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激发途径的纳米级成像
在植物根部的微生物定植期间，特异性微生物激活的过程的识别受到元文字组学的技术约束的阻碍。这些包括缺乏参考基因组，数据集中宿主或微生物rRNA序列的高度表示，或难以实验验证基因功能。在这里，我们将无菌丝的丁香虫thaliana重新定殖，具有合成但代表性的根微生物群，可释放106个基因组序列的细菌和真菌分离株。我们使用了多个王国rRNA耗竭，深度RNA测序和读取参考微生物基因组来分析丰富的殖民者的植物元转录组。我们确定了在土壤界面差异调节的3,000多个微生物基因。翻译和能量生产过程在植物中持续激活，它们的诱导与细菌菌株在根中的丰度相关。最后，我们使用靶向诱变表明，在丰富的细菌菌株之一（一种可遗传可触及的杜鹃杆菌）中，需要多种细菌持续诱导的几个基因。我们的结果表明，菌群成员激活应变特异性过程，但也可以激活植物根的常见基因集。
Xindi Son，Ph.D。Xindi Son，Ph.D。
•细胞培养：原发性和3D培养，增殖和细胞毒性测定，肠道细胞培养•免疫学技术：ELISA，ELISA，流式细胞仪，FACS，FACS，免疫组织化学•显微镜检查：共焦，明亮领域，2-光子共摄影显微镜•分析技术：分析技术：HPLC，FPLC，FPLC，FPLC，fpa，skta，rc，lc，lc，lc，akta，lc，lc rc，lc，lc rc，lc rc，lc，rc，lc，rc，rc，lc，rc，rc，rc，lc ta，lc ta，厌食症菌群培养，16S rRNA测序，荧光原位杂交•转录组学：单细胞RNA测序，空间转录组学（Merfish）出版物
集成的OMICS方法揭示了渗透压...
抽象的水生膜连续面对渗透应力，ill是感官并应对外部渗透挑战的第一个组织。然而，对吉尔微生物群如何应对渗透压及其潜在的宿主 - 细菌关系的理解受到限制。当前研究的目标是通过转录组测序和16S rRNA基因测序来鉴定g细胞中的低音反应基因，并在淡水传输实验后介绍吉尔微生物群。转录组测序在淡水传递后，鉴定出1,034个差异表达的基因（DEG），例如水通道蛋白和氯化钠共转运蛋白。基因和基因组（KEGG）分析的基因本体论（GO）和京都百科全书进一步强调了g的类固醇生物合成和糖胺聚糖生物合成途径。，将16S rRNA基因测序鉴定为海水中的主要细菌，在淡水传递后变为假单胞菌和cet骨。Alpha多样性分析表明，淡水转移组中的g细菌多样性较低。KEGG和METACYC分析进一步预测了吉尔细菌中糖胺聚糖和几丁质代谢的改变。总的来说，吉尔细胞和吉尔微生物群中的常见糖胺聚糖和几丁质途径都表明gill中的宿主 - 细菌相互作用促进了淡水的适应。
请求服务以对微生物测试进行分类和分析
计数微生物的数量（总板数）计数总板数量（1,800泰铢/物种（1,800浴perin）计数总乳酸酸bicairia的量净化和纯化物种将自动计算700泰铢/物种（此步骤将自动收取700泰铢的perin，以识别不是单个菌株的样本（使用生物化学方法）（服务费用3,000泰铢（政府）或3,000 BAHT/BAHT（3,000）（3,000）（3,000）（3,000） Speizate MUR（16S rRNA和特定引物）6,000 div>
从厌氧木质素中分离的 Sodalis ligni 菌株 159R
摘要 具有木质素解聚、分解代谢或两者兼有能力的新型细菌分离物可能与木质纤维素生物燃料应用有关。在本研究中，我们旨在识别能够解决微生物介导的生物技术所面临的经济挑战（例如需要曝气和混合）的厌氧细菌。利用从温带森林土壤中接种并在缺氧条件下以有机溶剂木质素作为唯一碳源进行富集的菌体，我们成功分离出一种新型细菌，命名为 159R。根据 16S rRNA 基因，该分离物属于 Bruguierivoracaceae 科的 Sodalis 属。全基因组测序显示基因组大小为 6.38 Mbp，GC 含量为 55 mol%。为了确定 159R 的系统发育位置，使用 (i) 其最亲属的 16S rRNA 基因、(ii) 100 个基因的多位点序列分析 (MLSA)、(iii) 49 个直系同源群 (COG) 结构域簇和 (iv) 400 个保守蛋白质重建了它的系统发育。分离株 159R 与枯木相关的 Sodalis 行会密切相关，而与采采蝇和其他昆虫内共生体行会关系较弱。估计的基于基因组序列的数字 DNA-DNA 杂交 (dDDH)、基因组保守蛋白质百分比 (POCP) 以及 159R 与 Sodalis 进化枝物种之间的比对分析进一步支持分离株 159R 属于 Sodalis 属的一部分和 Sodalis ligni 的一个菌株。我们建议将之命名为 Sodalis ligni str。 159R (=DSM 110549 = ATCC TSD-177)。
Wang等人：coix种子，中国山药和精液的复杂性调节和稳定性增强对肠道细菌的影响Arifeen等人：杆菌杆菌的生物合成和优化。用农业工业废物从土壤样品中分离为
摘要。淀粉酶酶由于其多种应用而在各种行业中使用。在这项研究中，主要在淀粉琼脂培养基上筛选了来自土壤样品的细菌，以通过检测突出的透明区域鉴定淀粉酶产生。在本研究中使用了五个土壤样品，即面包店（A-1），甘蔗汁点（A-2），Lichi Chinesis Garden土壤（A-3），稻田（A-4）和糖工业废物（A-5）。在淀粉酶产生的阳性中被发现阳性。在生产介质上进一步筛选了菌株。与其他菌株相比，N-1细菌菌株显示出更高的酶活性（92.21±17 IU/mL），因此被选择进行进一步工作。从16S rRNA分析中将菌株鉴定为芽孢杆菌基型。通过一次技术在一个因素中优化各种参数来增强酶的产生。农业工业废料稻油被用作底物。酶的最佳温度为35°C，pH 5.5和2％（w/v）的底物浓度。使用十二烷基聚丙烯酰胺凝胶电泳的定性检测表明，酶的分子量为35 kDa。这表明该酶需要中等温度和中性pH值才能显示出最大的活性。关键字：淀粉酶，16S rRNA基因，芽孢杆菌杆菌，DNS，PCR
通过先进的原型技术探索安第斯高海拔湖泊极端微生物
摘要：快速鉴定和表征来自极端环境的分离物目前是一项挑战，但对于探索地球的生物多样性却非常重要。由于这些分离物原则上可能与已知物种有远亲关系，因此需要采用技术来可靠地鉴定它们所属的生命分支。通过串联质谱法对这些环境分离物进行蛋白质分型提供了一种快速且经济有效的方法，可以使用它们的肽谱进行鉴定。在本研究中，我们记录了第一种用于环境嗜极菌和嗜盐菌分离物的高通量蛋白质分型方法。微生物是从智利高原高海拔安第斯山脉湖泊（海拔 3700 - 4300 米）的样本中分离出来的，这些湖泊代表的地球环境与其他星球的条件相似。总共培养了 66 种微生物，并通过蛋白质分型和 16S rRNA 基因扩增子测序进行了鉴定。两种方法对所有分离物都揭示了相同的属鉴定结果，但三种分离物除外，这三种分离物可能代表尚未根据其肽组进行分类学表征的生物。蛋白质分型能够表明副球菌科和 Chromatiaceae/Alteromonadaceae 科中存在两个潜在的新属，而这些属仅被 16S rRNA 扩增子测序方法所忽略。本文强调，蛋白质分型有可能发现来自极端环境的未描述的微生物。关键词：串联质谱蛋白质分型、阿塔卡马沙漠、高原、高海拔安第斯山脉湖泊、极端微生物、嗜盐菌■简介
原油的基于异辛烷的基于异辛烷的DNA提取方法
微生物来自油储层的微生物通过生物降解或酸化等过程形成石油成分。此类过程在经济上被认为是有害的，可能会构成健康和安全危害。因此，了解储层微生物群落及其代谢能力的组成至关重要。然而，这种分析受到困难，从而从诸如原油等复杂流体中提取DNA。在这里，我们提出了一种新型的DNA提取方法，该方法具有广泛的美国石油研究所（API）重力（密度）范围。我们研究了从具有不同溶剂和表面活性剂的油中提取细胞的能力，后者均非离子和离子。此外，我们评估了三种DNA提取方法。总体而言，使用异辛烷作为溶剂来实现最佳的DNA产量和16S rRNA读数的数量最高，然后使用十二烷基硫酸钠和使用Powersoil Pro Kit（Qiagen）进行了离子表面活性剂处理。然后将最终方法应用于在无菌条件下收集的油库中的各种油。尽管预期的低细胞密度为10 1 - 10 3个细胞/ml，但新方法仍产生可靠的结果，平均16S rRNA测序读取为41431（±8860）的顺序。嗜热，嗜热和厌氧分类群，最有可能是油储层的土著。API重力和DNA产量却没有显示出相关性。
漂着死体における溺死诊断のための検查法について
<实用方法>肺（左上和下叶，右上和下叶），肾脏（左肾脏，右肾脏），肝脏和脾脏被从溺水的身体中取出。将每个器官切成30 mg，将其浸入100 L提取物SYBRGREEN提取物N-Amp™Plant PCR试剂盒（美国Sigma-Aldrich）中，并在95°C孵育10分钟。之后，使用浸泡解决方案作为模板进行实时PPCR。实时PCR的反应混合物（总量为20·L）如下：模板4·L，Sybrgreenextract- n-amppcrReadyMix 10·L，底漆（前向，反向）2·l，引用1·L，rnaseednasefree Water 1·L 1·L。当前生产的引物是Nitzschia 18 S RRNA，Fragilariaα-微管蛋白，Navicula IBP，Naviculaβ-肌动蛋白，Fragilariaβ-微管蛋白，RBCL和23 S rRNA，靶向生活在许多海洋和河流中的植物Planchon。在上述底漆被证明是有用的之后，我们计划为针对海洋和河流（例如海水Chaetoceros）的浮游植物物种准备底漆，并试图估计溺水位置。这使得可以在一定程度上恢复在溺水中发现的浮游植物的物种组成。作为对照，从发现溺水物体的位置收集水，并检查放大效率是否有差异。最后，我们认为，通过创建一个麦克风阵列，其中排列了多个植物浮游生物的DNA部分序列，我们可以以高精度恢复浮游生物物种。
产生丁酸酯的肠道细菌与传染病住院风险之间的关联：两项观察性的，基于人群的微生物组研究的结果
在这项观察性微生物组研究中，使用16S rRNA基因测序在荷兰的独立基于人群的同类群中（Helius研究；衍生物衍生队列）和芬兰（Finrisk 2002研究；验证群体），使用16S rRNA基因测序表征了肠道微生物群（验证组；验证队列）。Helius是在荷兰阿姆斯特丹进行的，包括成年人（包括18至70岁的成年人），这些成年人是从阿姆斯特丹市的市政登记册中随机取样的。Finrisk 2002在芬兰的六个地区进行，是一项人口调查，其中包括一个随机的成人样本（25至74岁）。在这两个队列中，参与者都填写了调查表，进行了体格检查，并提供了粪便样本（2013年1月3日，2013年1月3日至2015年11月27日，为Helius参与者，以及2002年1月21日至2002年4月19日，为Finrisk参与者提供。要纳入我们的研究，需要提供并成功地进行粪便样本，并且需要提供国家注册表数据。主要的预测变量是微生物群的组成，多样性和产生丁酸酯细菌的相对丰度。我们的主要结果是基于国家注册表数据，在粪便样本收集后的5 - 7年随访期间由于任何传染病而导致的住院或死亡率。我们使用微生物生态学和COX比例危害检查了微生物群和感染风险之间的关联。