的温室实验将相对 qPCR 方法与传统显微镜检查进行了比较，这些植物的 AMF 根定植水平从非常高到非常低不等。最后，通过使用 MiSeq 对 qPCR 扩增子进行测序，我们通过实验证实引物对排除了植物 DNA，而主要扩增了 AMF。最重要的是，我们的相对 qPCR 方法能够区分 AMF 根定植的定量差异，并且与传统显微镜定量结果高度相关（Spearman Rho = 0.875）。最后，我们对显微镜和 qPCR 方法的优缺点进行了平衡的讨论。总之，测试的相对 qPCR 方法提供了一种可靠的替代方法来量化 AMF 根定植，与传统显微镜相比，该方法对操作员的依赖性更低，并且可扩展到高通量分析。
确保 qPCR 数据的可靠性——控制污染
表 1。*使用对照模板材料进行验证提供了有关检测效率和检测限的更多信息。Bustin 等人2 描述了一项开发临床诊断检测的示范性研究。他们开发了一种多重 qRT-PCR，用于从临床样本中检测 SARS-CoV-2，并在应用于患者材料时包括开发和纳入质量控制评估的对照。阴性对照是一个简单的“无模板对照”，包含除模板以外的所有检测成分。这是在验证检测和多重组合时运行的。检测描述清楚地表明，在没有模板的情况下，无论是单次检测还是多重检测，都不会扩增任何产品。这证实了所有检测的引物均未发生相互作用，并且特定模板未进入反应成分。
用于基于 qPCR 的基因编辑的 CRISPY™ Master Mix ...
我们使用 All-in-one Cas9 构建体编辑了 HEK293 细胞中的 DNA (胞嘧啶-5-)-甲基转移酶 3 beta (DNMT3B) 基因，从编辑后的细胞中分离基因组 DNA，然后使用标准 (黄色曲线) 和 snapback 引物 (红色曲线，图 2A) 进行 CRISPY 测定以量化编辑成功率。我们还对从未编辑的细胞中分离的 DNA 进行了 CRISPY 测定，同样使用标准 (黄色曲线) 和 Snapback 引物 (红色曲线，图 2B)。正如预期的那样，标准引物在编辑和未编辑的 DNA 中均提供了强大的扩增，然而 snapback 引物仅在从编辑细胞中分离的 DNA 中提供了明显的扩增。标准和 snapback 引物之间的 ΔCt 可直接测量编辑成功率，而熔解曲线形状之间的差异表明编辑的 DNA 中存在缺失 (图 2C，方框区域)。
电池供电的便携式旋转实时荧光 qPCR，能耗低、成本低、通量高
摘要：针对传统qPCR仪器体积大、价格昂贵、携带不便等问题，本文报道了一种便携式旋转式实时荧光PCR（聚合酶链式反应），可在现场完成DNA的PCR扩增，并可实时观察反应过程。通过对目的基因pGEM-3Zf(+)的分析，将梯度扩增曲线和熔解曲线与商用设备进行对比，结果证实了本装置的稳定性。这是首次利用机械旋转结构实现与商用仪器相媲美的梯度扩增曲线和熔解曲线。本系统平均功耗约为7.6 W，是分流PCR实时荧光定量中能耗最低的，且自带锂电池供电，可现场使用。此外，由于通过机械位移控制系统取代了传统的TEC（热电致冷器）控温，整套设备成本仅约710美元，远低于商用PCR仪成本，且设备技术门槛低，可适应非专业场合，重复性强。
流式细胞仪和GMP下的QPCR
我们引入了流式细胞仪和QPCR，以分析细胞疗法和基因治疗产物。在准备监管提交时，我们正在根据良好的制造实践（GMP）运营这些工具。在这里，我们显示了这些分析的一些示例。