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下一代测序：癌症综合管理的新时代
不幸的是，在大多数情况下，癌症都是在晚期才被诊断出来。众所周知，如果在早期发现，癌症基本上是可以治愈的。造成这种晚期诊断的主要原因是缺乏认识、社会耻辱、全国大部分地区缺乏足够的设施（专科医生和后勤支持）。传统上，癌症治疗被认为是手术（外科肿瘤学）、放疗（放射肿瘤学）和化疗（肿瘤内学）的结合。尽管如此，诊断或肿瘤诊断学不仅被认为是医学中最重要的领域，而且并没有被公认为是。然而，癌症预防和早期发现是最值得强调的步骤。随着靶向治疗（单克隆抗体和酪氨酸激酶抑制剂）和免疫疗法的出现，分子检测对于癌症管理的重要性日益增加。
HIV DNA 测序可检测已存档的抗逆转录病毒药物耐药性
以及导致病毒学失败的其他决定因素，包括导致药物暴露不理想的因素。结论：对于接受过治疗且血浆 HIV RNA 受到抑制且需要改变治疗方案的患者，对细胞 HIV DNA 进行测序可以提供有用的补充信息。然而，在解释结果时应小心谨慎。RAM 的存在并不一定是治疗成功的障碍。相反，即使是最敏感的测序技术也无法提供 HIV DNA 档案的全面视图。为了适当地指导治疗决策，必须始终将患者的整体临床和治疗史与耐药性测试的结果一起考虑。需要进行前瞻性对照研究来验证使用细胞 HIV DNA 进行药物耐药性测试的效用。
生物医学，专利路径和前景分析中的反应式纳米材料
肝细胞癌（HCC）是全球与癌症相关死亡的第三大主要原因，到2040年，全球死亡人数和诊断的数量预计将增加55％以上（Marrero等人，2018年； Rumgay等人，2022年）。目前，主要治疗方法是肝切除和肝移植。然而，治疗后复发率保持较高，肝切除和肝移植后5年复发率分别为70％和35％（Xu等，2019）。近年来，对微血管侵袭（MVI）在HCC中的作用引起了显着关注。MVI定义为侵袭肿瘤细胞进入血管内皮细胞之间的空间，包括门静脉，肝动脉和淋巴管，是术后复发和HCC患者预后不良的独立危险因素（Gouw等人，2011年）。值得注意的是，对于直径小于5 cm的孤立小型HCC病变的患者，MVI的存在显着降低了无复发的生存率（RFS）和整体存活率（OS）（Sheng等，2020; Hong et al。，2021; Xiong et al。因此，迫切需要具有预后和治疗意义的更多特异性分子生物标志物。近年来单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）技术的快速发展彻底改变了对各种病理组织中细胞异质性的理解（Ramachandran等，2019; Kuppe等，2021）。SCRNA-SEQ导致肝癌研究中的显着发现。每个亚群在肝癌微环境中起着独特的作用。研究表明，肝癌中与肿瘤相关的巨噬细胞（TAM）与患者的预后差密切相关，并且它们在TAM的炎症反应中鉴定了关键基因，例如SLC40A1和GPNMB（Ma等，2019; Zhang等，2019）。此外，SCRNA-SEQ已用于绘制包括T细胞和树突状细胞在内的肝癌组织中的各种免疫细胞亚群。例如，LAMP3阳性树突状细胞介导免疫抑制，而TREM2-阳性TAM抑制了CD8 + T细胞的内化为肿瘤组织（Zhang等，2019; Zheng等，2017; Tan等，2023）。尽管发现了这些发现，但缺乏对肝细胞癌中恶性细胞的表达情况的全面理解，尤其是在MVI的进展过程中，缺乏，并且它们在肿瘤中的特定作用尚不清楚。本研究研究了肝细胞癌中恶性细胞的表达纤维，系统地分类了这些细胞，并详细介绍了与MVI相关的细胞异质性以及特异性恶性亚群的分子生物学特征。一种机器学习方法用于基于恶性细胞的签名基因构建预后模型，该模型不仅增强了签名基因的预后效用，而且还鉴定了先前未报告的分子，即Marcksl1。进一步的研究表明，MARCKSL1可以通过与PTN信号网络的相互作用来促进MVI的发展。目前的发现表明，Marcksl1是肝细胞癌和MVI进展的潜在治疗靶标，对于改善治疗策略和临床结果至关重要，尤其是对于MVI患者。
应用注释 - puretarget重复扩展面板和HIFI测序的全面基因分型
自定义Puretarget面板没有PACBIO正式支持。用户必须设计和订购其指南RNA并相应地优化其自定义面板。PACBIO可以提供有关指南RNA设计软件和优化自定义面板的策略的有限指导。我们建议在添加新的指南RNA或测试一组自定义指南之前，请首先使用支持的样本类型在Puretarget重复扩展面板上进行成功。添加少量重复扩展目标是相对较低的风险，因为片段的大小与套件（4-5 kb）中提供的面板相似。已显示出多达5对指南的成功，以实现其他重复扩展目标。SMRT链接PuretArget重复扩展分析或带有TRGT的命令行分析可以与包括新坐标的更新目标床文件一起使用。
阿尔茨海默病测序项目 (ADSP)
阿尔茨海默病测序项目 (ADSP) 由两个阿尔茨海默病 (AD) 遗传学联盟和三个国家人类基因组研究所 (NHGRI) 资助的大规模测序和分析中心 (LSAC) 组成。两个 AD 遗传学联盟分别是由 NIA (U01 AG032984) 资助的阿尔茨海默病遗传学联盟 (ADGC) 和由 NIA (R01 AG033193)、国家心肺血液研究所 (NHLBI)、其他国家卫生研究院 (NIH) 研究所和其他外国政府和非政府组织资助的基因组流行病学心脏和衰老研究队列 (CHARGE)。序列数据的发现阶段分析由 UF1AG047133（给 Schellenberg、Farrer、Pericak-Vance、Mayeux 和 Haines 博士）支持； U01AG049505 授予 Seshadri 博士；U01AG049506 授予 Boerwinkle 博士；U01AG049507 授予 Wijsman 博士；以及 U01AG049508 授予 Goate 博士，并且通过 U01AG052411 授予 Goate 博士、U01AG052410 授予 Pericak-Vance 博士以及通过 U01 AG052409 授予 Seshadri 博士和 Fornage 博士来支持发现扩展阶段的分析。
一种基于测序的定量细胞内环境中细菌基因缺失突变体的方法
下一代测序 (NGS) 的进步大大加速了微生物学研究创新方法的发展。在本研究中，我们提出了一种新方法来量化细胞内环境中基因缺失突变体的净存活率。该方法基于标准化的 Illumina 基因组 DNA 短读测序，无需在每个缺失突变体上使用特定的选择标记。验证结果表明，该方法可以准确量化混合突变体的加标池中的突变体，与基于 CFU 测定的预期值相比没有统计学上显着差异（ p > 0.05）。此外，该方法还用于量化巨噬细胞中的 S . Gallinarum 突变体。将六个突变体和一个对照菌株混合在一个池中，并让其感染 HD11 细胞 2 小时。结果与之前的研究结果一致，为混合突变体感染在功能基因鉴定中的可行性提供了证据。值得注意的是，该方法的简单性和标准化植根于标准全基因组测序协议，使其可在各个实验室中轻松实施。
HAMILTON NGS STARlet 上的 Oxford Nanopore 连接测序试剂盒 XL V14 自动化为 Nanopore Sequen 生成高质量 DNA 文库
资格设置和结果 为了在 NGS STARlet 上对 Oxford Nanopore SQK-LSK114-XL V14 V1.0 方法进行生物学验证，对 8 个（4 个阳性样本 + 4 个阴性对照）或 24 个样本（22 个阳性样本 + 2 个阴性对照）进行了生物学运行。作为输入材料，1 μg 全长（48 kB）噬菌体 Lambda DNA 用于 8 个样本的运行。对于 24 个样本的运行，1 μg 剪切（9kB）人类基因组 DNA 作为输入材料。使用 Thermo Fisher Scientific Qubit 4 荧光计和 Quant-iT™ 1X dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Thermo Fisher Scientific，#Q33232）测定从 8 个和 24 个样本的生物学验证运行中获得的文库的 DNA 浓度。平均样品产量为 344.3 ng（+/- 51.5 ng）
HAMILTON NGS STARlet 上的 Oxford Nanopore 连接测序试剂盒 XL V14 自动化为 Nanopore Sequen 生成高质量 DNA 文库
资格设置和结果 为了在 NGS STARlet 上对 Oxford Nanopore SQK-LSK114-XL V14 V1.0 方法进行生物学验证，对 8 个（4 个阳性样本 + 4 个阴性对照）或 24 个样本（22 个阳性样本 + 2 个阴性对照）进行了生物学运行。作为输入材料，1 μg 全长（48 kB）噬菌体 Lambda DNA 用于 8 个样本的运行。对于 24 个样本的运行，1 μg 剪切（9kB）人类基因组 DNA 作为输入材料。使用 Thermo Fisher Scientific Qubit 4 荧光计和 Quant-iT™ 1X dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Thermo Fisher Scientific，#Q33232）测定从 8 个和 24 个样本的生物学验证运行中获得的文库的 DNA 浓度。平均样品产量为 344.3 ng（+/- 51.5 ng）
1个基于基因组测序的遗传分析...
此预印本版的版权持有人于2025年1月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.16.25320661 doi：medrxiv preprint