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使用合成的同源供体构建体进行 CRISPR 介导的同源重组，为果蝇基因标记提供扩展工具包
摘要 之前，我们描述了大量果蝇菌株，每个菌株都携带一个人工外显子，其中包含一个基于 CRISPR 介导的同源重组插入目标基因内含子中的 T2AGAL4 盒。这些等位基因可用于多种应用，并且已被证明非常有用。最初，基于同源重组的供体构建体具有较长的同源臂（>500 bps），以促进大型构建体（>5 kb）的精确整合。最近，我们表明，供体构建体的体内线性化使得能够使用短同源臂（100-200 bps）将大型人工外显子插入内含子中。较短的同源臂使得商业合成同源供体成为可能，并最大限度地减少了供体构建体生成的克隆步骤。不幸的是，大约 58% 的果蝇基因缺乏适合所有注释异构体中人工外显子的编码内含子整合。在这里，我们报告了新构建体的开发，这些构建体允许用 KozakGAL4 盒替换缺乏合适内含子的基因的编码区，从而产生与目标基因类似地表达 GAL4 的敲除/敲入等位基因。我们还开发了定制载体骨架，以进一步促进和改善转基因。在包含目标基因 sgRNA 的定制质粒骨架中合成同源供体构建体，无需注射单独的 sgRNA 质粒，并显著提高了转基因效率。这些升级将使几乎所有果蝇基因都能靶向，无论外显子-内含子结构如何，成功率为 70-80%。
利什曼原虫中 RAD51 相关基因的条件性敲除揭示了同源重组在基因组复制过程中的关键作用
同源重组 (HR) 与基因组复制有着密切的关系，无论是在修复可能阻止 DNA 合成的 DNA 损伤期间，还是在解决复制叉停滞时。最近的研究让我们想知道 HR 是否在复制真核寄生虫利什曼原虫的基因组中发挥着更为核心的作用。关于 HR 基因是否必需，出现了相互矛盾的证据，而全基因组图谱为 DNA 复制起始位点（称为起源）的非正统组织提供了证据。为了回答这个问题，我们采用了 CRISPR/Cas9 和 DiCre 的组合方法来快速生成和评估利什曼原虫中 RAD51 和三种 RAD51 相关蛋白的条件性消融的影响。使用这种方法，我们证明任何这些 HR 因子的丧失都不会立即致命，但在每种情况下，生长都会随着时间的推移而减慢，并导致 DNA 损伤和具有异常 DNA 含量的细胞的积累。尽管存在这些相似之处，但我们表明，只有 RAD51 或 RAD51-3 的缺失才会损害 DNA 合成并导致全基因组突变水平升高。此外，我们还表明这两个 HR 因子的作用方式不同，因为 RAD51 的消融（而不是 RAD51-3）对 DNA 复制有重大影响，导致主要起点处的起始丧失和亚端粒处 DNA 合成增加。我们的工作澄清了有关 HR 对利什曼原虫生存的重要性的问题，并揭示了 RAD51 在微生物真核生物基因组复制程序中意想不到的核心作用。
建立一个直接的I-SCEI介导的重组一个质粒系统，用于在P. p. putida KT2440中进行有效的基因组编辑
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年1月23日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.01.23.576838 doi：Biorxiv Preprint
有缺陷的同源重组和基因组不稳定性预测胰腺癌中对碳离子放射疗法的反应性提高。
Defective Homologous Recombination and Genomic Instability Predict Increased Responsiveness to Carbon Ion Radiotherapy in Pancreatic Cancer Brock J. Sishc 1 , Janapriya Saha 1 , Elizabeth Polsdofer 1 , Lianghao Ding 1 , Huiming Lu 1 , Shih-Ya Wang 1 , Katy L. Swancutt 1 , James H. Nicholson 1 , Angelica Facoetti 2 , Arnold Pompos 1，Mario Ciocca 2，Todd A. Aguilera 1，Michael D.故事1，＃，$和Anthony J. Davis 1，＃
光热表征硅基退火薄金膜的热扩散率、载流子扩散和复合特性
CK Sheng*、MGM Sabri、MF Hassan、EAGE Ali 马来西亚登嘉楼大学科学与海洋环境学院，21030 瓜拉尼鲁斯，登嘉楼，马来西亚 这项工作首次实施了基于光声 (PA) 技术的光热波表征，以研究在不同温度下退火的 Si 晶片 (Au/Si) 上沉积的金薄膜层的热特性和载流子传输特性。XRD 图案表明，在退火温度为 330 o C 时追踪到了 Au81Si19 相的亚稳态金 (Au) 硅化物，当温度进一步升高到 370 o C 时，该结构消失。结果表明，获得 Au/Si 结构的 PA 信号低于纯 Si 晶片。通过拟合 PA 信号相位关系阐明了 Si 和 Au/Si 的热特性和载流子传输特性。结果表明，随着退火温度的升高，Au/Si 的热扩散率和表面复合速度增加，复合寿命缩短。然而，当温度接近 370 o C 时，表面复合和热传输过程减弱，这可能是由于硅化物团簇的断裂造成的。（2021 年 7 月 20 日收到；2021 年 10 月 29 日接受）关键词：金硅化物，热退火，光声，热扩散率，复合
意见增强剂的非规范函数：RNA聚合酶III转录，DNA复制和V（d）J重组的调节
增强子是其他基于DNA的过程的关键调节因子，因为它们以高度调节的方式产生核小体耗尽区域的独特能力。增强子通过RNA聚合酶III（POL III）调节TRNA基因的细胞类型特异性转录。他们还负责原点复制复合复合物（ORC）与DNA复制起源的结合，从而调节原点利用，复制时机和依赖复制的染色体断裂。此外，增强剂通过增加重组激活基因（RAG）重组酶对靶位点的访问以及通过产生由RAG2 PHD域识别的三甲基化组蛋白H3-K4的局部区域来调节V（d）J重组。因此，增强子代表了解码基因组的第一步，因此它们调节生物学过程，这些过程与RNA聚合酶II（POL II）转录不同，没有专用的调节蛋白。
癌症的特征
ATRi=ataxia telangiectasia mutated and rad3-related inhibitor, DDR=DNA damage response, EBV=Epstein- Barr virus, HLA=human leukocyte antigen, HomDel=homozygous deletion, HRD=homologous recombination deficiency, HRR=homologous recombination repair, HPV=human papillomavirus, IFN=interferon, IO =免疫肿瘤，KIR =杀手型细胞免疫球蛋白样受体，loh =杂合性的丧失，parpi = poly（ADP-核糖）聚合酶抑制剂
引文：Saud A Abdulsamad 等人。“基因编辑技术：同源重组、反义 mRNA、RNAi、定点诱变和 CRISPR/
RecA/Rad51家族蛋白诱导的DNA结构的内在动态特性：DNA作为基因组材料可能比RNA更具优势”。美国国家科学院院刊98.15（2001）：8425-8432。
通过1 NHEJ缺乏而不是Populus中的HDR因子过表达高效的CRIS介导的同源重组2 3 Ali Movahedi1§
Highly efficient CRISPR-mediated homologous recombination via 1 NHEJ deficiency rather than HDR factors overexpression in Populus 2 3 Ali Movahedi 1§* , Hui Wei 1§ , Zhong-Hua Chen 2 , Weibo Sun 1 , Jiaxin Zhang 3 , Dawei Li 1 , Liming 4 Yang 1* , and Qiang Zhuge 1* 5 6 1 College of Biology and the Environment,中国南部7号的可持续林业共同创新中心，森林遗传学与生物技术主要实验室，教育部，南京林业大学8号，南京210037，210037，9 2霍克斯伯里环境学院，霍克斯伯里环境学院，西悉尼悉尼大学，10佩里斯大学，新南威尔士州佩里斯2751，新南威尔士州2751，澳大利亚11 3 n and NANJ and nanj andial andical Instriciting andical Sciention and nan Junan Junlan andical Instriciting Synormitics Squartring Synormitics Squarnion，NAN NAN NAN NAN NAN SACEITIC 210046，中国13 14 15 *应将信件发送给Qiang Zhuge，Ali Movahedi和Liming Yang：生物学与环境学院16，南部17中国可持续林业中心共同创新中心，中国森林遗传学与生物技术的主要实验室，教育部，Nanjing 18 Forestry University，Nanjing 18 Forestry University，Nanjing University，Nanjing University，Nanjing 210037。电子邮件：qzhuge@njfu.edu.cn; 19 ali_movahedi@njfu.edu.cn; yangliming@njfu.edu.cn;传真：+86 25 85428701 20 21§这些作者同样作为第一作者22 23 22 23 24跑步标题：高效通过XRCC4 Poplar中的XRCC4缺乏效率25 26 26 27 27 27 27 28 29 28 29 30 31 32 33 33 34 35 33 35 36 37 37 38 39 39 38 39 38 39 39 38 39 38 39 38 39 38 39电子邮件：qzhuge@njfu.edu.cn; 19 ali_movahedi@njfu.edu.cn; yangliming@njfu.edu.cn;传真：+86 25 85428701 20 21§这些作者同样作为第一作者22 23 22 23 24跑步标题：高效通过XRCC4 Poplar中的XRCC4缺乏效率25 26 26 27 27 27 27 28 29 28 29 30 31 32 33 33 34 35 33 35 36 37 37 38 39 39 38 39 38 39 39 38 39 38 39 38 39 38 39
泛素 - 蛋白酶体系统是杀死抗顺铂的膀胱癌细胞
摘要。同源重组修复（HRR）是双链DNA（dsDNA）断裂无错误修复的细胞机制。在编码HRR的蛋白质（例如BRCA1和BRCA2）的基因等位基因中具有突变的癌细胞在修复过程中都有缺陷。 因此，这些细胞用替代机制（例如非同源末端连接）修复DsDNA破裂。 在BRCA1和BRCA2基因中具有种系突变的乳腺癌中，HRR缺陷会导致对PARP抑制剂的敏感性，这些药物干扰PARP酶功能并促进酶在DNA上的捕获以及修复单链断裂的过程。 HRR缺陷也导致对DNA损害化学疗法的敏感性，因为细胞无法修复化学疗法诱导的DNA病变。 除了BRCA1和BRCA2中的种系突变外，这些基因或种系中的体细胞突变以及体细胞突变，或其他涉及同源重组（HR）的基因的其他遗传和表观遗传变化可能会产生HRR缺陷，从而导致对PARP抑制剂的敏感性。 然而，研究的结论较少，这一事实可能与这些情况下通常缺乏双行性功能丧失有关，而不是通常会损失双行性功能的癌症BRCA1或BRCA2缺陷的癌症。 in癌细胞在修复过程中都有缺陷。因此，这些细胞用替代机制（例如非同源末端连接）修复DsDNA破裂。在BRCA1和BRCA2基因中具有种系突变的乳腺癌中，HRR缺陷会导致对PARP抑制剂的敏感性，这些药物干扰PARP酶功能并促进酶在DNA上的捕获以及修复单链断裂的过程。HRR缺陷也导致对DNA损害化学疗法的敏感性，因为细胞无法修复化学疗法诱导的DNA病变。除了BRCA1和BRCA2中的种系突变外，这些基因或种系中的体细胞突变以及体细胞突变，或其他涉及同源重组（HR）的基因的其他遗传和表观遗传变化可能会产生HRR缺陷，从而导致对PARP抑制剂的敏感性。然而，研究的结论较少，这一事实可能与这些情况下通常缺乏双行性功能丧失有关，而不是通常会损失双行性功能的癌症BRCA1或BRCA2缺陷的癌症。in