基因与复制的起源的接近性在细菌中的复制和转录相关过程中起关键作用。潜在来源位置的计算预测在起源发现中具有重要作用,从而严重降低了实验成本。我们将ORCA(复制评估的起源)作为可视化核苷酸差异的快速且轻巧的工具,并预测了复制起源的位置。orca使用核苷酸差异,DNAA盒区域和靶基因位置的分析来找到潜在的起源位点,并具有随机的森林分类器来预测这些位点可能是起源的。orca的预测和可视化功能使其成为有助于实验确定复制起源的有价值方法。orca用Python-3.11编写,以最少的精力处理任何操作系统,并且可以处理大型数据库。完整的实施详细信息在补充材料中提供,源代码可在GitHub上免费获得:https://github.com/zoyavanmeel/orca。
如果腺嘌呤是原始链中的下一个暴露基础,则会添加胸腺核苷酸,如果胞嘧啶是原始链的下一个暴露基碱,则会添加鸟嘌呤核苷酸,并且仅根据与新的粘合物的规定,将鸟嘌呤核苷酸添加到新的基本链条之间,仅将基本构成形式添加到新的链接之间,如果构成的规则,则仅在水中构成了构成的规则。因此,新的DNA分子保留了一半的母体DNA,然后使用它来创建一个新的女儿链DNA复制在多细胞生物中很重要,原因是:
如果腺嘌呤是原始链中的下一个暴露基础,则会添加胸腺核苷酸,如果胞嘧啶是原始链的下一个暴露基碱,则会添加鸟嘌呤核苷酸,并且仅根据与新的粘合物的规定,将鸟嘌呤核苷酸添加到新的基本链条之间,仅将基本构成形式添加到新的链接之间,如果构成的规则,则仅在水中构成了构成的规则。因此,新的DNA分子保留了一半的母体DNA,然后使用它来创建一个新的女儿链DNA复制在多细胞生物中很重要,原因是:
Laura KM Hahn A,B, *,Richard Dinga C,Ramona Leenings D,E,Tim Hahn D,James H. Cole F,G. E P,Q,Ali Saffet Gonul R,Ian H. Gotlib S,Roberto Goya-Maldonado T,Nynke A. Groenewold J,Paul Hamilton U,V,Naho Ichikawa W,X,Jonathan C. ,Evgeny A. Osipov I,Brenda WJH Penninx Y,Edith Pomarol-Clotet P,Q,ElenaRodríguez-Cano P,Q,Matthew D. Sacchet Z,Honda W,Shing W,Shing,J A,J A,Sim和Sim和Sim。
新复制的姐妹染色单体由粘蛋白复合物束缚在一起,但是姐妹染色单体内聚力如何与DNA复制协调不足。流行模型表明在复制之前与DNA结合的粘着蛋白通过复制通过粘着蛋白环的复制或通过重现叉子在复制叉后通过重壳组件的转移来确定凝聚力。通过可视化与预加载的粘蛋白复合物碰撞的单个复制叉,我们发现重质体将粘蛋白推向满足收敛的重新分散体的位置。虽然在DNA复制终止期间去除收敛的重新分裂,但粘蛋白仍保持在新生的DNA上。我们证明了这些粘着蛋白分子将新复制的姐妹DNA系在一起。我们的结果支持了一个新模型,其中在DNA复制终止期间建立了姐妹染色单体内聚。
图1:(a)人mtDNA的示意图。mRNA,rRNA和tRNA的基因编码区分别显示为蓝色,绿色和橙色。主要的非编码区(NCR)显示为灰色。位于NCR中的两个转录启动子,轻链启动子(LSP)和重链启动子(HSP)。LSP负责1 mRNA和8个TRNA的转录。HSP负责12个mRNA,14个TRNA和2个RRNA的转录。重链复制的起始位点(Orih,O H)也位于NCR中,而光链(Oril,O l)的起始位置位于NCR以外,距LSP转录位点约2/3。(b)内部线粒体膜上氧化磷酸化(OXPHOS)的示意图。由mtDNA编码的蛋白质亚基以深蓝色突出显示。nd1、2、3、4、4l和5(紫色)是Oxphos复合物的亚基。CytB(橙色)是复合物III的亚基。Cox I,II和III(绿色)是复合物IV的亚基。ATP 6和ATP 8(黄色)是复合V的亚基。
将这些结果与 2019 年的调查结果进行比较时,出现了几种趋势。很明显,传统的化石能源类型(煤炭、石油和天然气)仍然获得最多的支持。太阳能在两次调查中也获得了很高的支持率。风能获得的支持率明显较低(2022 年为 51%,而 2019 年为 65.5%),而铀矿开采、核能发电、CCUS 和 REE/CM 在 2022 年都获得了更多的支持,持中立或不确定态度的人更少。近年来,所有这些行业在怀俄明州的能源讨论中都变得更加突出,因为它们在该州取得了切实的进展。例如,怀俄明州获得了允许地质储存注入井的 VI 级优先权,Rare Element Resources 的关键矿物开采和加工项目(怀俄明州东北部的 Bear Lodge 项目)取得了进展,TerraPower 小型模块化反应堆位于凯默勒。这表明,随着居民了解并获得了新兴技术的经验,他们对它们的支持有所增加。
a,示意图,显示了MCMBP介导的组装,并将MCM3-7导出到核中,该核能形成新生的MCM,用MCM2作为恢复前复合物,并调节DNA复制叉速度。nls表示核定位信号。b,从顶端到基础位置的MCMBP的时空表达,从E12.5到E15.5。c,蛋白质印迹分析显示了皮质发育产前和产后阶段的MCMCBP表达模式。d,在P3处的CKO小鼠和同窝对照的代表性图像。红色星星指示CKO鼠标。e,(左图)MCMBP +/ +的背视图; EMX1-CRE和MCMBP FL/FL; EMX1-CRE(CKO)P4大脑。(右图)与同窝对照(CTRL)相比,CKO中的皮质区域显着降低。(平均,两尾未配对的t检验,ctrl:n = 7,cko:n = 5)。f,(左图)MCMBP +/ +和CKO P4脑的DAPI染色冠状切片。与同窝对照(CTRL)相比,CKO的皮质板厚度显着降低了皮质板厚度。(平均,两尾未配对的t检验,ctrl:n = 7,cko:n = 5)。g,MCMBP +/ +的P4脑中的层标记物BRN2,TBR1,LHX2和TLE4的免疫染色; EMX1-CRE和CKO。h,与同窝对照组(CTRL)相比,CKO的上层神经元显着降低。(均值,两尾未配对的t检验,BRN2,TBR1,CTRL:n = 8,cko:n = 5,lhx2,tle4,ctrl:n = 4,cko:cko:n = 4)。i,蛋白质印迹分析显示了E15.5,E16.5和P4 Cortex中MCMCBP表达的下调。(平均,两尾未配对的t检验,ctrl:n = 3,cko:n = 3)。J,MCMBP +/ +中的顶祖细胞标记物SOX2和中间祖细胞标记的免疫染色; EMX1-CRE和CKO从E12.5到E16.5。K,SOX2+细胞数分析表明,在E12.5处CTRL和CKO之间没有差异。但是,由于E13.5,Sox2+细胞显着降低并持续到E16.5。(mean, two-tailed unpaired t-test, E12.5, ctrl: n=5, cKO: n=4, E13.5, ctrl: n=4, cKO: n=3, E14.5, ctrl: n=5, cKO: n=5, E15.5, ctrl: n=6, cKO: n=4, E16.5, ctrl: n=6, CKO:n = 4)。l,EOMES+细胞数分析表明,在E12.5和E13.5处CTRL和CKO之间没有差异。但是,Eomes+细胞从E14.5显着降低到E16.5。(mean, two-tailed unpaired t-test, E12.5, ctrl: n=3, cKO: n=3, E13.5, ctrl: n=4, cKO: n=4, E14.5, ctrl: n=4, cKO: n=4, E15.5, ctrl: n=4, cKO: n=3, E16.5, ctrl: n=4, CKO:n = 3)。