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陆地深地下中细菌多样性的全球视角
*信件：A。C. Mitchell，nem@aber.ac.uk; A. Edwards，aye@aber.ac.uk关键字：深度subsurface; 16S rRNA基因；荟萃分析；细菌。缩写：方差分析，方差分析；生物膜，生物观察矩阵； CR，闭引引用； CTAB，六烷基三甲基铵溴化物； EPS，细胞外聚合物物质；它的内部转录垫片； MPA，Megapascal； OTU，运营分类单元； OTU，运营分类单元； Permanova，方差差异分析； PGC，碳的Petagram； QPCR，定量聚合酶链反应； rRNA，核糖体RNA； SRA-NCBI，序列阅读国家生物技术中心的档案数据库。†目前的地址：水生微生物生态学小组（游戏），杜伊斯堡大学，校园Essen-环境微生物学和生物技术，Universitätsstr。5，45141德国埃森。本文的在线版本可以使用五个补充图和四个补充表。001172©2023作者
湖泊生态系统中的砷毒性：腹膜生物转化和中国神秘的蜗牛生物蓄积Monique Rockefeller，Sarah Alaei和Alis
图4。砷矿甲基转移酶（ARSM）基因在鳟鱼湖，钢铁湖和基拉尼湖的周围DNA中检测到了PCR，使用靶向该基因保守区域的退化引物。从三个南部海湾声音湖中收集了植物，砷湖：鳟鱼湖（<1 ppb），钢铁湖（〜2 ppb）和基拉尼湖（〜20 ppb）。DNA以不同的浓度在聚合酶链反应（PCR）中用作模板，以不同的浓度：1 ng/ul，2 ng/ul和4 ng/ul。用两个引物对之一进行 PCR：与16S rRNA或ARSM基因互补。琼脂糖凝胶电泳。该图显示了用荧光染料，分子量（MW）梯子和可变标签可视化的凝胶。16S rRNA引物预计将导致111个碱基对（BP）的PCR产物，并且ARSM引物（MF1和MR2）预计将导致302至346 bp之间的PCR产物。
通过过滤编辑在体内进行工程核糖体的靶向编辑和进化
基因组编辑技术在生物体中引入了有针对性的染色体修饰，但受限于无法选择性地修改重复的遗传元件。本文我们描述了过滤编辑，这是一种基因组编辑方法，它将第 1 组自剪接内含子嵌入重复的遗传元件中，以构建可以选择性修改的独特遗传地址。我们将含内含子的核糖体引入大肠杆菌基因组，并使用 CRISPR/Cas9 和多重自动基因组工程对这些核糖体进行有针对性的修饰。转录后内含子的自剪接产生无疤痕的 RNA 分子，从而生成一个复杂的靶向组合变体库。我们使用过滤编辑来共同进化 16S rRNA，以调整核糖体的翻译效率，并共同进化 23S rRNA，以分离抗生素抗性核糖体变体，而不会干扰天然翻译。这项工作为设计聚合具有不同化学性质的非生物单体的突变核糖体奠定了基础，并扩大了基因组工程的范围，以实现重复 DNA 序列的精确编辑和进化。
调整核糖体
核糖体的肽基转移酶中心（PTC）催化肽基转移和释放。它由23S核糖体RNA的域V组成，它通过RNA修饰酶进行了大量修饰，这表明这些修饰在功能上很重要。然而，酶的单个敲除（KO）对细菌生长的影响很小，除了研究RRNA修饰对细胞活力的重要性外，需要KOS的组合。我们的协作成功地构建了菌株，该菌株表现出迄今为止最严重的表型和致命的表现，这表明RRNA修饰酶的条件重要性。此外，在PTC“关键区域”周围缺乏23S rRNA的早期重构表现出催化惰性50s。但是，我们的合作构建了一个菌株，所有鉴定的关键区域修饰酶KOED。该菌株是可行的，并且在暗示PTC周围修饰的酶的可塑性时表现出最小的生长不足。尽管这些KO菌株的表型已经很好地表征了，但此类缺陷的分子解释仍然不清楚。在这里，基于生化方法，我指出了酶KO会影响核糖体组装和易位，而不是在两个组合的KO菌株中，而不是肽键的形成或释放。这些结果阐明了神秘的rRNA修饰的重要性和作用。尽管建议在生理pH下进行水解速率限制步骤，但证据是间接的。释放也是通过PTC催化的，并且了解限制速率的步骤可以帮助遗传工程，因为终止密码子的读取可以掺入不自然的氨基酸并治疗遗传疾病。在这里，我使用氟修饰的氨基酸激活了酯电力。在较低pHS处与活化酯的释放反应加速度为限制速率水解的直接证据。肽基转移和释放的机械研究主要基于50S亚基的晶体结构。然而，两个模型反应在50年代均显示出比70年代慢的速度速率，从而质疑其相关性。在这里，我优化了肽基的转移和释放模型反应，尽管在有机溶剂中，但对近物生理速率进行了优化。通过用PEG代替有机溶剂来实现的一种更生理的溶液，可以最能加速肽基转移，但不能释放。这些优化的反应应有助于分析合成核糖体/PTC的活性，并深入了解核糖体的演变。
SRI研讨会系列第52023号
通过16S rRNA测序鉴定了孤立的新型微生物，参与了拉米镍和钴矿区的农田中重金属的生物降解”。年度从马达省的拉米镍矿（Ramu Nickel Mine）释放了500万吨矿山尾矿对环境和当地人口构成威胁。进行这项研究与通过生物修复，尤其是降解重金属的微生物解决正在进行的重金属污染有关。该研究将采用一种定量方法，以假设的科学模型为指导，通过操纵依赖性和自变量来收集数据。将在矿场相距1公里处收集四个样品，以减少重金属和土壤微生物浓度的空间变化。重金属土壤微生物分析将经过重金属耐受性生物测定法，以确定微生物耐受重金属的能力。重金属耐受性微生物。研究结果将在研究结果之后提出可能的建议和影响。
对关系的新见解
目前，人们普遍认为，核分类学中95-96％的平均核苷酸身份（ANI）值等于70％的数字DNA -DNA杂交（DDDH）值。然而，在本研究中，对29对杏仁核类型菌株的比较基因组分析表明，基于木乃伊超快速校准工具（动画）的70％DDDH值与95-96％的ANI相对应，但大约对应于96.6％的动画价值。基于这种相应的关系，表型和化学特征，以及系统发育分析，从Cynara scolymus的根际土壤中分离出的活化细菌菌株HUAS 11-8 t受到多位分类特征的影响。基于ezbiocloud的对准，发现Huas11-8 t菌株的16S rRNA基因相似性为99.78％，而R. Rhizosphaerae JCM 32589 t，97.8％，dongchuanensis yim 75904 t和<97.8％sequence sequencesis sequence sequence and amycolaties和其他AmycoL和其他AmycOl和其他Amycol，对16S rRNA基因序列和全基因组序列的系统发育分析表明，HUAS 11-8 T菌株密切相关
在人性线粒体复制过程中，DNA在体外重新建立
图1：（a）人mtDNA的示意图。mRNA，rRNA和tRNA的基因编码区分别显示为蓝色，绿色和橙色。主要的非编码区（NCR）显示为灰色。位于NCR中的两个转录启动子，轻链启动子（LSP）和重链启动子（HSP）。LSP负责1 mRNA和8个TRNA的转录。HSP负责12个mRNA，14个TRNA和2个RRNA的转录。重链复制的起始位点（Orih，O H）也位于NCR中，而光链（Oril，O l）的起始位置位于NCR以外，距LSP转录位点约2/3。（b）内部线粒体膜上氧化磷酸化（OXPHOS）的示意图。由mtDNA编码的蛋白质亚基以深蓝色突出显示。nd1、2、3、4、4l和5（紫色）是Oxphos复合物的亚基。CytB（橙色）是复合物III的亚基。Cox I，II和III（绿色）是复合物IV的亚基。ATP 6和ATP 8（黄色）是复合V的亚基。
RNA的调查和摘要调节作用...
共同称为表面参考组，RNA修饰在调节相关细胞过程的基因控制中起着重要作用。在过去的几十年中，不仅在丰富的核糖体（rRNA）和转移RNA（tRNA），而且在Messenger RNA（mRNA）中鉴定了越来越多的RNA模式。此外，许多动态调节化学标记的作家，橡皮擦和读者也已经表征了。con构建沉积是细胞稳态的先决条件，其改变会导致异常的转录程序，这些程序决定了人类疾病，包括乳腺癌，最常见的女性恶性肿瘤，是女性癌症相关死亡的主要原因。在这篇综述中，我们大小 - tRNA，rRNA和mRNA中存在的主要RNA修饰。我们已经对乳腺癌相关的化学标记进行了分类，并总结了它们对乳腺肿瘤发生的贡献。另外，我们描述了与乳腺癌有关的相关途径的较少丰富的tRNA修饰。最后，我们讨论了当前的局限性，并具有对乳腺癌和其他癌症治疗策略的同意分类组学的观点。
2brad-M揭示了癌性卵巢组织和良性卵巢组织之间微生物分布的差异
卵巢癌的发展与各种因素，例如环境，遗传和微生物学因素密切相关。在先前的研究中，通过16S rRNA测序在人类肿瘤中鉴定出细菌。但是，肿瘤组织中的微生物生物量太低，无法通过16S rRNA测序准确地识别。在我们的研究中，我们采用了2 brad测序对微生物组（2brad-M），这是一种新的测序技术，能够准确地表征低生物质微生物组（细菌，真菌和古细菌）在物种分辨率上。在这里，我们调查了20个卵巢样品，包括10个卵巢癌样品和10个良性卵巢样品。测序结果表明，两组中总共确定了373种微生物物种，其中两组共有90种。元数据表明，卵巢癌组织中增加了chlamydophila_abortus和cag-873_sp900550395 corynebacterium_ kefirresidentii，corynebacterium_sp000478175，brevibacillus_d_fluminis，ralstonia_sp000620465和ralstonia_mannitolilytica在良性卵巢组织中更丰富。这是首次使用2Brad-M技术来提供重要的提示，以更好地理解卵巢癌微生物组。
摘要。 Ambarwati A，Santoso B，Sofyan A. 2023。
摘要。Ambarwati A，Santoso B，Sofyan A.2023。对从印度尼西亚州长Kukup Beach Sand分离的链霉菌的系统发育分析。生物多样性24：2374-2383。微生物，例如细菌，真菌和链霉菌是生物活性化合物的来源。链霉菌被称为最大的产生抗生素的属。这项研究旨在确定链霉菌分离株的抗菌活性，并基于16S rRNA基因序列分析链霉菌分离株之间的关系。链霉菌分离株根据其使用琼脂块方法抑制测试细菌生长的能力来筛选其抗菌活性。使用16S rRNA基因序列分析对显示抗菌活性的所选分离株进行了分子表征。结果表明，在SCA和Raffinosa组氨酸琼脂培养基上成功分离了32个链霉菌分离株。在32个分离株中，观察到5种分离株证明了在9至25 mm抑制区直径上抑制测试细菌生长的能力。BRI-18分离株显示出最高的抗菌活性，抑制了枯草芽孢杆菌G. fncc 0060在25 mm的抑制区直径上（强抑制类别）。基于16S rRNA序列，众所周知，五种分离株属于链霉菌。对ARA-5分离株的BLAST分析表明，它与Griseoincarnatus菌株JCM 4381链霉菌密切相关，序列相似性为99.62％。AR3-29分离株是姐妹进化枝，与Rochei菌株NRRL B-1559相同，相似水平为99.35％。BRI-18和BRI-19的分离株与96.87％和95.15％指数相似性分别与Fradoces Fradiae菌株NBRC 12773最相似，而Bri-35分离株表现出与链霉菌链霉菌的最高相似性与Zhihengii菌株YIM YIM YIM T102（97.0.0.0.0.0.0.0.0.0.0 fear）。这项研究表明，来自库克普海滩砂的链霉菌分离物表明了作为抗菌剂的潜力。