商标:Qiagen®,样本到Insight®,Qiasymphony®(Qiagen Group); BD™,Microgard™,Microtainer®,Vacutainer®(Becton,Dickinson and Company); Corning®,Falcon®(Corning,Inc。); eppendorf®(eppendorf ag); Bio-One®,Vacuette®(Greiner Bio-One GmbH); Microcon™,Traxis®(Micronic Holding B.V.); Paxgene®(Preanalitix,GmbH); REMP®(REMP AG); Sarstedt®,S-Monovette®(Sarstedt AG and Co.); Starlab®(Starlab组); Terumo®,Venoject®,Venosafe®(Terumo Europe N.V.); Matrix®,Abgene®,Cryotube®,DeepWell™,Nunc®,ThermoScientific®(Thermo Fisher Scientific或其子公司)。注册名称,商标等。在本文档中使用的,即使没有明确标记,法律也不被认为不受保护。09/2023 HB-0121-L07-002©2023 Qiagen,保留所有权利。
* 每个样本需要 60 µL(circDNA_1000_DSP)、110 µL(circDNA_2000_DSP)、220 µL(circDNA_4000_DSP)、330 µL(circDNA_6000_DSP)、440 µL(circDNA_8000_DSP)或 550µl(circDNA_10000_DSP),另外还需要 1100 µL 的空隙体积 [(nx 60、110、220 µL、330、440 或 550 µL) + 1100 µL]。
可以与qiasymphony dsp dna mini和midi套件以及qiasymphony sp仪器(软件版本5.0及更高版本;实验室软件软件包SOW-516- 9或更高版本)一起使用的样品和洗脱管/机架
PCR分析EBV和BKV的定量证据是通过6。2024年5月的高度自动化Alinity M系统(fa。Abbott)进行。 测试与到目前为止使用的测试系统非常吻合(Qiasymphony/ rotgenene,fa。 div。 qiagen)on and量化EBV或 bkv参考各自的“第一个国家标准”。 这导致使用标准化的测量单元“ IU/ml”。 在与以前的方法直接比较时,使用新方法的测量值较低:Abbott)进行。测试与到目前为止使用的测试系统非常吻合(Qiasymphony/ rotgenene,fa。 div。qiagen)on and量化EBV或bkv参考各自的“第一个国家标准”。这导致使用标准化的测量单元“ IU/ml”。在与以前的方法直接比较时,使用新方法的测量值较低:
50 毫升毛细血管血样(n = 295)在现场保存在液氮中,随后储存在 -20°C 下,用于在自动化 QIASymphony 平台(Qiagen)上使用 QIAsymphony DNA Investigator 试剂盒(德国希尔登 Qiagen)提取寄生虫 DNA。最终 DNA 洗脱体积为 100 µL。使用基于 SYBR Green 的属特异性定量 PCR 进行疟疾分子筛查。引物对(PCBF,5'-ATG CTT TAT TAT GGA TTG GAT GTC-3' 和 PCBR,5'-CAG ACC GTA AGG TTA TAA TTA TGT-3')靶向人类感染疟原虫的细胞色素b(cytb)基因的保守序列(21),检测阈值为每微升 0.2 个扩增子拷贝(相当于每毫升约 4 个疟原虫,假设每个单核血液阶段疟原虫平均有 50 个线粒体基因组拷贝)。20 微升反应体系含有 5 微升 DNA 溶液、7.5 微升
159 图 2. 实验设置以确定适用于 DBS 的 DNA 提取和纯化方案 160。测试的不同方法是 DNA_P1) QIAsymphony® PowerFecal® Pro DNA 161 试剂盒(目录号 938036,Qiagen),包括在 FastPrep-24™ Classic 162 上以 6 m/s 的速度进行 6 轮均质化 162 60 秒,中间休息 5 分钟,然后用 163 蛋白酶 K 600 mAU/ml(Qiagen)消化,然后在 QIAsymphony® SP 164 机器人(Qiagen)上进行自动纯化。DNA_P2) 执行与 DNA_P1 相同,但不进行蛋白酶 K 处理。 DNA_P3) ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit (Zymo Research Corp., Irvine, CA, USA) 经 FastPrep-24™ Classic 匀浆化后,以 6m/s 的速度匀浆 60 秒,共 6 轮,中间间隔 5 分钟。DNA_P4) MagNA Pure 96 DNA 和 Viral NA 小容量试剂盒在 MagNA Pure 96 仪器 (Roche, Basel, Switzerland) 上进行,采用蛋白酶 K 预处理步骤和标准缓冲液,使用针对双链 DNA 和下一代测序优化的 DNA Blood ds SV 方案。其中,DNA_P1、DNA_P2、DNA_P3 和 DNA_P4 用于从模拟物、空白和猪粪便中提取 DNA,DNA_P1 在所有研究动物的粪便上进行性能测试,此外还对阳性和空白对照进行了三份重复测试。使用 DNA_P1 从牛、马、犬、羊和猪的粪便中提取 DNA,并在 Illumina NovaSeq 上进行测序,从每个样本中生成 >2000 万个 PE 读数。这些数据集用于告知所需的测序工作量。